Factorize more code between DFSExplo and LivenessExplo, and UDPOR

Kill useless empty function.

Missing "override".

Simplify expression.

Fix use-after-free observed with the s4u-operation examples.

Cosmetics (sonar).

Define each identifier in a dedicated statement (sonar).

Revert "Run mc-*-liveness tests serial, and hope to pass on CI."

This reverts commit 881507dc9fbeba0c63112dd0058d9c591b67419e.

In fact, it was just the CI infrastructure that was unusually slow these days.

Whitespace cleanup (codefactor.io).

Lazily compute the recipe of a state, on need only

This will be useful when leveraging intermediate states during
backtracks. In that case, we need to compute partial recipes, up to
the advanced restaure point.

More automatic memory mgmt in MC

MC: give each state an incoming transition too

Using the parent's outgoing transition is not reliable anymore now
that we don't always explore the tree in order, but rather following
the exploration strategies.

Fix comment [no-ci]

Run mc-*-liveness tests serial, and hope to pass on CI.

Fix comment.

There is no need to declare the default constructors here.

Fix build error: exception specification of explicitly
defaulted move constructor does not match the calculated one.

Merge branch 'operation-plugin' into 'master'

Operation plugin

See merge request simgrid/simgrid!145

Merge branch 'udpor-phase7' into 'master'

Phase 7 of UDPOR Integration: Add specialized `ex(C)` computation for `Comm*` transitions

See merge request simgrid/simgrid!144

sonar fixes

- Undefined return value (that would happen on a platform without any host)
- Local variable shadowing
- Automatic memory management
- const, explicit, etc.

Let resource profiles finish their initialization by themselves and kill presolve

No need to presolve the models to finish their initialization nowadays

I think that this was a leftover of the good old C times.

Only fire on_platform_created after creating the platform, not after loading the deployment

Add a target to recompile all ns3 tests (and only them)

rename create to init. add init with name only. add setters

Make sure that we never have a 0 transition at the end of the stack

Also send the disabled transitions over: UDPOR needs it

More informative message on system error

More defensive programing style

add missing '&' causing temporary value to be modified

rename on_start/on_end functions call to on_this_start/on_this_end. add on_start_cb and on_end_cb

Trust the config system to check that only valid values are used

Disable coverage on circleci.

It seems that it is not used and it slows down the tests.

[ci-skip]

Make this example valgrind-clean

Further cosmetics in that example, adding a helper function to s4u on the way

simplify the example now that host can be set to serial

Use host->set_concurrency_limit(1) in an example where it makes sense

Document a bit the MC changes

Allow to set a concurrency limit on disks and hosts

Inline Exploration::system_error.

Remove useless specialized exceptions from simgrid::mc.

Use an exception on Exploration::system_exit().

The goal is to use RAII to free the memory on exit, and get cleaner valgrind reports.

Sonar...

missing virtual destructor

fix distcheck

missing lib

clang-format

add prog_ns3 to manifest

add operation examples

several updates to plugin operation

add operation to plugin doc

add operation to manifest

fix bad type comparison

add operation plugin

Assignment operators should return non-"const" references (sonar).

Also enfore C++ "rule-of-three".

Mark functions as "const" (sonar).

Use std::string (sonar).

Misc sonar issues.

Reduce scope for variables (sonar).

Pointer and reference should be "const" if the corresponding object is not modified (sonar).

Fix bound checking in assert.

Whitespace cleanup (codefactor.io).

Use an intermediate variable to compute the sum and access c[i][j] only once.

May fix crash when built with Intel(R) oneAPI DPC++/C++ Compiler 2023.1.0 (2023.1.0.20230320)
Probably an optimization bug!

Also clean up the function signature.

Less low-level operations to manage receive buffer.

Please don't fix this error reported by clang-static [no-ci]

Define and use VALGRIND_NO_TRACE_CHILDREN for simgrid-mc tests.

There are two benefits. First, memory leaks are checked for the simgrid-mc process,
and then the tests run faster.

[ci-skip]

Add $VALGRIND_NO_LEAK_CHECK in tesh files when simgrid-mc is used.

Too many memory leaks are detected in the MCed processes.

Pass include and library directories to try_compile.

Fix usage of option --cfg=path in tesh files.

Most of them reference a non-existent directory: examples/smpi/msg/.
Remove them.

Use the option in tests from basic-parsing-test.

Make distcheck

MC: Reap all zombie childs to avoid them to accumulate

Remove the timings of another ns3 test to help older ns3 versions

Allow ns3 to be idempotent if correctly patched

Rename `remove()` method on `Unfolding`

Since the events aren't ever removed from the
Unfolding and are instead simply displaced,
we change the name of the method to better
reflect what is going on

Make use of the sets `G` and `U` with `Unfolding`

The `Unfolding` class in UDPOR previously discarded
all events from `U` when they were no longer needed.
Technically, UDPOR moves those events into a set `G`
which can be used to do more interesting things
in the future (e.g. to model check cyclic state spaces).
Furthermore, there are some subtlties it seems in
fully destroying the contents of an event after it has
been discovered, viz. with dealing with what to do when
a previous extension set contains such a deleted event

Fix bug with immediate conflict detection

Detecting immediate conflicts for an event is
important as part of the clean up phase of
UDPOR. There was a typo that gave incorrect
results for the actual conflicts that were
detected which was resolved.

NOTE: There is still a problem with event
deletion. The issue is that previous configurations
will contain references to events which have been
deleted in the extension set which is computed
for them (ex(C)). I'm not quite sure how to
handle this at the moment...

Improve the logging level of that message that is relatively important

these ns3 tests need an 'output sort' directive :(

Regenerate tesh files (one more time).

Examine all opened_states_ to find the best candidate.

We cannot use a std::multiset, nor a std::priority_queue as before since
the value for the priority may change, even for states already stored in
opeened_states_.

Citing mlaurent:
 "Le problème c'est que dans run() la partie gestion de "persistent set" peut
  modifier des acteurs de State déjà dans opened_states_ en les passant à Todo.
  Et ça, ça peut modifier la valeur renvoyée par next_transition_guided()."

Cosmetics.

Rename MC_NEED_PTRACE -> SIMGRID_MC_NEED_PTRACE for consistency.

Centralize definitions for the name of environment variables used by the MC.

Sonar smells; remove redundant mentions of std::shared_ptr<State>.

Fix make distcheck, stupid bummer

Enforce the ns3 timings for the latest version of ns3, and just execute older versions

Fix conflict detection between configs + history

The computation of K-partial alternatives requires
that we can determine whether or not `[e] + C`
for some event `e` is a valid configuration. There
was a subtlety in the code prior to the this commit
that caused UDPOR to incorrectly compute whether
or not `[e] + C` was a valid configuration. Specifically,
it was not sufficient to look at the difference between
the event's history and the events in the configuration
and checking *dependency*. You have to check *conflicts*:
it's possible that two events are dependent in a configuration
but are related to each other causally (and thus would
not be in conflict with one another)

Fix dynamic_cast<> typo for computation for CommRecv

There was a type check in the incremental computation
of extension sets for CommRecv that incorrectly cast
the value to a CommSend instead. I suppose this gave
us some undefined behavior as UDPOR correctly identified
the bug in some cases but not in other cases.
With the small fix, UDPOR now correctly identifies
the assertion failure in all cases in mc-failed-assertion.

Clarify that the issuer for a CommWait() action is that of the same actor

The `CommWait()` transition, in the manner that SimGrid
handles communications, can be said to be "issued" by either
the sender or the receiver that are a part of the communication
under consideration. We favor that which is run by the same actor;
indeed, we require it as this point unless otherwise noted.

If it is possible for a `CommWait` to wait on a communication
whose identity cannot be traced back to an event that already
executed by the same actor, the model would have to change
when computing extension sets for CommWait(), specifically
when checking whether or not that transition is enabled
at a prior state

Add first round of debug logging to UDPOR

Several XBT_DEBUG() statements were added throughout
the functions in UdporChecker to better understand
the evolution of UDPOR in the context of SimGrid.
Several `to_string()` statements were added where
appropriate to aid in the visualization of the
unfolding structure. Until we potentially add
a more complicated tree-drawing algorithm to SimGrid
that can render the unfolding structure systematically,
this is the best we have

Intermediate commit to prove that UDPOR functions

This commit returns a const_cast<>-ed UnfoldingEvent
from the intersection of the sets A and ex(C) in
the Unfolding. We use this work around currently as
there is no way currently to distinguish between a
set of events and a set of constant events with
EventSet. To do so would require a number of changes
and probably a class that would be entirely duplicated
and more difficult to read without the help of e.g.
a template (which itself is not always the easiest to
read).

Fill in implementation of CommWait before large changes

This commit adds the implementation of the extension
set computation before larger changes are added into
the UDPOR implementation.

What was discovered is that events hold stale references
to the transitions that they own. As UDPOR executes
actors in its quest to search the unfolding of the
application, the transitions that are executed are
potentially updated with additional information
*after* they have been executed. We'll need a way
to figure out how to manage this without causing an
absolute mess...

Add extension set computations without type casts

Add first steps for ex(C) for CommWait

Computing the extension sets of a `CommWait`
action turns out to be a bit more involved than
I anticipated. In particular, we must determine
whether or not the transition is enabled at
some point in the past. This requires us to
find the event which created the communication
on which the `CommWait` waits and perform a
couple checks on that event. The current implementation
is not complete and is missing several important
steps, but it's a step in the right direction.

Additionally, some Sonar errors were fixed.

Move state stack management to member on UnfoldingChecker

Instead of passing around the variable `state_stack`
in a number of arguments in the UnfoldingChecker,
we moved the stack into a member on the class. This
also allows us to give a textual trace of what UDPOR
is searching much in the same way as is done with
DFSExplorer

Add comment on state restoration in UnfoldingChecker

Track the current sequence of states with UDPOR

Prior to this commit, we only tracked the "current"
state that was visited by the program. This is not
sufficient however: we must also keep track of the
sequence of states that UDPOR visited to *generate*
the configuration it is currently looking at. This
is required since we need to be able to generate
a fresh remote process when UDPOR decides to re-explore
a configuration `C` in its second recursive call
if it determines that an alternative exists. The
state regeneration is very similar (practically
identical) to that which is performed in the DFSChecker.

Replace switch statement with map of handlers

Add skeleton implementation for ex(C) for CommSend

Add skeleton implementations to ExtensionSetCalculator