Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Fixed cmake/doxygen errors on old systems.

cmake 2.8.7 on Ubuntu 12.04 LTS does not support the
DOXYGEN_VERSION variable, hence documentation can never be
built as this variable is required.

The added code checks whether the DOXYGEN_EXECUTABLE
is set and executes doxygen --version itself; hence
making this variable available.

Tested on Ubuntu 12.04 LTS.

Change order of initialization.
If the cpumodel is constructed before msg init is called, a log message is sent without proper init
This meant undefined behavior, and in one particular case the wrong locale being selected, the message used a comma as a separator instead of a dot.
There was a big hint in the comment just before : "do not do anything before the msg.init call !"

Change include order for smpi tests/examples to avoid conflicts
This include folder is the one where our mpi.h file lives.
This file is provided by various other libraries.
When another simgrid include folder contains another mpi.h file from another library, build is broken
This trouble was seen on a freebsd system with graphviz installed, which added an include path in /usr/local/include, where there was a mpi.h file from mpich
This commit forces the one from smpi to be the first and only mpi.h file examples/tests do use

avoid breaking with recent freebsd that implement this flag (as the comment said)
This should help other bsds as well

kepler->luna

Ensure that MSG_host_self() works from maestro context

avoid word being recognized as special by doxygen

typos

update doc about privatization .. \nThis was not updated yet. The option was documented in options.doc, so this my be a duplication of information

fix tesh

requalify teshes for vm migration

update changelog

doc update for new appenders

Patch by F.Chaix : add two "new" log appender methods : split and roll
split will create new files when a specified size is reached
roll will overwrite the file when this size is reached
example syntax is : --log=root.appender:splitfile:10000:myfilename_%.txt

The % is a wildcard that will be replaced by the number of the file. If no % is present, it will be at the end

more documentation about the simcall mechanism

(try to) avoid looping forever, temporarily.

This value was 10 before, and was set to 3 recently, but weirdly this caused vm migration simulations to loop forever.
It works with an infinite timeout, but the message is lost with a few values (1,2 ,3, 6, 9 were tested and failed, other ones up to 13 at least do succeed), while succeeding with other ones (after a few hundred timeouts, so this seems to be working)
So if an MSG expert sees this and can find the problem here ..

Test should still fail with this patch, but just because teshes were not requalified yet

Fix windows build (this is now used from the java library)

fix dot output with file descriptor checkpoint/restore

Put a 300 seconds timeout on each test with ctest
This should really be enough (the default was 1500...)

Fix build
Some vm tests are still broken and some are looping, they need to be fixed

[mc] Remove redundant typedefs

Clang complains about typedef redefinitions in pre-C11 mode.

bashism -- (fix https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=772329 )

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Fixed return values for several MPI_WIN functions

(statements had to be wrapped in else-clauses)

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Few temporary debug messages - adrien

Add a mutex to lock access to the SMPI mailboxes when a message is posted
Should avoid race condition, while keeping isolation from SIMIX

Revert "Avoid using simcalls here, as by descheduling the process, we could misplace some messages in mailboxes, and end up deadlocking."

This reverts commit 63ba498484d4fcfc706be1e514d7fedbc6c9f4be.

activate mpich3 tests for post/wait/start/complete RMA calls

Add MPI_Win_post, MPI_Win_start, MPI_Win_complete, and MPI_Win_wait support.

This is the second (out of 3) of the classic MPI RMA synchronization methods.
This version is naive and may not be what real MPI lib do, as the standard lets the implementer chose the behavior of theses calls.

[mc] Fix distcheck

[mc] Don't include libunwind.h in non MC builds

Merge branch 'master'

[mc] Don't use unprototyped functions

[mc] Remove useless header #includes

forgot to add this include

let's try to please windows

Avoid using simcalls here, as by descheduling the process, we could misplace some messages in mailboxes, and end up deadlocking.

Calling directly SIMIX functions is not really the best, but it may fix a bad heisenbug

typos-=2

avoid problem when freeing pointer with lb!=0

do the same thing as before with IB model parameters

[mc] Modularise header files for MC

This is a preparation step for the upcoming refactorisation of the MC
code in order to MC an external process.

[mc] Define a type for MC object information flags

[mc] Remove MC_ignore_global_variable() calls

 - compared_pointer which does not exist;
 - smpi_current_rank does not exist;
 - maestro_stack_start and mastro_stack_end doe not need to be ignored.

[mc] Enable MC specific behaviour in replay mode

Revert "[mc] Enable MC specific behaviour in replay mode"

This reverts commit 33eca433c4f055cdfcc55e46d125f8708e1848c7.

Build is broken.

[mc] Enable MC specific behaviour in replay mode

[mc] Remove useless condition check

[mc] Only enable the umpire test for MC builds

Use pthread mutex instead of semaphore in mm

Fix dist

s/formated/formatted/

[mc] Initial support MC record/replay

The idea is to record an execution path in MC mode inorder to be able
to replay it outside of the MC (event with a non-MC build). Some very
basic (an unobtrusive) MC code is compiled even when MC is disabled.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

and now, fix the java teshsuite, re-sorry

I shouldnt try to hack on simgrid at week-ends :-(

fix the build of java bundles, sorry

Dont produce that pdf output that we dont use

reindent and improve displayed message

put together the java-based tests

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

move smpi bandwidth and latency factors out of the ifdef HAVE_SMPI. SMPI and IB network models can be used without using SMPI

merge msg_vm.c - adrien (please note that there is one line (destruction of the tx_process) where I don't not remind whether it is usefull or not... this can lead to a crash unfortunately, I will fix it later)

Remove warnings in vm

Fix dist

remove potential bug / clang warning
size_t being undefined, the comparison < 0 was never true

support timeout of migration

Fixme: The default timeout value is hard-coded. Modify it and compile
the code if necessary.

fix indent in migration code

remove unnecessary comment out

remove the unnecessary vm object in migration

remove unused code in migration

remove trailing space in the migration code

remove unused migration code for CPU overheads

This commit should not affect anything.

[mc] Test if the stack-cleaner has any effect

In order to test this:

 * we compile the same test program with and without the stack cleaner
   (`-fstack-cleaner`, `-fno-stack-cleaner`);

 * in this program, we move random bytes in the stack;

 * we expect the stack-cleaner to zero them out.

This test in only used if the configure stack-cleaner is detected to
support the `-fstack-cleaner` CLI option (it is the stack-cleaner
compiler wrapper).

[mc] Disable/enable the stack-cleaner from a CLI argument (-f[no-]stack-cleaner)

[mc] Fix the stack cleaner

The condition was broken and the %rsp limit was too high.

[mc] Fix umpire tests

Merge branch 'xp'

Revert "Temporarily disable an option"

Back to normal.

Temporarily disable an option

The option somehow changes the results in the MC from previous
experiments. It is disabled temporarily in this commit in order to be
able to reproduce those results with the new commits.

Infrastructure for statically defined tracepoints

3 modes are supported on compilation:

 * normal (no SDT);

 * SDT (systemtap statically defined tracepoint);

 * UST (lttng userspace static tracepoint, compatible with systemtap
   if LTTNG_UST_HAVE_SDT_INTEGRATION).

[mc] Remove reference to DW_TAG_mutable_type:

Is was in a DWARFv3 draft but was removed from the final version: it
was removed from libdw which breaks compilation.

typo -= 2

protect these calls to smpi_datatype_size as they are not always relevant

Fix problem with unknown datatypes in replay/tracing.
When datatype was unknown to replay, it was replayed as MPI_BYTE.

This modification adds a parameter to encode_datatype, to tell tracing that the datatype size has to be taken into account in the count parameter
This results in the fact that a message of count*datatype_size being replayed as a message of (count*datatype_size)*sizeof(MPI_BYTE), which is the same.

This is not a perfect or elegant solution, but :
- it works.
- it handles manually created datatypes
- it doesn't break previously generated replay files
- it avoids testing each time 50 different datatypes (see encode_datatype function)
- the new parameter avoids doing strcmp with "-1" at each time, performance should not be too bad

There should not be msg datatypes here

[mm] Disable HAVE_GNU_LD code in order to get rid of the junkarea

The HAVE_GNU_LD mode of mmalloc delegates in some cases to standard
malloc()/free() which are resolved with dlsym(). This cause some
bootstrap problems which are only resolved with the junkarea: the
junkarea is regularly broken when adding dependencies because the
junkarea is then too small.

By disabling the HAVE_GNU_LD path, we get rid of the junkarea hack.

clean after augustin, as usual

Remove the unmodified NAS examples as they are really useless nowadays

I'm still unsure of what to do with the modified ones. I vote for
removing them if we have enough examples already.

Remove warning about uninitialized variable

Don't use xbt_os_time() when not needed

Fix small leak in NetworkIBModel::NetworkIBMode()

[mc] Disable timer in MC

Timers break state comparison.

[mc] Fix distcheck

[mc] Add useless parends to remove WTF warning-which-is-an-error

Simplify use of dict for smpi attr handling.
Switch from char keys to direct int keys, as in MPI, because we can, actually (with dict_ext functions)

replay_multiple should really work with out of build tests, now

[mc] Don't fork another process in the hop spot, MC_get_current()

use the manually privatized version of this algorithm only when needed.

add mpi_info_* support to fortran, and activate relevant tests