Reindent.

[sonar] Const for pointer and reference parameters (slight return).

[sonar] Const for local variables.

[sonar] Declare functions "const" (round #2).

Missing declarations for some fortran bindings.

[sonar] Convert integer literals to bool literals.

Fix simcalls.py after rename s/simcall/simcall_/.

Any idea on how to fix this?

As a wild guess, tried to change the condition with 'message->state->routing_table[i][j] != -1'
but got weird crash (double free detected).

[sonar] Declare functions "const" in examples/ and teshsuite/.

[sonar] Declare functions "const" in src/instr/.

[sonar] Declare functions "const" in src/kernel/.

[sonar] Declare functions "const" in src/mc/.

[sonar] Declare functions "const" in src/plugins/.

Make Engine::set_config(...) static functions.

[sonar] Declare functions "const" in src/s4u/.

[sonar] Declare functions "const" in src/simix/.

[sonar] Declare functions "const" in src/smpi/.

[sonar] Declare functions "const" in src/surf/.

[sonar] Declare functions "const" in src/xbt/.

Fix typo, and consider more files for exclusion.

[sonar] Add const qualifier for reference parameter.

[sonar] Declare function "noreturn".

[sonar] USe a typedef for type alias.

[sonar] Remove redundant casts.

Ignore sonar issues about concatenatable namespaces.

Kill unused ctor.

Merge branch 'smpi' into 'master'

Typo in SMPI gather algorithm

See merge request simgrid/simgrid!37

Typo in SMPI gather algorithm (comment)

fix some long -> double faulty convertions reported by sonar

Spelling fix, just like the line below.

Use std::vector.

Remove redundant access specifier.

Regenerated.

Prefer using initialization lists in ctors.

tools and contrib spelling mistakes

speeling mistakes in teshsuite (even mpich tests because why not)

spellings mistakes in doc/

spelling mistakes in docs/

spelling mistakes in include/ and examples/
still with codespell

Fix most of spelling mistakes in src/
using codespell (https://github.com/codespell-project/codespell)
exclude catch.hpp

Finish converting the way we use cfg=smpi/host-speed ourselves -- Bummer

Fix pip builds

Align the definitions of surf_parsed_filename accross files

Clarify one paragraph in the doc

Accept units for 'smpi/host-speed' config element

split surf_parse into a separate file to make it reusable from elsewhere

Also rename surf_parse_* functions into xbt_parse_*

Also, make the file name and line number explicit, as parameters to
functions that need it (less hidden global state is better). But I was
too lazy to clean smpi::parse_factor() tonight: the pandora box
remains closed for tonight.

leaks --
These lines were not supposed to be included in latest commit.
But as I had already written the commit message warning of memory leaks, I decided to add them anymway, in order not to lie.

don't throw in smpi_helpers when passing configure, it may confuse some checkers
petsc fails detection of getcwd and others, because we are pulling them in our header with a different signature

improve handling of persistent requests.
not great, could leak in some cases.

Finished = inactive
One is allowed to call MPI_WAIT with a null or inactive request argument. In this case the operation returns immediately with empty status.

standard says handle should be set to MPI_DATATYPE_NULL.

This call can be performed before MPI_Init, avoid bench_end/bench_start.

returning the correct value is better, weirdly.

fix issues with attr and cloning

please clang

even if useless, let's initialize these to avoid upsetting valgrind.

Fix MPI_Type_dup for derived datatypes.

please sonar

Tiny fixes
I was just checking than sanitizers, valgrind, and static analysis were still working.

Implement MPI_Type_get_envelope and MPI_Type_get_contents

nothing to see here.

don't fail for these probably harmless unimplemented calls

Prefer doublequotes (codacy).

Exclude more odr violations (seen with boost 1.71).

when SMPI_PRETEND_CC is set, don't replace program xx by subroutine xx, we want to keep an entry point

changelog

Try to fix python tests failing with python 3.9 on fedora-rawhide.

try to fix ns3 examples. Not sure this was the way intended, but it avoids crashes for now.

requalify all SMPI tesh files with timing information due to previous change

add a 16 byte envelope to each MPI message.
This simulates the send of src/dest,tag, and communicator, as in all MPI implems.
This avoids 0-sized messages to be sent to the lower layers, and should be more realistic
This will change simulation times a little bit.

Misc issues in shell scripts (codefator.io).

Fix potential memory leaks.

wifi: make room for the ns3-wifi binding

smpi topo : a topo can be shared between some comm (duplicates), but there was no refcounting.
Try to switch to a shared_ptr to avoid segfaults or leaks...

that's not a double

fortran : protect in case some calls return success, but with a null request.
This can be caused by sending messages to unreachable processes.

attempt to please fortran on ci

Trigger a warning when abort is called and a process exits.
Does not hurt and can help understand why there is a deadlock in simgrid, when the app forgets to print an error message.

dist

MPI IO : "support" for ./ in filename

MPI IO: now with more fortran bindings

fortran support for MPI_UB and MPI_LB

fortran : allow use of C names for types

Remove redundant blank lines (codefactor).

Make smpif90 support SMPI_NO_UNDEFINED_CHECK too.

SMPI : Allow to deactivate link-time definitions check with an environment var
This is breaking compilation when the code has shared libraries itself (CLAMR).
Not sure if we should keep all this, actually ...

Don't use XBT_LOG macros within a function (thanks lgtm for noticing)

lgtm: Add some missing header guards

Better explanations for the parameters of the decay model

MC: inline a function

bump osx version on travis

fix ns3 builds

remove an extraneous ';' that fools codacy

Missing const marker

Save the src_wifi_link and dst_wifi_link in a subclass of NetCm02Action

This way, interested parties won't have to recompute that information
and possibly miscompute it.

fix how wifi's host_rate is used in communicate()

- Enforce that we use the first provided link for the src host,
  and the last one for the dst host
- Assert that the provided links are actually associated to by the right host
- Fix the test that was missing an association

fix save src/dst

remove the src and dst from the Link::on_communicate callback since it's now in the action

save the source and destination hosts in the NetworkAction

stick to our coding standards: getters should have get_ in their name