messing with git actions

Fix yaml syntax :(

Add a github action to test our git on Debian11, regular and MC

This is triggered manually, when jenkins is off as right now

Pass on documentation's Design Goals section

More work on the documentation's Models section

New function SMPI_app_instance_start() to easily start a MPI instance in your S4U simulation

Try to fix a fixme blindly, just in case it was easy

Pass on the documentation's Introduction page. Minor grammatical fixes,
some rewrites and word changes, minor content removal due to redundancy.

Fix make distcheck

Merge branch 'udpor-phase3' into 'master'

Phase 2.5 of UDPOR Integration: Add Iterators for Subsets

See merge request simgrid/simgrid!134

Add src/xbt/.../subsets_tests.cpp to manifest file

Remove CompatibilityGraph and friends

The CompatibilityGraph and friends that were
added in order to compute maximal sets of events
needlessly complicated the algorithm. A much
better approach was suggested which will be
implemented in the next phase.

While perhaps a rebase could also have been
performed, it would have required quite careful
precision. Since the end goal is the same and
there are better uses of our time, I simply opted
to tag on another commit

Add tests for LazyKSubsets and LazyPowerset

The LazyKSubsets and LazyPowerset are simply
wrappers around an iterator type which can
enumerate all subsets of a given iteration.

While this won't be used anymore to enumerate
all possible sets of events of the configuration
in the compatibility graph, which will soon be
removed, it will still be used (or a variant
thereof) when computing K-partial alternatives
later on

Add LazyPowerSet and LazyKSubsets

Two new classes were added that act effectively
as convenience methods around creating subset
iterators. The classes themselves act mostly
like iterators but are instead light-weight
"containers" which can be iterated over. Effectively,
they are contains which "contain" the entire
collection of subsets (of size k respectively) of
some collection without actually storing that collection
in memory.

Add more comments to subsets_iterator implementation

Add powerset_iterator to simgrid::xbt

The powerset_iterator, as its name suggests,
is an iterator which traverses over all elements
of the power set of the elements traversed by another
iterator. It makes heavy use of the subsets_iterator
from which it derives its functionality (delegation
rather than inheritance)

Use boost::iterator_facade for subsets_iterator

The subsets_iterator class is now implemented
in terms of the boost::iterator_facade which simplies
the implementation considerably of the iterator. The
same approach will be used to write the implementation
for powerset_iterator and the history_iterator (the latter
used to traverse the history of a set of events)

Update .mailmap [ci-skip]

doc: Rework the intro pages

Remove subsets.cpp file

Since the subsets_iterator is defined using
templates, it needs to be defined solely in
the header file. Thus the cpp file is extraneous
and was removed

Add "working" (but untested) implementation of iterative subsets

The k-subsets higher-order iterator appears to be
working as expected after fixing a couple of issues
while run under GDB. The next phase is to test this
iterator heavily on a number of different examples
to prove that the iteration works as expected.

Future commits will add two important data structures,
viz. the LazyPowerSet and the LazyKSubsets, both of
which will be used when computing cliques in the
compatibility graph later on

Add first "implementation" of k-subsets iterator

The higher-order iterator `subsets_iterator`
iterates over all subsets of a given iterator.
Eventually, we'll create the LazyPowerSet and
LazyKSubsets classes which will act as convenience
wrappers around the creation of a k-subset iterator

Add iterator files to xbt/utils

Plug a memleak + experience that code out of the MC test for coverage

cosmetics in docs

Asynchronous locks and fluid I/O streams were aded at some point

Add 3 figures to the design goals + minor rewording

Update release notes

Fix most of the remaining code warnings

This commit fixes the majority of the code
warnings pointed out by SonarSource. There
are some others that will disappear with other
phases once e.g. the functions in UdporChecker
are actually implemented

Add default method for constructing full graph

A convenience method was added which allows the
full compatibility graph to be constructed without
needing to specify that each node should be included.

Add predicate filtering to compatibility graph comp

Computing the compatibility graph should attempt to
disqualify as many events as possible from the configuration
to minimize the size of the resulting compatibility graph.
This is _esepcially_ important because we will enumerate
all cliques of the graph and subsequently all possible
events contains within each node. This means that removing
even one or two nodes could reduce the time spent in
enumeration dramatically.

For now, the UdporChecker can only prune based on
dependency. Perhaps, though, there are more clever
ways to prune based on whether `a` is enabled e.g.
in knowing some properties about the event structure.
This will be investigated later, but is a secondary
concern to getting an implementation of the algorithm
up-and-running.

Fix most cosmetics and code warnings

Create a private struct to hold search data

This commits replaces the three separate maps
used to keep track of per-event data in favor
of a single map which maps events to a struct with
three fields

Add first go at compatibility graph construction

This commit introduces the first (albeit incomplete)
implementation of the function which will convert
a configuration into a comptability graph which can
be iterated over with k-cliques

Add first steps towards an implementation of ex(C)

Add CompatibilityGraph and CompatibilityGraphNode

Two important classes were added as part of the
process to support UDPOR. The classes added will be
used to maintain compatibility between "strands" of
the event structure for determining maximal sets of
events

[ci skip] add lstdc++ to bigdft flags as well

bigdft - attempt at fixing build error with new C++ file in futile

Allow to control the problem size from the cmd line, and reduce the instance in MC

The previous instance size resulted in a timeout now that the DPOR
reduction is less efficient (because it's less buggy)

Revalidate a tesh file (result of a merge error)

Use bool for booleans

Kill a now useless field

Merge branch 'master' into 'master'

Fixes on DPOR algorithm for MC SimGrid and sleep sets addition

See merge request simgrid/simgrid!128

Also detect the disk failures

Further simplify the way host failures are detected

Do as it's done in links and communications: when the resource is
turned off, simply mark the actions it hosts as FAILED.

That's much simpler than the convoluted existing code, which relied on
the Host::on_state_change signal. Each activity pushed a callback to
check whether it was its host which failed. Gosh, so convoluted...

The current change is not completely applied to CpuTI model, which
seems to have another way to mark the actions as failing. So I
override CpuTI::turn_off() to not mark the actions as failing to avoid
a segfault. It's a bit lame, but CpuTI is too different, I feel lazy.

Simplify the way Execs detect host failures

Have the ExecImpl install the callback instead of having the s4u::Exec
do so, and then set an internal field of ExecImpl.

Revert "Include the output of this test in the tesh file, because it's linked from the doc now"

This reverts commit 0c5a9c80339933853647914ea9f716ef4fc8413c.

The output does not seem to be portable :(

Bummer :(

Clear timeout detectors on finish().

Fixes transient errors seen with s4u-dht-chord-parallel tests.

Fill cmdline_ for each instance of EngimeImpl.

Even if there is only one instance!
Fixes a memory leak occurring when sg_config_init() exits early.

Update sonar-project.properties [ci-skip]

Two more random hints to contributors (and reindent the existing ones)

Add some Noteworthy tests to the Contributor's doc

When the chaos monkey is invoked with nothing to do, it tells a usage message and kills everything

Include the output of this test in the tesh file, because it's linked from the doc now

Allow to specify the parameters on the command line, when the test is not run from its favorite directory

Merge branch 'udpor-phase2' into 'master'

Phase 2 of UDPOR Integration: Add topological sorting of events in a configuration

See merge request simgrid/simgrid!133

Merge branch 'master' of https://framagit.org/simgrid/simgrid

fix the done marking of multiple times taken transitions

Add complicated topological sort test

The test added ensures that for each element
in the sequence of events in the topological
sorting:

1. no event in the history of event `i` appears
in the list of events before event `i` (i.e.
events 0, ..., `i - 1`) in the case of the reverse
graph

2. every event in the history of event `i` (except
`e` itself) appears in the list of events before
`i` (i.e. events 0, ..., `i - 1`) in the case of
the event structure ordering

Add first unit tests for topological sorting

A few unit tests were added to support topological
sorting of events in a configuration. In the future,
a more robust test will be added which ensures that each
newly-discovered event in the reverse order has never
been discovered before

Add topological sort of configuration events

Topological sorting is an important first step
in determining which groups of events in a
configuration need to be tested together when
looking at all possible subsets of maximal events
of a configuration. The idea is that you first
build a compatability graph (soon to come) whose
elements represent "chains" of the event structure
that are mutually exslcusive and whose edges
describe which chains are mutually compatible
with one another. Then, you look for all possible
cliques within the graph to determine all possible
configurations of these chains. Each of the
major components of this process will be added in
subsequent commits

Document more changes, and update the Release Notes

Add a comment on why we need such a callback

Merge ActivityImpl::post() and ::finish()

Do not clean twice in Activity::post(), so that even test() can call it

uniformization: call post that calls finish

Revert "Get ready for more versions of ns3"

This reverts commit 1b8e178fc3f8b3339d25692dfb552f79d349f671.

Also, adds a small comment to avoid this trap in the future.

Sanitize the handling of timeouts in CommImpl, ExecImpl and IoImpl

There is no need for a timeout detector in ExecImpl and IoImpl, as
wait_for injects a Synchro to that extend on need.

Use a uniq_ptr on the CommImpl timeout detectors, so that the memory
is managed automatically. As it used to be for ExecImpl.

This kills the last occurrence of surf in the code. For real this time.

Fix distcheck.

Prefer ActivityImpl::post() to ::finish() that should die

Get ready for more versions of ns3

Comment out unused private fields (fix compilation error).

Merge branch 'simgrid-udpor-integration' into 'master'

Phase 1 of Integration of UDPOR: Adding UDPOR Constructs

See merge request simgrid/simgrid!132

Useless casts to (void*).

Comment is not relevant anymore.

[ci-skip]

Use type aid_t for an actor's PID.

More Sonar issues.

Use normal strings instead of f-strings (Sonar).

Use C++17's std::scoped_lock where appropriate.

Stick to C++14's std::lock_guard in public headers.

Don't access variable ouside of the critical section.

TSan warned about a data race there.
Also use a std::scoped_lock to handle the mutexi (Sonar).

Various cleanups.

Includes:
* prefer simpler overload for channel send/receive
* use direct-initialization for variables
* rename variable and avoid it to be shadowed later
* remove unnecessary casts

transitions in the same actor are dependent

Partially revert 2ad536e710c5936ff8e525e4bbb5e7046f292aac (Simplify the library initialization) to fix a memleak

Implement the semaphore functions in sthread

Merge branch 'master' of https://framagit.org/simgrid/simgrid

fix a few test with dpor

Add tests for adding events to configurations

Add preliminary tests for Configuration

protect the dict initialization against multithreading

Implement adding events to configurations

When adding an event to a configuration, we
assert that the configuration actually contains
all of the dependencies of that event within it;
otherwise, we would violate the property that a
configuration contains all of its dependencies.

Note that we do not assert whether or not the
configuration is actually conflict-free: we leave
that to the correctness of UDPOR and other tests which
will assert UDPOR is doing the right thing. But having
this assertion will certainly help catch bugs with the
UDPOR implementation more quickly (termination would
happen at the moment that the algorithm encounters
a spot where it chose an event incorrectly).

Add extensive tests for checking valid configurations

An example event structure was given and all
possible subsets of its events were tested for
completeness. Each subset was tested for whether
it was a maximal subset of events (i.e. one for
which no element causes any of the others) and
for whether the set of events qualified for being
a configuration.

An additional observation was made concerning the determination of
whether or not a set of events is maximal. To compute
the maximal events of a given set of events, it suffices
to search the entire history of the events and eliminate
events from the original set as they appear. Note that only
events in the set itself can ever be maximal, as all other
events discovered in the search must have come from one
of these event's dependencies, or one of their dependencies'
dependencies, and so on.

Cosmetics

- Rename xbt_main.cpp -> xbt_misc.cpp to reflect its content
- Stick to our naming schema (Engine::pimpl -> Engine::pimpl_)
- Don't say the loop iterator is const to then const_cast it
- Kill the leftover xbt::binary_name and xbt::cmdline local vars

logs: protect finalization against multiple calls

Let the xbt_log module register its finalizer itself

And kill an internal header file that is now empty

Add method to check if an EventSet is a config

A method was added that determines whether or not
some set of events (i.e. an `EventSet`) are actually
a valid configuration or not. The question of choosing
valid configurations is up to UDPOR, so while enforcing
that each and every event added to a configuration
be checked to ensure that the configuration remains
as such, it is not strictly necessary. However, it
will help us identify bugs with configurations if
and when they arise.

The key idea behind checking whether a set of events
forms a configuration is to again leverage the power
of History. If while searching through the history
of a set of events you stumble upon an event that is
not part of the original group, then you know that
said group cannot be a configuration since at least
one of the member's dependencies are not part of the
group.

Kill simgrid::xbt::cmdline and simgrid::xbt::binary_name

Simplify the library initialization + deprecate 2 XBT functions

Work toward making EngineImpl::initialize() the only entry point of
the library initialization. It's now impossible to initialize xbt
separately of EngineImpl.

It should help reducing the mess in that code, which results from the
many ways of initializing the library. simgrid-mc, unit-tests, smpi
and others each have their own way of initializing everything,
resulting in a spagetthi and fragile code. It's a bit of a waste to
initialize an EngineImpl even when you don't want to actually run a
simulation, but easier code is always better.

This commit also includes another one because I git amended locally by
error, sorry for the mess. The other commit was about the deprecation
of xbt_procname and xbt_getpid that were xbt functions relying on S4U.

Remove a useless lib constructor (simpler is better)

Initialize the dict module on need, w/o relying on lib constructors