Temporarily disable an option

The option somehow changes the results in the MC from previous
experiments. It is disabled temporarily in this commit in order to be
able to reproduce those results with the new commits.

[mc] Remove reference to DW_TAG_mutable_type:

Is was in a DWARFv3 draft but was removed from the final version: it
was removed from libdw which breaks compilation.

typo -= 2

protect these calls to smpi_datatype_size as they are not always relevant

Fix problem with unknown datatypes in replay/tracing.
When datatype was unknown to replay, it was replayed as MPI_BYTE.

This modification adds a parameter to encode_datatype, to tell tracing that the datatype size has to be taken into account in the count parameter
This results in the fact that a message of count*datatype_size being replayed as a message of (count*datatype_size)*sizeof(MPI_BYTE), which is the same.

This is not a perfect or elegant solution, but :
- it works.
- it handles manually created datatypes
- it doesn't break previously generated replay files
- it avoids testing each time 50 different datatypes (see encode_datatype function)
- the new parameter avoids doing strcmp with "-1" at each time, performance should not be too bad

There should not be msg datatypes here

[mm] Disable HAVE_GNU_LD code in order to get rid of the junkarea

The HAVE_GNU_LD mode of mmalloc delegates in some cases to standard
malloc()/free() which are resolved with dlsym(). This cause some
bootstrap problems which are only resolved with the junkarea: the
junkarea is regularly broken when adding dependencies because the
junkarea is then too small.

By disabling the HAVE_GNU_LD path, we get rid of the junkarea hack.

clean after augustin, as usual

Remove the unmodified NAS examples as they are really useless nowadays

I'm still unsure of what to do with the modified ones. I vote for
removing them if we have enough examples already.

Remove warning about uninitialized variable

Don't use xbt_os_time() when not needed

Fix small leak in NetworkIBModel::NetworkIBMode()

[mc] Disable timer in MC

Timers break state comparison.

[mc] Fix distcheck

[mc] Add useless parends to remove WTF warning-which-is-an-error

Simplify use of dict for smpi attr handling.
Switch from char keys to direct int keys, as in MPI, because we can, actually (with dict_ext functions)

replay_multiple should really work with out of build tests, now

[mc] Don't fork another process in the hop spot, MC_get_current()

use the manually privatized version of this algorithm only when needed.

add mpi_info_* support to fortran, and activate relevant tests

[mc] Fix the stack-cleaner

 * '1 => tempfile' does not work on some versions of Ruby;

 * make sure the system() arg is not passed to the shell.

[mc] Add MC_dump_stacks

forgot copyright info at some point ... shame

uncomment some calls to free

Add mpi_info support for rma calls

this test should now work with out-of-source builds

replace xbt_dynar_member by xbt_dynar_search_or_negative in this test.

There is a weird bug with xbt_dynar_member on some systems.
When an exception is raised, backtracking mechanism of libc6 can cause segfaults (and valgrind complains quite a lot, even on systems where it does not crash)
Is this related to https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=735090 ?

example obtained stack
 Invalid read of size 4
    at 0x476E383: backtrace (backtrace.c:141)
    by 0x43DC03B: xbt_backtrace_current (backtrace_linux.c:84)
    by 0x43DB200: xbt_dynar_search (dynar.c:474)
    by 0x43DB31F: xbt_dynar_member (dynar.c:511)
    by 0x80494A3: test_launcher (host_on_off_processes.c:35)
    by 0x43C889E: smx_ctx_sysv_wrapper (smx_context_sysv.c:187)
    by 0x46B2BDA: makecontext (makecontext.S:87)

As functionality is the same, using the exception-less version of xbt_dynar_member should avoid the problem, until we find out more about it

[mc] Fix FD checkpoint/restore

model-checker : comment debug printf

model-checker : save and restore file descriptors

deactivate test that actually needs MPI_Type_get_envelope

cleanup after martin's cleanup

clean after augustin ;)

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

fix the tesh of one last command

Thanks adsein for all your great work on these points.

changelog update

Add preliminary support for MPI_Pack, MPI_Pack_size, and MPI_Unpack.
Activate tests for these functions. Somes cases with too complex imbricated datatypes are not supported (yet).

fix compilation without mpich3 testsuite

update gitignore and changelog

revalidate yet another tesh output

I also changed the outputs done by the program to ease the life of tesh.

revalidate another tesh file

revalidate a tesh output

Add mpich3 tests for MPI_Info calls.
As expected, the get_nthkey does not behave as expected, and it won't.

Add MPI_Info_* support.
This adds MPI_Info_create, MPI_Info_free, MPI_Info_get, MPI_Info_dup, MPI_Info_delete, MPI_Info_get_nkeys, MPI_Info_get_nthkey, MPI_Info_get_valuelen functions.
This is just basically a xbt dict wrapper.

We may have issues with the get_nthkey, as the xbt dict does not really keep the order.. but this mpi call is hum ... stupid? aniway.

[mc] Fix the previous stack-cleaning optimisation

[mc] Do nto clean the main stack

We only need to clean the stacks of the application processes.
Otherwise, we spend a *lot* of time cleaniong the stack in the MC code
which slows SimGridMC a lot and is useless anyway.

The way we check if we need to clean the stack is currently quite
haskish and could be improved.

[mc] Add stack-cleaning compiler wrappers

This compiler wrappers clear each satck frame before using it in order
to avoid issues with unitialized variables in SimGridMC state
comparison.

Compiling with those compiler is much slower.

Remove some most simcall HEADERs

[popping] allow to omit the handler

simcalls handlers are good to get extra arguments from the simcall
(such as the issuer) or to check the parameters, but when there is no
such thing to do, they just load the picture for nothing.

document my recent changes in simix

rename smx_action_t to smx_synchro_t

This is an old idea, that I want to implement since at least 3 years.
It removes an ambiguity with surf_action_t, and makes it explicit that
these things are a way to synchronize the processes with their
environment.

better handling of blocking simcalls in the generated popping

Blocking simcalls were marked as simcalls returning void. Being
explicit helps in that obscure part of the code.

some more cosmetics in the popping generator

Generate automatically the simcall_HANDLER_* prototypes

- Writing this code manually was burdensome
- This allows to check that the definition in simcall.in actually
  match the handler prototype (safer as we are casting wildly)
- This allows to detect (and destroy) some now unused simcalls

kill dead code

[popping] cosmetics in doc and generator

rename all SIMIX_pre_* to simcall_HANDLER_*

This is consistant with simcall_BODY_*, and more explicit

Rename smx_user to libsmx (to mimick libc/smx)

finish the s/smurf/popping/ renaming

Actually, that strange dance is called Popping in English and Smurf
only in French :)

improve a bit the documentation of popping, and align code with doc

make smx_popping_bodies.c parsable by eclipse (kinda)

cosmetics in the popping generator

typo

kill dead code

further simplification of the popping in simix

Remove the 'TUTORIAL: New API' chunks

This loads the code, and I'm not sure that it is of any help,
actually. Adding a new API is rather uncommon, and the existing ones
are clean enough to serve as an example, nowadays.

rename a generated file involved in the kernel popping

kill dead code

[mc] Split config code into mc_config.c

[mc] Make MC_resolve_subtype() and MC_resolve_subtype() static functions of mc_dwarf.c

Those functions belong to the mc_dwarf.c layer and are only used there
anyway. Move them here, mark them as static in order to reduce the
number of exported symbols and reduce the cross-layers dependencies.

small correction

provide user-friendly errors when replay encounters a badly formatted line.
Avoids segfaults in this case

Somehow .. we forgot to replay allgather.

root should be optional for gather replay (as it is everywhere else)

Add tracing for RMA calls

previous commit was a mistake. Handle the case more gracefully.

don't push null request back in the dynar

we should not set error flag when wait or test is called with a null request.
This is explicitly allowed by the standard.

avoid code duplication that lead to out-of-date fortran mpi_init_thread

[mc] Document/simplify MC_request_is_enabled()

[mc] Simplify mc_update_comm_pattern

[mc] DRY with mc_update_comm_pattern() (broken)

[mc] DRY by adding get_call_type()

[mc] Try to DRY in MC main loops

add a (unused) fortran datatype for compilation of recent bigdft

somehow we forgot MPI_REAL datatype C-fortran compatibility

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

using walltimer in adaptive algorithm

doc update

Apply patch suggested by fabien Chaix. This avoids issues with reqq being deleted in replay waitall
This also removes the MPI barrier in replay finalize, which was not needed anymore

Loooong due Changelog update

Add option to configure the factors used for IB model

[smpi+mc] When restoring a snapshot, always remap the SMPI privatisation segment

After restoring the global variables in a snapshot, the global
variable containing the currently active SMPI privatization segment is
overwritten. As a consequence, the segment SMPI thinks active might be
inconsistent with the currently active segment (which the kernels
knows about).

In this case, we want to remap the segment regardless of what SMPI
thinks.

We might be more clever to avoid unecessary segment switch if the
segment which is really mapped is the same as the one we want.

really fix dist

fix dist

Change verbosity of debug messages

Add a new Infiniband network model, based on the works of Jerome Vienne.
This computes penalties on communications to account for the slowdowns experimented on real systems, and modeled by jerome
check http://mescal.imag.fr/membres/jean-marc.vincent/index.html/PhD/Vienne.pdf for details

known issue: doesn't work yet with permanent receive mode, as some surf actions are not released properly

Add a safe version of lmm_get_var_from_cnst to avoid looping forever when iterating on a dynar we reorder dynamically

Remove irrelevant API documentation

disable clang on travis