[SMPI] Deprecate smpi_process_index() in v322 instead of v321

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

[SMPI] smpi_win.cpp: Finish first local comms, as the DEBUG statement said.

There was a confusion between rank and rank_

[SMPI] smpi_win.cpp: Split debug message into two

[SMPI] Fix wrong usage of request->src() and dst() with ranks

We need to use the process id instead of the local rank, so
let's do that.

[SMPI] smpi_win.cpp: Convert target_rank for other communicators

I'm not sure that comm_ and recv_win->comm_ are the same, so I convert them.

[SMPI] Cosmetics: This fixes only '='-alignment issues for readability

[SMPI] Cosmetics: This fixes among others some really nasty indentation for smpi_win.cpp

[SMPI] Fix wrong src/dst calculation

In smpi_win.cpp, one needs to be very careful about which group / comm
is currently used: In some functions, a subset of the current comm
is passed which means one has to convert the ranks from that subgroup to
the ranks of the communicator's group.

[SMPI] Fix wrong smpi::Request instantiation for RMA's.

This converts the rank correctly to the pid

[SMPI] Added stupid comment to smpi_group.cpp

With all the different class members around, like
actor_to_rank_, rank_to_actor_, ..., I didn't realize that
this value was passed in as a param. Hope this comment will
save someone a few moments in the future.

[SMPI] Fix errors on SUSE: ActorPtr cannot be printed, use process_.get()

[SMPI] Replace Actor::self() with smpi::Process's process_

[SMPI] C++ify smpi::Process mailboxnames

[SMPI] Cosmetics in smpi_process.cpp: Correct indentation

The whole file was indented correctly except for this function...

[SMPI] smpi_process: Move instance_id_ from char* to std::string

[SMPI] Remove comment

[SMPI] Remove index_ and index() from smpi::Process

[SMPI] Rename parameters from index to process_id in helper function

[SMPI] smpi_process.cpp: Replace 'index' with 'Actor::getPid'

[SIMIX] Remove SMPI-specific segment_index notion from the Actor class

Privatization is now done via the process id and attached to the SMPI process.

[SMPI/CHANGELOG] Deprecate smpi_process_index()

[SMPI] smpi.h: Remove smpi_process_index() usage in macros

[SMPI] Search/Replace of smpi_process()->index() in src/smpi/

Via
sed -i -r -e 's@smpi_process\(\)\->index\(\)@simgrid::s4u::Actor::self\(\)\->getPid\(\)@' src/smpi/**/*.cpp

[SMPI] smpi_replay.cpp: Cosmetics as proposed by clang-format

[SMPI] Rename variables from 'rank' to 'my_proc_id' in smpi_replay.cpp

[SMPI] smpi_replay.cpp: Replace smpi_process()->index() calls

[CHANGELOG] Update changelog with SMPI's index + trace file changes

[SMPI] Cosmetics for smpi_pmpi_win.cpp as suggested by clang-format

[SMPI] Rename variable 'rank' to 'my_proc_id'

Because it's not the rank.

[SMPI] (LAST PATCH) Fix SMPI replay & smpi-replay tesh

This patch is the last and SMPI should build and run correctly.

[SMPI] (THIRD PATCH) Replace invalid uses of 'comm->rank()'

This patch may not build or may have failing tests. It's part of a series and
contains logical changes.

[SMPI] (SECOND PATCH) Fix destinations/origins for tracing *TIData objects

This patch will either not build or will have failing tests, as it belongs
to a series of patches.

[SMPI] (FIRST PATCH) Remove 'getPid() - 1' arithmetic from SMPI.

THIS COMMIT WILL NOT BUILD PROPERLY OR HAS FAILING TESTS. I decided to split up
a huge commit into several logical chunks in order to make things easier to read.

The 'getPid() - 1' expressions were the (temporary) replacement for smpi_process()->index() but it's better
to remove it completely: This is often confused for being an MPI rank
although it is not (ranks depend on the communicator in use).
Also, process id 0 is exclusively the maestro so we should not artificially
pretend we start counting from 0 when we're clearly not. So now we don't have to
say that 'process with id 1 has index 0'.

This patch substitutes almost exclusively 'getPid() - 1' computations with
just 'getPid()'. There are a few other replacements, especially in the smpi_win.cpp,
where former commits introduced logically wrong usage of 'comm_->rank()'.

The next few commits after this should also deal with a similar problematic.'

[TESH] Replace 'smpi_process_index()' with call to 'MPI_Comm_rank()'

[SMPI] Remove outdated comment

[SMPI] Cosmetics of smpi_pmpi_request.cpp as suggested by clang-format

[SMPI] Replace index() in smpi_pmpi_requests.cpp

[SMPI] Replace index() in smpi_requests.cpp

[SMPI] Remove index() from smpi_pmpi_win.cpp

[SMPI] Remove index() from smpi_win.cpp + cosmetics

Replace these calls with comm_->rank() instead.

The cosmetics were rather unwanted but it's just indentation.

[SMPI] Win::~Win(): Use class member rank_ instead of a local var

[SMPI] Remove usage of index() in smpi_pmpi_coll.cpp

We can just use comm->rank() instead. Note that usage of the index()
function was also incorrect: This would not have worked when the
communicator is not MPI_COMM_WORLD as the index() function always returned
Actor.pid-1 (as set in the Process::init() function)

[SMPI] Make Comm::rank() use Actors

[SMPI] Use actor.iface() instead of Actor::byId(actor.pid)

[SMPI] Move the pid calls to helper function that has more checks

[SMPI] Fix smpi-replay-multiple test

I moved the SMPI_init() to the right location and
changed the tesh.

[EXAMPLES] Update smpi_msg_masterslave -- move the SMPI_init()

The reason we moved this was that the processes were all set up before the hook
that sets up the smpi::Processes was even set up.

[SMPI] Update smpi_deployment_register_process for actors

[SMPI] Rename 'index' to 'my_proc_id' in smpi::Process::init()

[SMPI] Move process_data to map<Actor, smpi::Process>

[SMPI] Remove index notion from smpi::Group

This is a huge commit and removes the index() function from
smpi::Group and replaces it with an actor() function.

The index was basically just Actor::getPid()-1 and doesn't need
to be saved. It was also often used for the privatization segment
(to know where it was stored) but that is no longer required.

[SMPI] Program against s4u::Actor and not smx_actor_t

[SMPI] Move SMPI_init() call to other location

[SMPI] Next step for dynamic privatization

This commit breaks the following tests:
The following tests FAILED:
        181 - smpi-msg-masterslave-thread (Failed)
        182 - smpi-msg-masterslave-ucontext (Failed)
        183 - smpi-msg-masterslave-raw (Failed)

To fix this, many more changes will be required. This will be done in
the next commit. This commit is just there to make sure changes
remain easily understandable (by having small, easy-to-read commits).

I changed the following:

- Remove variable index_to_process_data
- Make process_data a map instead of an array.
- Remove the "index" variable for SMPI instances (no longer needed)

And cleanup the mess that comes with these changes (delete/free, ...)

[SMPI] Added XBT_DEBUG statements to smpi_win.cpp

They can help a lot to figure out what goes wrong and where...

move that declaration to the right location

distinguish shutdown and destroy in Java VMs

Make MSG fade away (part 2)

move more function to sg_host_* and add the MSG macros
fix dumb 32-bit tests too

Making MSG fade away (part 1)

most of the MSG_host functions already have a sg_host equivalent.
Don't duplicate the code or multiply the layer and use #define in
include/simgrid/host.h to guarantee backward compatibility

please clang

messing around MSG

get rid of vm->isMigrating()

There already was an equivalent in the live migration plugin. This
method was only used internally to detect if a VM was destroyed while
it was migrating. This is now useless.

Close #105

When a VM is shutdown, a signal is triggered which is captured in the VM
live migration plugin. If the VM was currently migrating, it kills the
RX and TX actors and the actor that was used to call sg_vm_migrate in
an asynchronous way. Smart pointers on these three actors are stored
in a new extension of the VM which is created when started a migration.

A test for this feature has been added in
teshsuite/s4u/cloud-interrupt-migration which corresponds to the
scenario described in the issue

Keep deprecated functions for three versions as usual.

Define XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v322 for next deprecated features.

[TESH] Use platfdir and bindir for coll-alltoall test

[CMAKE] Copy also hostfile_coll for smpi tests

[SMPI] Added 2 FIXME's for PMPI_Is_thread_main()

[SMPI] Change comment in smpi_global.cpp

[SIMIX] Fix comment grammar

improve doc of how to release

fix sg_host_get_current_consumption() to do the same as C++

[SIMIX] Fix the ActorImpl signal

The signal was fired too early, so I moved it to
another position.

[TESH] Update pt2pt-dsend.tesh file with bindir, platfdir, ...

[TESH] Fix smpi-trace tesh file

This just fixes the ./smpi_trace path: It should be
using the  variable as well.

[SMPI] Move even more redundant code to helper function

[SMPI] Added FIXME comment...

[SMPI] Pass the request as pointer and fix tracing

[SMPI] PMPI_Waitany/all: Move redundant code to helper function

[SMPI] Remove local variables

[SMPI] Remove now unused datastructure in PMPI_Waitall

This is the same as two commits ago, just for another function.

[SMPI] Don't use local structure in PMPI_Waitall

This is the same thing as two commits ago, but for
another function.

[SMPI] Remove now unused datastructure in PMPI_Waitany

The previous commit made changes that rendered the
structure savedvalstype unused. This commit
removes it completely.

[SMPI] Don't use local structure in PMPI_Waitany

The datastructure savedvalstype serves no real purpose
and can be removed.

[TESTS] Use platfdir, srcdir and bindir for more smpi tests

Fix lua build.

Update .mailmap file.

[S4U] Add onCreation signal to the actor API

[TESH] Use platfdir variable in coll-alltoall/clusters.tesh

[SMPI] Replace SIMIX_process_from_PID with S4U equivalent

use enum class for cluster topology

one more class in platform creation

kill dead code

please Sonar

[SMPI] Spelling.

[SMPI] Declare loop variable within the loop.

Compilers will get this.

[SMPI] Remove local variable sz in smpi_group.cpp

We already tested before if size_ != group2->size() -- and since
sz = group2->size(), we have here size_ == sz. So just use size_.

[SMPI] Rename variable bar -> barrier

bar sounds more like foo/bar

[SMPI] Use variable instead of 3 calls to the same function