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Obey english typographic rules [noci]
[simgrid.git] / doc / doxygen / options.doc
index 9ad7d0b..9d08d71 100644 (file)
@@ -1,5 +1,16 @@
 /*! \page options Configure SimGrid
 
+\htmlonly
+<div align="center">
+\endhtmlonly
+\htmlinclude graphical-toc.svg
+\htmlonly
+</div>
+<script>
+document.getElementById("Config").style="opacity:0.93999999;fill:#ff0000;fill-opacity:0.1;stroke:#000000;stroke-width:0.35277778;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:round;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-dashoffset:0;stroke-opacity:1";
+</script>
+\endhtmlonly
+
 A number of options can be given at runtime to change the default
 SimGrid behavior. For a complete list of all configuration options
 accepted by the SimGrid version used in your simulator, simply pass
@@ -42,7 +53,7 @@ file:
 
 A last solution is to pass your configuration directly using the C
 interface. If you happen to use the MSG interface, this is very easy
-with the MSG_config() function. If you do not use MSG, that's a bit
+with the simgrid::s4u::Engine::setConfig() or MSG_config() functions. If you do not use MSG, that's a bit
 more complex, as you have to mess with the internal configuration set
 directly as follows. Check the \ref XBT_config "relevant page" for
 details on all the functions you can use in this context, \c
@@ -52,13 +63,11 @@ SimGrid.
 @code
 #include <xbt/config.h>
 
-extern xbt_cfg_t _sg_cfg_set;
-
 int main(int argc, char *argv[]) {
      SD_init(&argc, argv);
 
      /* Prefer MSG_config() if you use MSG!! */
-     xbt_cfg_set_parse(_sg_cfg_set,"Item:Value");
+     xbt_cfg_set_parse("Item:Value");
 
      // Rest of your code
 }
@@ -75,7 +84,7 @@ int main(int argc, char *argv[]) {
 - \c contexts/factory: \ref options_virt_factory
 - \c contexts/guard-size: \ref options_virt_guard_size
 - \c contexts/nthreads: \ref options_virt_parallel
-- \c contexts/parallel_threshold: \ref options_virt_parallel
+- \c contexts/parallel-threshold: \ref options_virt_parallel
 - \c contexts/stack-size: \ref options_virt_stacksize
 - \c contexts/synchro: \ref options_virt_parallel
 
@@ -114,7 +123,6 @@ int main(int argc, char *argv[]) {
 - \c network/maxmin-selective-update: \ref options_model_optim
 - \c network/model: \ref options_model_select
 - \c network/optim: \ref options_model_optim
-- \c network/sender_gap: \ref options_model_network_sendergap
 - \c network/TCP-gamma: \ref options_model_network_gamma
 - \c network/weight-S: \ref options_model_network_coefs
 
@@ -122,6 +130,8 @@ int main(int argc, char *argv[]) {
 - \c path: \ref options_generic_path
 - \c plugin: \ref options_generic_plugin
 
+- \c simix/breakpoint: \ref options_generic_breakpoint
+
 - \c storage/max_file_descriptors: \ref option_model_storage_maxfd
 
 - \c surf/precision: \ref options_model_precision
@@ -146,6 +156,7 @@ int main(int argc, char *argv[]) {
 - \c smpi/os: \ref options_model_smpi_os
 - \c smpi/papi-events: \ref options_smpi_papi_events
 - \c smpi/privatization: \ref options_smpi_privatization
+- \c smpi/privatize-libs: \ref options_smpi_privatize_libs
 - \c smpi/send-is-detached-thresh: \ref options_model_smpi_detached
 - \c smpi/shared-malloc: \ref options_model_smpi_shared_malloc
 - \c smpi/shared-malloc-hugepage: \ref options_model_smpi_shared_malloc
@@ -192,8 +203,8 @@ described in
 <a href="http://mescal.imag.fr/membres/arnaud.legrand/articles/simutools09.pdf">Accuracy Study and Improvement of Network Simulation in the SimGrid Framework</a>.
 
   - \b LV08 (default one): Realistic network analytic model
-    (slow-start modeled by multiplying latency by 10.4, bandwidth by
-    .92; bottleneck sharing uses a payload of S=8775 for evaluating RTT)
+    (slow-start modeled by multiplying latency by 13.01, bandwidth by
+    .97; bottleneck sharing uses a payload of S=20537 for evaluating RTT)
   - \anchor options_model_select_network_constant \b Constant: Simplistic network model where all communication
     take a constant time (one second). This model provides the lowest
     realism, but is (marginally) faster.
@@ -244,24 +255,31 @@ when using SimDag.
 
 \subsection options_generic_plugin Plugins
 
-SimGrid supports the use of plugins; currently, no known plugins
-can be activated but there are use-cases where you may want to write
-your own plugin (for instance, for logging).
+SimGrid plugins allow to extend the framework without changing its
+source code directly. Read the source code of the existing plugins to
+learn how to do so (in ``src/plugins``), and ask your questions to the
+usual channels (Stack Overflow, Mailing list, IRC). The basic idea is
+that plugins usually register callbacks to some signals of interest.
+If they need to store some information about a given object (Link, CPU
+or Actor), they do so through the use of a dedicated object extension.
 
-Plugins can for instance define own classes that inherit from
-existing classes (for instance, a class "CpuEnergy" inherits from
-"Cpu" to assess energy consumption).
-
-The plugin connects to the code by registering callbacks using
-``signal.connect(callback)`` (see file ``src/surf/plugins/energy.cpp`` for
-details).
+Some of the existing plugins can be activated from the command line,
+meaning that you can activate them from the command line without any
+modification to your simulation code. For example, you can activate
+the host energy plugin by adding the following to your command line:
 
 \verbatim
-    --cfg=plugin:Energy
+    --cfg=plugin:host_energy
 \endverbatim
 
-\note
-    This option is case-sensitive: Energy and energy are not the same!
+Here is the full list of plugins that can be activated this way:
+
+ - \b host_energy: keeps track of the energy dissipated by
+   computations. More details in @ref plugin_energy.
+ - \b link_energy: keeps track of the energy dissipated by
+   communications. More details in @ref SURF_plugin_energy.
+ - \b host_load: keeps track of the computational load. 
+   More details in @ref plugin_load.
 
 \subsection options_model_optim Optimization level of the platform models
 
@@ -319,7 +337,7 @@ setting on regular (less constrained) scenarios so it is off by default.
 \subsubsection options_model_network_gamma Maximal TCP window size
 
 The analytical models need to know the maximal TCP window size to take
-the TCP congestion mechanism into account. This is set to 20000 by
+the TCP congestion mechanism into account. This is set to 4194304 by
 default, but can be changed using the \b network/TCP-gamma item.
 
 On linux, this value can be retrieved using the following
@@ -375,15 +393,6 @@ can be set to 0 (disable this feature) or 1 (enable it).
 
 Note that with the default host model this option is activated by default.
 
-\subsubsection options_model_network_sendergap Simulating sender gap
-
-(this configuration item is experimental and may change or disapear)
-
-It is possible to specify a timing gap between consecutive emission on
-the same network card through the \b network/sender-gap item. This
-is still under investigation as of writting, and the default value is
-to wait 10 microseconds (1e-5 seconds) between emissions.
-
 \subsubsection options_model_network_asyncsend Simulating asyncronous send
 
 (this configuration item is experimental and may change or disapear)
@@ -487,13 +496,15 @@ For now, this configuration variable can take 2 values:
 \subsection options_modelchecking_visited model-check/visited, Cycle detection
 
 In order to detect cycles, the model-checker needs to check if a new explored
-state is in fact the same state than a previous one. In order to do this,
+state is in fact the same state than a previous one. For that,
 the model-checker can take a snapshot of each visited state: this snapshot is
 then used to compare it with subsequent states in the exploration graph.
 
-The \b model-check/visited is the maximum number of states which are stored in
-memory. If the maximum number of snapshotted state is reached some states will
-be removed from the memory and some cycles might be missed.
+The \b model-check/visited option is the maximum number of states which are stored in
+memory. If the maximum number of snapshotted state is reached, some states will
+be removed from the memory and some cycles might be missed. Small
+values can lead to incorrect verifications, but large value can
+exhaust your memory, so choose carefully.
 
 By default, no state is snapshotted and cycles cannot be detected.
 
@@ -515,7 +526,7 @@ liveness violation) as well as the cycle for liveness properties. This dot file
 can then fed to the graphviz dot tool to generate an corresponding graphical
 representation.
 
-\subsection options_modelchecking_max_depth model-check/max_depth, Depth limit
+\subsection options_modelchecking_max_depth model-check/max-depth, Depth limit
 
 The \b model-checker/max-depth can set the maximum depth of the exploration
 graph of the model-checker. If this limit is reached, a logging message is
@@ -664,7 +675,7 @@ the slowest to the most efficient:
  - \b ucontext: fast factory using System V contexts (Linux and FreeBSD only)
  - \b boost: This uses the [context implementation](http://www.boost.org/doc/libs/1_59_0/libs/context/doc/html/index.html)
    of the boost library for a performance that is comparable to our
-   raw implementation.\nInstall the relevant library (e.g. with the
+   raw implementation.\n Install the relevant library (e.g. with the
    libboost-contexts-dev package on Debian/Ubuntu) and recompile
    SimGrid. Note that our implementation is not compatible with recent
    implementations of the library, and it will be hard to fix this since
@@ -1008,53 +1019,43 @@ of counters, the "default" set.
 
 \subsection options_smpi_privatization smpi/privatization: Automatic privatization of global variables
 
-MPI executables are usually meant to be executed in separated processes, but SMPI is
-executed in only one process. Global variables from executables will be placed
-in the same memory zone and shared between processes, causing intricate bugs.
-Several options are possible to avoid this, as described in the main
-<a href="https://hal.inria.fr/hal-01415484">SMPI publication</a>.
-SimGrid provides two ways of automatically privatizing the globals,
-and this option allows to choose between them.
-
-  - <b>no</b> (default): Do not automatically privatize variables.
-  - <b>mmap</b> or <b>yes</b>: Runtime automatic switching of the data segments.\n
-    SMPI stores a copy of each global data segment for each process,
-    and at each context switch replaces the actual data with its copy
-    from the right process. No copy actually occures as this mechanism
-    uses mmap for efficiency. As such, it is for now limited to
-    systems supporting this functionnality (all Linux and most BSD).\n
-    Another limitation is that SMPI only accounts for global variables
-    defined in the executable. If the processes use external global
-    variables from dynamic libraries, they won't be switched
-    correctly. The easiest way to solve this is to statically link
-    against the library with these globals (but you should never
-    statically link against the simgrid library itself).
-  - <b>dlopen</b>: Link multiple times against the binary.\n  
-    SMPI loads several copy of the same binary in memory, resulting in
-    the natural duplication global variables. Since the dynamic linker
-    refuses to link the same file several times, the binary is copied
-    in a temporary file before being dl-loaded (it is erased right
-    after loading).\n
-    Note that this feature is somewhat experimental at time of writing
-    (v3.16) but seems to work.\n
-    This approach greatly speeds up the context switching, down to
-    about 40 CPU cycles with our raw contextes, instead of requesting
-    several syscalls with the \c mmap approach. Another advantage is
-    that it permits to run the SMPI contexts in parallel, which is
-    obviously not possible with the \c mmap approach.\n
-    Further work may be possible to alleviate the memory and disk
-    overconsumption. It seems that we could 
-    <a href="https://lwn.net/Articles/415889/">punch holes</a>
-    in the files before dl-loading them to remove the code and
-    constants, and mmap these area onto a unique copy. This require
-    to understand the ELF layout of the file, but would 
-    reduce the disk- and memory- usage to the bare minimum. In
-    addition, this would reduce the pressure on the CPU caches (in
-    particular on instruction one).
+MPI executables are usually meant to be executed in separated
+processes, but SMPI is executed in only one process. Global variables
+from executables will be placed in the same memory zone and shared
+between processes, causing intricate bugs.  Several options are
+possible to avoid this, as described in the main
+<a href="https://hal.inria.fr/hal-01415484">SMPI publication</a> and in
+the @ref SMPI_what_globals "SMPI documentation". SimGrid provides two
+ways of automatically privatizing the globals, and this option allows
+to choose between them.
+
+  - <b>no</b> (default when not using smpirun): Do not automatically privatize variables.
+    Pass \c -no-privatize to smpirun to disable this feature.
+  - <b>dlopen</b> or <b>yes</b> (default when using smpirun): Link multiple times against the binary.
+  - <b>mmap</b> (slower, but maybe somewhat more stable):
+    Runtime automatic switching of the data segments.
 
 \warning
   This configuration option cannot be set in your platform file. You can only
   pass it as an argument to smpirun.
+  
+\subsection options_smpi_privatize_libs smpi/privatize-libs: Automatic privatization of
+ global variables inside external libraries
+
+Linux/BSD only: When using dlopen (default) privatization, privatize specific 
+shared libraries with internal global variables, if they can't be linked statically. 
+For example libgfortran is usually used for Fortran I/O and indexes in files 
+can be mixed up.
+
+\warning
+  This configuration option can only use either full paths to libraries, or full names.
+  Check with ldd the name of the library you want to use.
+  Example:
+  ldd allpairf90 
+    libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007fbb4d91b000)
+  Then you can use --cfg=smpi/privatize-libs:"libgfortran.so.3" or --cfg=smpi/privatize-libs:"/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3", but not "libgfortran" or "libgfortran.so".
+  Multiple libraries can be given, semicolon separated.
+
 
 \subsection options_model_smpi_detached Simulating MPI detached send
 
@@ -1282,15 +1283,32 @@ is registered and will clean up some variables and terminate/cleanup the tracing
 
 TODO: Add when this should be used.
 
-\subsection options_generic_path XML file inclusion path
+\subsection options_generic_path Profile files' search path
 
 It is possible to specify a list of directories to search into for the
-\<include\> tag in XML files by using the \b path configuration
+trace files (see @ref pf_trace) by using the \b path configuration
 item. To add several directory to the path, set the configuration
 item several times, as in \verbatim
 --cfg=path:toto --cfg=path:tutu
 \endverbatim
 
+\subsection options_generic_breakpoint Set a breakpoint
+
+\verbatim
+--cfg=simix/breakpoint:3.1416
+\endverbatim
+
+This configuration option sets a breakpoint: when the simulated clock reaches
+the given time, a SIGTRAP is raised.  This can be used to stop the execution and
+get a backtrace with a debugger.
+
+It is also possible to set the breakpoint from inside the debugger, by writing
+in global variable simgrid::simix::breakpoint. For example, with gdb:
+
+\verbatim
+set variable simgrid::simix::breakpoint = 3.1416
+\endverbatim
+
 \subsection options_generic_exit Behavior on Ctrl-C
 
 By default, when Ctrl-C is pressed, the status of all existing
@@ -1302,7 +1320,7 @@ when \b verbose-exit is set to 0 (it is to 1 by default).
 \subsection options_exception_cutpath Truncate local path from exception backtrace
 
 \verbatim
---cfg=exceptions/cutpath:1
+--cfg=exception/cutpath:1
 \endverbatim
 
 This configuration option is used to remove the path from the