Begin filling in computations of ex(C) and en(C)

This commit introduces the first steps towards
computing ex(C) and en(C) using many of the
additions of the previous phases. An important
part of the computation is so far missing, however,
viz. the determination of whether or not an action
`a` is enabled at some point in the past. We'll
need to decipher what's going on in tiny_simgrid
to fully determine what to do here; for now, we
simply ignore adding an event entirely and just
say that `a` was disabled at all points in the past.

Fix logic for mutual conflict between two events

Prior to this commit, detecting whether two
events were in conflict involved looking at all
of the events with respect to all others. However,
you must instead *only* look at how the event `e`
and `e'` relate to the other event's history:
we wouldn't care if some other event is in conflict
with `e'` if `e` is not that event

Add conflict-free invariant check to Configuration

When adding events to a configuration, we want to
ensure that the configuration remains both a)
causally closed and b) conflict-free. The latter
required that the tests be modified as they effectively
assumed that the transitions associated with each
event were independent of one another. Since the
`Transition` base class is dependent by default, this
was at odds with the assumptions

Add preliminary tests for checking event conflicts

Add conflict detection to EventSet

Detecting whether or not a collection of events
are in conflict important for computing en(C)
and for K-partial alternatives. We simply
follow the definition of conflicts. More
esoteric methods may exist that are faster,
but for now let's keep it simple: we can always
add those in later incrementally

Add ability to restrict maximum subset size

This commit adds the ability to restrict the
size of the maximal subsets that are produced
by the maximal_subsets_iterator. This filtering
significantly reduces the number of subsets that
need to be searched in more complicated graphs.

The advantage of adding the filtering directly
to the maximal_subsets_iterator over using a
higher-order iterator such as boost::filter_iterator
is that branches can be pruned immediately. Since
the maximal_subsets_iterator performs its search
in depth-first order, something like
boost::filter_iterator, while technically equivalent,
would have to actually perform the iteration over
entire branches that are otherwise useless due to
their size.

Searching maximal subsets of a restricted size is
useful when determining conflicts between sets of
events: we want to look at pairs of maximal events

Add asserts for Configuration vs EventSet

This commit adds two asserts to ensure that
traversing a configuration is equivalent to
traversing the events of that configuration.
That is, the assertions check that a configuration
can effectively be treated as a set of events
when it comes to traversal of maximal sets and
computing a topological ordering

Allow iteration over maximal subsets of an EventSet

The maximal_subsets_iterator was updated to allow
traversal over the subsets of events of some set `E`
which are maximal (i.e. causally-free). It is a
simple addition which extends the power of the iterator
to EventSets more generally (as opposed to strictly
for Configurations)

Move topological ordering to EventSet

The events of an EventSet can be ordered
topologically by considering them as part
of the configuration containing the histories
of all events in the set. The trick is to
ignore adding in an event into the ordering
if the event is not contained in the original
set itself

Rename `EventSet::is_maximal_event_set()`

The method `is_maximal_event_set()` was renamed
to simply `is_maximal()`, since the question is
already being asked about some event set (i.e.
the `_event_set` bit is redundant)

Add some basic tests for variable_for_loop

Some tests were added to confirm that the
variable_for_loop iterator behaved as expected.

Write maximal_subsets_iterator_wrapper with xbt utils

Fix edge cases in variable_for_loop

Some tests were added which detected an off-by-one
error in the implementation logic of the variable_for_loop.
Subsequent commits will add more tests to the iterator
for further verification

Write LazyPowerSet in terms of iterator_wrapper

Add iterator_wrapping convenience container

The iterator_wrapping structure is a light-weight
container whose contents are traversed according
to the behavior of the iterator that it creates
when asked. The wrapping can only construct
a container around an iterator whose termination
condition can be succinctly represented with a
default-constructed argument. It is not always
the case that such a default-constructed iterator
represents the end, so this should be kept in made
(although this is generally the convention).

Creating an instance of a wrapping allows, e.g.,
for the traversal over a collection without explicit
need to construct the iterators/loop manually.
For example, a struct `Iterable` may define a method
`make_complicated_forward_iterator_over_me()`
that can be called and used inside e.g. an auto-based
for-loop. This helps with readability immensely.

Add first implementation of variable for-loop

Add computation for minimally reproducible sets

A minimally reproducible set of a configuration
is simply the smallest set of events whose
collective histories joint together cover every
event in the configuration. Effecively, it is
the maximal set of C whose history equals C.

The computation builds upon the maximal_subsets_iterator
introduced in a prior phase and exploits all of
the work that already went into computing the
subsets

sthread: Add a way to verify accesses to non-reentrant data structures

The example is very fragile so far, segfaulting 2 times over 3 in
general, so don't activate it.

Cosmetics in sthread output when not using SMPI

Enable compile optimizations when tests will be run.

[ci-skip]

Missing ']'

[ci-skip]

Fix compilation error with clang 11.0.1.

Building CXX object CMakeFiles/simgrid.dir/src/mc/explo/udpor/maximal_subsets_iterator.cpp.o
In file included from .../src/mc/explo/udpor/maximal_subsets_iterator.cpp:1:
.../src/mc/explo/udpor/maximal_subsets_iterator.hpp:38:3: error: explicitly defaulted default constructor is implicitly deleted [-Werror,-Wdefaulted-function-deleted]
  maximal_subsets_iterator() = default;
  ^
.../src/mc/explo/udpor/maximal_subsets_iterator.hpp:43:68: note: default constructor of 'maximal_subsets_iterator' is implicitly deleted because field 'config' of const-qualified type 'const std::optional<std::reference_wrapper<const Configuration>>' would not be initialized
  const std::optional<std::reference_wrapper<const Configuration>> config;
                                                                   ^
1 error generated.

Enable _GLIBCXX_DEBUG for one of the builds.

Also run the tests in this case.

Sonar smells.

Merge branch 'maximal-subset-search' into 'master'

Phase 3 of UDPOR Integration: Iteration Over Maximal Sets of a Configuration

See merge request simgrid/simgrid!135

Don't clear flops_amount on ExecImpl::reset.

Fix failures where flops_amount is not defined anymore in ExecImpl::start
(found by building with CXXFLAGS=-D_GLIBCXX_DEBUG)

Quick tests show that currentContainer is always empty at this point.

Walking the stack in the forward direction gives the same result, but makes the code simpler.

Simplify assertions.

try to use another mattermost action, as the main one is linux only (uses docker)

[ci-skpi] fix sending of messages, and do parallel testing on github action

assume mmap is not functional for us on macos>=11 as memory accesses are restricted by default

[ci skip] remove spurious line

add macos build to github action, untested

remove ns3 from ubuntu stable and github actions, as 3.35 is broken on 22.04

Fix a useless change -- and go get some sleep

Bump cmake to at least 3.12

- It's difficult to search for Python Development component before that version
- This version is available in Debian buster (oldstable)

python3-dev is another dependency of the Python bindings

Reindent -- almost no real change

Simply don't traverse an array if debug logs are disabled.

Forgot to add c++17g to the "ignore" list.

[ci-ckip]

fix MC + gcc builds

Move the implem of a function out of the header to reduce issues

Move the PageStore from ModelChecker to RemoteApp

Correct MANIFEST.in according to `make distcheck`

Filter events before performing iteration

A filter can be supplied to the maximal subset
iterator to remove events from consideration in
maximal subsets. Instead of needlessly processing
events that will never be considered, we can
instead remove those events at the beginning while
perserving the relative ordering among events that
we do actually care about. This both simplifies the
bookkeeper's code slightly and reduces the number
of times we need to invoke the filter function drastically
(once per event instead of multiple times per combination).

Move the stats of visited_states count from ModelChecker to DFSExplorer where it belongs

Move the dot_output from ModelChecker to Exploration

One reference to the global singleton mc_model_checker that I'd like to kill

Rename some fields to obey our coding standard

Allow to call SMPI_app_instance_start() once the simulation started

The main trick was to set the needed property before the
Actor::start() using init()->set_property()->start(), so that the
property is here soon enough.

Zero-initialize more messages.

Fix subtle implementation bug with maximal set filtering

There was a subtle bug that was resolved involving
traversal over the maximal event set tree of a configuration.
Specifically, it's important to

1. Only pick candidates that satisfy the predicate. This
means that the `bookkeeper` needs to own the reference
to the filter so that is can accurately pick events
correctly

2. At the start, pick the first *viable* candidate, and not simply
the *first* node in the ordering, as the first node may
not satisfy the predicate. Effectively, you pick the
"most recent" node that satisfies the predicate

A possible future addition would be to pre-compute the
predicate for all of the events at the start of the
iterator. This would reduce the number of calls made
to the filter function dramatically, but for now we'll
stick with something simple (the change wouldn't involve
too much intervention if desired)

Message is retrieved as an unsigned long (according to the manual).

Add working implementation of maximal_subsets_iterator

There were a few subtleties in computing traversing
the graph of maximal subsets iteratively. The most
important was the distinction between the case of
expanding the current maximal event set and attempting
to find the newest branch point (i.e. walking back up
the tree after performing the depth-first order).

Fix a typo found by clang in MC builds

Clean up maximum_subsets_iterator

A couple of smaller cosmetic changes were made
to maximum_subsets_iterator, in particular moving
the somewhat complicated while-loop into a dedicated
method (before it had several `break`s contained within
it which acted more like return values from a function
which suggested a dedicated function was called for).

Subsequent commits will add test cases for the iterator,
after which a MR should be ready.

Replace memset(..., 0, ...) with zero-initialization.

Zero-initialize messages (essentially their padding bits).

This is mainly to clear valgrind errors about uninitialised bytes.

Help to identify null values.

Lookup only once in map.

Useless assignments to local variable.

GH action: build out of sources

Install python deps on GHaction + better documentation of build dependencies

Pass references to `const Unfolding*` in most places

Passing references to `const Unfolding*` is better
style as no methods actually modify events directly:
instead, they perform computations over sets of events,
compute histories, etc, but leave the event instances
themselves otherwise unaffected

Mais quel débile, punaise

MC builds have specific dependencies

Add first implementation of maximal_subsets_iterator

The maximal_subsets_iterator traverses the subsets
of events of a configuration `C` which are maximal,
viz. those subsets of `C` which are causally-free.

GH action: ninja is verbose on error anyway

GH action: use the correct package name

gh action: we need 'sudo' here

GH action: install deps

GH action: use existing runners

messing with git actions

Fix yaml syntax :(

Add a github action to test our git on Debian11, regular and MC

This is triggered manually, when jenkins is off as right now

Pass on documentation's Design Goals section

More work on the documentation's Models section

New function SMPI_app_instance_start() to easily start a MPI instance in your S4U simulation

Try to fix a fixme blindly, just in case it was easy

Pass on the documentation's Introduction page. Minor grammatical fixes,
some rewrites and word changes, minor content removal due to redundancy.

Use boost::iterator_facade for History::Iterator

The iterator that is used in the `History` class
was adjusted to use boost::iterator_facade, as it
simplifies life considerably, makes the code more
readable, and provides better conformance to being
a forward iterator (i.e. it probably handles some
subtleties with forward iterators etc. and implements
many methods automatically)

Fix make distcheck

Merge branch 'udpor-phase3' into 'master'

Phase 2.5 of UDPOR Integration: Add Iterators for Subsets

See merge request simgrid/simgrid!134

Add src/xbt/.../subsets_tests.cpp to manifest file

Remove CompatibilityGraph and friends

The CompatibilityGraph and friends that were
added in order to compute maximal sets of events
needlessly complicated the algorithm. A much
better approach was suggested which will be
implemented in the next phase.

While perhaps a rebase could also have been
performed, it would have required quite careful
precision. Since the end goal is the same and
there are better uses of our time, I simply opted
to tag on another commit

Add tests for LazyKSubsets and LazyPowerset

The LazyKSubsets and LazyPowerset are simply
wrappers around an iterator type which can
enumerate all subsets of a given iteration.

While this won't be used anymore to enumerate
all possible sets of events of the configuration
in the compatibility graph, which will soon be
removed, it will still be used (or a variant
thereof) when computing K-partial alternatives
later on

Add LazyPowerSet and LazyKSubsets

Two new classes were added that act effectively
as convenience methods around creating subset
iterators. The classes themselves act mostly
like iterators but are instead light-weight
"containers" which can be iterated over. Effectively,
they are contains which "contain" the entire
collection of subsets (of size k respectively) of
some collection without actually storing that collection
in memory.

Add more comments to subsets_iterator implementation

Add powerset_iterator to simgrid::xbt

The powerset_iterator, as its name suggests,
is an iterator which traverses over all elements
of the power set of the elements traversed by another
iterator. It makes heavy use of the subsets_iterator
from which it derives its functionality (delegation
rather than inheritance)

Use boost::iterator_facade for subsets_iterator

The subsets_iterator class is now implemented
in terms of the boost::iterator_facade which simplies
the implementation considerably of the iterator. The
same approach will be used to write the implementation
for powerset_iterator and the history_iterator (the latter
used to traverse the history of a set of events)

Update .mailmap [ci-skip]

doc: Rework the intro pages

Remove subsets.cpp file

Since the subsets_iterator is defined using
templates, it needs to be defined solely in
the header file. Thus the cpp file is extraneous
and was removed

Add "working" (but untested) implementation of iterative subsets

The k-subsets higher-order iterator appears to be
working as expected after fixing a couple of issues
while run under GDB. The next phase is to test this
iterator heavily on a number of different examples
to prove that the iteration works as expected.

Future commits will add two important data structures,
viz. the LazyPowerSet and the LazyKSubsets, both of
which will be used when computing cliques in the
compatibility graph later on

Add first "implementation" of k-subsets iterator

The higher-order iterator `subsets_iterator`
iterates over all subsets of a given iterator.
Eventually, we'll create the LazyPowerSet and
LazyKSubsets classes which will act as convenience
wrappers around the creation of a k-subset iterator

Add iterator files to xbt/utils

Plug a memleak + experience that code out of the MC test for coverage

cosmetics in docs

Asynchronous locks and fluid I/O streams were aded at some point

Add 3 figures to the design goals + minor rewording