model-checker : Add statistics about comparison times for each pair reached:

- if debug log enabled for mc_compare:
  - number of comparisons done with this pair
  - for each comparison step : number of different states, comparison times (average, max, min)
- otherwise
  - number of comparisons done with this pair
  - snapshot comparison times (stopped when the first difference is detected)

cosmetics and fix ugly bug in windows code

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

[trace] bye bye triva, welcome viva

todo:
- update documentation

update doc for asynchronous send

[trace] do not extract topology graph if user ask to do so (by disabling --cfg=tracing/platform/topology)

[trace] new tracing option to disable the topology tracing as a graph

do:
--cfg=tracing/platform/topology:0 to disable it

[trace] cosmetics, platform is registered as a hierarchy, not as a graph

update doc to reflect change of the stack_size parameter

avoid setting the value of the stack size for thread factory if the parameter is not explicitely set by the user (this is a bit annoying, as it adds a global to check the initialization, but it handles the case were the explicitely wanted value is also the default one)

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

model-checker : remove chunks used comparison at the beginning of mmalloc_compare(), done at the beginning of snasphot_compare()

model-checker : unset raw heap after display of statistics if complete exploration without acceptance cycle found

model-checker : get times elapsed for snasphot comparison

model-checker : add ignore mechanism for global variables (data + bss segments) in libsimgrid

model-checker : get start of libsimgrid bss segment for MC_ignore mechanism

model-checker : typo

Shake up snapshot comparison : apply a new order of comparison
- number of chunks used in heaps
- size used in stacks
- binary/libsimgrid data segments
- heap comparison algorithm
- local variables with DWARF and libunwind

If debug log is enabled on mc_compare, comparison is done entirely otherwise comparison stops when a first difference is detected.

model-checker : remove unnecessary comment

model-checker : move creation of initial_state_liveness in MC_init_liveness

model-checker : add size of stack in parameter of the function MC_new_stack_area

model-checker : getter function for chunks used in heap

model-checker : use statistics already included in heap struct for the comparison of fragment/block used

model-checker : initialize global variables

add a function in xbt to allow setting the stack size of a pthread, according to the value of the contexts/stack_size parameter (which was only raw/ucontext before)

model-checker : enable WaitTimeout requests only if cfg flag model-check/timeout:1

model-checker : new command line flag (model-check/timeout) to enable/disable timeout for wait requests with model-checking

model-checker : initialize variables (compilation error with optimizations)

model-checker : add debug information on processes enabled for each state

model-checker: add chord example for liveness property model checking

model-checker : initialize global variable ignore_done and set its value to 0 at the end of heap comparison

model-checker : remove backtracking if no more request to execute in system state, search evolution in Büchi automaton

model-checker : comment trigger for state equality detection

model-checker : improve debug information for stacks comparison

model-checker : add local variables from xbt/ex.h in ignore mechanism for stacks comparison

model-checker : ignore some local variables from xbt/ex.c for stack comparison

model-checker : update examples for test snapshot comparison

model-checker : memory free

model-checker : verification of current_heap

model-checker : add ignore mechanism for comparison of local variables

model-checker : remove declaration of unused function

model-checker : fix dynar index in algorithm to get local variable location

add timeout to compute tesh, as i386 debian is painfully slow with it and fails

as MPI_Iprobe always use a 0-sized request, do not check if this size is different from the sent one, and do not answer MPI_ERR_TRUNCATE

add a tesh file and test for two already existing tests, to improve coverage of smpi_bench.c from 15% to 68%

handle MPI_UB and MPI_LB for real, activate tests in the test suite for this (and deactivates sendrecv4 which was working by accident, as MPI_BOTTOM is not handled)

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add an example of generated pdf from simgrid scalability

replace explicit smpi_sleep calls I introduced in some examples by sleep ones

quick fix that hopefully won't break too much compilation ... the second parameter of gettimeofday should never be used, and its type changes on some systems (void* or struct timezone*). As we don't need it, I just removed it from smpi_gettimeofday, which now takes only one parameter

do not fail when building smpi without f2c, as it is now possible

move defines frmpo smpi.h to mpi.h, to avoid using them when compiling smpi (the sleep one did weird things on macos platforms). They should be used for client codes only

remove todo, once done

Change parse for exec to be complient with simgrid-scalab

Oups

Reused mem check in pipol

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Remove all navarro into source of pipol

Variable is unused, remove it.

use MSG_host_set_property_value everywhere

better to use a function that exists than dealing with the underlying
data structure directly
test two other uncovered functions while at it (update tesh accordingly)

Correct way to use CTestCustom.cmake

small change for future fortran tests in context folder

add changes to previous commit on ctest

correct behavior of smpi_group_excl and  smpi_group_intersection functions, and activate the group_test test frop the mpich-suite

modifiy alltoall test to cover all 3 algorithms currently implemented in smpi

add a CMakeCustom.cmake file, which is automatically used by ctest to handle custom commands. these were inside CtestPipol.cmake, and were ignored (see kitware.com/blog/home/post/27 for details about why they force this file). The coverage has dropped in the cdash, due to the fact that we now calculate the coverage based on simgrid files only, not on test files ..

Add docs

Cosmetics

Update target sync-pipol

Add a new target for update pipol scripts

Comsetics. Replace exec_program by execute_process

Fix compilation error.

src/smpi/smpi_mpi_dt.c:156:10: error: no previous prototype for ‘smpi_datatype_get_extent’ [-Werror=missing-prototypes]

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fix doxygen table generation

handle nested datatypes in smpi (structs of vectors for example), which previously were causing a warning. Activate two tests from the suite to test these cases.

Cosmetics. Remove unused part

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add doc for dev_guide

Force Fortran compiler name, before calling enable_language(Fortran).

Fix commit 95cd71e835559251f778c5e3676a49e881172ba6, avoiding unnecessary
cmake runs.

This variable is useless.  CMAKE_Fortran_COMPILER is used as linker.

Slight reindent.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Comsetic and uninstall lib lua and man for tesh

WORKING_DIRECTORY option for add_test was not supported until cmake 2.8.4, leading to issues and failed tests with previous versions

remove absolute paths from test scripts

Fix compilation without MC.

Optionally look for a Fortran compiler.

Without that, CMake complains that it "cannot determine link language"
for Fortran targets.

This is not perfect: cmake is run systematically when doing make :(

model-checker : update second parameter of mmorecore function (size is a size_t not an int)

model-checker : store initial snapshot in structure malloced in raw_heap

model-checker : don't call exit at the end of MC (segfault on atexit)

model-checker : update debug information

model-checker : remove the display of promela property

model-checker : test examples for snapshot comparison

model-checker : New public functions to take a snapshot and compare two snapshots from user application using new simcalls (simcall_mc_snapshot and simcall_mc_compare_snapshots)

model-checker : let some debug information with XBT_INFO

model-checker : check current heap

model-checker : update bprintf format for local variables

model-checker : fix memory leaks in heap comparison

model-checker : clean debug information in bugged1_liveness example