Logo AND Algorithmique Numérique Distribuée

Public GIT Repository
Move item in the right section.
[simgrid.git] / doc / doxygen / options.doc
1 /*! \page options Configure SimGrid
2
3 \htmlonly
4 <div align="center">
5 \endhtmlonly
6 \htmlinclude graphical-toc.svg
7 \htmlonly
8 </div>
9 <script>
10 document.getElementById("Config").style="opacity:0.93999999;fill:#ff0000;fill-opacity:0.1;stroke:#000000;stroke-width:0.35277778;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:round;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-dashoffset:0;stroke-opacity:1";
11 </script>
12 \endhtmlonly
13
14 A number of options can be given at runtime to change the default
15 SimGrid behavior. For a complete list of all configuration options
16 accepted by the SimGrid version used in your simulator, simply pass
17 the --help configuration flag to your program. If some of the options
18 are not documented on this page, this is a bug that you should please
19 report so that we can fix it. Note that some of the options presented
20 here may not be available in your simulators, depending on the
21 @ref install_src_config "compile-time options" that you used.
22
23 \tableofcontents
24
25 \section options_using Passing configuration options to the simulators
26
27 There is several way to pass configuration options to the simulators.
28 The most common way is to use the \c --cfg command line argument. For
29 example, to set the item \c Item to the value \c Value, simply
30 type the following: \verbatim
31 my_simulator --cfg=Item:Value (other arguments)
32 \endverbatim
33
34 Several \c `--cfg` command line arguments can naturally be used. If you
35 need to include spaces in the argument, don't forget to quote the
36 argument. You can even escape the included quotes (write \' for ' if
37 you have your argument between ').
38
39 Another solution is to use the \c \<config\> tag in the platform file. The
40 only restriction is that this tag must occure before the first
41 platform element (be it \c \<AS\>, \c \<cluster\>, \c \<peer\> or whatever).
42 The \c \<config\> tag takes an \c id attribute, but it is currently
43 ignored so you don't really need to pass it. The important par is that
44 within that tag, you can pass one or several \c \<prop\> tags to specify
45 the configuration to use. For example, setting \c Item to \c Value
46 can be done by adding the following to the beginning of your platform
47 file:
48 \verbatim
49 <config>
50   <prop id="Item" value="Value"/>
51 </config>
52 \endverbatim
53
54 A last solution is to pass your configuration directly using the C
55 interface. If you happen to use the MSG interface, this is very easy
56 with the simgrid::s4u::Engine::setConfig() or MSG_config() functions. If you do not use MSG, that's a bit
57 more complex, as you have to mess with the internal configuration set
58 directly as follows. Check the \ref XBT_config "relevant page" for
59 details on all the functions you can use in this context, \c
60 _sg_cfg_set being the only configuration set currently used in
61 SimGrid.
62
63 @code
64 #include <xbt/config.h>
65
66 int main(int argc, char *argv[]) {
67      SD_init(&argc, argv);
68
69      /* Prefer MSG_config() if you use MSG!! */
70      xbt_cfg_set_parse("Item:Value");
71
72      // Rest of your code
73 }
74 @endcode
75
76 \section options_index Index of all existing configuration options
77
78 \note
79   The full list can be retrieved by passing "--help" and
80      "--help-cfg" to an executable that uses SimGrid.
81
82 - \c clean-atexit: \ref options_generic_clean_atexit
83
84 - \c contexts/factory: \ref options_virt_factory
85 - \c contexts/guard-size: \ref options_virt_guard_size
86 - \c contexts/nthreads: \ref options_virt_parallel
87 - \c contexts/parallel-threshold: \ref options_virt_parallel
88 - \c contexts/stack-size: \ref options_virt_stacksize
89 - \c contexts/synchro: \ref options_virt_parallel
90
91 - \c cpu/maxmin-selective-update: \ref options_model_optim
92 - \c cpu/model: \ref options_model_select
93 - \c cpu/optim: \ref options_model_optim
94
95 - \c exception/cutpath: \ref options_exception_cutpath
96
97 - \c host/model: \ref options_model_select
98
99 - \c maxmin/precision: \ref options_model_precision
100 - \c maxmin/concurrency-limit: \ref options_concurrency_limit
101
102 - \c msg/debug-multiple-use: \ref options_msg_debug_multiple_use
103
104 - \c model-check: \ref options_modelchecking
105 - \c model-check/checkpoint: \ref options_modelchecking_steps
106 - \c model-check/communications-determinism: \ref options_modelchecking_comm_determinism
107 - \c model-check/dot-output: \ref options_modelchecking_dot_output
108 - \c model-check/hash: \ref options_modelchecking_hash
109 - \c model-check/property: \ref options_modelchecking_liveness
110 - \c model-check/max-depth: \ref options_modelchecking_max_depth
111 - \c model-check/record: \ref options_modelchecking_recordreplay
112 - \c model-check/reduction: \ref options_modelchecking_reduction
113 - \c model-check/replay: \ref options_modelchecking_recordreplay
114 - \c model-check/send-determinism: \ref options_modelchecking_comm_determinism
115 - \c model-check/sparse-checkpoint: \ref options_modelchecking_sparse_checkpoint
116 - \c model-check/termination: \ref options_modelchecking_termination
117 - \c model-check/timeout: \ref options_modelchecking_timeout
118 - \c model-check/visited: \ref options_modelchecking_visited
119
120 - \c network/bandwidth-factor: \ref options_model_network_coefs
121 - \c network/crosstraffic: \ref options_model_network_crosstraffic
122 - \c network/latency-factor: \ref options_model_network_coefs
123 - \c network/maxmin-selective-update: \ref options_model_optim
124 - \c network/model: \ref options_model_select
125 - \c network/optim: \ref options_model_optim
126 - \c network/TCP-gamma: \ref options_model_network_gamma
127 - \c network/weight-S: \ref options_model_network_coefs
128
129 - \c ns3/TcpModel: \ref options_pls
130 - \c path: \ref options_generic_path
131 - \c plugin: \ref options_generic_plugin
132
133 - \c simix/breakpoint: \ref options_generic_breakpoint
134
135 - \c storage/max_file_descriptors: \ref option_model_storage_maxfd
136
137 - \c surf/precision: \ref options_model_precision
138
139 - \c <b>For collective operations of SMPI, please refer to Section \ref options_index_smpi_coll</b>
140 - \c smpi/async-small-thresh: \ref options_model_network_asyncsend
141 - \c smpi/bw-factor: \ref options_model_smpi_bw_factor
142 - \c smpi/coll-selector: \ref options_model_smpi_collectives
143 - \c smpi/comp-adjustment-file: \ref options_model_smpi_adj_file
144 - \c smpi/cpu-threshold: \ref options_smpi_bench
145 - \c smpi/display-timing: \ref options_smpi_timing
146 - \c smpi/grow-injected-times: \ref options_model_smpi_test
147 - \c smpi/host-speed: \ref options_smpi_bench
148 - \c smpi/IB-penalty-factors: \ref options_model_network_coefs
149 - \c smpi/iprobe: \ref options_model_smpi_iprobe
150 - \c smpi/iprobe-cpu-usage: \ref options_model_smpi_iprobe_cpu_usage
151 - \c smpi/init: \ref options_model_smpi_init
152 - \c smpi/keep-temps: \ref options_smpi_temps
153 - \c smpi/lat-factor: \ref options_model_smpi_lat_factor
154 - \c smpi/ois: \ref options_model_smpi_ois
155 - \c smpi/or: \ref options_model_smpi_or
156 - \c smpi/os: \ref options_model_smpi_os
157 - \c smpi/papi-events: \ref options_smpi_papi_events
158 - \c smpi/privatization: \ref options_smpi_privatization
159 - \c smpi/send-is-detached-thresh: \ref options_model_smpi_detached
160 - \c smpi/shared-malloc: \ref options_model_smpi_shared_malloc
161 - \c smpi/shared-malloc-hugepage: \ref options_model_smpi_shared_malloc
162 - \c smpi/simulate-computation: \ref options_smpi_bench
163 - \c smpi/test: \ref options_model_smpi_test
164 - \c smpi/wtime: \ref options_model_smpi_wtime
165
166 - \c <b>Tracing configuration options can be found in Section \ref tracing_tracing_options</b>.
167
168 - \c storage/model: \ref options_storage_model
169 - \c verbose-exit: \ref options_generic_exit
170
171 - \c vm/model: \ref options_vm_model
172
173 \subsection options_index_smpi_coll Index of SMPI collective algorithms options
174
175 TODO: All available collective algorithms will be made available via the ``smpirun --help-coll`` command.
176
177 \section options_model Configuring the platform models
178
179 \anchor options_storage_model
180 \anchor options_vm_model
181 \subsection options_model_select Selecting the platform models
182
183 SimGrid comes with several network, CPU and storage models built in, and you
184 can change the used model at runtime by changing the passed
185 configuration. The three main configuration items are given below.
186 For each of these items, passing the special \c help value gives
187 you a short description of all possible values. Also, \c --help-models
188 should provide information about all models for all existing resources.
189    - \b network/model: specify the used network model
190    - \b cpu/model: specify the used CPU model
191    - \b host/model: specify the used host model
192    - \b storage/model: specify the used storage model (there is currently only one such model - this option is hence only useful for future releases)
193    - \b vm/model: specify the model for virtual machines (there is currently only one such model - this option is hence only useful for future releases)
194
195 As of writing, the following network models are accepted. Over
196 the time new models can be added, and some experimental models can be
197 removed; check the values on your simulators for an uptodate
198 information. Note that the CM02 model is described in the research report
199 <a href="ftp://ftp.ens-lyon.fr/pub/LIP/Rapports/RR/RR2002/RR2002-40.ps.gz">A
200 Network Model for Simulation of Grid Application</a> while LV08 is
201 described in
202 <a href="http://mescal.imag.fr/membres/arnaud.legrand/articles/simutools09.pdf">Accuracy Study and Improvement of Network Simulation in the SimGrid Framework</a>.
203
204   - \b LV08 (default one): Realistic network analytic model
205     (slow-start modeled by multiplying latency by 13.01, bandwidth by
206     .97; bottleneck sharing uses a payload of S=20537 for evaluating RTT)
207   - \anchor options_model_select_network_constant \b Constant: Simplistic network model where all communication
208     take a constant time (one second). This model provides the lowest
209     realism, but is (marginally) faster.
210   - \b SMPI: Realistic network model specifically tailored for HPC
211     settings (accurate modeling of slow start with correction factors on
212     three intervals: < 1KiB, < 64 KiB, >= 64 KiB). See also \ref
213     options_model_network_coefs "this section" for more info.
214   - \b IB: Realistic network model specifically tailored for HPC
215     settings with InfiniBand networks (accurate modeling contention
216     behavior, based on the model explained in
217     http://mescal.imag.fr/membres/jean-marc.vincent/index.html/PhD/Vienne.pdf).
218     See also \ref options_model_network_coefs "this section" for more info.
219   - \b CM02: Legacy network analytic model (Very similar to LV08, but
220     without corrective factors. The timings of small messages are thus
221     poorly modeled)
222   - \b Reno: Model from Steven H. Low using lagrange_solve instead of
223     lmm_solve (experts only; check the code for more info).
224   - \b Reno2: Model from Steven H. Low using lagrange_solve instead of
225     lmm_solve (experts only; check the code for more info).
226   - \b Vegas: Model from Steven H. Low using lagrange_solve instead of
227     lmm_solve (experts only; check the code for more info).
228
229 If you compiled SimGrid accordingly, you can use packet-level network
230 simulators as network models (see \ref pls_ns3). In that case, you have
231 two extra models, described below, and some 
232 \ref options_pls "specific additional configuration flags".
233   - \b NS3: Network pseudo-model using the NS3 tcp model
234
235 Concerning the CPU, we have only one model for now:
236   - \b Cas01: Simplistic CPU model (time=size/power)
237
238 The host concept is the aggregation of a CPU with a network
239 card. Three models exists, but actually, only 2 of them are
240 interesting. The "compound" one is simply due to the way our internal
241 code is organized, and can easily be ignored. So at the end, you have
242 two host models: The default one allows to aggregate an
243 existing CPU model with an existing network model, but does not allow
244 parallel tasks because these beasts need some collaboration between
245 the network and CPU model. That is why, ptask_07 is used by default
246 when using SimDag.
247   - \b default: Default host model. Currently, CPU:Cas01 and
248     network:LV08 (with cross traffic enabled)
249   - \b compound: Host model that is automatically chosen if
250     you change the network and CPU models
251   - \b ptask_L07: Host model somehow similar to Cas01+CM02 but
252     allowing "parallel tasks", that are intended to model the moldable
253     tasks of the grid scheduling literature.
254
255 \subsection options_generic_plugin Plugins
256
257 SimGrid plugins allow to extend the framework without changing its
258 source code directly. Read the source code of the existing plugins to
259 learn how to do so (in ``src/plugins``), and ask your questions to the
260 usual channels (Stack Overflow, Mailing list, IRC). The basic idea is
261 that plugins usually register callbacks to some signals of interest.
262 If they need to store some information about a given object (Link, CPU
263 or Actor), they do so through the use of a dedicated object extension.
264
265 Some of the existing plugins can be activated from the command line,
266 meaning that you can activate them from the command line without any
267 modification to your simulation code. For example, you can activate
268 the host energy plugin by adding the following to your command line:
269
270 \verbatim
271     --cfg=plugin:host_energy
272 \endverbatim
273
274 Here is the full list of plugins that can be activated this way:
275
276  - \b host_energy: keeps track of the energy dissipated by
277    computations. More details in @ref plugin_energy.
278  - \b link_energy: keeps track of the energy dissipated by
279    communications. More details in @ref SURF_plugin_energy.
280  - \b host_load: keeps track of the computational load. 
281    More details in @ref plugin_load.
282
283 \subsection options_model_optim Optimization level of the platform models
284
285 The network and CPU models that are based on lmm_solve (that
286 is, all our analytical models) accept specific optimization
287 configurations.
288   - items \b network/optim and \b cpu/optim (both default to 'Lazy'):
289     - \b Lazy: Lazy action management (partial invalidation in lmm +
290       heap in action remaining).
291     - \b TI: Trace integration. Highly optimized mode when using
292       availability traces (only available for the Cas01 CPU model for
293       now).
294     - \b Full: Full update of remaining and variables. Slow but may be
295       useful when debugging.
296   - items \b network/maxmin-selective-update and
297     \b cpu/maxmin-selective-update: configure whether the underlying
298     should be lazily updated or not. It should have no impact on the
299     computed timings, but should speed up the computation.
300
301 It is still possible to disable the \c maxmin-selective-update feature
302 because it can reveal counter-productive in very specific scenarios
303 where the interaction level is high. In particular, if all your
304 communication share a given backbone link, you should disable it:
305 without \c maxmin-selective-update, every communications are updated
306 at each step through a simple loop over them. With that feature
307 enabled, every communications will still get updated in this case
308 (because of the dependency induced by the backbone), but through a
309 complicated pattern aiming at following the actual dependencies.
310
311 \subsection options_model_precision Numerical precision of the platform models
312
313 The analytical models handle a lot of floating point values. It is
314 possible to change the epsilon used to update and compare them through
315 the \b maxmin/precision item (default value: 0.00001). Changing it
316 may speedup the simulation by discarding very small actions, at the
317 price of a reduced numerical precision.
318
319 \subsection options_concurrency_limit Concurrency limit
320
321 The maximum number of variables per resource can be tuned through
322 the \b maxmin/concurrency-limit item. The default value is -1, meaning that
323 there is no such limitation. You can have as many simultaneous actions per
324 resources as you want. If your simulation presents a very high level of
325 concurrency, it may help to use e.g. 100 as a value here. It means that at
326 most 100 actions can consume a resource at a given time. The extraneous actions
327 are queued and wait until the amount of concurrency of the considered resource
328 lowers under the given boundary.
329
330 Such limitations help both to the simulation speed and simulation accuracy
331 on highly constrained scenarios, but the simulation speed suffers of this
332 setting on regular (less constrained) scenarios so it is off by default.
333
334 \subsection options_model_network Configuring the Network model
335
336 \subsubsection options_model_network_gamma Maximal TCP window size
337
338 The analytical models need to know the maximal TCP window size to take
339 the TCP congestion mechanism into account. This is set to 4194304 by
340 default, but can be changed using the \b network/TCP-gamma item.
341
342 On linux, this value can be retrieved using the following
343 commands. Both give a set of values, and you should use the last one,
344 which is the maximal size.\verbatim
345 cat /proc/sys/net/ipv4/tcp_rmem # gives the sender window
346 cat /proc/sys/net/ipv4/tcp_wmem # gives the receiver window
347 \endverbatim
348
349 \subsubsection options_model_network_coefs Correcting important network parameters
350
351 SimGrid can take network irregularities such as a slow startup or
352 changing behavior depending on the message size into account.
353 You should not change these values unless you really know what you're doing.
354
355 The corresponding values were computed through data fitting one the
356 timings of packet-level simulators.
357
358 See
359 <a href="http://mescal.imag.fr/membres/arnaud.legrand/articles/simutools09.pdf">Accuracy Study and Improvement of Network Simulation in the SimGrid Framework</a>
360 for more information about these parameters.
361
362 If you are using the SMPI model, these correction coefficients are
363 themselves corrected by constant values depending on the size of the
364 exchange. Again, only hardcore experts should bother about this fact.
365
366 InfiniBand network behavior can be modeled through 3 parameters, as explained in
367 <a href="http://mescal.imag.fr/membres/jean-marc.vincent/index.html/PhD/Vienne.pdf">this PhD thesis</a>.
368 These factors can be changed through the following option:
369
370 \verbatim
371 smpi/IB-penalty-factors:"βe;βs;γs"
372 \endverbatim
373
374 By default SMPI uses factors computed on the Stampede Supercomputer at TACC, with optimal
375 deployment of processes on nodes.
376
377 \subsubsection options_model_network_crosstraffic Simulating cross-traffic
378
379 As of SimGrid v3.7, cross-traffic effects can be taken into account in
380 analytical simulations. It means that ongoing and incoming
381 communication flows are treated independently. In addition, the LV08
382 model adds 0.05 of usage on the opposite direction for each new
383 created flow. This can be useful to simulate some important TCP
384 phenomena such as ack compression.
385
386 For that to work, your platform must have two links for each
387 pair of interconnected hosts. An example of usable platform is
388 available in <tt>examples/platforms/crosstraffic.xml</tt>.
389
390 This is activated through the \b network/crosstraffic item, that
391 can be set to 0 (disable this feature) or 1 (enable it).
392
393 Note that with the default host model this option is activated by default.
394
395 \subsubsection options_model_network_asyncsend Simulating asyncronous send
396
397 (this configuration item is experimental and may change or disapear)
398
399 It is possible to specify that messages below a certain size will be sent
400 as soon as the call to MPI_Send is issued, without waiting for the
401 correspondant receive. This threshold can be configured through the
402 \b smpi/async-small-thresh item. The default value is 0. This behavior can also be
403 manually set for MSG mailboxes, by setting the receiving mode of the mailbox
404 with a call to \ref MSG_mailbox_set_async . For MSG, all messages sent to this
405 mailbox will have this behavior, so consider using two mailboxes if needed.
406
407 This value needs to be smaller than or equals to the threshold set at
408 \ref options_model_smpi_detached , because asynchronous messages are
409 meant to be detached as well.
410
411 \subsubsection options_pls Configuring packet-level pseudo-models
412
413 When using the packet-level pseudo-models, several specific
414 configuration flags are provided to configure the associated tools.
415 There is by far not enough such SimGrid flags to cover every aspects
416 of the associated tools, since we only added the items that we
417 needed ourselves. Feel free to request more items (or even better:
418 provide patches adding more items).
419
420 When using NS3, the only existing item is \b ns3/TcpModel,
421 corresponding to the ns3::TcpL4Protocol::SocketType configuration item
422 in NS3. The only valid values (enforced on the SimGrid side) are
423 'NewReno' or 'Reno' or 'Tahoe'.
424
425 \subsection options_model_storage Configuring the Storage model
426
427 \subsubsection option_model_storage_maxfd Maximum amount of file descriptors per host
428
429 Each host maintains a fixed-size array of its file descriptors. You
430 can change its size (1024 by default) through the \b
431 storage/max_file_descriptors item to either enlarge it if your
432 application requires it or to reduce it to save memory space.
433
434 \section options_modelchecking Configuring the Model-Checking
435
436 To enable the SimGrid model-checking support the program should
437 be executed using the simgrid-mc wrapper:
438 \verbatim
439 simgrid-mc ./my_program
440 \endverbatim
441
442 Safety properties are expressed as assertions using the function
443 \verbatim
444 void MC_assert(int prop);
445 \endverbatim
446
447 \subsection options_modelchecking_liveness Specifying a liveness property
448
449 If you want to specify liveness properties (beware, that's
450 experimental), you have to pass them on the command line, specifying
451 the name of the file containing the property, as formatted by the
452 ltl2ba program.
453
454 \verbatim
455 --cfg=model-check/property:<filename>
456 \endverbatim
457
458 \subsection options_modelchecking_steps Going for stateful verification
459
460 By default, the system is backtracked to its initial state to explore
461 another path instead of backtracking to the exact step before the fork
462 that we want to explore (this is called stateless verification). This
463 is done this way because saving intermediate states can rapidly
464 exhaust the available memory. If you want, you can change the value of
465 the <tt>model-check/checkpoint</tt> variable. For example, the
466 following configuration will ask to take a checkpoint every step.
467 Beware, this will certainly explode your memory. Larger values are
468 probably better, make sure to experiment a bit to find the right
469 setting for your specific system.
470
471 \verbatim
472 --cfg=model-check/checkpoint:1
473 \endverbatim
474
475 \subsection options_modelchecking_reduction Specifying the kind of reduction
476
477 The main issue when using the model-checking is the state space
478 explosion. To counter that problem, several exploration reduction
479 techniques can be used. There is unfortunately no silver bullet here,
480 and the most efficient reduction techniques cannot be applied to any
481 properties. In particular, the DPOR method cannot be applied on
482 liveness properties since it may break some cycles in the exploration
483 that are important to the property validity.
484
485 \verbatim
486 --cfg=model-check/reduction:<technique>
487 \endverbatim
488
489 For now, this configuration variable can take 2 values:
490  * none: Do not apply any kind of reduction (mandatory for now for
491    liveness properties)
492  * dpor: Apply Dynamic Partial Ordering Reduction. Only valid if you
493    verify local safety properties (default value for safety checks).
494
495 \subsection options_modelchecking_visited model-check/visited, Cycle detection
496
497 In order to detect cycles, the model-checker needs to check if a new explored
498 state is in fact the same state than a previous one. For that,
499 the model-checker can take a snapshot of each visited state: this snapshot is
500 then used to compare it with subsequent states in the exploration graph.
501
502 The \b model-check/visited option is the maximum number of states which are stored in
503 memory. If the maximum number of snapshotted state is reached, some states will
504 be removed from the memory and some cycles might be missed. Small
505 values can lead to incorrect verifications, but large value can
506 exhaust your memory, so choose carefully.
507
508 By default, no state is snapshotted and cycles cannot be detected.
509
510 \subsection options_modelchecking_termination model-check/termination, Non termination detection
511
512 The \b model-check/termination configuration item can be used to report if a
513 non-termination execution path has been found. This is a path with a cycle
514 which means that the program might never terminate.
515
516 This only works in safety mode.
517
518 This options is disabled by default.
519
520 \subsection options_modelchecking_dot_output model-check/dot-output, Dot output
521
522 If set, the \b model-check/dot-output configuration item is the name of a file
523 in which to write a dot file of the path leading the found property (safety or
524 liveness violation) as well as the cycle for liveness properties. This dot file
525 can then fed to the graphviz dot tool to generate an corresponding graphical
526 representation.
527
528 \subsection options_modelchecking_max_depth model-check/max-depth, Depth limit
529
530 The \b model-checker/max-depth can set the maximum depth of the exploration
531 graph of the model-checker. If this limit is reached, a logging message is
532 sent and the results might not be exact.
533
534 By default, there is not depth limit.
535
536 \subsection options_modelchecking_timeout Handling of timeout
537
538 By default, the model-checker does not handle timeout conditions: the `wait`
539 operations never time out. With the \b model-check/timeout configuration item
540 set to \b yes, the model-checker will explore timeouts of `wait` operations.
541
542 \subsection options_modelchecking_comm_determinism Communication determinism
543
544 The \b model-check/communications-determinism and
545 \b model-check/send-determinism items can be used to select the communication
546 determinism mode of the model-checker which checks determinism properties of
547 the communications of an application.
548
549 \subsection options_modelchecking_sparse_checkpoint Per page checkpoints
550
551 When the model-checker is configured to take a snapshot of each explored state
552 (with the \b model-checker/visited item), the memory consumption can rapidly
553 reach GiB ou Tib of memory. However, for many workloads, the memory does not
554 change much between different snapshots and taking a complete copy of each
555 snapshot is a waste of memory.
556
557 The \b model-check/sparse-checkpoint option item can be set to \b yes in order
558 to avoid making a complete copy of each snapshot: instead, each snapshot will be
559 decomposed in blocks which will be stored separately.
560 If multiple snapshots share the same block (or if the same block
561 is used in the same snapshot), the same copy of the block will be shared leading
562 to a reduction of the memory footprint.
563
564 For many applications, this option considerably reduces the memory consumption.
565 In somes cases, the model-checker might be slightly slower because of the time
566 taken to manage the metadata about the blocks. In other cases however, this
567 snapshotting strategy will be much faster by reducing the cache consumption.
568 When the memory consumption is important, by avoiding to hit the swap or
569 reducing the swap usage, this option might be much faster than the basic
570 snapshotting strategy.
571
572 This option is currently disabled by default.
573
574 \subsection options_mc_perf Performance considerations for the model checker
575
576 The size of the stacks can have a huge impact on the memory
577 consumption when using model-checking. By default, each snapshot will
578 save a copy of the whole stacks and not only of the part which is
579 really meaningful: you should expect the contribution of the memory
580 consumption of the snapshots to be \f$ \mbox{number of processes}
581 \times \mbox{stack size} \times \mbox{number of states} \f$.
582
583 The \b model-check/sparse-checkpoint can be used to reduce the memory
584 consumption by trying to share memory between the different snapshots.
585
586 When compiled against the model checker, the stacks are not
587 protected with guards: if the stack size is too small for your
588 application, the stack will silently overflow on other parts of the
589 memory (see \ref options_virt_guard_size).
590
591 \subsection options_modelchecking_hash Hashing of the state (experimental)
592
593 Usually most of the time of the model-checker is spent comparing states. This
594 process is complicated and consumes a lot of bandwidth and cache.
595 In order to speedup the state comparison, the experimental \b model-checker/hash
596 configuration item enables the computation of a hash summarizing as much
597 information of the state as possible into a single value. This hash can be used
598 to avoid most of the comparisons: the costly comparison is then only used when
599 the hashes are identical.
600
601 Currently most of the state is not included in the hash because the
602 implementation was found to be buggy and this options is not as useful as
603 it could be. For this reason, it is currently disabled by default.
604
605 \subsection options_modelchecking_recordreplay Record/replay (experimental)
606
607 As the model-checker keeps jumping at different places in the execution graph,
608 it is difficult to understand what happens when trying to debug an application
609 under the model-checker. Event the output of the program is difficult to
610 interpret. Moreover, the model-checker does not behave nicely with advanced
611 debugging tools such as valgrind. For those reason, to identify a trajectory
612 in the execution graph with the model-checker and replay this trajcetory and
613 without the model-checker black-magic but with more standard tools
614 (such as a debugger, valgrind, etc.). For this reason, Simgrid implements an
615 experimental record/replay functionnality in order to record a trajectory with
616 the model-checker and replay it without the model-checker.
617
618 When the model-checker finds an interesting path in the application execution
619 graph (where a safety or liveness property is violated), it can generate an
620 identifier for this path. In order to enable this behavious the
621 \b model-check/record must be set to \b yes. By default, this behaviour is not
622 enabled.
623
624 This is an example of output:
625
626 <pre>
627 [  0.000000] (0:@) Check a safety property
628 [  0.000000] (0:@) **************************
629 [  0.000000] (0:@) *** PROPERTY NOT VALID ***
630 [  0.000000] (0:@) **************************
631 [  0.000000] (0:@) Counter-example execution trace:
632 [  0.000000] (0:@) Path = 1/3;1/4
633 [  0.000000] (0:@) [(1)Tremblay (app)] MC_RANDOM(3)
634 [  0.000000] (0:@) [(1)Tremblay (app)] MC_RANDOM(4)
635 [  0.000000] (0:@) Expanded states = 27
636 [  0.000000] (0:@) Visited states = 68
637 [  0.000000] (0:@) Executed transitions = 46
638 </pre>
639
640 This path can then be replayed outside of the model-checker (and even in
641 non-MC build of simgrid) by setting the \b model-check/replay item to the given
642 path. The other options should be the same (but the model-checker should
643 be disabled).
644
645 The format and meaning of the path may change between different releases so
646 the same release of Simgrid should be used for the record phase and the replay
647 phase.
648
649 \section options_virt Configuring the User Process Virtualization
650
651 \subsection options_virt_factory Selecting the virtualization factory
652
653 In SimGrid, the user code is virtualized in a specific mechanism
654 that allows the simulation kernel to control its execution: when a user
655 process requires a blocking action (such as sending a message), it is
656 interrupted, and only gets released when the simulated clock reaches
657 the point where the blocking operation is done. This is explained
658 graphically in the [relevant tutorial, available online](http://simgrid.gforge.inria.fr/tutorials/simgrid-simix-101.pdf).
659
660 In SimGrid, the containers in which user processes are virtualized are
661 called contexts. Several context factory are provided, and you can
662 select the one you want to use with the \b contexts/factory
663 configuration item. Some of the following may not exist on your
664 machine because of portability issues. In any case, the default one
665 should be the most effcient one (please report bugs if the
666 auto-detection fails for you). They are approximately sorted here from
667 the slowest to the most efficient:
668
669  - \b thread: very slow factory using full featured threads (either
670    pthreads or windows native threads). They are slow but very
671    standard. Some debuggers or profilers only work with this factory.
672  - \b java: Java applications are virtualized onto java threads (that
673    are regular pthreads registered to the JVM)
674  - \b ucontext: fast factory using System V contexts (Linux and FreeBSD only)
675  - \b boost: This uses the [context implementation](http://www.boost.org/doc/libs/1_59_0/libs/context/doc/html/index.html)
676    of the boost library for a performance that is comparable to our
677    raw implementation.\n Install the relevant library (e.g. with the
678    libboost-contexts-dev package on Debian/Ubuntu) and recompile
679    SimGrid. Note that our implementation is not compatible with recent
680    implementations of the library, and it will be hard to fix this since
681    the library's author decided to hide an API that we were using.
682  - \b raw: amazingly fast factory using a context switching mechanism
683    of our own, directly implemented in assembly (only available for x86
684    and amd64 platforms for now) and without any unneeded system call.
685
686 The main reason to change this setting is when the debugging tools get
687 fooled by the optimized context factories. Threads are the most
688 debugging-friendly contextes, as they allow to set breakpoints
689 anywhere with gdb and visualize backtraces for all processes, in order
690 to debug concurrency issues. Valgrind is also more comfortable with
691 threads, but it should be usable with all factories (but the callgrind
692 tool that really don't like raw and ucontext factories).
693
694 \subsection options_virt_stacksize Adapting the used stack size
695
696 Each virtualized used process is executed using a specific system
697 stack. The size of this stack has a huge impact on the simulation
698 scalability, but its default value is rather large. This is because
699 the error messages that you get when the stack size is too small are
700 rather disturbing: this leads to stack overflow (overwriting other
701 stacks), leading to segfaults with corrupted stack traces.
702
703 If you want to push the scalability limits of your code, you might
704 want to reduce the \b contexts/stack-size item. Its default value
705 is 8192 (in KiB), while our Chord simulation works with stacks as small
706 as 16 KiB, for example. For the thread factory, the default value
707 is the one of the system but you can still change it with this parameter.
708
709 The operating system should only allocate memory for the pages of the
710 stack which are actually used and you might not need to use this in
711 most cases. However, this setting is very important when using the
712 model checker (see \ref options_mc_perf).
713
714 \subsection options_virt_guard_size Disabling stack guard pages
715
716 A stack guard page is usually used which prevents the stack of a given
717 actor from overflowing on another stack. But the performance impact
718 may become prohibitive when the amount of actors increases.  The
719 option \b contexts:guard-size is the number of stack guard pages used.
720 By setting it to 0, no guard pages will be used: in this case, you
721 should avoid using small stacks (\b stack-size) as the stack will
722 silently overflow on other parts of the memory.
723
724 When no stack guard page is created, stacks may then silently overflow
725 on other parts of the memory if their size is too small for the
726 application. This happens:
727
728 - on Windows systems;
729 - when the model checker is enabled;
730 - and of course when guard pages are explicitely disabled (with \b contexts:guard-size=0).
731
732 \subsection options_virt_parallel Running user code in parallel
733
734 Parallel execution of the user code is only considered stable in
735 SimGrid v3.7 and higher, and mostly for MSG simulations. SMPI
736 simulations may well fail in parallel mode. It is described in
737 <a href="http://hal.inria.fr/inria-00602216/">INRIA RR-7653</a>.
738
739 If you are using the \c ucontext or \c raw context factories, you can
740 request to execute the user code in parallel. Several threads are
741 launched, each of them handling as much user contexts at each run. To
742 actiave this, set the \b contexts/nthreads item to the amount of
743 cores that you have in your computer (or lower than 1 to have
744 the amount of cores auto-detected).
745
746 Even if you asked several worker threads using the previous option,
747 you can request to start the parallel execution (and pay the
748 associated synchronization costs) only if the potential parallelism is
749 large enough. For that, set the \b contexts/parallel-threshold
750 item to the minimal amount of user contexts needed to start the
751 parallel execution. In any given simulation round, if that amount is
752 not reached, the contexts will be run sequentially directly by the
753 main thread (thus saving the synchronization costs). Note that this
754 option is mainly useful when the grain of the user code is very fine,
755 because our synchronization is now very efficient.
756
757 When parallel execution is activated, you can choose the
758 synchronization schema used with the \b contexts/synchro item,
759 which value is either:
760  - \b futex: ultra optimized synchronisation schema, based on futexes
761    (fast user-mode mutexes), and thus only available on Linux systems.
762    This is the default mode when available.
763  - \b posix: slow but portable synchronisation using only POSIX
764    primitives.
765  - \b busy_wait: not really a synchronisation: the worker threads
766    constantly request new contexts to execute. It should be the most
767    efficient synchronisation schema, but it loads all the cores of your
768    machine for no good reason. You probably prefer the other less
769    eager schemas.
770
771 \section options_tracing Configuring the tracing subsystem
772
773 The \ref outcomes_vizu "tracing subsystem" can be configured in several
774 different ways depending on the nature of the simulator (MSG, SimDag,
775 SMPI) and the kind of traces that need to be obtained. See the \ref
776 tracing_tracing_options "Tracing Configuration Options subsection" to
777 get a detailed description of each configuration option.
778
779 We detail here a simple way to get the traces working for you, even if
780 you never used the tracing API.
781
782
783 - Any SimGrid-based simulator (MSG, SimDag, SMPI, ...) and raw traces:
784 \verbatim
785 --cfg=tracing:yes --cfg=tracing/uncategorized:yes --cfg=triva/uncategorized:uncat.plist
786 \endverbatim
787     The first parameter activates the tracing subsystem, the second
788     tells it to trace host and link utilization (without any
789     categorization) and the third creates a graph configuration file
790     to configure Triva when analysing the resulting trace file.
791
792 - MSG or SimDag-based simulator and categorized traces (you need to declare categories and classify your tasks according to them)
793 \verbatim
794 --cfg=tracing:yes --cfg=tracing/categorized:yes --cfg=triva/categorized:cat.plist
795 \endverbatim
796     The first parameter activates the tracing subsystem, the second
797     tells it to trace host and link categorized utilization and the
798     third creates a graph configuration file to configure Triva when
799     analysing the resulting trace file.
800
801 - SMPI simulator and traces for a space/time view:
802 \verbatim
803 smpirun -trace ...
804 \endverbatim
805     The <i>-trace</i> parameter for the smpirun script runs the
806 simulation with --cfg=tracing:yes and --cfg=tracing/smpi:yes. Check the
807 smpirun's <i>-help</i> parameter for additional tracing options.
808
809 Sometimes you might want to put additional information on the trace to
810 correctly identify them later, or to provide data that can be used to
811 reproduce an experiment. You have two ways to do that:
812
813 - Add a string on top of the trace file as comment:
814 \verbatim
815 --cfg=tracing/comment:my_simulation_identifier
816 \endverbatim
817
818 - Add the contents of a textual file on top of the trace file as comment:
819 \verbatim
820 --cfg=tracing/comment-file:my_file_with_additional_information.txt
821 \endverbatim
822
823 Please, use these two parameters (for comments) to make reproducible
824 simulations. For additional details about this and all tracing
825 options, check See the \ref tracing_tracing_options.
826
827 \section options_msg Configuring MSG
828
829 \subsection options_msg_debug_multiple_use Debugging MSG
830
831 Sometimes your application may try to send a task that is still being
832 executed somewhere else, making it impossible to send this task. However,
833 for debugging purposes, one may want to know what the other host is/was
834 doing. This option shows a backtrace of the other process.
835
836 Enable this option by adding
837
838 \verbatim
839 --cfg=msg/debug-multiple-use:on
840 \endverbatim
841
842 \section options_smpi Configuring SMPI
843
844 The SMPI interface provides several specific configuration items.
845 These are uneasy to see since the code is usually launched through the
846 \c smiprun script directly.
847
848 \subsection options_smpi_bench smpi/bench: Automatic benchmarking of SMPI code
849
850 In SMPI, the sequential code is automatically benchmarked, and these
851 computations are automatically reported to the simulator. That is to
852 say that if you have a large computation between a \c MPI_Recv() and a
853 \c MPI_Send(), SMPI will automatically benchmark the duration of this
854 code, and create an execution task within the simulator to take this
855 into account. For that, the actual duration is measured on the host
856 machine and then scaled to the power of the corresponding simulated
857 machine. The variable \b smpi/host-speed allows to specify the
858 computational speed of the host machine (in flop/s) to use when
859 scaling the execution times. It defaults to 20000, but you really want
860 to update it to get accurate simulation results.
861
862 When the code is constituted of numerous consecutive MPI calls, the
863 previous mechanism feeds the simulation kernel with numerous tiny
864 computations. The \b smpi/cpu-threshold item becomes handy when this
865 impacts badly the simulation performance. It specifies a threshold (in
866 seconds) below which the execution chunks are not reported to the
867 simulation kernel (default value: 1e-6).
868
869 \note
870     The option smpi/cpu-threshold ignores any computation time spent
871     below this threshold. SMPI does not consider the \a amount of these
872     computations; there is no offset for this. Hence, by using a
873     value that is too low, you may end up with unreliable simulation
874     results.
875
876 In some cases, however, one may wish to disable simulation of
877 application computation. This is the case when SMPI is used not to
878 simulate an MPI applications, but instead an MPI code that performs
879 "live replay" of another MPI app (e.g., ScalaTrace's replay tool,
880 various on-line simulators that run an app at scale). In this case the
881 computation of the replay/simulation logic should not be simulated by
882 SMPI. Instead, the replay tool or on-line simulator will issue
883 "computation events", which correspond to the actual MPI simulation
884 being replayed/simulated. At the moment, these computation events can
885 be simulated using SMPI by calling internal smpi_execute*() functions.
886
887 To disable the benchmarking/simulation of computation in the simulated
888 application, the variable \b smpi/simulate-computation should be set to no.
889
890 \note
891     This option just ignores the timings in your simulation; it still executes
892     the computations itself. If you want to stop SMPI from doing that,
893     you should check the SMPI_SAMPLE macros, documented in the section
894     \ref SMPI_adapting_speed.
895
896 Solution                           | Computations actually executed? | Computations simulated ?
897 ---------------------------------- | ------------------------------- | ------------------------
898 --cfg=smpi/simulate-computation:no | Yes                             | No, never
899 --cfg=smpi/cpu-threshold:42        | Yes, in all cases               | Only if it lasts more than 42 seconds
900 SMPI_SAMPLE() macro                | Only once per loop nest (see @ref SMPI_adapting_speed "documentation") | Always
901
902 \subsection options_model_smpi_adj_file smpi/comp-adjustment-file: Slow-down or speed-up parts of your code.
903
904 This option allows you to pass a file that contains two columns: The first column
905 defines the section that will be subject to a speedup; the second column is the speedup.
906
907 For instance:
908
909 \verbatim
910 "start:stop","ratio"
911 "exchange_1.f:30:exchange_1.f:130",1.18244559422142
912 \endverbatim
913
914 The first line is the header - you must include it.
915 The following line means that the code between two consecutive MPI calls on
916 line 30 in exchange_1.f and line 130 in exchange_1.f should receive a speedup
917 of 1.18244559422142. The value for the second column is therefore a speedup, if it is
918 larger than 1 and a slow-down if it is smaller than 1. Nothing will be changed if it is
919 equal to 1.
920
921 Of course, you can set any arbitrary filenames you want (so the start and end don't have to be
922 in the same file), but be aware that this mechanism only supports @em consecutive calls!
923
924 \note
925     Please note that you must pass the \b -trace-call-location flag to smpicc
926     or smpiff, respectively! This flag activates some macro definitions in our
927     mpi.h / mpi.f files that help with obtaining the call location.
928
929 \subsection options_model_smpi_bw_factor smpi/bw-factor: Bandwidth factors
930
931 The possible throughput of network links is often dependent on the
932 message sizes, as protocols may adapt to different message sizes. With
933 this option, a series of message sizes and factors are given, helping
934 the simulation to be more realistic. For instance, the current
935 default value is
936
937 \verbatim
938 65472:0.940694;15424:0.697866;9376:0.58729;5776:1.08739;3484:0.77493;1426:0.608902;732:0.341987;257:0.338112;0:0.812084
939 \endverbatim
940
941 So, messages with size 65472 and more will get a total of MAX_BANDWIDTH*0.940694,
942 messages of size 15424 to 65471 will get MAX_BANDWIDTH*0.697866 and so on.
943 Here, MAX_BANDWIDTH denotes the bandwidth of the link.
944
945 \note
946     The SimGrid-Team has developed a script to help you determine these
947     values. You can find more information and the download here:
948     1. http://simgrid.gforge.inria.fr/contrib/smpi-calibration-doc.html
949     2. http://simgrid.gforge.inria.fr/contrib/smpi-saturation-doc.html
950
951 \subsection options_smpi_timing smpi/display-timing: Reporting simulation time
952
953 \b Default: 0 (false)
954
955 Most of the time, you run MPI code with SMPI to compute the time it
956 would take to run it on a platform. But since the
957 code is run through the \c smpirun script, you don't have any control
958 on the launcher code, making it difficult to report the simulated time
959 when the simulation ends. If you set the \b smpi/display-timing item
960 to 1, \c smpirun will display this information when the simulation ends. \verbatim
961 Simulation time: 1e3 seconds.
962 \endverbatim
963
964 \subsection options_smpi_temps smpi/keep-temps: not cleaning up after simulation
965
966 \b Default: 0 (false)
967
968 Under some conditions, SMPI generates a lot of temporary files.  They
969 usually get cleaned, but you may use this option to not erase these
970 files. This is for example useful when debugging or profiling
971 executions using the dlopen privatization schema, as missing binary
972 files tend to fool the debuggers.
973
974 \subsection options_model_smpi_lat_factor smpi/lat-factor: Latency factors
975
976 The motivation and syntax for this option is identical to the motivation/syntax
977 of smpi/bw-factor, see \ref options_model_smpi_bw_factor for details.
978
979 There is an important difference, though: While smpi/bw-factor \a reduces the
980 actual bandwidth (i.e., values between 0 and 1 are valid), latency factors
981 increase the latency, i.e., values larger than or equal to 1 are valid here.
982
983 This is the default value:
984
985 \verbatim
986 65472:11.6436;15424:3.48845;9376:2.59299;5776:2.18796;3484:1.88101;1426:1.61075;732:1.9503;257:1.95341;0:2.01467
987 \endverbatim
988
989 \note
990     The SimGrid-Team has developed a script to help you determine these
991     values. You can find more information and the download here:
992     1. http://simgrid.gforge.inria.fr/contrib/smpi-calibration-doc.html
993     2. http://simgrid.gforge.inria.fr/contrib/smpi-saturation-doc.html
994
995 \subsection options_smpi_papi_events smpi/papi-events: Trace hardware counters with PAPI
996
997 \warning 
998     This option is experimental and will be subject to change.
999     This feature currently requires superuser privileges, as registers are queried.
1000     Only use this feature with code you trust! Call smpirun for instance via
1001         smpirun -wrapper "sudo " <your-parameters>
1002     or run sudo sh -c "echo 0 > /proc/sys/kernel/perf_event_paranoid"
1003     In the later case, sudo will not be required.
1004
1005 \note
1006     This option is only available when SimGrid was compiled with PAPI support.
1007
1008 This option takes the names of PAPI counters and adds their respective values
1009 to the trace files. (See Section \ref tracing_tracing_options.)
1010
1011 It is planned to make this feature available on a per-process (or per-thread?) basis.
1012 The first draft, however, just implements a "global" (i.e., for all processes) set
1013 of counters, the "default" set.
1014
1015 \verbatim
1016 --cfg=smpi/papi-events:"default:PAPI_L3_LDM:PAPI_L2_LDM"
1017 \endverbatim
1018
1019 \subsection options_smpi_privatization smpi/privatization: Automatic privatization of global variables
1020
1021 MPI executables are usually meant to be executed in separated
1022 processes, but SMPI is executed in only one process. Global variables
1023 from executables will be placed in the same memory zone and shared
1024 between processes, causing intricate bugs.  Several options are
1025 possible to avoid this, as described in the main
1026 <a href="https://hal.inria.fr/hal-01415484">SMPI publication</a> and in
1027 the @ref SMPI_what_globals "SMPI documentation". SimGrid provides two
1028 ways of automatically privatizing the globals, and this option allows
1029 to choose between them.
1030
1031   - <b>no</b> (default when not using smpirun): Do not automatically privatize variables.
1032     Pass \c -no-privatize to smpirun to disable this feature.
1033   - <b>dlopen</b> or <b>yes</b> (default when using smpirun): Link multiple times against the binary.
1034   - <b>mmap</b> (slower, but maybe somewhat more stable):
1035     Runtime automatic switching of the data segments.
1036
1037 \warning
1038   This configuration option cannot be set in your platform file. You can only
1039   pass it as an argument to smpirun.
1040
1041 \subsection options_model_smpi_detached Simulating MPI detached send
1042
1043 This threshold specifies the size in bytes under which the send will return
1044 immediately. This is different from the threshold detailed in  \ref options_model_network_asyncsend
1045 because the message is not effectively sent when the send is posted. SMPI still waits for the
1046 correspondant receive to be posted to perform the communication operation. This threshold can be set
1047 by changing the \b smpi/send-is-detached-thresh item. The default value is 65536.
1048
1049 \subsection options_model_smpi_collectives Simulating MPI collective algorithms
1050
1051 SMPI implements more than 100 different algorithms for MPI collective communication, to accurately
1052 simulate the behavior of most of the existing MPI libraries. The \b smpi/coll-selector item can be used
1053  to use the decision logic of either OpenMPI or MPICH libraries (values: ompi or mpich, by default SMPI
1054 uses naive version of collective operations). Each collective operation can be manually selected with a
1055 \b smpi/collective_name:algo_name. Available algorithms are listed in \ref SMPI_use_colls .
1056
1057 \subsection options_model_smpi_iprobe smpi/iprobe: Inject constant times for calls to MPI_Iprobe
1058
1059 \b Default value: 0.0001
1060
1061 The behavior and motivation for this configuration option is identical with \a smpi/test, see
1062 Section \ref options_model_smpi_test for details.
1063
1064 \subsection options_model_smpi_iprobe_cpu_usage smpi/iprobe-cpu-usage: Reduce speed for iprobe calls
1065
1066 \b Default value: 1 (no change from default behavior)
1067
1068 MPI_Iprobe calls can be heavily used in applications. To account correctly for the energy
1069 cores spend probing, it is necessary to reduce the load that these calls cause inside
1070 SimGrid.
1071
1072 For instance, we measured a max power consumption of 220 W for a particular application but 
1073 only 180 W while this application was probing. Hence, the correct factor that should
1074 be passed to this option would be 180/220 = 0.81.
1075
1076 \subsection options_model_smpi_init smpi/init: Inject constant times for calls to MPI_Init
1077
1078 \b Default value: 0
1079
1080 The behavior for this configuration option is identical with \a smpi/test, see
1081 Section \ref options_model_smpi_test for details.
1082
1083 \subsection options_model_smpi_ois smpi/ois: Inject constant times for asynchronous send operations
1084
1085 This configuration option works exactly as \a smpi/os, see Section \ref options_model_smpi_os.
1086 Of course, \a smpi/ois is used to account for MPI_Isend instead of MPI_Send.
1087
1088 \subsection options_model_smpi_os smpi/os: Inject constant times for send operations
1089
1090 In several network models such as LogP, send (MPI_Send, MPI_Isend) and receive (MPI_Recv)
1091 operations incur costs (i.e., they consume CPU time). SMPI can factor these costs in as well, but the
1092 user has to configure SMPI accordingly as these values may vary by machine.
1093 This can be done by using smpi/os for MPI_Send operations; for MPI_Isend and
1094 MPI_Recv, use \a smpi/ois and \a smpi/or, respectively. These work exactly as
1095 \a smpi/ois.
1096
1097 \a smpi/os can consist of multiple sections; each section takes three values, for example:
1098
1099 \verbatim
1100     1:3:2;10:5:1
1101 \endverbatim
1102
1103 Here, the sections are divided by ";" (that is, this example contains two sections).
1104 Furthermore, each section consists of three values.
1105
1106 1. The first value denotes the minimum size for this section to take effect;
1107    read it as "if message size is greater than this value (and other section has a larger
1108    first value that is also smaller than the message size), use this".
1109    In the first section above, this value is "1".
1110
1111 2. The second value is the startup time; this is a constant value that will always
1112    be charged, no matter what the size of the message. In the first section above,
1113    this value is "3".
1114
1115 3. The third value is the \a per-byte cost. That is, it is charged for every
1116    byte of the message (incurring cost messageSize*cost_per_byte)
1117    and hence accounts also for larger messages. In the first
1118    section of the example above, this value is "2".
1119
1120 Now, SMPI always checks which section it should take for a given message; that is,
1121 if a message of size 11 is sent with the configuration of the example above, only
1122 the second section will be used, not the first, as the first value of the second
1123 section is closer to the message size. Hence, a message of size 11 incurs the
1124 following cost inside MPI_Send:
1125
1126 \verbatim
1127     5+11*1
1128 \endverbatim
1129
1130 As 5 is the startup cost and 1 is the cost per byte.
1131
1132 \note
1133     The order of sections can be arbitrary; they will be ordered internally.
1134
1135 \subsection options_model_smpi_or smpi/or: Inject constant times for receive operations
1136
1137 This configuration option works exactly as \a smpi/os, see Section \ref options_model_smpi_os.
1138 Of course, \a smpi/or is used to account for MPI_Recv instead of MPI_Send.
1139
1140 \subsection options_model_smpi_test smpi/test: Inject constant times for calls to MPI_Test
1141
1142 \b Default value: 0.0001
1143
1144 By setting this option, you can control the amount of time a process sleeps
1145 when MPI_Test() is called; this is important, because SimGrid normally only
1146 advances the time while communication is happening and thus,
1147 MPI_Test will not add to the time, resulting in a deadlock if used as a
1148 break-condition.
1149
1150 Here is an example:
1151
1152 \code{.unparsed}
1153     while(!flag) {
1154         MPI_Test(request, flag, status);
1155         ...
1156     }
1157 \endcode
1158
1159 \note
1160     Internally, in order to speed up execution, we use a counter to keep track
1161     on how often we already checked if the handle is now valid or not. Hence, we
1162     actually use counter*SLEEP_TIME, that is, the time MPI_Test() causes the process
1163     to sleep increases linearly with the number of previously failed tests. This 
1164     behavior can be disabled by setting smpi/grow-injected-times to no. This will
1165     also disable this behavior for MPI_Iprobe.
1166
1167
1168 \subsection options_model_smpi_shared_malloc smpi/shared-malloc: Factorize malloc()s
1169
1170 \b Default: global
1171
1172 If your simulation consumes too much memory, you may want to modify
1173 your code so that the working areas are shared by all MPI ranks. For
1174 example, in a bloc-cyclic matrix multiplication, you will only
1175 allocate one set of blocs, and every processes will share them.
1176 Naturally, this will lead to very wrong results, but this will save a
1177 lot of memory so this is still desirable for some studies. For more on
1178 the motivation for that feature, please refer to the 
1179 <a href="https://simgrid.github.io/SMPI_CourseWare/topic_understanding_performance/matrixmultiplication/">relevant
1180 section</a> of the SMPI CourseWare (see Activity #2.2 of the pointed
1181 assignment). In practice, change the call to malloc() and free() into
1182 SMPI_SHARED_MALLOC() and SMPI_SHARED_FREE().
1183
1184 SMPI provides 2 algorithms for this feature. The first one, called \c
1185 local, allocates one bloc per call to SMPI_SHARED_MALLOC() in your
1186 code (each call location gets its own bloc) and this bloc is shared
1187 amongst all MPI ranks.  This is implemented with the shm_* functions
1188 to create a new POSIX shared memory object (kept in RAM, in /dev/shm)
1189 for each shared bloc.
1190
1191 With the \c global algorithm, each call to SMPI_SHARED_MALLOC()
1192 returns a new adress, but it only points to a shadow bloc: its memory
1193 area is mapped on a 1MiB file on disk. If the returned bloc is of size
1194 N MiB, then the same file is mapped N times to cover the whole bloc. 
1195 At the end, no matter how many SMPI_SHARED_MALLOC you do, this will
1196 only consume 1 MiB in memory. 
1197
1198 You can disable this behavior and come back to regular mallocs (for
1199 example for debugging purposes) using \c "no" as a value.
1200
1201 If you want to keep private some parts of the buffer, for instance if these
1202 parts are used by the application logic and should not be corrupted, you
1203 can use SMPI_PARTIAL_SHARED_MALLOC(size, offsets, offsets_count).
1204
1205 As an example,
1206
1207 \code{.C}
1208     mem = SMPI_PARTIAL_SHARED_MALLOC(500, {27,42 , 100,200}, 2);
1209 \endcode
1210
1211 will allocate 500 bytes to mem, such that mem[27..41] and mem[100..199]
1212 are shared and other area remain private.
1213
1214 Then, it can be deallocated by calling SMPI_SHARED_FREE(mem).
1215
1216 When smpi/shared-malloc:global is used, the memory consumption problem
1217 is solved, but it may induce too much load on the kernel's pages table. 
1218 In this case, you should use huge pages so that we create only one
1219 entry per Mb of malloced data instead of one entry per 4k.
1220 To activate this, you must mount a hugetlbfs on your system and allocate
1221 at least one huge page:
1222
1223 \code{.sh}
1224     mkdir /home/huge
1225     sudo mount none /home/huge -t hugetlbfs -o rw,mode=0777
1226     sudo sh -c 'echo 1 > /proc/sys/vm/nr_hugepages' # echo more if you need more
1227 \endcode
1228
1229 Then, you can pass the option --cfg=smpi/shared-malloc-hugepage:/home/huge
1230 to smpirun to actually activate the huge page support in shared mallocs.
1231
1232 \subsection options_model_smpi_wtime smpi/wtime: Inject constant times for calls to MPI_Wtime
1233
1234 \b Default value: 0
1235
1236 By setting this option, you can control the amount of time a process sleeps
1237 when MPI_Wtime() is called; this is important, because SimGrid normally only
1238 advances the time while communication is happening and thus,
1239 MPI_Wtime will not add to the time, resulting in a deadlock if used as a
1240 break-condition.
1241
1242 Here is an example:
1243
1244 \code{.unparsed}
1245     while(MPI_Wtime() < some_time_bound) {
1246         ...
1247     }
1248 \endcode
1249
1250 If the time is never advanced, this loop will clearly never end as MPI_Wtime()
1251 always returns the same value. Hence, pass a (small) value to the smpi/wtime
1252 option to force a call to MPI_Wtime to advance the time as well.
1253
1254
1255 \section options_generic Configuring other aspects of SimGrid
1256
1257 \subsection options_generic_clean_atexit Cleanup before termination
1258
1259 The C / C++ standard contains a function called \b [atexit](http://www.cplusplus.com/reference/cstdlib/atexit/).
1260 atexit registers callbacks, which are called just before the program terminates.
1261
1262 By setting the configuration option clean-atexit to 1 (true), a callback
1263 is registered and will clean up some variables and terminate/cleanup the tracing.
1264
1265 TODO: Add when this should be used.
1266
1267 \subsection options_generic_path Profile files' search path
1268
1269 It is possible to specify a list of directories to search into for the
1270 trace files (see @ref pf_trace) by using the \b path configuration
1271 item. To add several directory to the path, set the configuration
1272 item several times, as in \verbatim
1273 --cfg=path:toto --cfg=path:tutu
1274 \endverbatim
1275
1276 \subsection options_generic_breakpoint Set a breakpoint
1277
1278 \verbatim
1279 --cfg=simix/breakpoint:3.1416
1280 \endverbatim
1281
1282 This configuration option sets a breakpoint: when the simulated clock reaches
1283 the given time, a SIGTRAP is raised.  This can be used to stop the execution and
1284 get a backtrace with a debugger.
1285
1286 It is also possible to set the breakpoint from inside the debugger, by writing
1287 in global variable simgrid::simix::breakpoint. For example, with gdb:
1288
1289 \verbatim
1290 set variable simgrid::simix::breakpoint = 3.1416
1291 \endverbatim
1292
1293 \subsection options_generic_exit Behavior on Ctrl-C
1294
1295 By default, when Ctrl-C is pressed, the status of all existing
1296 simulated processes is displayed before exiting the simulation. This is very useful to debug your
1297 code, but it can reveal troublesome in some cases (such as when the
1298 amount of processes becomes really big). This behavior is disabled
1299 when \b verbose-exit is set to 0 (it is to 1 by default).
1300
1301 \subsection options_exception_cutpath Truncate local path from exception backtrace
1302
1303 \verbatim
1304 --cfg=exception/cutpath:1
1305 \endverbatim
1306
1307 This configuration option is used to remove the path from the
1308 backtrace shown when an exception is thrown. This is mainly useful for
1309 the tests: the full file path makes the tests not reproducible, and
1310 thus failing as we are currently comparing output. Clearly, the path
1311 used on different machines are almost guaranteed to be different and
1312 hence, the output would mismatch, causing the test to fail.
1313
1314 \section options_log Logging Configuration
1315
1316 It can be done by using XBT. Go to \ref XBT_log for more details.
1317
1318 */