please clang14

Remote Exec should not survive to a host failure

[ci-skip] oops++

Initialize pointers with a known invalid (out-of-bound) value.

Factorize code, reindent, etc.

Prefer to use Mailbox::get_unique.

Cosmetics for sonar&co.

Improving doc and changelog

Pleases somewhat codefactor.io, lgtm, and pvs-studio.

Fix fedora:rawhide, actor name forgotten

Please sonar a little

Python: example CPU nonlinear

Python: an example with disks

modernize SIMIX_comm_set_copy_data_callback

Try to make linking succeed with mingw64 (appveyor).

Add some words about known problem with ns3 on Debian 11/Bullseye.

Fix memleak in teshsuite test

Potpourri of python bindings (disk, host, netzone)

Add several methods to python bindings.
Add a test mixing them.

Python: complex cluster example

Adds examples of fat-tree, dragonfly and torus cluster using python
bindinds.

New python bindings have been added.

Python network-nonlinear example

Implement network-nonlinear using python bindings.

Add bindings support for many methods (Link, NetZone, etc), hovewer not fully covered.

https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/77 is fixed

Update RTD sphinx theme version to v0.5.2

This is an attempt at https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/77

changelog update

SMPI - Allow the use of ISP tests without MC activated (for the ones without errors)

[ci-skip] sonar - oops

fix potential leak in replay, as a temporary buffer may be created and never freed.
This was seen with a reduce scatter collective from mpich, which creates derived datatypes internally.

somehow the wrong tag was used for these colls.

exclude this file from scan-build and sonar analysis, as the uninitialized value is intentional

Fix factor callback type

CPU factors: dynamic factors for CPU

- Allows the use of user's callback to change the speed at the
update_remaining.
- Add a simple example.
- Minor improv. for disk
- Update changelog
- Available only for Cas01 (not ptask or TI)

Add test for multicore speed/state file

Reworking user_bound for Exec actions.

Avoid using directly surf_action->set_bound to modify action's bound.

Actual bound is defined by CPU model, for cas01 is the min of:
- user's bound
- requested_core*speed*scale.

Explicitly deny the use of user_bound_ for ptask and cpuTI. We need
proper tests to verify their behavior.

Remove old fixme

These fixmes was necessary to implement multi-models.
By now, we stick with only 1 model.

Add interface to create Profile

Allows the use of speed/state profiles by C++ interface.

So Intel compiler is now detected as IntelLLVM and no longer as Clang12.

This test actually needs uninitialized values for some ranks, silence clang warning

rename test, to avoid multiple files with same name

Add a new ti-tracing/replay test (in teshsuite) to improve coverage.
It tests all collectives, generates a trace, then replays it while tracing again, and checks that both traces are identical.

try to have reduce_scatter output identically on re-tracing
ugly.

allow smpi/init option in replay as well.

oops, maxsize was needed here.

replay : add actions scan and exscan

multiple fixes for replay
in case of MPI_IN_PLACE or non relevant parameters, we could output nonsense to the ti trace

fix issues in replay of scatter and scatterv

secure collectives against some allowed uninitialized variables

ensure alltoallv tracing/replay/tracing again is coherent.

previous ti-tracing improvement for bcast and reduce was not a good idea.
these are already ranks.

switch from pid to rank for ti-tracing the wait action
It was not working well before and was leading to discrepancies and impossible to replay traces.

Other fix for #78 : Fortran logical and MPI_LOGICAL are actually 32 bits wide, not 8, and should not be mapped to MPI_C_BOOL but to MPI_INTEGER32 internally.
Because why not.

requalify tesh.
We removed a sleep(0), so another process finishes.

replay: small changes to avoid discrepencies when tracing the replay itself

allow the use of cfg=smpi/finalization-barrier for replay as well.
In some cases, some processes might try to leave a bit too early, this has to be investigated.

improve iterations to fill vectors
(probably not very useful)

kill is_replayable() for datatypes.
It was useless since we've been encoding/decoding all datatypes for a long time now.
This could break ancient TI traces handling, but I'm really not sure of this actually, and it was causing issues.
We need more testing on TI traces and replay :\

Fix for fg #78 : allotallv/w tracing was reporting wrong size in some cases for replayable traces.

Latest stable (2.7.1) of pybind11 fixed issue with mingw64.

Ref. https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/76

Sonar and minor improv in doc

Update README.md

Modeling hints: I/O operations

Adds an example showing how to model I/O operation in SimGrid.
It uses data from real experiments on Grid'5000 to model the impact of
concurrent operation on disks and the variability/noise in single I/O
operations.

Adds an entry in the doc presenting the results.
The code is available at: docs/source/tuto_disk.

The rst file was generated from the analysis.org file.
The folder includes a dockerfile to rerun the experiment if needed.

Fix NetworkCm02Link::set_bandwidth.

Fix penalty update when some communication is happening in the link.
Add test for set_bandwidth and set_latency.

Oops, forgotten files

Fix set_read_bandwidth and set_write_bandwidth for disks

- Remove update_penalty method. Disk actions either are suspended or
running, this is managed by the Action class already.
- Only updating the constraint value seems enough for set_bandwidth
functions.
- Add a teshsuite for it

Create Disk::set_readwrite_bandwidth

Allow user to change readwrite constraint bound

I/O factors: noise for disks.

Implements variability in disk operations.
Similarly to network factors, the effective amount of bytes read/written
in disk operations is scaled by a factor defined by the user.

Users can define a different callback for each disk. The callback is
called when SimGrid updates the remaining amount of bytes in disk
operations.

Update README.md

Merge branch 'doc_link' into 'master'

Fix broken link to releases in doc

See merge request simgrid/simgrid!68

Fix broken link to releases

Thanks Mael for reporting this one

Make the plugin usable within a SMPI simulation

simplify

Fix a fixme (kill dead code).

MPI_UNIVERSE_SIZE is already handled as a special case in PMPI_Attr_get.

Define a macro for debug messages.

Enable setting a specific data copy callback to any comm

This is becoming mandatory if one has the silly idea to mix SMPI
communications and S4U communications within the same simulation
launched with smpirun.

smpirun sets its own callback for ALL comms in smpi_main and thus
consider that averything is a SMPI communication. If you need to
trick SMPI to have S4U comms on the side, you thus have to
override this callback:

Sender side:
  mbox->put_init(payload, size)
      ->set_copy_data_callback(SIMIX_comm_copy_pointer_callback)
      ->detach(); // or start/vetoable_start/wait

Receiver side:
 mbox->get_init()
     ->set_dst_data(reinterpret_cast<void**>(data), sizeof(void*))
     ->set_copy_data_callback(SIMIX_comm_copy_pointer_callback)
     ->wait(); // or start/vetoable_start

Factor common code.

Sonar smells.

Use workaround only for versions of libdw known to be broken.

Use if(false) to comment debugging code, and be sure that it always compiles.

We don't use Travis anymore.

Git can be used to recover these files if they're needed in the future.

We don't use Codacy anymore.

Dist check.

Typo.

[lgtm] Fix unreachable statement.

[pvs-studio] Protect from self assignment.

[pvs-studio] Make it clear that free'd pointers are not used anymore.

[sonar] Less implicit casts.

[pvs-studio] Don't mix initialized and non-initialized fields.

Also factorize code, and fix a few untested bugs (hoping not to introduce new ones).

[pvs-studio] Initialize every members of class.

[pvs-studio] Avoid implicit cast from bool to target datatype.

[pvs-studio] Disable V576.

V576 is: Incorrect format. Consider checking the N actual argument of the 'Foo' function.

Gives bogus warnings with e.g. PRIx64, and is already checked by compiler and other static analyzers.

[pvs-studio] Simplify boolean expressions.

[pvs-studio] No need to assign variable the same value.

Fix crashes with recent versions of pybind11.

This is the first point from issue simgrid/simgrid#76.

fix MC tests

typo and cosmetics in error messages

Fix xbt_parse_get_all_speeds(), and add some unit tests.

Fix failure to parse e.g. "1f,2f".

[appveyor] Stick to latest working version of pybind11.

See https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/76 for details.

[ci-skip] add colors to mattermost notifications

Create a .lgtm.yml file to configure LGTM analysis.

See https://lgtm.com/help/lgtm/lgtm.yml-configuration-file
I will be extended further if it works.

[lgtm] Ensure that the type casting is done before multiplication to prevent overflow.

Missing ChangeLog entry (+ cosmetics) [ci-skip].

The next day sonar commit