[CMAKE] Add sampi_pampi.cpp and smpi/sampi.h to cmake

[SMPI/LB] Add files load_balancer.hpp and smpi/sampi.h

[SAMPI] Add sampi_pampi.cpp

This file contains the implementation for several PAMPI_* functions

[SMPI] Add 3 tracing functions for SAMPI

- TRACE_Iteration_in
- TRACE_Iteration_out
- TRACE_migration_call

[SAMPI] Added AmpiMigrateTIData

[ENERGY] Add new hook to fix issue with communication calls

See the comment in the commit

[SMPI/INSTR] Replace ! with 'not' ...

[CMAKE] Cosmetics (sort some smpi files)

reduce memory footprint of a test (640MB was a bit too much for some ci vms)

Fix double dashes.

add scripted description update for appveyor and travis

add the dumb script used to update project description on jenkins to the repo

oops

add system detection for ci builds.
Not really possible with cmake, so done by hand with help from https://unix.stackexchange.com/questions/6345/how-can-i-get-distribution-name-and-version-number-in-a-simple-shell-script
This will help scripting the description of the slaves

woops, revalidate this tesh too

Automatically rebuild the pages on git push on framagit

cosmetics in error message

simplify this example

cleanups in sphinx config file

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

doc: convert another chapter to RST

Get the documentation to build on RTD

doc: 'installation' converted to RST

doc: Main concepts

basic sphinx/breathe configuration for the documentation

plug leaks... Still don't like what's done here, it will need a good rewrite.

uniformity in Activity cancel()

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

test exec->cancel() and simplify another test

allow to cancel a s4u::Exec

Cannot use range-based for loop when container is modified.

One more filtered lib.

Wonder if we should not use a white list instead.

filtered_libraries++

Fix memory errors.

Spurious 'n'.

Keep list of filtered libraries sorted.

Remove useless thread_local.

It doesn't make any difference if context/factory is not "thread".

as the comment was saying, that was unsafe, and flang was doing something else

Don't free there for intel compiler, it breaks.
Yes, that means leaking.

[HostLoad] And lastly: Update the hooks used

[HostLoad] Update the update() method to use ExecImplPtrs

These ptrs are stored in the class, see the previous commit

[HostLoad] Add method HostLoad::add_activity(ExecImplPtr)

The HostLoad plugin keeps track of all the computations that are going on
and does no longer have to rely on calculations of the sort time_passed*speed.

Instead, we can now access the total cost of the computation and keep track
of how much is still remaining. Like this, we always account for exactly
the cost of that calculation.

[HostLoad] Update when calling getters

This will allow us to remove the CpuAction hook and replace it with
hooks that are only used after a calculation has completed.

If for instance a daemon (dvfs, load balancer, ...) wants to get
up-to-date information, this is now assured through the update call.

[HostLoad] Update comments + add debug statement

[HostLoad] Elaborate on comment

[HostLoad] Remove wrong 'was_prev_idle' notion

The load is only updated after a call to LMM; this means, that
we get the real load the action caused by querying the constraint
and we don't need to have a variable for that state.

[ENERGY] Remove HostLoad-plugin dependency

[SURF] Cosmetics for CpuAction

missed one

make a copy of args for each process
Not optimal as it's only for fortran (ifort) that it's useful.
Done this way to see if it helps flang as well

add another library to excludes to please mc

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

add libraries to excludes to please mc

sonar

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Sometimes C and fortran compiler family differs...
Try to get around that.. Ugly for now.

flang also does need some help

forgot to change here

intel somehow also matches __GNUC__

add test for fortran params ... Not with MPI, but it should not change anything

these were not used since ... well .. a long time

send argv and argc to fortran runtimes, to allow using getarg

simplifications

remove another call to simcall_execution_start

changing the way the tracing category is passed to ExecImpl

the former version implied to set the category AFTER the start()
because the ExecImpl had to exist. It was against the idea of "do all
the sets and then starts". Now, the category is set at user level and
then passed to the Impl within the start simcall. Setting a category
after the start is now forbidden.

start to snake_case NS3

snake_case k::r::NetworkConstant

reduce test size

Rework SMPI initialization to handle argc and argv earlier than in MPI_Init when possible.
Add support for MPI_Init(NULL,NULL).
Might break MC for now.

fix the (unoticed) mess I made

please clang

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

remove direct call to simcall
modify order in replay example
set the tracing category breaks examples/smpi/tracing but do not seem
to be needed so comment it for now. Further simplifications in tracing
may help to understand and/or fix.

do not use simcall_execution_start directly

allow to set a tracing category for an Exec

stringify tracing category

[KERNEL] struct -> class to match it's declaration

This was previously declared as a class, so just
do the same here.

boolification

allow to name an Exec

fix comment in example

a bit more merging

when an activity is complete, nothing remains...

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

use our new toys

Call ExecImpl::on_completion() before starting to destroy it

[noci] fix #111

[S4U] Cosmetics

[KERNEL] Check if surf_action_ is nullptr

This is also done in the other methods, so we
should do that here as well.

Disable mpich3 tests with valgrind on jenkins.

They're taking too long (1h 47min and still counting...).

Enable valgrind on mpich3 tests.

Add option -wrapper to mpich3 runtests.

Allow other libraries to react to the --help flag, too

When finding --help on the command line, simgrid usually stops right
after displaying its help message but some libraries using SimGrid
want to display their own help message before the end of the world.

Now, they can use the little sg_config_continue_after_help() function
to have SimGrid not stopping after dealing with the --help flag.

(fix #93)

this is a boolean

snake_case simix::contextes

cut some useless includes

s/xbt_os_get_numcores()/std::thread::hardware_concurrency()/

get rid of xbt_os_thread_yield() using C++11

Remove portability wrapper to condition variables

reimplement parmap with C++11 mutex and cond

use std::mutex instead of xbt_os_mutex_t in simix