src/xbt/graph.c

   1 /* a generic graph library.                                                 */
   2
   3 /* Copyright (c) 2006-2014. The SimGrid Team.
   4  * All rights reserved.                                                     */
   5
   6 /* This program is free software; you can redistribute it and/or modify it
   7  * under the terms of the license (GNU LGPL) which comes with this package. */
   8
   9 #include "xbt/sysdep.h"
  10 #include "xbt/log.h"
  11 #include "xbt/graph.h"
  12 #include "graph_private.h"
  13 #include "xbt/dict.h"
  14 #include "xbt/heap.h"
  15 #include "xbt/str.h"
  16 #include "xbt/file.h"
  17
  18 #include <errno.h>
  19 #include <stdlib.h>
  20
  21
  22 XBT_LOG_NEW_DEFAULT_SUBCATEGORY(xbt_graph, xbt, "Graph");
  23
  24
  25
  26 /** @brief Constructor
  27  *  @return a new graph
  28  */
  29 xbt_graph_t xbt_graph_new_graph(unsigned short int directed, void *data)
  30 {
  31   xbt_graph_t graph = NULL;
  32   graph = xbt_new0(struct xbt_graph, 1);
  33   graph->directed = directed;
  34   graph->data = data;
  35   graph->nodes = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_node_t), NULL);
  36   graph->edges = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_edge_t), NULL);
  37
  38   return graph;
  39 }
  40
  41 /** @brief add a node to the given graph */
  42 xbt_node_t xbt_graph_new_node(xbt_graph_t g, void *data)
  43 {
  44   xbt_node_t node = NULL;
  45   node = xbt_new0(struct xbt_node, 1);
  46   node->data = data;
  47   if (g->directed)
  48     /* only the "out" field is used */
  49     node->in = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_edge_t), NULL);
  50
  51   node->out = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_edge_t), NULL);
  52   node->position_x = -1.0;
  53   node->position_y = -1.0;
  54
  55   xbt_dynar_push(g->nodes, &node);
  56
  57   return node;
  58 }
  59
  60 /** @brief add an edge to the given graph */
  61 xbt_edge_t xbt_graph_new_edge(xbt_graph_t g,
  62                               xbt_node_t src, xbt_node_t dst, void *data)
  63 {
  64   xbt_edge_t edge = NULL;
  65
  66   edge = xbt_new0(struct xbt_edge, 1);
  67   xbt_dynar_push(src->out, &edge);
  68   if (g->directed)
  69     xbt_dynar_push(dst->in, &edge);
  70   else                          /* only the "out" field is used */
  71     xbt_dynar_push(dst->out, &edge);
  72
  73   edge->data = data;
  74   edge->src = src;
  75   edge->dst = dst;
  76
  77   xbt_dynar_push(g->edges, &edge);
  78
  79   return edge;
  80 }
  81
  82 /** @brief Get the edge connecting src and dst */
  83 xbt_edge_t xbt_graph_get_edge(xbt_graph_t g, xbt_node_t src,
  84                               xbt_node_t dst)
  85 {
  86   xbt_edge_t edge;
  87   unsigned int cursor;
  88
  89   xbt_dynar_foreach(src->out, cursor, edge) {
  90     XBT_DEBUG("%p = %p--%p", edge, edge->src, edge->dst);
  91     if ((edge->src == src) && (edge->dst == dst))
  92       return edge;
  93   }
  94   if (!g->directed) {
  95     xbt_dynar_foreach(src->out, cursor, edge) {
  96       XBT_DEBUG("%p = %p--%p", edge, edge->src, edge->dst);
  97       if ((edge->dst == src) && (edge->src == dst))
  98         return edge;
  99     }
 100   }
 101   return NULL;
 102 }
 103
 104 /** @brief Get the user data associated to a node */
 105 void *xbt_graph_node_get_data(xbt_node_t node)
 106 {
 107   return node->data;
 108 }
 109
 110 /** @brief Set the user data associated to a node */
 111 void xbt_graph_node_set_data(xbt_node_t node, void *data)
 112 {
 113   node->data = data;
 114 }
 115
 116 /** @brief Get the user data associated to a edge */
 117 void *xbt_graph_edge_get_data(xbt_edge_t edge)
 118 {
 119   return edge->data;
 120 }
 121
 122 /** @brief Set the user data associated to a edge */
 123 void xbt_graph_edge_set_data(xbt_edge_t edge, void *data)
 124 {
 125   edge->data = data;
 126 }
 127
 128 /** @brief Destructor
 129  *  @param g: poor victim
 130  *  @param node_free_function: function to use to free data associated to each node
 131  *  @param edge_free_function: function to use to free data associated to each edge
 132  *  @param graph_free_function: function to use to free data associated to g
 133  *
 134  * Free the graph structure.
 135  */
 136 void xbt_graph_free_graph(xbt_graph_t g,
 137                           void_f_pvoid_t node_free_function,
 138                           void_f_pvoid_t edge_free_function,
 139                           void_f_pvoid_t graph_free_function)
 140 {
 141   unsigned int cursor;
 142   xbt_node_t node;
 143   xbt_edge_t edge;
 144
 145   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge) {
 146     if (edge_free_function)
 147       edge_free_function(edge->data);
 148     free(edge);
 149   }
 150   xbt_dynar_free(&(g->edges));
 151
 152   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 153     xbt_dynar_free(&(node->out));
 154     xbt_dynar_free(&(node->in));
 155     if (node_free_function)
 156       node_free_function(node->data);
 157     free(node);
 158   }
 159   xbt_dynar_free(&(g->nodes));
 160
 161   if (graph_free_function)
 162     graph_free_function(g->data);
 163   free(g);
 164 }
 165
 166
 167 /** @brief remove the given node from the given graph */
 168 void xbt_graph_free_node(xbt_graph_t g, xbt_node_t n,
 169                          void_f_pvoid_t node_free_function,
 170                          void_f_pvoid_t edge_free_function)
 171 {
 172   unsigned long nbr;
 173   unsigned long i;
 174   unsigned int cursor = 0;
 175   xbt_node_t node = NULL;
 176   xbt_edge_t edge = NULL;
 177
 178   nbr = xbt_dynar_length(g->edges);
 179   cursor = 0;
 180   for (i = 0; i < nbr; i++) {
 181     xbt_dynar_get_cpy(g->edges, cursor, &edge);
 182
 183     if ((edge->dst == n) || (edge->src == n)) {
 184       xbt_graph_free_edge(g, edge, edge_free_function);
 185     } else
 186       cursor++;
 187   }
 188
 189   if ((node_free_function) && (n->data))
 190     node_free_function(n->data);
 191
 192   cursor = 0;
 193   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 194       if (node == n)
 195     xbt_dynar_cursor_rm(g->nodes, &cursor);
 196
 197   xbt_dynar_free(&(n->in));
 198   xbt_dynar_free(&(n->out));
 199
 200   free(n);
 201
 202   return;
 203 }
 204
 205 /** @brief remove the given edge from the given graph */
 206 void xbt_graph_free_edge(xbt_graph_t g, xbt_edge_t e,
 207                          void_f_pvoid_t free_function)
 208 {
 209   int idx;
 210   unsigned int cursor = 0;
 211   xbt_edge_t edge = NULL;
 212
 213   if ((free_function) && (e->data))
 214     free_function(e->data);
 215
 216   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge) {
 217     if (edge == e) {
 218       if (g->directed) {
 219         idx = __xbt_find_in_dynar(edge->dst->in, edge);
 220         xbt_dynar_remove_at(edge->dst->in, idx, NULL);
 221       } else {                  /* only the out field is used */
 222         idx = __xbt_find_in_dynar(edge->dst->out, edge);
 223         xbt_dynar_remove_at(edge->dst->out, idx, NULL);
 224       }
 225
 226       idx = __xbt_find_in_dynar(edge->src->out, edge);
 227       xbt_dynar_remove_at(edge->src->out, idx, NULL);
 228
 229       xbt_dynar_cursor_rm(g->edges, &cursor);
 230       free(edge);
 231       break;
 232     }
 233   }
 234 }
 235
 236 int __xbt_find_in_dynar(xbt_dynar_t dynar, void *p)
 237 {
 238
 239   unsigned int cursor = 0;
 240   void *tmp = NULL;
 241
 242   xbt_dynar_foreach(dynar, cursor, tmp) {
 243     if (tmp == p)
 244       return cursor;
 245   }
 246   return -1;
 247 }
 248
 249 /** @brief Retrieve the graph's nodes as a dynar */
 250 xbt_dynar_t xbt_graph_get_nodes(xbt_graph_t g)
 251 {
 252   return g->nodes;
 253 }
 254
 255 /** @brief Retrieve the graph's edges as a dynar */
 256 xbt_dynar_t xbt_graph_get_edges(xbt_graph_t g)
 257 {
 258   return g->edges;
 259 }
 260
 261 /** @brief Retrieve the node at the source of the given edge */
 262 xbt_node_t xbt_graph_edge_get_source(xbt_edge_t e)
 263 {
 264   return e->src;
 265 }
 266
 267 /** @brief Retrieve the node being the target of the given edge */
 268 xbt_node_t xbt_graph_edge_get_target(xbt_edge_t e)
 269 {
 270   return e->dst;
 271 }
 272
 273 /** @brief Retrieve the outgoing edges of the given node */
 274 xbt_dynar_t xbt_graph_node_get_outedges(xbt_node_t n)
 275 {
 276   return n->out;
 277 }
 278
 279 /** @brief Set the weight of the given edge */
 280 void xbt_graph_edge_set_length(xbt_edge_t e, double length)
 281 {
 282   e->length = length;
 283
 284 }
 285
 286 /** @brief Get the length of a edge */
 287 double xbt_graph_edge_get_length(xbt_edge_t edge)
 288 {
 289   return edge->length;
 290 }
 291
 292
 293 /** @brief construct the adjacency matrix corresponding to the given graph
 294  *
 295  * The weights are the distances between nodes
 296  */
 297 double *xbt_graph_get_length_matrix(xbt_graph_t g)
 298 {
 299   unsigned int cursor = 0;
 300   unsigned int in_cursor = 0;
 301   unsigned long idx, i;
 302   unsigned long n;
 303   xbt_edge_t edge = NULL;
 304   xbt_node_t node = NULL;
 305   double *d = NULL;
 306
 307 # define D(u,v) d[(u)*n+(v)]
 308   n = xbt_dynar_length(g->nodes);
 309
 310   d = (double *) xbt_new0(double, n * n);
 311
 312   for (i = 0; i < n * n; i++) {
 313     d[i] = -1.0;
 314   }
 315
 316   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 317     D(cursor, cursor) = 0;
 318
 319     xbt_dynar_foreach(node->out, in_cursor, edge) {
 320       if (edge->dst == node)
 321         idx = __xbt_find_in_dynar(g->nodes, edge->src);
 322       else                      /*case of  undirected graphs */
 323         idx = __xbt_find_in_dynar(g->nodes, edge->dst);
 324       D(cursor, idx) = edge->length;
 325     }
 326   }
 327
 328 # undef D
 329
 330   return d;
 331 }
 332
 333 /** @brief Floyd-Warshall algorithm for shortest path finding
 334  *
 335  * From wikipedia:
 336  *
 337  * The Floyd–Warshall algorithm takes as input an adjacency matrix
 338  * representation of a weighted, directed graph (V, E). The weight of a
 339  * path between two vertices is the sum of the weights of the edges along
 340  * that path. The edges E of the graph may have negative weights, but the
 341  * graph must not have any negative weight cycles. The algorithm computes,
 342  * for each pair of vertices, the minimum weight among all paths between
 343  * the two vertices. The running time complexity is Θ(|V|3).
 344  */
 345 void xbt_floyd_algorithm(xbt_graph_t g, double *adj, double *d,
 346                          xbt_node_t * p)
 347 {
 348   unsigned long i, j, k;
 349   unsigned long n;
 350   n = xbt_dynar_length(g->nodes);
 351
 352 # define D(u,v) d[(u)*n+(v)]
 353 # define P(u,v) p[(u)*n+(v)]
 354
 355   for (i = 0; i < n * n; i++) {
 356     d[i] = adj[i];
 357   }
 358
 359
 360   for (i = 0; i < n; i++) {
 361     for (j = 0; j < n; j++) {
 362       if (D(i, j) != -1) {
 363         P(i, j) = *((xbt_node_t *) xbt_dynar_get_ptr(g->nodes, i));
 364       }
 365     }
 366   }
 367
 368   for (k = 0; k < n; k++) {
 369     for (i = 0; i < n; i++) {
 370       for (j = 0; j < n; j++) {
 371         if ((D(i, k) != -1) && (D(k, j) != -1)) {
 372           if ((D(i, j) == -1) || (D(i, j) > D(i, k) + D(k, j))) {
 373             D(i, j) = D(i, k) + D(k, j);
 374             P(i, j) = P(k, j);
 375           }
 376         }
 377       }
 378     }
 379   }
 380
 381
 382
 383 # undef P
 384 # undef D
 385 }
 386
 387 /** @brief computes all-pairs shortest paths */
 388 xbt_node_t *xbt_graph_shortest_paths(xbt_graph_t g)
 389 {
 390   xbt_node_t *p;
 391   xbt_node_t *r;
 392   unsigned long i, j, k;
 393   unsigned long n;
 394
 395   double *adj = NULL;
 396   double *d = NULL;
 397
 398 # define P(u,v) p[(u)*n+(v)]
 399 # define R(u,v) r[(u)*n+(v)]
 400
 401   n = xbt_dynar_length(g->nodes);
 402   adj = xbt_graph_get_length_matrix(g);
 403   d = xbt_new0(double, n * n);
 404   p = xbt_new0(xbt_node_t, n * n);
 405   r = xbt_new0(xbt_node_t, n * n);
 406
 407   xbt_floyd_algorithm(g, adj, d, p);
 408
 409   for (i = 0; i < n; i++) {
 410     for (j = 0; j < n; j++) {
 411       k = j;
 412
 413       while ((P(i, k)) && (__xbt_find_in_dynar(g->nodes, P(i, k)) != i)) {
 414         k = __xbt_find_in_dynar(g->nodes, P(i, k));
 415       }
 416
 417       if (P(i, j)) {
 418         R(i, j) = *((xbt_node_t *) xbt_dynar_get_ptr(g->nodes, k));
 419       }
 420     }
 421   }
 422 # undef R
 423 # undef P
 424
 425   free(d);
 426   free(p);
 427   free(adj);
 428   return r;
 429 }
 430
 431 /** @brief Extract a spanning tree of the given graph */
 432 xbt_edge_t *xbt_graph_spanning_tree_prim(xbt_graph_t g)
 433 {
 434   int tree_size = 0;
 435   int tree_size_max = xbt_dynar_length(g->nodes) - 1;
 436   xbt_edge_t *tree = xbt_new0(xbt_edge_t, tree_size_max);
 437   xbt_edge_t e, edge;
 438   xbt_node_t node = NULL;
 439   xbt_dynar_t edge_list = NULL;
 440   xbt_heap_t heap = xbt_heap_new(10, NULL);
 441   unsigned int cursor;
 442
 443   xbt_assert(!(g->directed),
 444               "Spanning trees do not make sense on directed graphs");
 445
 446   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 447     node->xbtdata = NULL;
 448   }
 449
 450   node = xbt_dynar_getfirst_as(g->nodes, xbt_node_t);
 451   node->xbtdata = (void *) 1;
 452   edge_list = node->out;
 453   xbt_dynar_foreach(edge_list, cursor, e)
 454       xbt_heap_push(heap, e, -(e->length));
 455
 456   while ((edge = xbt_heap_pop(heap))) {
 457     if ((edge->src->xbtdata) && (edge->dst->xbtdata))
 458       continue;
 459     tree[tree_size++] = edge;
 460     if (!(edge->src->xbtdata)) {
 461       edge->src->xbtdata = (void *) 1;
 462       edge_list = edge->src->out;
 463       xbt_dynar_foreach(edge_list, cursor, e) {
 464         xbt_heap_push(heap, e, -(e->length));
 465       }
 466     } else {
 467       edge->dst->xbtdata = (void *) 1;
 468       edge_list = edge->dst->out;
 469       xbt_dynar_foreach(edge_list, cursor, e) {
 470         xbt_heap_push(heap, e, -(e->length));
 471       }
 472     }
 473     if (tree_size == tree_size_max)
 474       break;
 475   }
 476
 477   xbt_heap_free(heap);
 478
 479   return tree;
 480 }
 481
 482 /** @brief Topological sort on the given graph
 483  *
 484  *  From wikipedia:
 485  *
 486  * In graph theory, a topological sort of a directed acyclic graph (DAG) is
 487  * a linear ordering of its nodes which is compatible with the partial
 488  * order R induced on the nodes where x comes before y (xRy) if there's a
 489  * directed path from x to y in the DAG. An equivalent definition is that
 490  * each node comes before all nodes to which it has edges. Every DAG has at
 491  * least one topological sort, and may have many.
 492  */
 493 xbt_node_t *xbt_graph_topo_sort(xbt_graph_t g)
 494 {
 495
 496   xbt_node_t *sorted;
 497   unsigned int cursor;
 498   int idx;
 499   xbt_node_t node;
 500   unsigned long n;
 501
 502   n = xbt_dynar_length(g->nodes);
 503   idx = n - 1;
 504
 505   sorted = xbt_malloc(n * sizeof(xbt_node_t));
 506
 507   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 508       node->xbtdata = xbt_new0(int, 1);
 509
 510   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 511       xbt_graph_depth_visit(g, node, sorted, &idx);
 512
 513   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 514     free(node->xbtdata);
 515     node->xbtdata = NULL;
 516   }
 517
 518   return sorted;
 519 }
 520
 521 /** @brief First-depth graph traversal */
 522 void xbt_graph_depth_visit(xbt_graph_t g, xbt_node_t n,
 523                            xbt_node_t * sorted, int *idx)
 524 {
 525   unsigned int cursor;
 526   xbt_edge_t edge;
 527
 528   if (*((int *) (n->xbtdata)) == ALREADY_EXPLORED)
 529     return;
 530   else if (*((int *) (n->xbtdata)) == CURRENTLY_EXPLORING)
 531     THROWF(0, 0, "There is a cycle");
 532   else {
 533     *((int *) (n->xbtdata)) = CURRENTLY_EXPLORING;
 534
 535     xbt_dynar_foreach(n->out, cursor, edge) {
 536       xbt_graph_depth_visit(g, edge->dst, sorted, idx);
 537     }
 538
 539     *((int *) (n->xbtdata)) = ALREADY_EXPLORED;
 540     sorted[(*idx)--] = n;
 541   }
 542 }
 543
 544 /** @brief Export the given graph in the GraphViz formatting for visualization */
 545 void xbt_graph_export_graphviz(xbt_graph_t g, const char *filename,
 546                                const char *(node_name) (xbt_node_t),
 547                                const char *(edge_name) (xbt_edge_t))
 548 {
 549   unsigned int cursor = 0;
 550   xbt_node_t node = NULL;
 551   xbt_edge_t edge = NULL;
 552   FILE *file = NULL;
 553   const char *name = NULL;
 554
 555   file = fopen(filename, "w");
 556   xbt_assert(file, "Failed to open %s \n", filename);
 557
 558   if (g->directed)
 559     fprintf(file, "digraph test {\n");
 560   else
 561     fprintf(file, "graph test {\n");
 562
 563   fprintf(file, "  graph [overlap=scale]\n");
 564
 565   fprintf(file, "  node [shape=box, style=filled]\n");
 566   fprintf(file,
 567           "  node [width=.3, height=.3, style=filled, color=skyblue]\n\n");
 568
 569   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 570     if (node_name){
 571       fprintf(file, "  \"%s\";\n", node_name(node));
 572     }else{
 573       fprintf(file, "  \"%p\";\n", node);
 574     }
 575   }
 576   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge) {
 577     const char *c;
 578     const char *c_dir = "->";
 579     const char *c_ndir = "--";
 580     if (g->directed){
 581       c = c_dir;
 582     }else{
 583       c = c_ndir;
 584     }
 585     const char *src_name, *dst_name;
 586     if (node_name){
 587       src_name = node_name(edge->src);
 588       dst_name = node_name(edge->dst);
 589       fprintf(file, "  \"%s\" %s \"%s\"", src_name, c, dst_name);
 590     }else{
 591       fprintf(file, "  \"%p\" %s \"%p\"", edge->src, c, edge->dst);
 592     }
 593
 594     if ((edge_name) && ((name = edge_name(edge))))
 595       fprintf(file, "[label=\"%s\"]", name);
 596     fprintf(file, ";\n");
 597   }
 598   fprintf(file, "}\n");
 599   fclose(file);
 600 }
 601
 602 /** @brief Export the given graph in the GraphXML format */
 603 void xbt_graph_export_graphxml(xbt_graph_t g, const char *filename,
 604                                const char *(node_name) (xbt_node_t),
 605                                const char *(edge_name) (xbt_edge_t),
 606                                const char *(node_data_print) (void *),
 607                                const char *(edge_data_print) (void *))
 608 {
 609   unsigned int cursor = 0;
 610   xbt_node_t node = NULL;
 611   xbt_edge_t edge = NULL;
 612   FILE *file = NULL;
 613   const char *name = NULL;
 614
 615   file = fopen(filename, "w");
 616   xbt_assert(file, "Failed to open %s \n", filename);
 617
 618   fprintf(file, "<?xml version='1.0'?>\n");
 619   fprintf(file, "<!DOCTYPE graph SYSTEM \"graphxml.dtd\">\n");
 620   if (g->directed)
 621     fprintf(file, "<graph isDirected=\"true\">\n");
 622   else
 623     fprintf(file, "<graph isDirected=\"false\">\n");
 624   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 625     fprintf(file, "  <node name=\"%p\" ", node);
 626     if ((node_name) && ((name = node_name(node))))
 627       fprintf(file, "label=\"%s\" ", name);
 628     if ((node_data_print) && ((name = node_data_print(node->data))))
 629       fprintf(file, "data=\"%s\" ", name);
 630     fprintf(file, "/>\n");
 631   }
 632   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge) {
 633     fprintf(file, "  <edge source=\"%p\" target =\"%p\" ",
 634             edge->src, edge->dst);
 635     if ((edge_name) && ((name = edge_name(edge))))
 636       fprintf(file, "label=\"%s\" ", name);
 637     if (edge->length >= 0.0)
 638       fprintf(file, "length=\"%g\" ", edge->length);
 639     if ((edge_data_print) && ((name = edge_data_print(edge->data))))
 640       fprintf(file, "data=\"%s\" ", name);
 641     fprintf(file, "/>\n");
 642   }
 643   fprintf(file, "</graph>\n");
 644   fclose(file);
 645 }
 646
 647 /** @brief Load a graph from a file (in the SimGrid Graph format) */
 648 xbt_graph_t xbt_graph_load (const char *filename)
 649 {
 650   FILE *file = NULL;
 651   ssize_t read;
 652   file = fopen (filename, "r");
 653   xbt_assert(file, "Failed to open %s \n", filename);
 654
 655   xbt_dict_t nodes_dict = xbt_dict_new_homogeneous(NULL);
 656   xbt_graph_t ret = xbt_graph_new_graph (0, NULL);
 657
 658   //read the number of nodes
 659   size_t size;
 660   char *nnodes_str = NULL;
 661   read = xbt_getline (&nnodes_str, &size, file);
 662   if (read == -1)
 663     THROWF(system_error, 0, "xbt_getline failed to read the number of nodes (errno = %d)", errno);
 664   int i, nnodes = atoi (nnodes_str);
 665   free (nnodes_str);
 666
 667   //read all nodes
 668   for (i = 0; i < nnodes; i++){
 669     char *node_str = NULL;
 670     read = xbt_getline (&node_str, &size, file);
 671     if (read == -1)
 672       THROWF(system_error, 0, "xbt_getline failed to read all nodes (errno = %d)", errno);
 673     xbt_node_t n;
 674     char *name = xbt_strdup (node_str);
 675     xbt_str_subst (name, '\n', '\0', 0);
 676     n = xbt_graph_new_node (ret, name);
 677     xbt_dict_set (nodes_dict, name, n, NULL);
 678     free (node_str);
 679   }
 680
 681   //read the number of edges
 682   char *nedges_str = NULL;
 683   read = xbt_getline (&nedges_str, &size, file);
 684   if (read == -1)
 685     THROWF(system_error, 0, "xbt_getline failed to read the number of edges (errno = %d)", errno);
 686   int nedges = atoi (nedges_str);
 687   free (nedges_str);
 688
 689   //read all edges
 690   for (i = 0; i < nedges; i++){
 691     char *edge_str = NULL, edge_id[200], node_source[200], node_target[200];
 692     read = xbt_getline (&edge_str, &size, file);
 693     if (read == -1)
 694       THROWF(system_error, 0, "xbt_getline failed to read all edges (errno = %d)", errno);
 695     sscanf (edge_str, "%s %s %s", edge_id, node_source, node_target);
 696     free (edge_str);
 697     xbt_str_subst (edge_id, '\n', '\0', 0);
 698     xbt_str_subst (node_source, '\n', '\0', 0);
 699     xbt_str_subst (node_target, '\n', '\0', 0);
 700
 701     xbt_node_t source = xbt_dict_get (nodes_dict, node_source);
 702     xbt_node_t target = xbt_dict_get (nodes_dict, node_target);
 703     xbt_graph_new_edge (ret, source, target, xbt_strdup(edge_id));
 704   }
 705   xbt_dict_free (&nodes_dict);
 706   return ret;
 707 }
 708
 709 /** @brief Save a graph from a file (in the SimGrid Graph format) */
 710 void xbt_graph_save (xbt_graph_t span,
 711                      const char *filename,
 712                      const char *(nname) (xbt_node_t),
 713                      const char *(ename) (xbt_edge_t))
 714 {
 715   FILE *file = NULL;
 716   file = fopen(filename, "w");
 717   xbt_assert(file, "Failed to open %s \n", filename);
 718
 719   xbt_dynar_t nodes = xbt_graph_get_nodes (span);
 720   xbt_dynar_t edges = xbt_graph_get_edges (span);
 721   unsigned int cpt;
 722   xbt_node_t node;
 723   fprintf (file, "%lu\n", xbt_dynar_length (nodes));
 724   xbt_dynar_foreach (nodes, cpt, node) {
 725     if (nname){
 726       fprintf (file, "%s\n", nname(node));
 727     }else{
 728       fprintf (file, "%p\n", node);
 729     }
 730   }
 731   fprintf (file, "%lu\n", xbt_dynar_length (edges));
 732   xbt_edge_t edge;
 733   xbt_dynar_foreach (edges, cpt, edge) {
 734     xbt_node_t source = xbt_graph_edge_get_source (edge);
 735     xbt_node_t target = xbt_graph_edge_get_target (edge);
 736     if (ename){
 737       if (nname){
 738         fprintf (file, "%s %s %s\n", ename(edge), nname(source), nname(target));
 739       }else{
 740         fprintf (file, "%s %p %p\n", ename(edge), source, target);
 741       }
 742     }else{
 743       if (nname){
 744         fprintf (file, "%p %s %s\n", edge, nname(source), nname(target));
 745       }else{
 746         fprintf (file, "%p %p %p\n", edge, source, target);
 747       }
 748     }
 749   }
 750   fclose (file);
 751 }