[trace] documentation for new tracing options (comment, comment_file)

[trace] missing documentation for tracing/basic option

[trace] update tesh'es to contain simgrid version that generated them

Revert "[trace] remove version, otherwise we'll have to updates tesh'es at every release"

This reverts commit b4a1edc6568563a179fc1177a36421094d0bf6ac.

[trace] update tesh'es

[trace] remove version, otherwise we'll have to updates tesh'es at every release

and use active voice

[trace] reflect new tracing options in smpirun script

cosmetics

[trace] dumping comment and comment_file to trace files when requested

fix, removing tabs

[trace] new tracing options to add comments to trace files

fix: missing undef

fix a compilation warning/error in MSG_task_isend_with_matching instrumentation

[trace] instrumentation of MSG_task_isend_with_matching

details:
- tracing only works for asynchronous messaging on sender side for now
- let us know if you need to trace a simulation with asynchronous messaging on the receiver side

[trace] instrumenting MSG_task_dsend

add tracing for the trace replay tool. produces a trace, have to
visualize it now.

Update file example for ls command

Add a function ls to storage

don't need to synchronize processes anymore

slight change in the example that lauchs everything

functional implementation of trace replay on top of SMPI.
Major modifications required in the input traces:
* get rid off the "p" before the rank of the process (it was useless
BTW)
* add the message size to the recv actions (simplify a lot of thing, and
we can get it easily from the TAU traces)

add some test to not perform some memcpy. Mandatory for trace replay on
top of SMPI. We don't care about data, so the send and recv buffers are
always NULL. memcpy doesn't like that at all.

add a getter to user data attached to a smpi_process

add a getter on user data attached to a smpi_process

attach time-independent traces to processes when the executable is
called replay. It takes only one argument that is a file listing the
traces to attach. If there is only one trace in this file, all the
processes try to find their own actions in it. Otherwise, they have
their own trace to read.

doxygen correction: SD_READY state doesn't exist anymore, replaced by
SD_SCHEDULABLE.

add a field to attach user data to a smpi process and the associate set
function

Add a simcall for as and router property

Add 3 msg functions to get and modify property of an AS or router

Cosmetics. (Forgot from a previous renaming)

Finalize properties on AS.

Add properties to AS structure (Not work for now) and use SG_PLATF_AS_INITIALIZER

Oups, take the information in the argument structure.

Rewrite the init of bypass mecanism (tks Martin;)

Completely remove route_t and replace by sg_platf_route_cbarg_t.

[trace] avoiding key clashes on paje links

[trace] only fixing some tesh'es, paje header has changed

add a little sed script to convert a paje trace (generated with basic smpi flag) into a vite-readable paje trace

forgot to add color for computing in previous commit

[trace] color fields must have type 'color'

add option to generate states for code outside smpi to allow computation timing (not completely accurate as some smpi calls are not traced yet)

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

[smpi,simix-network] remove a useless function

[trace] for some reason, simulated time changed in smpi -> fix tesh then

[trace] updating tesh'es according to header changes

details:
- albeit recent modifications on the header, only a white
space after the events number identification was removed

[trace] header re-organization (now with a basic version)

details:
you can generate a basic version of the header by passing
--cfg=tracing/basic:1 when launching your simulator (considering
you are using other arguments to enable the tracing)

[trace] fix color for MPI operations to correctly follow color specification

details:
http://paje.sourceforge.net/download/publication/lang-paje.pdf

[trace] new option tracing/basic (used to generate impoverished trace files)

details:
- this option should be used with visualization tools that are
incapable to read the complete Paje file format specification, as
detailed in this file:
http://paje.sourceforge.net/download/publication/lang-paje.pdf

model-checker : init result of simcalls for snapshot comparison done during simcall

model-checker : try first to associate each block or fragment with the same positiion in the other heap

model-checker : remove unnecessary step

model-checker : equal_to field of blocks/fragments updated twice with match_equals

modelc-checker : reset list of blocks/fragments pairs associated

model-checker : init equal_to field to -1 for each allocated block/fragment at the beginning of the heap comparison

model-checker : set size used to 0 when free fragment

make it clear that this platform only documents the NREN, not the whole computational platform

dafuk did I just see?

if this line induce a bug (see commit 05cd623), then kill it

Add a master/slave example using a generated platform, and using generated event traces

This example fails at the end for the moment, apparently because of autorestart.

Event trace generation: Change interface of constructors

The previous interface was not intuitive, even for me. I hope this one is better.
Replace 1 function by 3, and add the choice of the first value for state trace.

Platform generation: add a bittorent example using a generated platform

Platform generation: fex modification of the master/slave example

Change the topology generation parameter, so the program will have to retry the topology generation, as the first produced graph is not connected.
Correct a typo mistake.

Platform generation: fix the remove links function

Platform generation: record the router id

deactivate change induced by re7d52b71aae7 in logging for smpi which caused problems, waiting for a better idea

now that the simcall has been created, use it

Platform generation: add a master/slave example using a generated platform

Add a new simcall to get/set the receiver of a rendez-vous point.

Platform generation: little modifications to the connectedness check function

"Speed improvement" is not strong enough to describe the difference...

Platform generation: "clique" topology does not need to duplicate links

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Platform generation: generate routes

Platform generation: record the router id given while generation

Various hacks to unbench the logging to disk when run in SMPI

- First use of weak symbols aliases in our source tree :-/
  I hope it won't induce portability issues
- Only very partially tested, sorry.
  Read: it compiles, that's all I know

add getter/setter functions in simix to access more cleanly the process associated to the mailbox for permanent receive mode

Platform generation: Make link labeling work

Also check if the link is labeled when the callbacks have been called.

add missing includes

Platform generation: add some documentation

Trace generation: add some documentation

Factorize route ASroute bypassRoute and bypassASroute from sg_platf.
Replace char* gw_src/dst for edge.

First example for bypass platform wit sg_platf_new* functions.

Add a MSG_mailbox_set_async function to allow to set a mailbox to eagerly receive messages (the message is sent without waiting for the receive)

Remove link_list from surf_routing.c and add it into the structure of *route and *bypassRoute

model-checker : MC_ignore_init in MSG for ucontext

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

add an "smpi/async_small_thres" configure option to smpi, to allow to toy with the threshold used to determine whether a message has to be sent eagerly (without waiting for the receiver) or not. The default value is 0, to deactivate this behavior for now. (note: this is independent from the "detached" state that is for now used for messages < 64*1024 bytes, which should become a new config option also)

add an immediate asynchronous send possibility for messages. This can be set by adding a permanent receiver to a mailbox. This will be used by default in smpi (commit to come), and proposed for msg

Conflicts:
src/simix/smx_network.c

Remove unused structure and function

fix a bug causing surf to sometimes loop forever

Completely remove surfxml_callback.
Clean the way to create arg for the process.

Platform generation : REALLY check if the graph is connected

More cleaning for surfxml callback (property and trace*)

CleanUp unused xbt_dynar_t from callback

More condensed debug...

Event generator: Correct a mistake and add tiny debug

Add function sg_platf_new_* for *route and bypass*route.

Platform generation : Add a function to remove links in the graph

Platform generation : add a function to check if the graph is connected

and now, get the execution sampling macros work also when the user gives a maximal stderr AND a minimal execution count (hopefully)

dafuk? don't mix seconds and flops!

SMPI_SAMPLE_DELAY parameter were an amount of flops. Consider it as a
  delay instead.
Introduce SMPI_SAMPLE_FLOPS to report an amount of flops into the
  simulo (and use it in the replay part of SMPI)