Add mpi alltoallv pair_light_barrier pair_mpi_barrier pair_one_barrier

try not to copy from outside of an array

add missing coll test

Disable stream buffer when reading /proc/self/maps.

I don't fully  understand why it is necessary but, without this change, the MC
tests may terminate on a SIGSEGV.  It is likely because some memory regions are
unmapped on fclose, and then the real memory map is different from the
informations that were read.

Add mpi alltoallv bruck and fix mpi alltoallv pairwise

Add mpi alltoallv pairwise

Add test for mpi alltoallv

model-checker : update tesh for jenkins (memory management seems different between ubuntu and debian)

Remove algorithm bcast-TSB.

It looks like a prototype working only with 128 nodes,
and being superseded by bcast-NTSB.

Fix out-of-source build.

Remove unused variables.

Initialize remainder.

Again, this is only to shut gcc up.

Initialize field loopback_link.

Not sure if it's really needed, but gcc warns that it may be uninitialized.

Regenerate mmalloc_32.tesh.

Remove temporary files.

replace star_reduction by our own reduction

remove a few more leaks to please valgrind, but nothing important

Fix hack for smpi_replay in smpirun.

Remove redundant file.

It's the same as src/smpi/colls/colls_global.c.

Add missing calls to XBT_LOG_CONNECT.

Remove useless code.

Change file mode (remove execute bit).

Fix mpi reduce tesh

Fix mpi bcast flattree-pipeline collective

Requests are deallocated inside the Waitall, do not deallocate them again after

do not allocate 0 sized buffers which won't be copied/freed after

avoid unitialized use

Fix possible leak with 0 sized messages

Avoid marking as finished and deleting requests when passing multiple times inside a wait/test

Attempt to fix problems with complex datatype copy in smpi

Fix possible memory leak

avoid looping forever on iprobe

Fix bug with tracing of smpi internals and MPI_ANY_SOURCE

Change mpi_bcast teshtest to handle all cases

change collective calls in smpi_replay

Add missing file in DefinePackage

Use simgrid function instead of MPI in collectives

remove another algorithm

fix two failing tests

port a reduce algorithms with internal smpi calls

remove a redundant algorithm

Fix bug with macos

Add tesh files to test all new collectives

little refresh, and a word about git commit messages

use links in the manual TOC

another allreduce ported

fix a bug happening with manually defined clusters

adapt two collectives of starmpi to avoid timing issues, by using only smpi calls inside

actually use starmpi collectives for allreduce

model-checker : new examples (with tesh) for verification of liveness properties on chord

model-checker : display address of communication in Wait request if verbose log

model-checker : iSend/iRecv independent with Wait but not with WaitTimeout

model-checker : state at max depth may have none interleaved processes

have sendrecv_replace work with non contiguous datatypes and really pass tests

model-checker : update tesh

model-checker : signed int instead of unsigned int

model-checker : update tesh (different log messages)

model-checker : create dot_output file after MC_do_the_modelcheck_for_real and write only if not NULL

model-checker : restore independence between iSend/iRecv and Wait requests

model-checker : update state equality detection

- ignore field in mmalloc meta-data equal to the amount of elements to ignore in this area
- match_equals was applied twice in heap comparison algorithm, remove one unnecessary call
- apply these changes in system-state equality comparison

Tesh sort wanted output

new attempt to stabilize the use of underscores on f90/f77/f2c

freebsd compatibility

remove states for the new tracing option, as only links are really useful

switch back from two underscores to one in fortran names, to allow linking with external libs

add a cfg:tracing/smpi/internals option, to trace all pt2pt communications during a collective one
This provide a better view of the pattern, useful for debugging

update dtd

add a loopback_lat and loopback_bw to cluster tag

add limiter_link option to cluster tag, to add a pseudo-shared link, to limit bandwidth reachable with a fullduplex link

add a bunch of bindings/new definitions of unimplemented MPI-2 functions, to make bigdft happy again

Cosmetics: those are regexps.

Remove extraneous parentheses, and silent clang.

Make dist complete, and fix "make distcheck".

Fix build without smpi.

Don't build smpi in a separate library anymore.

Add collectives for allgather, allreduce, bcast and reduce

model-checker : add example (electric_fence) to check the soundness of the verification with DPOR and delete another one (random_test)

fix for windows -- not sure if it's still mandatory, but I guess so

Fix various build errors.

Mainly unused variables, or pointer arithmetic with pointers to void.

The builds with compile optimizations are still broken, because of smpi symbols
imported in libsimgrid, but I'm not sure how to fix this properly.

Reindent files before changes.

Missing include.

model-checker : variable declaration deleted with a previous conflict

model-checker : add variable deleted before to resolve a merge conflict

model-checker : ignore variable about time used with tracing

model-checker : if acceptance cycle is detected, get num of equal pairs

model-checker : last fix in DPOR algorithm if max depth is reached

If max_depth is reached, the last state in stack may have a process
interleaved with a request not executed yet. In that case, we start to
apply the independence theorem with this last request not executed
yet. Otherwise (no more process to interleave in the last state of the
stack), last state is deleted before starting to apply independence theorem.

model-checker : update bugged1 tesh

documentation cosmetics

fix some simple errors in the commit of Paul (not enough to compile here)

rework the SMPI documentation quite a bit

split SMPI documentation into a specific file (no real change)

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fix sendBounded java binding

Add colls.h to DefinePackages

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add alltoall collectives from starmpi

Dumb commit: kill empty line.

Kill unused variable.

model-checker : use xbt_free_f instead of a new function which do the same thing

model-checker : fix soundness of DPOR algorithm if max depth is reached

Also link with platform independent libunwind.