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Delete double negation for option.
[simgrid.git] / doc / FAQ.doc
index 02025b4..6e5182f 100644 (file)
@@ -397,11 +397,10 @@ TODO
 \verbatim
 "cmake -D[name]=[value] ... ./"
  
-[name]                 disable_gtnets                  [value] ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
-               disable_java                            ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
-               disable_lua                             ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
-               disable_ruby                            ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
-
+[name]                 enable_gtnets                   [value] ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
+               enable_java                             ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
+               enable_lua                              ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
+               enable_ruby                             ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
                enable_compile_optimizations            ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
                enable_compile_warnings                 ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
                enable_maintainer_mode                  ON/OFF or TRUE/FALSE or 1/0
@@ -419,13 +418,13 @@ TODO
                                                                                                                                                           
 \subsubsection faq_cmakeoption2 Options explaination
 
-  \li disable_gtnets : set to true implie that user doesn't want to use gtnets.
+  \li enable_gtnets : set to true implie that user wants to use gtnets.
 
-  \li disable_java : set to true implie that user doesn't want to add java langage into simgrid compilation.
+  \li enable_java : set to true implie that user wants to add java langage into simgrid compilation.
 
-  \li disable_lua : set to true implie that user doesn't want to add lua langage into simgrid compilation.
+  \li enable_lua : set to true implie that user wants to add lua langage into simgrid compilation.
 
-  \li disable_ruby : set to true implie that user doesn't want to add ruby langage into simgrid compilation.
+  \li enable_ruby : set to true implie that user wants to add ruby langage into simgrid compilation.
 
   \li enable_compile_optimizations : add flags "-O3 -finline-functions -funroll-loops -fno-strict-aliasing"
 
@@ -489,11 +488,10 @@ src/gras/DataDesc/ddt_parse.yy.c
 Those options are initialized the first time you launch \"cmake ./\" whithout specified option.
 
 \verbatim
-disable_gtnets                 off
-disable_java                   off
-disable_lua                    off
-disable_ruby                   off
-
+enable_gtnets                  on
+enable_lua                     on
+enable_ruby                    on
+enable_java                    off
 enable_compile_optimizations   off
 enable_compile_warnings                off
 enable_maintainer_mode         off
@@ -543,6 +541,11 @@ make distcheck             check the dist (make + make dist + make test)
 make install-simgrid   install the project (doc/ lib/ include/)
 make uninstall         uninstall the project (doc/ lib/ include/)
 make clean             clean all targets
+make java-clean                clean files created by java option
+make doc-clean         clean files created for making doc
+make supernovae-clean  clean supernovae files
+make maintainer-clean  clean maintainer files
+make all-clean         execute the 5 upper clean command
 make html              Create simgrid documentation
 make maintainer-clean   Remove all files generated by mainainer mode
 \endverbatim
@@ -1763,7 +1766,7 @@ the value of this variable is always associated to the host. The host
 that will be used when these functions are called is the one returned by
 the function \c MSG_host_self().
 
-\subsubsection faq_tracing_functions Example
+\subsubsection faq_tracing_example Example of Instrumentation
 
 A simplified example using the tracing mandatory functions.
 
@@ -1803,6 +1806,318 @@ int main (int argc, char **argv)
 }
 \endverbatim
 
+\subsubsection faq_tracing_analyzing Analyzing the SimGrid Traces
+
+The SimGrid library, during an instrumented simulation, creates a trace file in
+the Paje file format that contains the platform utilization for the simulation
+that was executed. The visualization analysis of this file is performed with the
+visualization tool <a href="http://triva.gforge.inria.fr">Triva</a>, with
+special configurations tunned to SimGrid needs. This part of the documentation
+explains how to configure and use Triva to analyse a SimGrid trace file.
+
+- <b>Installing Triva</b>: the tool is available in the INRIAGforge, 
+at <a href="http://triva.gforge.inria.fr">http://triva.gforge.inria.fr</a>.
+Use the following command to get the sources, and then check the file
+<i>INSTALL.simplified</i>. This file contains instructions to install
+the tool's dependencies in a Ubuntu/Debian Linux.
+\verbatim
+$ svn checkout svn://scm.gforge.inria.fr/svn/triva
+$ cd triva
+$ cat INSTALL.simplified
+\endverbatim
+
+- <b>Executing Triva</b>: a binary called <i>Triva</i> is available after the
+  installation (you can execute it passing <em>--help</em> to check its
+options). If the triva binary is not available after following the
+installation instructions, you may want to execute the following command to
+initialize the GNUstep environment variables (note that the location of the
+<i>GNUstep.sh</i> file may vary depending on your GNUstep installation - the
+command is known to work in Ubuntu and Debian Linux):
+\verbatim
+$ source /usr/share/GNUstep/Makefiles/GNUstep.sh
+\endverbatim
+You should be able to see this output after the installation of triva:
+\verbatim
+$ ./Triva.app/Triva --help
+Usage: Triva [OPTION...] TRACEFILE
+Trace Analysis through Visualization
+
+ You need to use one of the following options:
+  -g, --graph                Graph Analysis
+  -t, --treemap              Treemap Analysis
+
+ Other auxiliary options to check the trace file:
+  -c, --check                Check the integrity of trace file
+  -h, --hierarchy            Export the trace type hierarchy
+  -l, --list                 List entity types
+
+  -?, --help                 Give this help list
+      --usage                Give a short usage message
+\endverbatim
+Triva expects that the user choose one of the available options 
+(currently <em>--graph</em> or <em>--treemap</em> for a visualization analysis)
+and the trace file from the simulation.
+
+- <b>Understanding Triva - time-slice</b>: the analysis of a trace file using
+  the tool always takes into account the concept of the <em>time-slice</em>.
+This concept means that what is being visualized in the screen is always
+calculated considering a specific time frame, with its beggining and end
+timestamp. The time-slice is configured by the user and can be changed
+dynamically through the window called <em>Time Interval</em> that is opened
+whenever a trace file is being analyzed. The next figure depicts the time-slice
+configuration window.
+In the top of the window, in the space named <i>Trace Time</i>,
+the two fields show the beggining of the trace (which usually starts in 0) and
+the end (that depends on the time simulated by SimGrid). The middle of the
+window, in the square named <i>Time Slice Configuration</i>, contains the
+aspects related to the time-slice, including its <i>start</i> and its
+<i>size</i>. The gray rectangle in the bottom of this part indicates the 
+<i>current time-slice</i> that is considered for the drawings. If the checkbox 
+<i>Update Drawings on Sliders Change</i> is not selected, the button
+<i>Apply</i> must be clicked in order to inform triva that the
+new time-slice must be considered. The bottom part of the window, in the space
+indicated by the square <i>Time Slice Animation</i> can be used to advance
+the time-frame automatically. The user configures the amount of time that the
+time-frame will forward and how frequent this update will happen. Once this is
+configured, the user clicks the <i>Play</i> button in order to see the dynamic
+changes on the drawings.
+<center>
+\htmlonly
+<a href="triva-time_interval.png" border=0><img src="triva-time_interval.png" width="50%" border=0></a>
+\endhtmlonly
+</center>
+<b>Remarks:</b> when the trace has too many hosts or links, the computation to
+take into account a new time-slice can be expensive. When this happens, the
+<i>Frequency</i> parameter, but also updates caused by change on configurations
+when the checkbox <i>Update Drawings on Sliders
+Change</i> is selected will not be followed.
+
+- <b>Understanding Triva - graph</b>: this part of the documention explains how
+  to analyze the traces using the graph view of Triva, when the user executes
+the tool passing <em>--graph</em> as parameter. Triva opens three windows when
+this parameter is used: the <i>Time Interval</i> window (previously described),
+the <i>Graph Representation</i> window, and the <em>Graph Configuration</em>
+window. The Graph Representation is the window where drawings take place.
+Initially, it is completely white waiting for a proper graph configuration input
+by the user. We start the description of this type of analysis by describing the
+<i>Graph Configuration</i> window (depicted below). By using a particular
+configuration, triva
+can be used to customize the graph drawing according to
+the SimGrid trace that was created with user-specific categories. Before delving
+into the details of this customization, let us first explain the major parts of
+the graph configuration window. The buttons located in the top-right corner can
+be used to delete, copy and create a new configuration. The checkbox in the
+top-middle part of the window indicates if the configuration typed in the
+textfield is syntactically correct (we are using the non-XML 
+<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Property_list">Property List Format</a> to
+describe the configuration). The pop-up button located on the top-left corner 
+indicates the selected configuration (the user can have multiple graph
+configurations). The bottom-left text field contains the name of the current
+configuration (updates on this field must be followed by typing enter on the
+keyboard to take into account the name change). The bottom-right <em>Apply</em>
+button activates the current configuration, resulting on an update on the graph
+drawings.
+<center>
+\htmlonly
+<a href="triva-graph_configuration.png" border=0><img src="triva-graph_configuration.png" width="50%" border=0></a>
+\endhtmlonly
+</center>
+<b>Basic SimGrid Configuration</b>: The figure shows in the big textfield the
+basic configuration that should be used during the analysis of a SimGrid trace
+file. The basic logic of the configuration is as follows:
+\verbatim
+{
+  node = (HOST);
+  edge = (LINK);
+\endverbatim
+The nodes of the graph will be created based on the <i>node</i> parameter, which
+in this case is the different <em>"HOST"</em>s of the platform 
+used to simulate. The <i>edge</i> parameter indicates that the edges of the
+graph will be created based on the <em>"LINK"</em>s of the platform. After the
+definition of these two parameters, the configuration must detail how
+<em>HOST</em>s and <em>LINK</em>s should be drawn. For that, the configuration
+must have an entry for each of the types used. For <em>HOST</em>, as basic
+configuration, we have:
+\verbatim
+  HOST = {
+    size = power;
+    scale = global;
+  };
+\endverbatim
+The parameter <em>size</em> indicates which variable from the trace file will be
+used to define the size of the node HOST in the visualization. If the simulation
+was executed with availability traces, the size of the nodes will be changed
+according to these traces. The parameter <em>scale</em> indicates if the value
+of the variable is <em>global</em> or <em>local</em>. If it is global, the value
+will be relative to the power of all other hosts, if it is local, the value will
+be relative locally.
+For <em>LINK</em> we have:
+\verbatim
+  LINK = {
+    src = SrcHost;
+    dst = DstHost;
+    
+    size = bandwidth;
+    scale = global;
+  };
+\endverbatim
+For the types specified in the <em>edge</em> parameter (such as <em>LINK</em>),
+the configuration must contain two additional parameters: <em>src</em> and
+<em>dst</em> that are used to properly identify which nodes this edge is
+connecting. The values <em>SrcHost</em> and <em>DstHost</em> are always present
+in the SimGrid trace file and should not be changed in the configuration. The
+parameter <em>size</em> for the LINK, in this case, is configured as the
+variable <em>bandwidth</em>, with a <em>global</em> scale. The scale meaning
+here is exactly the same used for nodes. The last parameter is the GraphViz
+algorithm used to calculate the position of the nodes in the graph
+representation.
+\verbatim
+  graphviz-algorithm = neato;
+}
+\endverbatim
+<b>Customizing the Graph Representation</b>: triva is capable to handle
+a customized graph representation based on the variables present in the trace
+file. In the case of SimGrid, every time a category is created for tasks, two
+variables in the trace file are defined: one to indicate node utilization (how
+much power was used by that task category), and another to indicate link
+utilization (how much bandwidth was used by that category). For instance, if the
+user declares a category named <i>request</i>, there will be variables named
+<b>p</b><i>request</i> and a <b>b</b><i>request</i> (<b>p</b> for power and
+<b>b</b> for bandwidth). It is important to notice that the variable
+<i>prequest</i> in this case is only available for HOST, and
+<i>brequest</i> is only available for LINK. <b>Example</b>: suppose there are
+two categories for tasks: request and compute. To create a customized graph
+representation with a proportional separation of host and link utilization, use
+as configuration for HOST and LINK this:
+\verbatim
+  HOST = {
+    size = power;
+    scale = global;
+  
+    sep_host = {
+      type = separation;
+      size = power;
+      values = (prequest, pcomputation);
+    };
+  };
+
+  LINK = {
+    src = SrcHost;
+    dst = DstHost;
+    size = bandwidth;
+    scale = global;
+
+    sep_link = {
+      type = separation;
+      size = bandwidth;
+      values = (brequest, bcomputation);
+    };
+  };
+\endverbatim
+Where <i>sep_host</i> contains a composition of type <i>separation</i> where
+its max size is the <i>power</i> of the host and the variables <i>prequest</i>
+and <i>pcomputation</i> are drawn proportionally to the size of the HOST. And
+<i>sep_link</i> is also a separation where max is defined as the
+<i>bandwidth</i> of the link, and the variables <i>brequest</i> and
+<i>bcomputation</i> are drawn proportionally within a LINK.
+<i>This configuration enables the analysis of resource utilization by MSG tasks,
+and the identification of load-balancing issues, network bottlenecks, for
+instance.</i> \n
+<b>Other compositions</b>: besides <i>separation</i>, it is possible to use
+other types of compositions, such as gradients, and colors, like this:
+\verbatim
+    gra_host = {
+      type = gradient;
+      scale = global;
+      values = (numberOfTasks);
+    };
+    color_host = {
+      type = color;
+      values = (is_server);
+    };
+\endverbatim
+Where <i>gra_host</i> creates a gradient within a node of the graph, using a
+global scale and using as value a variable called <i>numberOfTasks</i>, that
+could be declared by the user using the optional tracing functions of SimGrid.
+If scale is global, the max and min value for the gradient will be equal to the
+max and min numberOfTasks among all hosts, and if scale is local, the max and
+min value based on the value of numberOfTasks locally in each host.
+And <i>color_host</i> composition draws a square based on a positive value of
+the variable <i>is_server</i>, that could also be defined by the user using the
+SimGrid tracing functions. \n
+<b>The Graph Visualization</b>: The next figure shows a graph visualization of a
+given time-slice of the masterslave_forwarder example (present in the SimGrid
+sources). The red color indicates tasks from the <i>compute</i> category. This
+visualization was generated with the following configuration:
+\verbatim
+{
+  node = (HOST);
+  edge = (LINK);
+
+  HOST = {
+    size = power;
+    scale = global;
+  
+    sep_host = {
+      type = separation;
+      size = power;
+      values = (pcompute, pfinalize);
+    };
+  };
+  LINK = {
+    src = SrcHost;
+    dst = DstHost;
+    size = bandwidth;
+    scale = global;
+
+    sep_link = {
+      type = separation;
+      size = bandwidth;
+      values = (bcompute, bfinalize);
+    };
+  };
+  graphviz-algorithm = neato;
+}
+\endverbatim
+<center>
+\htmlonly
+<a href="triva-graph_visualization.png" border=0><img src="triva-graph_visualization.png" width="50%" border=0></a>
+\endhtmlonly
+</center>
+
+- <b>Understading Triva - colors</b>: An important issue when using Triva is how
+  to define colors. To do that, we have to know which variables are defined in
+the trace file generated by the SimGrid library. The parameter <em>--list</em> 
+lists the variables for a given trace file:
+\verbatim
+$ Triva -l masterslave_forwarder.trace
+iFile
+c  platform
+c    HOST
+v     power
+v     is_slave
+v     is_master
+v     task_creation
+v     task_computation
+v     pcompute
+v     pfinalize
+c    LINK
+v     bandwidth
+v     latency
+v     bcompute
+v     bfinalize
+c  user_type
+\endverbatim
+We can see that HOST has seven variables (from power to pfinalize) and LINK has
+four (from bandwidth to bfinalize). To define a red color for the
+<i>pcompute</i> and <i>bcompute</i> (which are defined based on user category
+<i>compute</i>), execute:
+\verbatim
+$ defaults write Triva 'pcompute Color' '1 0 0'
+$ defaults write Triva 'bcompute Color' '1 0 0'
+\endverbatim
+Where the three numbers in each line are the RGB color with values from 0 to 1.
+
 \section faq_troubleshooting Troubleshooting
 
 \subsection faq_trouble_lib_compil SimGrid compilation and installation problems