src/xbt/graph.c

   1 /*      $Id$     */
   2
   3 /* a generic graph library.                                                 */
   4
   5 /* Copyright (c) 2006 Darina Dimitrova, Arnaud Legrand.                     */
   6 /* All rights reserved.                                                     */
   7
   8 /* This program is free software; you can redistribute it and/or modify it
   9  * under the terms of the license (GNU LGPL) which comes with this package. */
  10
  11 #include <stdlib.h>
  12 #include "xbt/sysdep.h"
  13 #include "xbt/log.h"
  14 #include "xbt/graph.h"
  15 #include "graph_private.h"
  16 #include "xbt/graphxml_parse.h"
  17 #include "xbt/dict.h"
  18 #include "xbt/heap.h"
  19
  20
  21
  22
  23 XBT_LOG_NEW_DEFAULT_SUBCATEGORY(graph, xbt, "Graph");
  24
  25
  26
  27 /** Constructor
  28  * \return a new graph
  29  */
  30 xbt_graph_t xbt_graph_new_graph(unsigned short int directed, void *data)
  31 {
  32   xbt_graph_t graph = NULL;
  33   graph = xbt_new0(struct xbt_graph, 1);
  34   graph->directed = directed;
  35   graph->data = data;
  36   graph->nodes = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_node_t), NULL);
  37   graph->edges = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_edge_t), NULL);
  38
  39   return graph;
  40 }
  41
  42 xbt_node_t xbt_graph_new_node(xbt_graph_t g, void *data)
  43 {
  44   xbt_node_t node = NULL;
  45   node = xbt_new0(struct xbt_node, 1);
  46   node->data = data;
  47   node->in = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_edge_t), NULL);
  48   node->out = xbt_dynar_new(sizeof(xbt_edge_t), NULL);
  49   node->position_x = -1.0;
  50   node->position_y = -1.0;
  51
  52   xbt_dynar_push(g->nodes, &node);
  53
  54   return node;
  55 }
  56
  57
  58 xbt_edge_t xbt_graph_new_edge(xbt_graph_t g,
  59                               xbt_node_t src, xbt_node_t dst, void *data)
  60 {
  61   xbt_edge_t edge = NULL;
  62
  63
  64   edge = xbt_new0(struct xbt_edge, 1);
  65   xbt_dynar_push(src->out, &edge);
  66   if (g->directed)
  67     xbt_dynar_push(dst->in, &edge);
  68   else /* only the "out" field is used */
  69     xbt_dynar_push(dst->out, &edge);
  70
  71   edge->data = data;
  72   edge->src = src;
  73   edge->dst = dst;
  74   if (!g->directed)
  75     {
  76       xbt_dynar_push(src->in, &edge);
  77       xbt_dynar_push(dst->out, &edge);
  78     }
  79
  80
  81   xbt_dynar_push(g->edges, &edge);
  82
  83   return edge;
  84 }
  85
  86
  87 /** Destructor
  88  * \param l poor victim
  89  *
  90  * Free the graph structure.
  91  */
  92 void xbt_graph_free_graph(xbt_graph_t g,
  93                           void node_free_function(void *ptr),
  94                           void edge_free_function(void *ptr),
  95                           void graph_free_function(void *ptr))
  96 {
  97   int cursor = 0;
  98   xbt_node_t node = NULL;
  99   xbt_edge_t edge = NULL;
 100
 101
 102   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 103     {
 104       xbt_dynar_free(&(node->out));
 105       xbt_dynar_free(&(node->in));
 106       if(node_free_function)
 107         node_free_function(node->data);
 108     }
 109
 110   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge)
 111     {
 112       if(edge_free_function)
 113         edge_free_function(edge->data);
 114     }
 115
 116   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 117     free(node);
 118   xbt_dynar_free(&(g->nodes));
 119
 120   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge)
 121     free(edge);
 122   xbt_dynar_free(&(g->edges));
 123
 124   free(g);
 125
 126   return;
 127 }
 128
 129
 130
 131 void xbt_graph_free_node(xbt_graph_t g, xbt_node_t n,
 132                          void_f_pvoid_t * node_free_function,
 133                          void_f_pvoid_t * edge_free_function)
 134 {
 135   unsigned long nbr;
 136   int i;
 137   int cursor = 0;
 138   xbt_node_t node = NULL;
 139   xbt_edge_t edge = NULL;
 140
 141   nbr = xbt_dynar_length(g->edges);
 142   cursor=0;
 143   for (i = 0; i < nbr; i++)
 144     {
 145       xbt_dynar_cursor_get(g->edges, &cursor, &edge);
 146
 147       if ((edge->dst == n) || (edge->src == n))
 148         {
 149           xbt_graph_free_edge(g, edge, edge_free_function);
 150         }
 151       else xbt_dynar_cursor_step( g->edges, &cursor);
 152     }
 153
 154
 155  if ((node_free_function) && (n->data))
 156     node_free_function(n->data);
 157
 158   cursor = 0;
 159   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 160     {
 161       if (node == n)
 162         xbt_dynar_cursor_rm(g->nodes, &cursor);
 163
 164     }
 165
 166   return;
 167 }
 168
 169 void xbt_graph_free_edge(xbt_graph_t g, xbt_edge_t e,
 170                          void free_function(void *ptr))
 171 {
 172   int idx;
 173   int cursor = 0;
 174   xbt_edge_t edge = NULL;
 175
 176   if ((free_function) && (e->data))
 177     free_function(e->data);
 178
 179   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge)
 180     {
 181     if (edge == e)
 182       {
 183         if (g->directed) {
 184           idx = __xbt_find_in_dynar(edge->dst->in,edge);
 185           xbt_dynar_remove_at(edge->dst->in, idx,NULL);
 186         } else { /* only the out field is used */
 187           idx = __xbt_find_in_dynar(edge->dst->out,edge);
 188           xbt_dynar_remove_at(edge->dst->out, idx,NULL);
 189         }
 190
 191         idx = __xbt_find_in_dynar(edge->src->out,edge);
 192         xbt_dynar_remove_at(edge->src->out,idx,NULL);
 193
 194         xbt_dynar_cursor_rm(g->edges, &cursor);
 195         free(edge);
 196         break;
 197       }
 198     }
 199 }
 200
 201 int __xbt_find_in_dynar(xbt_dynar_t dynar, void *p)
 202 {
 203
 204   int cursor = 0;
 205   void *tmp=NULL;
 206
 207   xbt_dynar_foreach(dynar, cursor, tmp)
 208     {
 209       if (tmp == p)
 210         return cursor;
 211     }
 212   return -1;
 213 }
 214
 215 xbt_dynar_t xbt_graph_get_nodes(xbt_graph_t g)
 216 {
 217   return g->nodes;
 218 }
 219
 220 xbt_dynar_t xbt_graph_get_edges(xbt_graph_t g)
 221 {
 222   return g->edges;
 223 }
 224
 225 xbt_node_t xbt_graph_edge_get_source(xbt_edge_t e)
 226 {
 227
 228   return e->src;
 229 }
 230
 231 xbt_node_t xbt_graph_edge_get_target(xbt_edge_t e)
 232 {
 233   return e->dst;
 234 }
 235
 236
 237 void xbt_graph_edge_set_length(xbt_edge_t e, double length)
 238 {
 239   e->length = length;
 240
 241 }
 242
 243 double xbt_graph_edge_get_length(xbt_edge_t e)
 244 {
 245   return e->length;
 246 }
 247
 248
 249 /*construct the adjacency matrix corresponding to a graph,
 250   the weights are the distances between nodes
 251  */
 252 double *xbt_graph_get_length_matrix(xbt_graph_t g)
 253 {
 254   int cursor = 0;
 255   int in_cursor = 0;
 256   int  idx,i;
 257   unsigned long n;
 258   xbt_edge_t edge = NULL;
 259   xbt_node_t node=NULL;
 260   double *d = NULL;
 261
 262 # define D(u,v) d[(u)*n+(v)]
 263   n = xbt_dynar_length(g->nodes);
 264
 265   d = (double *) xbt_new0(double, n*n);
 266
 267   for (i = 0; i < n * n; i++)
 268     {
 269       d[i] = -1.0;
 270     }
 271
 272   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 273     {
 274       in_cursor = 0;
 275       D(cursor, cursor) = 0;
 276
 277       xbt_dynar_foreach(node->out, in_cursor, edge)
 278         {
 279           if (edge->dst==node)
 280             idx= __xbt_find_in_dynar(g->nodes, edge->src);
 281           else /*case of  undirected graphs*/
 282              idx = __xbt_find_in_dynar(g->nodes, edge->dst);
 283           D( cursor,idx) = edge->length;
 284         }
 285     }
 286
 287 # undef D
 288
 289   return d;
 290 }
 291
 292
 293 void xbt_floyd_algorithm(xbt_graph_t g, double *adj, double *d,
 294                          xbt_node_t * p)
 295 {
 296   int i, j, k;
 297   unsigned long n;
 298   n = xbt_dynar_length(g->nodes);
 299
 300 # define D(u,v) d[(u)*n+(v)]
 301 # define P(u,v) p[(u)*n+(v)]
 302
 303   for (i = 0; i < n * n; i++)
 304     {
 305       d[i] = adj[i];
 306     }
 307
 308
 309   for (i = 0; i < n; i++)
 310     {
 311       for (j = 0; j < n; j++)
 312         {
 313           if (D(i, j) != -1)
 314             {
 315               P(i,j) =*((xbt_node_t*) xbt_dynar_get_ptr(g->nodes, i));
 316             }
 317         }
 318     }
 319
 320   for (k = 0; k < n; k++)
 321     {
 322       for (i = 0; i < n; i++)
 323         {
 324           for (j = 0; j < n; j++)
 325             {
 326               if ((D(i, k) != -1) && (D(k, j) != -1))
 327                 {
 328                   if ((D(i, j) == -1) || (D(i, j) > D(i, k) + D(k, j)))
 329                     {
 330                       D(i, j) = D(i, k) + D(k, j);
 331                       P(i, j) = P(k, j);
 332                     }
 333                 }
 334             }
 335         }
 336     }
 337
 338
 339
 340 # undef P
 341 # undef D
 342 }
 343
 344 /*computes all-pairs shortest paths*/
 345 xbt_node_t *xbt_graph_shortest_paths(xbt_graph_t g)
 346 {
 347   xbt_node_t *p;
 348   xbt_node_t *r;
 349   int i, j, k;
 350   unsigned long n;
 351
 352   double *adj = NULL;
 353   double *d = NULL;
 354
 355 # define P(u,v) p[(u)*n+(v)]
 356 # define R(u,v) r[(u)*n+(v)]
 357
 358   n = xbt_dynar_length(g->nodes);
 359   adj = xbt_graph_get_length_matrix(g);
 360   d = xbt_new0(double,n*n);
 361   p = xbt_new0(xbt_node_t,n*n);
 362   r = xbt_new0(xbt_node_t,n*n);
 363
 364   xbt_floyd_algorithm(g, adj, d, p);
 365
 366   for (i = 0; i < n; i++)
 367     {
 368       for (j = 0; j < n; j++)
 369         {
 370           k = j;
 371
 372           while ((P(i, k)) && (__xbt_find_in_dynar(g->nodes, P(i, k)) != i))
 373             {
 374               k = __xbt_find_in_dynar(g->nodes, P(i, k));
 375             }
 376
 377           if (P(i, j))
 378             {
 379               R(i, j) = *((xbt_node_t*) xbt_dynar_get_ptr(g->nodes, k));
 380             }
 381         }
 382     }
 383 # undef R
 384 # undef P
 385
 386   free(d);
 387   free(p);
 388   free(adj);
 389   return r;
 390 }
 391
 392
 393 xbt_edge_t* xbt_graph_spanning_tree_prim(xbt_graph_t g)
 394 {
 395   int tree_size=0;
 396   int tree_size_max=xbt_dynar_length(g->nodes)-1;
 397   xbt_edge_t *tree = xbt_new0(xbt_edge_t,tree_size_max);
 398   xbt_edge_t e,edge;
 399   xbt_node_t node = NULL;
 400   xbt_dynar_t edge_list = NULL;
 401   xbt_heap_t heap = xbt_heap_new(10,NULL);
 402   int cursor;
 403
 404   xbt_assert0(!(g->directed),
 405               "Spanning trees do not make sense on directed graphs");
 406
 407   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 408     node->xbtdata = NULL;
 409   }
 410
 411   node = xbt_dynar_getfirst_as(g->nodes,xbt_node_t);
 412   node->xbtdata = (void*) 1;
 413   edge_list = node->out;
 414   xbt_dynar_foreach(edge_list, cursor, e)
 415     xbt_heap_push(heap,e, -(e->length));
 416
 417   while((edge=xbt_heap_pop(heap))) {
 418     if((edge->src->xbtdata) && (edge->dst->xbtdata)) continue;
 419     tree[tree_size++]=edge;
 420     if(!(edge->src->xbtdata)) {
 421       edge->src->xbtdata = (void*) 1;
 422       edge_list = edge->src->out;
 423       xbt_dynar_foreach(edge_list, cursor, e) {
 424         xbt_heap_push(heap,e, -(e->length));
 425       }
 426     } else {
 427       edge->dst->xbtdata = (void*) 1;
 428       edge_list = edge->dst->out;
 429       xbt_dynar_foreach(edge_list, cursor, e) {
 430         xbt_heap_push(heap,e, -(e->length));
 431       }
 432     }
 433     if(tree_size==tree_size_max) break;
 434   }
 435
 436   xbt_heap_free(heap);
 437
 438   return tree;
 439 }
 440
 441 xbt_node_t* xbt_graph_topo_sort(xbt_graph_t g)
 442 {
 443
 444   xbt_node_t* sorted;
 445   int cursor,idx;
 446   xbt_node_t node;
 447  unsigned long n;
 448
 449  n= xbt_dynar_length(g->nodes);
 450  idx=n-1;
 451
 452   sorted=xbt_malloc(n*sizeof(xbt_node_t));
 453   xbt_dynar_foreach(g->nodes,cursor , node)
 454     {
 455       node->xbtdata=xbt_new0(int,1);
 456     }
 457
 458   xbt_dynar_foreach(g->nodes,cursor , node)
 459     {
 460       xbt_graph_depth_visit(g,node,sorted,&idx);
 461     }
 462   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node)
 463    {
 464     node->xbtdata = NULL;
 465    }
 466   return sorted;
 467 }
 468
 469 void xbt_graph_depth_visit(xbt_graph_t g,xbt_node_t n,xbt_node_t* sorted,int* idx )
 470 {
 471   int cursor;
 472   xbt_edge_t edge;
 473
 474   if (*((int*)(n->xbtdata))==ALREADY_EXPLORED)
 475     return;
 476   else if (*((int*)(n->xbtdata))==CURRENTLY_EXPLORING)
 477     THROW0(0,0,"There is a cycle");
 478   else
 479     {
 480       *((int*)(n->xbtdata))=CURRENTLY_EXPLORING;
 481
 482       xbt_dynar_foreach(n->out,cursor, edge)
 483         {
 484           xbt_graph_depth_visit(g,edge->dst,sorted,idx);
 485         }
 486
 487       *((int*)(n->xbtdata))=ALREADY_EXPLORED;
 488       sorted[(*idx)--]=n;
 489     }
 490 }
 491
 492 /********************* Import and Export ******************/
 493 static xbt_graph_t parsed_graph = NULL;
 494 static xbt_dict_t parsed_nodes = NULL;
 495
 496 static void *(*__parse_node_label_and_data)(xbt_node_t, const char*, const char*) = NULL;
 497 static void *(*__parse_edge_label_and_data)(xbt_edge_t, const char*, const char*) = NULL;
 498
 499 static void __parse_graph_begin(void)
 500 {
 501   DEBUG0("<graph>");
 502   if(A_graphxml_graph_isDirected == A_graphxml_graph_isDirected_true)
 503     parsed_graph = xbt_graph_new_graph(1, NULL);
 504   else parsed_graph = xbt_graph_new_graph(0, NULL);
 505
 506   parsed_nodes = xbt_dict_new();
 507 }
 508
 509 static void __parse_graph_end(void)
 510 {
 511   xbt_dict_free(&parsed_nodes);
 512   DEBUG0("</graph>");
 513 }
 514
 515 static void __parse_node(void)
 516 {
 517   xbt_node_t node =
 518       xbt_graph_new_node(parsed_graph, NULL);
 519
 520   DEBUG1("<node name=\"%s\"/>", A_graphxml_node_name);
 521   if(__parse_node_label_and_data)
 522     node->data = __parse_node_label_and_data(node,A_graphxml_node_label,
 523                                              A_graphxml_node_data);
 524   xbt_graph_parse_get_double(&(node->position_x),A_graphxml_node_position_x);
 525   xbt_graph_parse_get_double(&(node->position_y),A_graphxml_node_position_y);
 526
 527   xbt_dict_set(parsed_nodes, A_graphxml_node_name, (void *) node, NULL);
 528 }
 529
 530 static void __parse_edge(void)
 531 {
 532   xbt_edge_t edge =
 533     xbt_graph_new_edge(parsed_graph,
 534                        xbt_dict_get(parsed_nodes,A_graphxml_edge_source),
 535                        xbt_dict_get(parsed_nodes,A_graphxml_edge_target),
 536                        NULL);
 537
 538   if(__parse_edge_label_and_data)
 539     edge->data = __parse_edge_label_and_data(edge,A_graphxml_edge_label,
 540                                              A_graphxml_edge_data);
 541
 542   xbt_graph_parse_get_double(&(edge->length),A_graphxml_edge_length);
 543
 544   DEBUG3("<edge  source=\"%s\" target=\"%s\" length=\"%f\"/>",
 545          (char *) (edge->src)->data,
 546          (char *) (edge->dst)->data,
 547          xbt_graph_edge_get_length(edge));
 548 }
 549
 550 xbt_graph_t xbt_graph_read(const char *filename,
 551                            void *(node_label_and_data)(xbt_node_t, const char*, const char*),
 552                            void *(edge_label_and_data)(xbt_edge_t, const char*, const char*))
 553 {
 554
 555   xbt_graph_t graph = NULL;
 556
 557   __parse_node_label_and_data = node_label_and_data;
 558   __parse_edge_label_and_data = edge_label_and_data;
 559
 560   xbt_graph_parse_reset_parser();
 561
 562   STag_graphxml_graph_fun = __parse_graph_begin;
 563   ETag_graphxml_graph_fun = __parse_graph_end;
 564   ETag_graphxml_node_fun = __parse_node;
 565   ETag_graphxml_edge_fun = __parse_edge;
 566
 567   xbt_graph_parse_open(filename);
 568   xbt_assert1((!xbt_graph_parse()), "Parse error in %s", filename);
 569   xbt_graph_parse_close();
 570
 571   graph = parsed_graph;
 572   parsed_graph = NULL;
 573
 574   return graph;
 575 }
 576
 577 void xbt_graph_export_graphviz(xbt_graph_t g, const char *filename,
 578                                const char *(node_name) (xbt_node_t),
 579                                const char *(edge_name) (xbt_edge_t))
 580 {
 581   int cursor = 0;
 582   xbt_node_t node = NULL;
 583   xbt_edge_t edge = NULL;
 584   FILE *file = NULL;
 585   const char *name=NULL;
 586
 587   file=fopen(filename,"w");
 588   xbt_assert1(file, "Failed to open %s \n",filename);
 589
 590   if(g->directed) fprintf(file,"digraph test {\n");
 591   else fprintf(file,"graph test {\n");
 592
 593   fprintf(file,"  graph [overlap=scale]\n");
 594
 595   fprintf(file,"  node [shape=box, style=filled]\n");
 596   fprintf(file,"  node [width=.3, height=.3, style=filled, color=skyblue]\n\n");
 597
 598   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 599     fprintf(file,"  \"%p\" ", node);
 600     if((node_name)&&((name=node_name(node)))) fprintf(file,"[label=\"%s\"]",name);
 601     fprintf(file,";\n");
 602   }
 603   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge) {
 604     if(g->directed)
 605       fprintf(file,"  \"%p\" -> \"%p\"",edge->src, edge->dst);
 606     else
 607       fprintf(file,"  \"%p\" -- \"%p\"",edge->src, edge->dst);
 608     if((edge_name)&&((name=edge_name(edge)))) fprintf(file,"[label=\"%s\"]",name);
 609     fprintf(file,";\n");
 610   }
 611   fprintf(file,"}\n");
 612   fclose(file);
 613 }
 614
 615 void xbt_graph_export_graphxml(xbt_graph_t g, const char *filename,
 616                                const char *(node_name)(xbt_node_t),
 617                                const char *(edge_name)(xbt_edge_t),
 618                                const char *(node_data_print)(void *),
 619                                const char *(edge_data_print)(void *))
 620 {
 621   int cursor = 0;
 622   xbt_node_t node = NULL;
 623   xbt_edge_t edge = NULL;
 624   FILE *file = NULL;
 625   const char *name = NULL;
 626
 627   file=fopen(filename,"w");
 628   xbt_assert1(file, "Failed to open %s \n",filename);
 629
 630   fprintf(file,"<?xml version='1.0'?>\n");
 631   fprintf(file,"<!DOCTYPE graph SYSTEM \"graphxml.dtd\">\n");
 632   if(g->directed) fprintf(file,"<graph isDirected=\"true\">\n");
 633   else fprintf(file,"<graph isDirected=\"false\">\n");
 634   xbt_dynar_foreach(g->nodes, cursor, node) {
 635     fprintf(file,"  <node name=\"%p\" ", node);
 636     if((node_name)&&((name=node_name(node)))) fprintf(file,"label=\"%s\" ",name);
 637     if((node_data_print)&&((name=node_data_print(node->data))))
 638       fprintf(file,"data=\"%s\" ",name);
 639     fprintf(file,">\n");
 640   }
 641   xbt_dynar_foreach(g->edges, cursor, edge) {
 642     fprintf(file,"  <edge source=\"%p\" target =\"%p\" ",
 643             edge->src, edge->dst );
 644     if((edge_name)&&((name=edge_name(edge)))) fprintf(file,"label=\"%s\" ",name);
 645     if(edge->length>=0.0) fprintf(file,"length=\"%g\" ",edge->length);
 646     if((edge_data_print)&&((name=edge_data_print(edge->data))))
 647       fprintf(file,"data=\"%s\" ",name);
 648     fprintf(file,">\n");
 649   }
 650   fprintf(file,"</graph>\n");
 651   fclose(file);
 652 }
 653