MSG doc tweakings

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

[CMAKE] Install header files for call-location tracing.

[TOOLS] Modified generated header to include the path.

[SMPI] Update header files for call-location tracing.

[SMPI] Fix segfaults introduced by 772f8dd3b48f0c9dff20f67a4c2ea1cbbe673f8d

This changeset fixes tests such as msg-trace-masterworker.

various doc cleanups

Only run doxygen once

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

FAQ: kill a painfully outdated Q&A

[CMAKE] Add src/instr/instr_smpi.h to package

Revert "[SMPI] Fix #include in smpi.h"

This reverts commit 37a6e2ae6b4a2f84d9819ecff7dc45aad582a29b.

[SMPI] Fix #include in smpi.h

doc: don't build the full index as doxygen now provides a 'search' box

[DOC] Add doc for call-location aware simulation.

[SMPI] Call location: Cleanups.

[SMPI] Introduce variable computation speeds.

This commit introduces the possibility to use a csv file that
contains sections of the code that should be sped up or slowed down
according to the second column in that specific file.

One line could look like this:
exchange_1.f:30:exchange_1.f:130,1.18244559422142

This means that computation time between line numbers 30 and 130 offile exchange_1.f
should be slowed down by a factor of 1.18.

Of course, this only makes sense if computation time is calculated.

Activation via the newly introduced smpi/comp-adjustment-file CLI cfg param:
--cfg=smpi/comp-adjustment-file:/path/to/file.csv

[SMPI] Introduce smpi/trace-call-location cfg-switch

This switch enables/disables call locations for MPI calls in
traces.

[SMPICC] Make call location conditional

This commit introduces the -enable-call-location compile-time
switch for smpicc.

[SMPIFF] Make call location conditional.

This commit introduces the -enable-call-location
compile-time switch for smpiff.

[SMPI/INSTR] Wrap filenames in traces in quot. marks

[SMPI] Modified smpiff.in to enable caller location

This injects pre-processor directives that are then used
to replace MPI calls within the user code.

[SMPI] Add caller location to tracefiles

Please note that we can't use stack unwinding because that
would make the simulation less faithful, as it introduces
non-neglegible overhead.

This implementation is still subject to change.

[SMPI] Added #include private.hpp statements

[SMPI] Make smpi_container() available via private.h

[SMPI] Add private.hpp for C++ functionality

[SMPI] Introduce smpi/papi_events option

[SMPI/PAPI] Added cmake switch for SMPI+PAPI

This commit includes:

- Enable/disable PAPI bindings via ccmake
- The FindPAPI.cmake file
- The #define for C/C++

fix some doxygen formating problems

documentation shuffeling

outline a page on high-level concepts to describe your platform

doc: move the 'find an XML example' part into the platform page

completely rewrite the 'Getting Started' page

doc: kill a useless and unused file

Sharpen the install documentation

Nobody likes reading the doc, so get straight to the point.

improve I/O Java examples

add File.seek to Java API

trace-simple is now process-create
  ... that needs a platform at least ;)

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

don't run some mpich3 fortran tests when there is no privatization
We don't provide manual way of privatizing global variables in Fortran anymore.
So on some (BSD) systems, these tests would fail.

merge

cosmetics

In the code, in the comments, in doxygen... Messy code go away!

doxygen fixups

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

xbt::config: fix doxygen

doc example: change trace-simple into process-create

trace-simple was really brain dead, and we were missing an explicit
process-create example

fix one, rename another

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

rename tracing example

woops, I commited a local test

done reformating the doc of MSG examples. Many examples remain undocumented

doc example: actions and apps

Doc example: model-based ones + add many TODO

Rework the presentation of MSG tracing examples

kebab case

Further reorganize the MSG examples' documentation

fix mistakes in script

tar xzf fails randomly on netbsd for now, try another method

better presentation of the examples in the doc

doxygen: Fix 3 out of 23235235235 small formating issues

Doc: Kill formating pragma that are unused since 10 years

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

cosmetics

revise CMake doc

silence warnings from boost (only on netbsd..
this happens when we use  boost::intrusive::constant_time_size<false> for virtual machines
If anyone has any idea on how to remove this one... It does not pop on other systems

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

some more forgotten override markers

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

tweak the documentation rendering

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

move text and add all cmake options
 + a few are not explained though

Doc improvment

reword the doc of the switch feature

doc: improve section titles

Use only the C++ dtor for Synchro::Raw

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

move some content to the SynchroRaw dtor

teshfile: dont sort output

Try to avoid leaking detached comms.

kill useless code

make overring methods as so to please clang

[mc] Generalize AddressSpace::read<T>() to return a Remote<T>

[mc] Fix MC with the class-hierarchification of simgrid::simix::Synchro

rename s4u Async to Activities

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Use C++ to implement dynamic dispatch

Have a look at the code of SIMIX_simcall_exit() to understand what
this change is about.

cosmetics

simix::Synchro: Factorize the refcounting for child classes

simcall_execution_destroy() -> simgrid::simix::Exec::unref()

Plus cosmetics on my way.

SIMIX_comm_destroy() -> simix::Comm::unref()

kill 4 more getter simcalls

simix::Comm: turn another function into a method

SIMIX_mbox_get_head() -> simcall_mbox_front()

smx_mailbox should be objects. They should be merged into s4u::Mailbox

mbox: kill a getter simcall

s4u: rename the private implementations as such

simix: change two more getter simcalls into methods

Fix BoostContext #include

SIMIX_comm_get_remains() -> simgrid::simix::Comm::remains()

+ kill that getter simcall, there is no need

remove a useless call

turn SIMIX_comm_new() into a proper constructor