[mc] Remove useless parameters in compare_local_variables

[mc] Group MC_ignore_global_variable("mc_diff_info"); its fiends

[mc] Remove useless parts in mmalloc_compare_heap, MC_take_snapshot_stacks, snapshot_compare

[mc] Use process addresses in mc_compare

This is necessary in order to work work with per-page snapshots.

[mc] Partial integration of per-page snapshot address translation (wip)

[mc] Simplify s_mc_snapshot_stack

Some fields were not used and have been removed:

  * stack_pointer (SP in the snapshot)
  * real_address  (address of the stack)

The first one does not make sense with page-fragmented snapshot.

Simplify the computation of snapshot->stack_sizes[cursor].  The old
computation did not make sense with page fragmented snapshots.

[mc] Update doc for page_store

[mc] Page-level sparse snapshot: work-in-progress, working page_store

Implement page_store which stores immutables/shared/refcounted copies
of memory pages.

[mc] In MC_ignore, keep the zeroed data out of the main snapshot

The previous implementation was zeroing out the snapshot data

   * so that it will be automatically ignored by the state comparator;

   * but not for the first snapshot in order to be able to backtrack
     to the initial state;

In preparation for the per-page snapshoting code, we

  1. zero out on the main memory;
  2. keep the zero-ed bytes out of the main snapshot regions;
  3. restore the zero-ed bytes.

This way the state comparison code and the per-page snapshoting code
do not have to worry about this. Moreover by normalizing, the
"ignored" bytes, we increase the possibility of sharing memory pages
in per-page snapshots.

Remove comment which has not been accurate for a long long time

model-checker : use new variable _sg_mc_liveness instead of _sg_mc_property_file

model-checker : remove useless debug message and add another one

model-checker : compare the pid of enabled processes before memory introspection

model-checker : fix backtracking with comm determinism verification

model-checker : comment erroneous ignore (not completely sure ...)

model-checker : use the right heap

model-checker : reword debug message

model-checker : mc_dpor.c -> mc_safety.c

model-checker : remove useless ignore

model-checker : new tesh examples about communications determinism verification

model-checker : fix comm determinism detection mechanisms

model-checker : forget file

model-checker : cleanups, refactoring and apply indent script

model-checker : cosmetics in log message

model-checker : improve error message

[mc] Temporary fix for smpi_process_finalize leading to graph explosion in MC

Merge branch 'master' into mc

Fix a compilation error regarding logging and strings in fat trees

Lots of bugfixes for the fat trees, it should at least not crash when using it

small cosmetics to AsClusterFatTree::generateDotFile()

Fix some bugs in fat trees

make the xbt_os_time module public

update the comments of that file

listing new files

start testing remote I/Os

leak--

allow several hosts to open the same file simultaneously

Throw an exception only when it's really not implemented

Move unachieved release goals from ChangeLog to TODO file.

Cosmetics: keep alphabetical order.

Update doc for surf++

Revert "[mmalloc] Use mremap to expand heaps (heap collision prevention)"

This is really how is should be handled. However, this does not work
if someone has split the VMA in parts: this is done when creating
stacks on the heap without MC, mprotect() is used to create a guard
page for the stack.

This reverts commit ba3185d8a4f0a56804d3b1ff24e596096f06a37c.

Documentation for stack size, stack guard and context factory

Add some words about %e fore spaces in logs.

When the parameter parser is jammed, display the full parsed string

add some doc about the trap I just felt into

Free previously set process data.

Free smpi_instances.

Free powerPeak which is unused here.

Some tests have different outputs when !HAVE_TRACING.  Fix them.

This field definitely has sense only when tracing is compiled in.

Fix race condition.

Avoid to launch and cancel the task at the same time.  It seems to work with
HAVE_TRACING, but fails without.  In fact, the task cancelation happens before
the task starts to execute.  As a workaround, add a small delay before firing
up the cancel.

Skip simcall when HAVE_TRACING.

And try to keep the same visible behavior with and without tracing.

Cosmetics: reuse already defined variable.

task->counter is initialized only when HAVE_TRACING.

Use task pointer instead to compute the key.

Disable tracing tests when !HAVE_TRACING.

Use boost::intrusive in CpuTi

Fix a a wrong use of cmake, which makes linking fail when smpi is disabled

further document the parmap mess. Next step should be refactoring/simplifying

greatly improve the documentation of the parallel execution in simix

previous version was initializing retval=0 and then testing retval!=MPI_ERR_REQUEST. This seems dubious to me

move a declaration. Should fix compilation bug on MacOS X .

Fix compil without tracing, which was broken multiple times ...
Warning : some tests are broken when tracing is disabled

Merge branch 'mc_without_ksm' into mc

Conflicts:
src/mc/mc_dpor.c
src/mc/mc_global.c
src/mc/mc_memory.c

Revert "Replace xbt_heap by boost::heap::fibonacci_heap"

This reverts commit fb588fbb8c119a8f04e6d2cb15b663257786ba70.

[mc] Avoid memsetting twice

Replace xbt_heap by boost::heap::fibonacci_heap

Remove unnecessary casts

Unify models apis

[mc] Use the actual heap size when testing if an address is in the heap (in mm_diff, linear_compare_heap)

[mc] Move mm_diff in mc/

mm_diff relies heavily on MC and is not relevant in the xbt/mmalloc
layer anymore. Moreover we probably want to merge it with mc_compare.

[mc] Use the actual heap size when testing if an address is in the heap in mm_diff

[mc] Use the actual heap size when testing if an address is in the heap in mc_compare

[mc] Comments/documentation of memory related code

Fix a bug in SMPI that leads to a segfault when one of the request in MPI_StartAll is MPI_REQUEST_NULL

Fat trees may actually be used

Add a routing for fat trees

third time's the charm ?

model-checker : handle waitany simcall

[mc] Rename raw_heap into mc_heap

The tag cluster accepts the topology fat_tree

Add a function returning an instance of fat tree

[mmalloc] Use mremap to expand heaps (heap collision prevention)

mremap() will fail instead of overwriting an existing memory mapping :
the first heap could silently overflow on the second one.

merge Fred and Henri description of the same stuff

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Added documentation of the  --cfg="smpi/simulation_computation" feature of mpirun

updating ignore patterns-list should be complete now

document the smpi/simulation_computation option and list it in the
index (with the one on privatization too)

model-checker : complete comm pattern only after a comm wait

Set return value.

Don't try to kill non-existing process (*process == NULL).

Fix dead assignments.

That's when a value stored in a variable is never used.

Add check for error.

Fix warning about duplicate typedef.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fix use of wrong variable

Added a --cfg="smpi/simulation_computation" to smpirun. The default
value is "yes", meaning that SMPI will benchmark computational parts
of the simulation application and simulate them using smpi_execute(), as
it's always been done in the past.

Disabling the simulation of computation is useful when smpirunning an "application"
that is in fact doing a "live replay" of another MPI app (e.g., ScalaTrace's replay tool, various on-line simulators that run an app at scale). In this case the computation due to the replay logic
should be be simulated by SMPI.

For the time being, for smpirunning such an "application", the approach is:
1. use --cfg="smpi/simulation_computation:no"
2. add calls to smpi_execute() in the "application"

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Rewrote smpi_sleep() and smpi_usleep() so that:
1. the code is not duplicated but shared in a static private function
2. sleeping is done via an actual simcall_process_sleep rather than a bogus computation

Augmented SMPI tracing to allow tracing of sleep events

forgot a comma ...