Restore public smpi_init_options().

It was wrongly removed in commit 6a046487fb Make smpi_switch_data_segment check if a switch is needed, and return true when it occurs.

Fix test on MAC OS

Try to fix test on CI

An example with SMPI and CPP platform

Shows how to use smpirun to execute an application with the platform described in C++.

Minor fix usage

Adjust test

Empty hostfiles are now checked inside the C++ code, not in smpirun

Adjust test

Nodes chosen to run the test arent the same anymore.

Minor fix in test.

Just messages order has changed.

Moving SMPI app deployment to C++ code

Enable the deployment of SMPI experiments with C++ platform description.
Move application deployment from smpirun to smpi_main function.

The smpirun script used to parse the platform XML to create an
application deployment. This isn't possible anymore since we may don't
have a platform XML anymore.

Move the necessary input to smpi_main through specific cfg variables:
- smpi/hostfile: host file
- smpi/replay: replay file
- smpi/np: number of processes
- smpi/map: mapping process/rank

This cfg isn't used by users, they are cached inside the smpirun script.

New platform example: StarZone of StarZone

Re-implements the griffon.xml using the C++ interface.
Simplify the implementation of homogeneous clusters organized in
cabinets.

Add tests in teshsuite to use both files.

Fix build mac/windows

Change C++ platform example

Remove small_platform.cpp.
Add a more programmatic platform using the StarZone.

Try to fix python build

Add dependency for dl library.

Runs examples with C++ platform description

*Loading platform
- Generates library files for C++ platforms. They can be loaded by the
engine using the same load_platform method.

- The Engine::load_platform will verify if the extension is .so, it'll
open the file using dlopen and search for the load_platform symbol.

- The platform so must contain a load_platform function that will be
called by the engine to generate the platform properly.

*Implementing an example
- Added a CMakeLists.txt in examples/platform to generate the .so for
each example.

- Pass to the tesh files a new variable "libdir" containing the
directory where the libraries are located.

[sonar] Replace redundant type with 'auto'.

[sonar] Redundant parentheses.

[sonar] Pointer-to-const.

Fix build with enable_smpi=OFF.

Fix include.

Ensure correct ordering of the accumulate requests.

Useless test; TODO--.

Initialize mmap-privatized segments earlier (before main).

Sometimes we may want to initiailze a global before MPI_Init.

Make smpi_switch_data_segment check if a switch is needed, and return true when it occurs.

Kill global SMPI_switch_data_segment.

Use existing function (also empties requests_ after waitall).

Improve debug messages and avoid calling finish_comms twice when for myself.

Initialize variable.

Use existing functions to finish comms (and fix Win::flush).

Review usage of rank/rank_/rank() is smpi_win.

Little simplifications in loops.

Some int -> bool conversions (+ use of existing macro).

Call rank() only once.

Ooops, fmt is second arg.

Prefer emplace_back.

Get rid of "%s" in second argument of function xbt_str_parse_*.

XBT_ATTRIB_PRINTF for vprintf-like functions.

Define class SmpiBenchGuard, and use RAII to handle smpi_bench_end()/smpi_bench_begin().

Add missing calls to smpi_bench_begin() on error paths.

Cannot set split-duplex through s4u intf.

This makes sense only in XML where it properly creates the
link-up/link-down.

Add fg#71 to changelog [ci-skip]

Missing include.

Coding style: no global "using namespace".

Prefer std algorithms.

Invert tests to reduce depth of nesting.

Useless tests for emptyness.

Add attribute(printf) to xbt::string_printf.

Pointer-to-const for Sonar.

Set shared variable *before* mutex unlock.

Die on unwanted function calls.

Parameter 'assert' is a bit field.

Fixes in UTs

Handle case where different groups are given to MPI_Win_start and MPI_Win_post on a seame process.

Handle duplicated datatypes within predefined MPI_Op.

Docker: try to get apt update to run despite the cache

A few more 'const'.

Replace redundant type with 'auto'.

Remove useless temporary shadowing outer variable.

Add some 'const' qualifiers.

This started with NetPoint::get_englobing_zone() and propagated quickly...

Unused exception parameter 'e'.

Explicitly delete the copy constructor and copy assignment operator (enforce rule-of-five).

No valgrind leak check for issue71.

xbt_replay: rethrow exception instead of xbt_die

Remove sg_bandwidth_factor from disks

No need for bw_factor here

remove a space to force update

Issue#71: add check in add_route for gw_src/gw_dst

When adding a NetZoneRoute, check if gw_src and gw_dst belongs to the
respective netzones.

We need to recursively search for the netpoint inside the netzone since
the netpoint can be from one of its children.

Fix refcount for Datatype_contents.

Error seen with Petsc test: vec_is_sf_tutorials-ex3_basic_dupped.

Allow null ranks for MPI_Group_incl when n == 0.

update draw_gantt.R script to work with pajengr

todo
- need to test with a recent version of S4U trace

update pajengr installation procedure in S4U tutorial

replace r-cran-dplyr by r-cran-devtools

update tuto-smpi Dockerfile to contain r-cran-tidyverse (replacing included R packages)

add additional necessary packages for pajengr installation

update pajengr R code and figure

details:
- note the addition of library(tidyverse)

use new option in random test.

document new option

Add flag to provide an optional barrier in MPI_Finalize.
This is meant to help for codes which can aggressively cleanup memory at finalization, while other processes still have to use it.
For example when attributes are attached to a local communicator, in SMPI this communicator may be cleaned up by another process in the end, and the attribute has to still be valid at this point.
This was an issue with PETSC, for example.

Use std::string for xbt_parse_units.

Combine parameters 'entity_kind' and 'name'.
Also rename surf_parse_* to xbt_parse_*.

Deprecate SIMIX_get_clock().

Use simgrid_get_clock() or Engine::get_clock().

Keyval should always exist.

Also please sonar by reducing depth for nested blocks.

leaks analysis: when -analyze is given to smpirun, set value for list-leaks to 50.

leaks analysis : activate if list-leaks is asked manually (without smpi/display-allocs or -analyze)

make simix_global->maestro_ private

Check types matching in MPI communications.
should work with basic ones and duplicated ones.
todo: derived types matching, which is more tricky.

mark these as derived datatypes, and don't divide by 0 if possible

keep track of which datatype was duplicated, to be able to match with it later

nothing old here, just the type ..

prepare transition of context_factory: make it private

Minor simplification in CM02::communicate

Don't need a function in NetworkModel for an "if" used only in CM02

Fix potential mem leak seen by scan-build.

Note that ret should not normally be different than MPI_SUCCESS in the other case.

Don't create mailbox before engine is turned on.

Lookup only once on mailbox creation.

Misc sonar smells.

vector::back() is good enough + assert for scan_build.

[cppcheck] Don't let fields uninitialized.

[sonar] Extract assignments from expressions.

Plug remaining leaks in mpich3-test/f77/attr.

Plug memleaks with Fortran bindings.

Review allocation of MPI attributes with Fortran bindings.

Fix refcounting of MPI keyvals when keyval_free is called twice.

Simplify a bit Keyval::attr_delete.

Don't increase refcount when existing elem is overwritten.