Fix the download link in the install documentation

ops, didn't knew how gforge downloads work, actually

a more welcoming README file

Seed the random generators before the main()

Otherwise, it is possible that the user set the seed s/he wants before
initializing simgrid, that would then override it with another seed.
That would be a *very mean* side effect of initializing simgrid :)

Updating the Changelog for the SMPI replay tool

Now the SMPI replay tool supports the modified MPE profiling tool.
What is new:
1) For most of the collective communications we can know exactly which rank is the root one.
2) Now we can include in the traces the real used MPI datatype (till know we were using the MPI_BYTE). Also we can have multiple datatypes in the traces.
3) The tool supports both time-independent traces from the TAU and the modified MPE tools.
4) Fix Reduce action, as there was no information about computation load.

Try to make simdag-test-dotload reproducible.

Comment extracted from this patch:
  /* Hack: circumvent a bug in libcgraph, where the edges are not always given
   * back in creation order.  We sort them again, according to their sequence
   * id.  The problem appears to be solved (i.e.: I did not test it) in
   * graphviz' mercurial repository by the following changeset:
   *    changeset:   8431:d5f1fb7e8103
   *    user:        Emden Gansner <erg@research.att.com>
   *    date:        Tue Oct 11 12:38:58 2011 -0400
   *    summary:     Make sure edges are stored in node creation order
   * It should be fixed in graphviz 2.30 and above.
   */

Return MPI_UNDEFINED for negative values too.

Use MPI_ANY_SOURCE instead of -1.

Avoid to modify lib while it's been iterated.

MSG_comm_get_status must be called before MSG_comm_destroy.

Exclude Java tests from memcheck.

We don't want to test the JVM.

my_valgrind.pl: don't stop loop if $arg has value 0.

generate_memcheck_tests.pl: add support for any environment variable.

"classpath" is an example of previously unsupported name.

Give state a sensible value, and don't let it uninitialized.

Test is not broken anymore.

Regenerate tesh file for master_slave_virtual_machines.

Wait a while before effective shutdown.

Destroy comm action in SIMIX_process_kill.

Correctly restart all processes on VM reboot.

vm->processes is changed by MSG_process_restart.

Fix memory leak.

model-checker : fix insertion in mc_heap_comparison_ignore

[pipol] Enable Java on MC builds.

[pipol] Synchronize MemCheck.sh and Nightly_memCheck.sh.

[pipol] Remove tests for simgrid-java.

[pipol] Install default version for compilers.

Particularly, default-jdk should fix the search paths for cmake.

[pipol] Sort packages by name.

Merge branch 'v3_9_x'

Fix release date for v3.9.

Cast value, to please C++ compilers.

Mark parameter as unused.

Revert "Add ModelChecker build type"

This reverts commit 07eb7317b31474d0b6702c255741b194dbfd2d6d.

Conflicts:
CMakeLists.txt

Die if fopen() failed.

Kill spaces at eol.

don't try to understand why the order changes when jedule is activated
anymore. just consider that it should be off.

This test is really annoying. As valgrind indicates a lot of leaks
coming the graphviz stuff, and that the issue comes from one edge read
after or before another, I'm kind to blame this tool!

Gonna get rid of this dependency one day!

better to close file

Add a new test on availability for the SimDAG API.
Issue was reported by Ricardo Rodriguez on 29/12/12 and fixed in
previous commits.

This way of passing arguments has changed since a long time.
Fixing all tesh files accordingly. Yet, now that this mechanism is
effective, absolute paths are output everywhere, hence the need to
hide just like we do for contexts. I wish I had a cleaner solution but
I don't.

Bug fix in trace management.
When using periodicity, the first event indicates when events start and
has undefined value (-1) as the value of the resource is used (e.g., the
bandwidth value precised in the xml file). When looping with periodicity,
the -1 value was used, which resulted in links with bandwidth -1.0 and
could be noticed only in very specific situations.

Bug fix. The date given when updating the state of a resource was incorrect. It could result in incoherent traces.

Additionnal information never hurt.

Docfix

don't break anything this way

don't break if debug is activated ...

mem leak --

mem leak--

'end' is parsed as other node now, don't use a non-existing workstation
rank, just say nothing instead

try again to revalidate this thing... hope it is robust now

oups, forgot to check is graph is acyclic or not

deal with the predefined scheduling stuff

yet another attempt to solve issues with the dotload tester. This code
was very complex, more than it should have ...
Reduce it to something simple:
  - parse the compute node
  - create transfer and control dependencies by browsing the input edges
    of the compute nodes
  - add extra dependencies from or to the 'root' and 'end' nodes for the
    entry and exit tasks respectively.
The hope is that the order in some output will stay consistent across
cdash distributions.

security commit before using the ax!

change generated trace format
cosmetics

doesn't hurt to use types expected by some xbt_dynar functions

Rewrite xbt_getline.

* fix a buffer overflow
* correctly return -1 when nothing can be read

Avoid to return from inside a TRY block.

Initialize variable.

Useless, but gcc whines if not initialized.

Add a new test on availability for the SimDAG API.
Issue was reported by Ricardo Rodriguez on 29/12/12 and fixed in
previous commits.

This way of passing arguments has changed since a long time.
Fixing all tesh files accordingly. Yet, now that this mechanism is
effective, absolute paths are output everywhere, hence the need to
hide just like we do for contexts. I wish I had a cleaner solution but
I don't.

Bug fix in trace management.
When using periodicity, the first event indicates when events start and
has undefined value (-1) as the value of the resource is used (e.g., the
bandwidth value precised in the xml file). When looping with periodicity,
the -1 value was used, which resulted in links with bandwidth -1.0 and
could be noticed only in very specific situations.

Bug fix. The date given when updating the state of a resource was incorrect. It could result in incoherent traces.

Additionnal information never hurt.

Docfix

Further cleanup in the ignore file

- ignore the files touched to track dependencies around java examples
- don't ignore the files for the gras tutorial, as there is no such
  tutorial anymore

use our xbt_getline on every platform to ease our cmake mess

Also, as stdio.h is not loaded by root headers of the simgrid tree, we
need to explicitely load it in some locations.

Rename getline as xbt_getline.

Update documentation about java bindings.

Fix javadoc warnings.

Make javadoc less verbose.

Add MPI_Alltoallv support to the SMPI replay tool. Make it easy to change MPI_Datatype for the SMPI replay tool (IS benchmark uses MPI_INT and some others use MPI_BYTE)

Connect log categories used in java bindings.

Change message to debug loglevel.

Fix java examples: catch exceptions on failures.

Don't let exceptions pass through the MSG layer.

Typo.

Run Java tests from build directory, instead of source directory.

Remove output file after run.

There's no test for java_io.

Improve dependencies around simgrid.jar (again).

Strip libraries in release mode only.

SG_java_tracing is not a separate library anymore.

Improve output of check_dist_archive.

cleanups in .gitignore files

- re-kill two files that got re-added when merging with github
- ignore java compiled files

Merge branch 'master' of github.com:mquinson/simgrid

Update the MPI_Waitall for SMPI replay tool, remove unnecessary loop

Another fix in build depends.

Hope it is correct now.

Workaround a bug in cmake -E touch, where the modifiction time is
truncated when file exists.

model-checker : remove var in list of global variables with MC_ignore_data_bss

Add missing files for dist.

Consolidate .gitignore files.

model-checker : fix index of dynar in get_location

Try to guess JSG_BUNDLE on unknown systems.

Add rules to install Java bindings.

Fix library name.

chainsend: remove active wait at peer termination

Use predefined variables instead of hardcoded values.  Fix #15322.

Typo.

Fix dependencies for Java and its examples.

Try to avoid to rebuild targets when not needed.

Do the right thing for 'root' and 'end' in dot_add_parallel_task
Various cosmetics

typo

chainsend: reduce filesize in tesh to avoid timeouts in slow platforms