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doc: fix the last broken links (?)
[simgrid.git] / docs / source / Tutorial_MPI_Applications.rst
index 673d4ea..87e9134 100644 (file)
@@ -6,14 +6,14 @@ Simulating MPI Applications
 Discover SMPI
 -------------
 
-SimGrid can not only :ref:`simulate algorithms <usecase_simalgo>`, but
+SimGrid can not only :ref:`simulate algorithms <Tutorial_Algorithms>`, but
 it can also be used to execute real MPI applications on top of
 virtual, simulated platforms with the SMPI module. Even complex
 C/C++/F77/F90 applications should run out of the box in this
 environment. In fact, almost all proxy apps provided by the `ExaScale
 Project <https://proxyapps.exascaleproject.org/>`_ only require minor
 modifications to `run on top of SMPI
-<https://github.com/simgrid/SMPI-proxy-apps/>`_.
+<https://framagit.org/simgrid/SMPI-proxy-apps>`_.
 
 This setting permits to debug your MPI applications in a perfectly
 reproducible setup, with no Heisenbugs. Enjoy the full Clairevoyance
@@ -89,7 +89,7 @@ interconnected as follows:
 
 This can be done with the following platform file, that considers the
 simulated platform as a graph of hosts and network links.
-          
+
 .. literalinclude:: /tuto_smpi/3hosts.xml
    :language: xml
 
@@ -308,8 +308,8 @@ Debian and Ubuntu for example, you can get them as follows:
 
    sudo apt install simgrid pajeng make gcc g++ gfortran vite
 
-For R analysis of the produced traces, you may want to install R, 
-and the `pajengr<https://github.com/schnorr/pajengr#installation/>`_ package.
+For R analysis of the produced traces, you may want to install R,
+and the `pajengr <https://github.com/schnorr/pajengr#installation/>`_ package.
 
 .. code-block:: shell
 
@@ -486,7 +486,7 @@ is computationally hungry.
     the documentation is up-to-date.
 
 Lab 3: Execution Sampling on Matrix Multiplication example
--------------------------------
+----------------------------------------------------------
 
 The second method to speed up simulations is to sample the computation
 parts in the code.  This means that the person doing the simulation
@@ -505,13 +505,12 @@ The computing part of this example is the matrix multiplication routine
 .. literalinclude:: /tuto_smpi/gemm_mpi.cpp
    :language: c
    :lines: 4-19
-   
 
 .. code-block:: shell
 
   $ smpicc -O3 gemm_mpi.cpp -o gemm
   $ time smpirun -np 16 -platform cluster_crossbar.xml -hostfile cluster_hostfile --cfg=smpi/display-timing:yes --cfg=smpi/running-power:1000000000 ./gemm
-  
+
 This should end quite quickly, as the size of each matrix is only 1000x1000. 
 But what happens if we want to simulate larger runs ?
 Replace the size by 2000, 3000, and try again.
@@ -585,7 +584,7 @@ so these macros cannot be used when results are critical for the application beh
 
 
 Lab 4: Memory folding on large allocations
--------------------------------
+------------------------------------------
 
 Another issue that can be encountered when simulation with SMPI is lack of memory.
 Indeed we are executing all MPI processes on a single node, which can lead to crashes.
@@ -623,8 +622,8 @@ Further Readings
 
 You may also be interested in the `SMPI reference article
 <https://hal.inria.fr/hal-01415484>`_ or these `introductory slides
-<http://simgrid.org/tutorials/simgrid-smpi-101.pdf>`_. The `SMPI
-reference documentation <SMPI_doc>`_ covers much more content than
+<http://simgrid.org/tutorials/simgrid-smpi-101.pdf>`_. The :ref:`SMPI
+reference documentation <app_smpi>` covers much more content than
 this short tutorial.
 
 Finally, we regularly use SimGrid in our teachings on MPI. This way,