activate some more tests

Fix compilation issue

Implement MPI_Keyval_create, MPI_Keyval_free, MPI_Attr_get, MPI_Attr_put, MPI_Attr_delete calls

provide new unimplemented signatures for RMA MPI calls

don't provide sync-gforge-doc* targets if doc is not enabled (cmake warning)

various fixes about replay and buffer usage

When display timing is set, also display global simulation time and application times
This allows to check if most of the time is spent in the application, or in Simgrid
Add a hint if more than 75% of the time is spent inside the application's code (to use replay or sampling)

Change way replay is handled, to allow cohabitation between replay and "classic" SMPI

this buffer was not meant to be shared

use correct free method for buffer

add MPI_Win_get_group, and activate some tests using *c2f and *f2c calls

avoid issues in fortran codes

Add forgotten MPI_Comm_f2c and MPI_Comm_c2f calls

[smpi] Leave the underlying structure of MPI_File opaque

[mc] Fix conversion from char 0 into  char*

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fixes in adaptive algorithm

31e0f216b4 was sending some other executables to the wrong directory

have last algos use also temporary buffers

change name of some targets for mc, to avoid warnings by recent cmake

avoid the flag finline-functions with mc and clang, also

add some more calls to smpi temp buffers allocation functions

Disable the multiple replay test with MC.
It uses too much memory on ci slaves.

remove unwanted !

activate this flag only for gcc, as it now generates a warning for clang > 3.4
The flag is not used by clang, which used to just ignore it.

intercept correctly calls with unitialized communicators

Have replay always use shared buffers instead of allocating new ones, even inside collective ops.

for replay and collectives, only allocate buffers once (grow it if needed).
As we don't have shared malloc on all platforms, this should be more ci-friendly

fix bug still happening with dash

Fix replay files (alltoallv replay has changed since it was generated))

make deployment script generation posix friendly (remove bashisms, and try to stay efficient)

Add an example that shows how to replay multiple applications at the same time
Check README for more details

Add an option to have a sleep time before the start of a replay instance

small changes to make multiple replay easier

Added adaptive algorithm to find optimal threshold over simulations

use barrier from the active selector for replay

same issue with java bindings without NDEBUG

use _XBT_GNUC_UNUSED instead of previous buggy fix.
Thanks agier for the report

Revert "Don't use variables only for asserts."

This reverts commit c63217359371b823ac279159633e66bc0ea8bb6f.

Don't use variables only for asserts.
When enable_debug is turned to off, they become unused and induce warnings/errors

NDEBUG was not used on C++ files when enable_debug was set to 0

Fix failing tests when enable_debug is not activated.
Adds an alternative tesh file for logs

Fix Cmake warnings/errors since Cmake versions > 2.8.12

[xbt/surf] Change the costly heapremove+heapinsert used in share resource lazy algorithm.
Add a xbt_heap_update function, to set a new value for a element in the heap

fix reduce_scatter ompi

Win build does not support mmap, or shared_malloc

Always build Fortran bindings..
They are in C, they don't need Fortran compiler, and if we release the built library, we want them.
And also it fixes the build, broken since my last commit ..

Implement MPI_*_c2f MPI_*_f2c functions
Actually they were already implemented but with another name, make them public..

missing include

put back sleep time before actual send and recv.

doc update

don't set knomial factor for reduce, have it be computed at runtime

add one algo to the list

[mc] Add a (compile time) option for content addressage page store

With a simple hash, we expect collision to happen: when inserting a
new page in the store, each stored page with the same hash is compared
(memcmp-ed) with the current page.  If a page already present is
inserted, the content of the stored page is always pulled in the
cache: when inserting n pages, into the page store at least 2×n pages
are pulled in the cache.

With this option, a collision-free fingerprint of each page is
computed.  As there is no collision, we do not have to check the
content of the stored pages.  MD4 is used as we do not need security
against malicious users and it is much faster than more sescure
cryptographic hashes.

Fix bug in addtests macros.
Variables are global in Cmake, and ARGR was used int two different macros, resulting in tests being executed will all factories activated..
In the end only Thread factory seems to have been tested in the last few months ...

Fix issue with precision in 394ea1fb (on 32 bits platforms mainly)

requalify tesh

Fix order of mailbox checking
Some messages were not assigned correctly. This is still a mess.

no \n in debug messages

fix build

enable by default asynchronous sends for small messages in mpich teshsuite.

remove useless flag in tests

test for replay - enabling buffer sharing by default when replaying
Only one algo for now, maybe more later

Fix bug in lmm_solve, which triggered incorrect die_impossible situation
Copyright alvin 2014

Fix bug in SMPI with permanent receive mode.
Receive can be posted with a size exceding the asynchronous threshold, while corresponding send was posted with a smaller size.
This is legal in MPI, but caused SMPI to put one request in the large mailbox and the other one in the small mailbox, thus preventing matching of messages, and causing deadlocks
Probing is used now, in order to try to match a message in the other mailbox before the actual operation.

update algo

forgotten include file

resolve conflict

change iprobe in order to allow probing on outgoing communications (has the receive already been posted)

Add a little hack to have replay + SMP collectives
The problem was that having replay active did make SMPI skip all buffer copies.
But in this function we actually need the data exchanged between processes.
So we temporary tell SimGrid it is not replaying, here.

leak --

don't use calloc for these buffers
Initializing them to 0 made them use physical memory, while letting them uninitialized, (and unused as in replay we may not need them) puts them in virtual memory

avoid warnings (and errors) without debug enabled

warning --

update replay tesh

have replay use correct algorithm selection logic. Some of them did use only default algos.

[smpi] Restore privatisation mapping smpi_execute()

smpi_execute() calls a the host_execution simcall which might generate
a process switch. After this, we might not have the correct SMPI
privatisation region: we have to rectore it. The correct privatisation
mapping is needed by some code between smpi_bench_end() and
smpi_bench_begin().

[smpi] Fix typo when fixing memory allocation (again)

[smpi] Fix typo when fixing memory allocation

model-checker : disable smpi bench timer if MC enabled

[smpi] Change parallel arrays into array of structs

[smpi] Simplify code for SMPI privatisation

[smpi] Use SMPI namespace for some public variables/functions

Avoid tautological-compare

Clang complains about tautological compare: it seems an unsigned
integer is always non-negative.

[smpi] Allow zero-sized custom datatypes with MPI_Type_contiguous()

MPI_Type_contiguous(0, oldtype, newtype) is valid in MPI but SMPI does
not accept it as the resulting datatype is considered invalid: SMPI
does not accept datatypes with size of 0. Fix the datatype validation
function in order to accept this.

This type of datatype is used in bcastzerotype.

bcast-NTSL is fixed as well (division by zero).

Merge branch 'mc'

[mc] Fix smpi_process_index_of_smx_process()

The SMPI process ID is simply the SIMIX PID - 1. The previous solution
(getting the data field of the SIMIX process) was mostly correct but
the 'data' field was not initally set to the SMPI process data
structure (but was NULL).

Make the cast explicit in smpi_process_index_of_smx_process()

When getting the SMPI process data from a SIMIX process a cast is done
from void* to smpi_process_data_t. Make it explicit.

[mc] Initalize the SMPI options before creating the processes

This is necessary because the MC code handling the creation of
processes needs to be aware of the SMPI options. This look like a huge
mix of the different layers (SMPI, MC, SIMIX).

Add a xbt wrapper for simcall_mutex_trylock (asked in [#17878])

remove outdated paragraph in faq

add mention of valgrind and gdb in documentation of context factories

warning --

bring back network model updateActionsStateFull function. network/optim:Full option should work again
It was previously returning an unimplemented exception

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Throw a host failure exception instead of a jni one - adrien

[mc] Revert to previous heap scanning method

There are issues with the current version.

[mc] Fix bug in mmalloc_compare_heap() when a ungragmented block is handled as a fragmented one

This bug was introduced by the commit of MMALLOC_TYPE_HEAPINFO.

[mc] Better condition for switching privatized data segment in MC_restore_snapshot()

[mc] Fix MC_snapshot_add_region() to forward correctly its arguments

As start_addr==permanent_addr for every call of
MC_snapshot_add_region() there is no impact on the current behaviour.