Adjust timing of SMPI tests

For sure SMPI is the most impacted by the bandwidth factors changes.
It seems especially impacted when collective comms are involved.

The old version used 2 factors for SMPI comms:
1) network/bandwidth-factor was used to reduce the link capacity (e.g.
0.97*C for LV08)
2) smpi/bw-factor was used for each communication, limitating the flow
capacity.

Now, the code is simplified, each communication has only 1 bw-factor
that is applied after it's done, at the update remaining phase.
In most cases, only the bw-factor are applied now but after the comm is
done, not before

Fix link-load test

In the old version, our links capacity were 0.97*C, now it's just C.
So, more bytes can be transmitted through the links

Fix timing of Vivaldi/two_peers.xml tests

In this platform file, the communication is bounded by the big latency
between nodes (as consequence of the distance between vivaldi
coordinates).

Therefore, we now apply the bandwidth factor (0.97) on top of this
time, delaying a little the communications.

Fix timing of Wi-Fi tests.

Their timing were calculated considering that no factor were applied in
Wi-Fi communications.
This isn't the case anymore, since by default, we would apply the 0.97
factor from LV08 to these communications.
Setting CM02 as base network model since it doesn't apply any bandwidth
factor.

Adjust dynamic network-factors test.

Improve test, including no crosstraffic config.

New implementation for bandwidth factors

Bandwidth factors are now implemented at the Action level, reducing the
speed that an action advances (e.g. the number of bytes transmitted).

In the past, the factor took place at the maxmin system, limiting the
amount of resources a communication could use.

For example, a bw factor of 0.97 (default for LV08 network model) was
reflected by reducing the link capacity to 0.97*C. So, a 100MBs link had
97MBs capacity in the maxmin system.

Now, a communication alone using this link may use the 100MBs, but after
one second, it'll transmit only 97MB of data.

NOTE: This change may impact the timing of your experiments.

Missing include.

Coding style: no global "using namespace".

Prefer std algorithms.

Invert tests to reduce depth of nesting.

Useless tests for emptyness.

Add attribute(printf) to xbt::string_printf.

Pointer-to-const for Sonar.

Set shared variable *before* mutex unlock.

Die on unwanted function calls.

Parameter 'assert' is a bit field.

Fixes in UTs

Handle case where different groups are given to MPI_Win_start and MPI_Win_post on a seame process.

Handle duplicated datatypes within predefined MPI_Op.

Docker: try to get apt update to run despite the cache

A few more 'const'.

Replace redundant type with 'auto'.

Remove useless temporary shadowing outer variable.

Add some 'const' qualifiers.

This started with NetPoint::get_englobing_zone() and propagated quickly...

Unused exception parameter 'e'.

Explicitly delete the copy constructor and copy assignment operator (enforce rule-of-five).

No valgrind leak check for issue71.

xbt_replay: rethrow exception instead of xbt_die

Remove sg_bandwidth_factor from disks

No need for bw_factor here

remove a space to force update

Issue#71: add check in add_route for gw_src/gw_dst

When adding a NetZoneRoute, check if gw_src and gw_dst belongs to the
respective netzones.

We need to recursively search for the netpoint inside the netzone since
the netpoint can be from one of its children.

Fix refcount for Datatype_contents.

Error seen with Petsc test: vec_is_sf_tutorials-ex3_basic_dupped.

Allow null ranks for MPI_Group_incl when n == 0.

update draw_gantt.R script to work with pajengr

todo
- need to test with a recent version of S4U trace

update pajengr installation procedure in S4U tutorial

replace r-cran-dplyr by r-cran-devtools

update tuto-smpi Dockerfile to contain r-cran-tidyverse (replacing included R packages)

add additional necessary packages for pajengr installation

update pajengr R code and figure

details:
- note the addition of library(tidyverse)

use new option in random test.

document new option

Add flag to provide an optional barrier in MPI_Finalize.
This is meant to help for codes which can aggressively cleanup memory at finalization, while other processes still have to use it.
For example when attributes are attached to a local communicator, in SMPI this communicator may be cleaned up by another process in the end, and the attribute has to still be valid at this point.
This was an issue with PETSC, for example.

Use std::string for xbt_parse_units.

Combine parameters 'entity_kind' and 'name'.
Also rename surf_parse_* to xbt_parse_*.

Deprecate SIMIX_get_clock().

Use simgrid_get_clock() or Engine::get_clock().

Keyval should always exist.

Also please sonar by reducing depth for nested blocks.

leaks analysis: when -analyze is given to smpirun, set value for list-leaks to 50.

leaks analysis : activate if list-leaks is asked manually (without smpi/display-allocs or -analyze)

make simix_global->maestro_ private

Check types matching in MPI communications.
should work with basic ones and duplicated ones.
todo: derived types matching, which is more tricky.

mark these as derived datatypes, and don't divide by 0 if possible

keep track of which datatype was duplicated, to be able to match with it later

nothing old here, just the type ..

prepare transition of context_factory: make it private

Minor simplification in CM02::communicate

Don't need a function in NetworkModel for an "if" used only in CM02

Fix potential mem leak seen by scan-build.

Note that ret should not normally be different than MPI_SUCCESS in the other case.

Don't create mailbox before engine is turned on.

Lookup only once on mailbox creation.

Misc sonar smells.

vector::back() is good enough + assert for scan_build.

[cppcheck] Don't let fields uninitialized.

[sonar] Extract assignments from expressions.

Plug remaining leaks in mpich3-test/f77/attr.

Plug memleaks with Fortran bindings.

Review allocation of MPI attributes with Fortran bindings.

Fix refcounting of MPI keyvals when keyval_free is called twice.

Simplify a bit Keyval::attr_delete.

Don't increase refcount when existing elem is overwritten.

Save an indirection with smpi keyvals.

revalidate tesh

remove cruft [ci-skip]

Change way Mailboxes are create, stored, and destroyed

- keep the global map in EngineImpl (not as a static global in
  MailboxImpl.cpp)
- Delete mailboxes in ~EngineImpl() and get rid of SIMIX_mailbox_exit
- replace MailboxImpl::by_name_or_null and
  MailboxImpl::by_name_or_create by Engine::mailbox_by_name_or_create
  + better match with what is done for hosts, links, and actors
  + Mailbox::by_name cause two searchs in the map. One to check if
    name already points to a mailbox (by_name_or_null) and if not
    search again before creating a new mailbox. As there is no
    Mailbox::by_name_or_null, just keep the latter.
- Revalidate a bunch of tests (message ordering mostly)

delete Timer when shutting down EngineImpl

Continue to migrate contents of simix_global to EngineImpl

thx @agiersch for unblocking this commit with the usual magic!

Prefer using emplace() to insert() for smpi keyvals/attributes.

Make smpi::Keyval::attribute() return a reference.

No need to test for attributes()->empty().

Fix parameter names.

Coding style: ! -> 'not'.

Update filter line for recent versions of Asan.

Define variables outside of header file.

[sonar] Unused parameter.

[sonar] Const/explicit methods.

Please sonar

Adjust test timing

Minor changement in rounding up.
No real changement in timing (manually verified).

Single get_bandwidth_constraint function.

Unify behavior of get_bandwidth_constraint function.

Note: Possible side-effect in SMPI communications with user defined
rate. Do not scale the user rate with bandwidth factor.

No impact on tests

Refactor of NetworkCm02Model::communicate

Divide and conquer.
Reorganize code.
Cosmetics.

Dynamic factors: implement and test

Fully implements the dynamic factors through the NetworkModelIntf API.

Added an example showing its usage.

Added UT and doc.

NetworkModelIntf: Interface to dynamic factors

Adding API to set user callbacks for bandwidth and network factors.
Valid for CM02 models and its childrens (SMPI, IB, etc).

Not fully working yet.

Get netzones traversed by a route

Preparing field to implement dynamic bandwidth and latency factors

migrate actors_to_run and actors_that_ran to EngineImpl

SMPI should not eat up all exceptions in wait/waitany simcalls silently
It only deals with cancel ones

typo --

process -> actor

fix changelog [ci-skip]

Add a word to the tutorial for older versions of SimGrid

Closes https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/69

 [sonar] const

[sonar] Don't mix public and private data members

introduce a new plugin: stock implementation of a Producer-Consumer with a monitor

Typos.

migrate daemons from simix::Global to kernel::EngineImpl

go from a public vector to a private set (order doesn't matter) in the
process.