Merge branch 'xbt_random' into 'master'

Choice between ad-hoc and standard distributions implementations

See merge request simgrid/simgrid!21

Reverting the change to xbt_uniform_int

Adding unit tests for the standard library distributions

Updating tests results for dht-chord (due to change to uniform int)

Modifying how uniform integer are generated

Introducing choice between the standard library and ad-hoc SimGrid distribution implementations.

add option "smpi/auto-shared-malloc-thresh"
This applies smpi_shared_malloc automatically to all allocations above a certain size.
Test based on the sample-shared one: malloc >= 8bytes is indeed shared, without using macros.

todo: calloc and co.

plug a memleak on parse error :)

The most important fix ever!

document recent changes

Inventive hack to get flex raising exceptions on parse error

The core of this (over 2500 lines) patch reads as follows:
-    fprintf(stderr, "%s\n", flexml_err_msg);
+    surf_parse_error(flexml_err_msg);

But the code we want to change is generated by Flex, so ... I have to
augment the perl script that rewrite some parts of the Flex result for
that purpose. Because yes, we do have such a perl script.

At the end, we need to regenerate the flex parser with the latest
version of Flex to apply this patch, resulting in that jumbo patch.

also throw an exception when asked to parse an inexisting file

smpi: expend a bunch of macros so that the functions' prototypes become accessible to my IDE

Change smpi::Colls static class into a namespace of functions

Merge branch 'xbt_random' into 'master'

A module for RNG calls

See merge request simgrid/simgrid!20

Merge branch 'master' of https://framagit.org/simgrid/simgrid

power is speed

Assertion to force maximum value to be greater or equal to minimum in uniform int

fix fortran + ARM 64 bits.
I would like to get rid of these lists of architectures, and rely on cmake sizeof_voidp ... but this would mean relying on internal_config from smpi.h, and this is bad practice in simgrid :p Any idea ? Feel free to change it.
Anyway I changed the one in a cpp file that handles 99% of the cases, le .h is there for some ugly corner cases... This should not trigger too many errors in case of a new 64bits architecture popping.

Energy plugins now throws std::logic_error when not properly inited before use

parsing: less asserts, more exception raising

handle flexer errors within the parsing module

Raise the exception ourselves instead of leaking an error code that
must be converted into an exception by our caller.

Parse errors now raise a simgrid::ParseError that you may want to catch

a bit of cleanup, could go further but not now

reduce code dupplication

smpi: many classes died tonight, but that will save kitten on the long term.

smpi::Coll was a class with 11 static methods (one per MPI function
that has several implementations: allgather, allgatherv, etc) and
nothing else.

That class was derivated for each implementation of a given MPI
function, and the resulting class was overloading only one of the
methods while the others were ignored. There was well over 100 such
child classes.

The overloaded methods were static in their class, and always used as
a function (the class was never instanciated).

All this was written with some macros to reduce the burden.

Instead, we now use regular functions in the smpi namespace.

fix ns3 builds

deprecate MSG_set_function, that seems useless since we cannot bypass the parser nowadays

store kernel-level objects in EngineImpl

make piface_ private and have get_iface() everywhere

don't use a deleted container by the newly created one

fix make distcheck and useless cosmetics

This should have been 2 commits, but I don't want to artificially
increase the commit amount even further.

Revert "Add the files generated by javasphinx in the git"

This reverts commit 1ae0a4689470568e864ef356ead1c9a0b67df03c.

teshsuite: drop a test that is superseeded by a public example

fix clang builds

Adding the unit-test for xbt/random to the Manifest

factoring

migrate to set_host in java too

further doc improvements

s4u::Actor: Rename migrate() into set_host()

tiny doc improvments

s4u::Actor: Merge signals on_migration_start/end into on_host_change

Adding xbt::random unit test to the list of unit tests

Unit tests for xbt::random

Fixes to xbt::random

deprecate a couple of SIMIX functions

further API doc improvement

Add the files generated by javasphinx in the git

That way, we don't need that deprecated piece of code. Plus, the java
code is near to dead so it should not evolve in the future.

If I am to add new java bindings (for s4u), I'll write the doc weaved
into the current doc that already contains the C++/Python/C doc. So I
won't use javasphinx for that either.

As a bonus, I may be able to generate the doc in the Debian package.

docker/build-deps: install sphinx elements from the packages, not with pip3

autodoxy: show the class name when displaying method or fields

Meld autodoxy into a single file for sake of import simplicity

gitlab-ci: define PYTHONPATH explicitly to see if it helps

Try to debug the autodoxy pb on framagit builders

- increase sphinx verbosity on gitlab
- build pages asap (not after regular builds)
- simplify the imports that are not found (top of file, not within a function)

Fix autodoxy warnings

gitlab-ci: show sphinx output on error

doc: let's import existing stuff

I'm wondering why it's working on my machine with the borken name...

python cosmetics: not X in Y => X not in Y

doc: use sections instead of rubric

Document the Actor with the new autodoxy extension of mine

autodoxy: bug fix (copy/paste failure)

autodoxy: if the meth signature does not match but only one meth is found, use it

This tries to be more permissive to user errors. A warning is spit.

doc: add a autodoxyvar directive

There is too much shared content between this directive and the
autodoxymethod, but I'm getting tired of that game.

doc: try to add a :show: attribute to the showfile directive

doc: get rid of sphinxcontrib.contentui

I want to modify that code too, so let's integrate it.

autodoxy: properly render verbatim blocks

doc: cleanups in the scripts finding the missing references

A script to search the undocumented symbols

autodoxy: missing file

autodoxy: improve error message when the prototype does not match

autodoxy: allow overloaded methods, and fix the template handling

Add autodoxy, a sphinx extension heavily inspired from autodoc_doxygen

This version is really really close to the now abandonned
https://github.com/rmcgibbo/sphinxcontrib-autodoc_doxygen
but I plan to improve it in the next commits.

The only difference to the original code is what is needed to make it
compile here (change imports, add a new setup.py, don't name the
template as '*.rst' since sphinx spits an error on them) plus the
rename autodoc_doxygen -> autodoxy.

Used version:
https://github.com/rmcgibbo/sphinxcontrib-autodoc_doxygen/commit/ad70f62805affdeb0e6cc638344c15a213394e0d

tiny doc improvements

add some missing functions in the python binding

docs: remove an unused extension of sphinx

document sg_actor_start

This contributes to https://framagit.org/simgrid/simgrid/issues/41

cosmetics in the doc

[python/pep8] Use "not in" to test for membership.

Also break long lines.

[python/pep8] Avoid wildcard imports.

Slightly reorganize log categories; remove unused ones.

Fix test on slow machines.

Code smells spotted by static analyzers.

No, scan-build, there is no memory leak here.

Add option -t for bison.

The added debugging code doesn't harm, and it silences scan-build.

Prefer $(...) to backticks.

add example of GH#139

Minor cleanups.

user data should stay in user space

deprecate simcall_process_sleep and add some reminders in libsimix.cpp

C wrappers to set/get user data of the current actor

replace SIMIX_process_count by simgrid_get_actor_count

SIMIX cosmetics

hide some cruft from the doc

move the README.rst in examples/ as it also describes python

further convert the example documentation to the tabbed RST

make msg task extendable too

user data doesn't have to be stored at kernel level

Remove old cruft.

make s4u::File extendable

this way it doesn't define its own user data accessors which become
3.29-deprecated.

Name changed for sonar property.

Parameter for cleanup callback won't be null.

Restore handling of msg_global->process_data_cleanup.