Logo AND Algorithmique Numérique Distribuée

Public GIT Repository
document the smpi/simulation_computation option and list it in the
[simgrid.git] / doc / doxygen / options.doc
index 02f6728..f098946 100644 (file)
@@ -18,7 +18,7 @@ type the following: \verbatim
 my_simulator --cfg=Item:Value (other arguments)
 \endverbatim
 
-Several \c --cfg command line arguments can naturally be used. If you
+Several \c `--cfg` command line arguments can naturally be used. If you
 need to include spaces in the argument, don't forget to quote the
 argument. You can even escape the included quotes (write \' for ' if
 you have your argument between ').
@@ -31,7 +31,8 @@ ignored so you don't really need to pass it. The important par is that
 within that tag, you can pass one or several \c \<prop\> tags to specify
 the configuration to use. For example, setting \c Item to \c Value
 can be done by adding the following to the beginning of your platform
-file: \verbatim
+file: 
+\verbatim
 <config>
   <prop id="Item" value="Value"/>
 </config>
@@ -173,7 +174,7 @@ price of a reduced numerical precision.
 By default, Surf computes the analytical models sequentially to share their
 resources and update their actions. It is possible to run them in parallel,
 using the \b surf/nthreads item (default value: 1). If you use a
-negative value, the amount of available cores is automatically
+negative or null value, the amount of available cores is automatically
 detected  and used instead.
 
 Depending on the workload of the models and their complexity, you may get a
@@ -239,7 +240,7 @@ initialization are done in the simulator.
 It is possible to specify a timing gap between consecutive emission on
 the same network card through the \b network/sender_gap item. This
 is still under investigation as of writting, and the default value is
-to wait 0 seconds between emissions (no gap applied).
+to wait 10 microseconds (1e-5 seconds) between emissions.
 
 \subsubsection options_model_network_asyncsend Simulating asyncronous send
 
@@ -253,6 +254,10 @@ manually set for MSG mailboxes, by setting the receiving mode of the mailbox
 with a call to \ref MSG_mailbox_set_async . For MSG, all messages sent to this 
 mailbox will have this behavior, so consider using two mailboxes if needed. 
 
+This value needs to be smaller than or equals to the threshold set at 
+\ref options_model_smpi_detached , because asynchronous messages are 
+meant to be detached as well.
+
 \subsubsection options_pls Configuring packet-level pseudo-models
 
 When using the packet-level pseudo-models, several specific
@@ -386,8 +391,8 @@ stacks), leading to segfaults with corrupted stack traces.
 
 If you want to push the scalability limits of your code, you really
 want to reduce the \b contexts/stack_size item. Its default value
-is 128 (in Kib), while our Chord simulation works with stacks as small
-as 16 Kib, for example. For the thread factory, the default value 
+is 8192 (in KiB), while our Chord simulation works with stacks as small
+as 16 KiB, for example. For the thread factory, the default value 
 is the one of the system, if it is too large/small, it has to be set 
 with this parameter.
 
@@ -401,8 +406,8 @@ If you are using the \c ucontext or \c raw context factories, you can
 request to execute the user code in parallel. Several threads are
 launched, each of them handling as much user contexts at each run. To
 actiave this, set the \b contexts/nthreads item to the amount of
-cores that you have in your computer (or -1 to have the amount of cores
-auto-detected).
+cores that you have in your computer (or lower than 1 to have 
+the amount of cores auto-detected).
 
 Even if you asked several worker threads using the previous option,
 you can request to start the parallel execution (and pay the
@@ -443,7 +448,7 @@ you never used the tracing API.
 
 - Any SimGrid-based simulator (MSG, SimDag, SMPI, ...) and raw traces:
 \verbatim
---cfg=tracing:1 --cfg=tracing/uncategorized:1 --cfg=triva/uncategorized:uncat.plist
+--cfg=tracing:yes --cfg=tracing/uncategorized:yes --cfg=triva/uncategorized:uncat.plist
 \endverbatim
     The first parameter activates the tracing subsystem, the second
     tells it to trace host and link utilization (without any
@@ -452,7 +457,7 @@ you never used the tracing API.
 
 - MSG or SimDag-based simulator and categorized traces (you need to declare categories and classify your tasks according to them)
 \verbatim
---cfg=tracing:1 --cfg=tracing/categorized:1 --cfg=triva/categorized:cat.plist
+--cfg=tracing:yes --cfg=tracing/categorized:yes --cfg=triva/categorized:cat.plist
 \endverbatim
     The first parameter activates the tracing subsystem, the second
     tells it to trace host and link categorized utilization and the
@@ -464,7 +469,7 @@ you never used the tracing API.
 smpirun -trace ...
 \endverbatim
     The <i>-trace</i> parameter for the smpirun script runs the
-simulation with --cfg=tracing:1 and --cfg=tracing/smpi:1. Check the
+simulation with --cfg=tracing:yes and --cfg=tracing/smpi:yes. Check the
 smpirun's <i>-help</i> parameter for additional tracing options.
 
 Sometimes you might want to put additional information on the trace to
@@ -483,8 +488,7 @@ reproduce an experiment. You have two ways to do that:
 
 Please, use these two parameters (for comments) to make reproducible
 simulations. For additional details about this and all tracing
-options, check See the \ref tracing_tracing_options "Tracing
-Configuration Options subsection".
+options, check See the \ref tracing_tracing_options.
 
 \section options_smpi Configuring SMPI
 
@@ -514,6 +518,16 @@ second) under which the execution chunks are not reported to the
 simulation kernel (default value: 1e-6). Please note that in some
 circonstances, this optimization can hinder the simulation accuracy.
 
+If the "application" is in fact doing a "live replay" of another MPI
+app (e.g., ScalaTrace's replay tool, various on-line simulators that
+run an app at scale), the computation due to the replay logic should
+not be simulated by SMPI. In that case the \b
+smpi/simulation_computation item can be set to 'no' causing all the
+compute bursts between MPI calls to be ignored by SMPI. Then only the
+communications are simulated. This implies to add explicit calls to \c
+smpi_execute() in the "application" to simulate computations.
+
+
 \subsection options_smpi_timing Reporting simulation time
 
 Most of the time, you run MPI code through SMPI to compute the time it
@@ -525,6 +539,53 @@ to 1, \c smpirun will display this information when the simulation ends. \verbat
 Simulation time: 1e3 seconds.
 \endverbatim
 
+\subsection options_smpi_global Automatic privatization of global variables
+
+MPI executables are meant to be executed in separated processes, but SMPI is 
+executed in only one process. Global variables from executables will be placed 
+in the same memory zone and shared between processes, causing hard to find bugs.
+To avoid this, several options are possible :
+  - Manual edition of the code, for example to add __thread keyword before data
+  declaration, which allows the resulting code to work with SMPI, but only 
+  if the thread factory (see \ref options_virt_factory) is used, as global 
+  variables are then placed in the TLS (thread local storage) segment. 
+  - Source-to-source transformation, to add a level of indirection 
+  to the global variables. SMPI does this for F77 codes compiled with smpiff, 
+  and used to provide coccinelle scripts for C codes, which are not functional anymore.
+  - Compilation pass, to have the compiler automatically put the data in 
+  an adapted zone. 
+  - Runtime automatic switching of the data segments. SMPI stores a copy of 
+  each global data segment for each process, and at each context switch replaces 
+  the actual data with its copy from the right process. This mechanism uses mmap,
+  and is for now limited to systems supporting this functionnality (all Linux 
+  and some BSD should be compatible).
+  Another limitation is that SMPI only accounts for global variables defined in
+  the executable. If the processes use external global variables from dynamic 
+  libraries, they won't be switched correctly. To avoid this, using static 
+  linking is advised (but not with the simgrid library, to avoid replicating 
+  its own global variables). 
+
+  To use this runtime automatic switching, the variable \b smpi/privatize_global_variables
+  should be set to yes
+
+
+
+\subsection options_model_smpi_detached Simulating MPI detached send
+
+This threshold specifies the size in bytes under which the send will return 
+immediately. This is different from the threshold detailed in  \ref options_model_network_asyncsend
+because the message is not effectively sent when the send is posted. SMPI still waits for the
+correspondant receive to be posted to perform the communication operation. This threshold can be set 
+by changing the \b smpi/send_is_detached item. The default value is 65536.
+
+\subsection options_model_smpi_collectives Simulating MPI collective algorithms
+
+SMPI implements more than 100 different algorithms for MPI collective communication, to accurately 
+simulate the behavior of most of the existing MPI libraries. The \b smpi/coll_selector item can be used
+ to use the decision logic of either OpenMPI or MPICH libraries (values: ompi or mpich, by default SMPI
+uses naive version of collective operations). Each collective operation can be manually selected with a 
+\b smpi/collective_name:algo_name. Available algorithms are listed in \ref SMPI_collective_algorithms .
+
 \section options_generic Configuring other aspects of SimGrid
 
 \subsection options_generic_path XML file inclusion path
@@ -587,10 +648,14 @@ It can be done by using XBT. Go to \ref XBT_log for more details.
 
 - \c surf/nthreads: \ref options_model_nthreads
 
+- \c smpi/simulation_computation: \ref options_smpi_bench
 - \c smpi/running_power: \ref options_smpi_bench
 - \c smpi/display_timing: \ref options_smpi_timing
 - \c smpi/cpu_threshold: \ref options_smpi_bench
 - \c smpi/async_small_thres: \ref options_model_network_asyncsend
+- \c smpi/send_is_detached: \ref options_model_smpi_detached
+- \c smpi/coll_selector: \ref options_model_smpi_collectives
+- \c smpi/privatize_global_variables: \ref options_smpi_global
 
 - \c path: \ref options_generic_path
 - \c verbose-exit: \ref options_generic_exit