fix a bug happening with manually defined clusters

adapt two collectives of starmpi to avoid timing issues, by using only smpi calls inside

actually use starmpi collectives for allreduce

model-checker : new examples (with tesh) for verification of liveness properties on chord

model-checker : display address of communication in Wait request if verbose log

model-checker : iSend/iRecv independent with Wait but not with WaitTimeout

model-checker : state at max depth may have none interleaved processes

have sendrecv_replace work with non contiguous datatypes and really pass tests

model-checker : update tesh

model-checker : signed int instead of unsigned int

model-checker : update tesh (different log messages)

model-checker : create dot_output file after MC_do_the_modelcheck_for_real and write only if not NULL

model-checker : restore independence between iSend/iRecv and Wait requests

model-checker : update state equality detection

- ignore field in mmalloc meta-data equal to the amount of elements to ignore in this area
- match_equals was applied twice in heap comparison algorithm, remove one unnecessary call
- apply these changes in system-state equality comparison

Tesh sort wanted output

new attempt to stabilize the use of underscores on f90/f77/f2c

freebsd compatibility

remove states for the new tracing option, as only links are really useful

switch back from two underscores to one in fortran names, to allow linking with external libs

add a cfg:tracing/smpi/internals option, to trace all pt2pt communications during a collective one
This provide a better view of the pattern, useful for debugging

update dtd

add a loopback_lat and loopback_bw to cluster tag

add limiter_link option to cluster tag, to add a pseudo-shared link, to limit bandwidth reachable with a fullduplex link

add a bunch of bindings/new definitions of unimplemented MPI-2 functions, to make bigdft happy again

Cosmetics: those are regexps.

Remove extraneous parentheses, and silent clang.

Make dist complete, and fix "make distcheck".

Fix build without smpi.

Don't build smpi in a separate library anymore.

Add collectives for allgather, allreduce, bcast and reduce

model-checker : add example (electric_fence) to check the soundness of the verification with DPOR and delete another one (random_test)

fix for windows -- not sure if it's still mandatory, but I guess so

Fix various build errors.

Mainly unused variables, or pointer arithmetic with pointers to void.

The builds with compile optimizations are still broken, because of smpi symbols
imported in libsimgrid, but I'm not sure how to fix this properly.

Reindent files before changes.

Missing include.

model-checker : variable declaration deleted with a previous conflict

model-checker : add variable deleted before to resolve a merge conflict

model-checker : ignore variable about time used with tracing

model-checker : if acceptance cycle is detected, get num of equal pairs

model-checker : last fix in DPOR algorithm if max depth is reached

If max_depth is reached, the last state in stack may have a process
interleaved with a request not executed yet. In that case, we start to
apply the independence theorem with this last request not executed
yet. Otherwise (no more process to interleave in the last state of the
stack), last state is deleted before starting to apply independence theorem.

model-checker : update bugged1 tesh

documentation cosmetics

fix some simple errors in the commit of Paul (not enough to compile here)

rework the SMPI documentation quite a bit

split SMPI documentation into a specific file (no real change)

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fix sendBounded java binding

Add colls.h to DefinePackages

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add alltoall collectives from starmpi

Dumb commit: kill empty line.

Kill unused variable.

model-checker : use xbt_free_f instead of a new function which do the same thing

model-checker : fix soundness of DPOR algorithm if max depth is reached

Also link with platform independent libunwind.

Initialize variables.

Generated file has changed.

Add missing declarations.

model-checker : update tesh

model-checker : order reached_pairs by number of processes and heap bytes used

model-checker : free memory

model-checker : cosmetics

model-checker : fragment size and fragment number may be negative

Add receive bounded to the java binding

model-checker : store heap_bytes_used and number of processes directly in mc_visited_state and mc_visited_pair

model-checker : update tesh (according to previous cleanups)

model-checker : cleanups

- remove (a part of) redundant code
- rename structs and variables
- update headers

model-checker : code refactoring for get_hash_global

Fix msg-bittorrent's problem of incompletion

In the previous version, a peer wasn't able to handle more than
more message per second but could receive much more. As a consequence,
the application gets stuck because of queuing issue.

The problem comes from teh main loops (leech_loop() and seed_loop()))
each call of MSG_task_irecv() was followed by a call of
MSG_process_sleep(1) because the MSG_comm_test() always fails the
first time.

A call of MSG_mailbox_set_async() at the begining fixes this problem.

: in the main loops (leech_loop)

model-checker : update msg chord example for the verification with MC

model-checker : fix tesh (different local deployment file)

model-checker : fix dpor

model-checker : fix compilation error without MC

update tesh

model-checker : update tesh

model-checker : code refactoring for heap comparison algorithm

model-checker : add state equality reduction in ddfs algorithm

model-checker : get current backtrace with libunwind (only available with ucontext factory for now ...)

model-checker : code refactoring

model-checker : ignore mc_time for heap comparison and global variables comparison

model-checker : improve debug message

model-checker : new model-checker configuration model-check/dot_output=file_name which generates a dot output of graph state explored during model checking

model-checker : return state number if the current state is equal to another state already visited

model-checker : fix MC_RANDOM simcall

Time doesn't exist in model-checking. However, there are some
protocols, such as Chord, with some periodics operations (random
lookup, check predecessors, ...).  If the model-checker is used with
these examples, these operations are never executed because of the
time which doesn't progress.  With MC_RANDOM simcall, the
model-checker will explore the two cases : the case in which the
periodic operation is executed and the other case in which it is not
executed.  In this way, the verification is exhaustive whatever the
period.

model-checker : remove obsolete example

model-checker : set ignore flag to 0 if reallocation

model-checker : minor changes for debug information in heap comparison algorithm

model-checker : check if fragment or block has been already compared

model-checker : remove local variable only if frame name is known

model-checker : remove static function

model-checker : cosmetics

model-checker : get hash of local and global variables which are not pointers

model-checker : ignore running context of processes for system state comparison

model-checker : use short instead of int for ignore information in mmalloc meta-data

model-checker : init ignore information for each block/fragment only in mmalloc

model-checker : remove commentated declaration of function (doesn't exist anymore)

model-checker : remove variable from mc_local_variables if ignored

model-checker : fix memory leak

model-checker : cosmetics

model-checker : cleanups in mc_snapshot structure