[mc] Cleanup/simplify liveness property automaton registration code

There were remants of the standalone mode.

[mc] Remove MC_automaton_new_propositional_symbol_callback()

It was defined in the simulated-process API and but it could not be
used in this context: it was to be called in the model-checker
process.

Removed a lot of boilerplate callback management stuff: replaced with
C++-style code (passing lambdas/functors).

[mc] Add some doc to the simulated-application-side API

peersimgrid release 1.0

[mc] Do not allow to xbt_new things with (non-trivial) constructors

[mc] Remove HTML in a comment (this is ugly)

[mc] Comment the binary search in ObjectInformation::find_function()

[mc] Fix out of range error in the binary search implementation

[mc] Fix: can't build a std::string with nullptr

[mc] Give a real override if we know it's available

[mc] Remove a lot of typedefs and typedef usage

Do not hide the real type of things behind typedefs. Some typedefs are
still there because they are used by C code.

[mc] Remove remainings of an old type

[mc] Simplify lookup of maps

[Doc] Minor changes to introduction.doc

[Platforms] Created folder 'storage' for storage specific platforms

[Platforms] Added missing attribute in storage.xml

[Platforms] Fixed indentation of storage.xml

[mc] Remove useless/unused stuff

[mc] Remove MC_post_process_functions()

[mc] Remove MC_dwarf_register_variable()

[mc] Avoid the O(n^2) incremental construction of sorted arrays of variables

This is espacially slow now that the array contains the Variable
instead of the Variable*. Create it without order and sort if in O(n
log n) afterwards.

[mc] Add comments on ObjectInformation

[mc] Make ObjectInformation::function_index a std::vector

and while we're at it remove high_pc from the FunctionIndexEntry which
is not so useful.

[mc] Make ObjectInformation::file_names a std::string

[mc] Make Process::subprograms a std::unordered_map

[mc] Make type_is an integer instead of a string and use std:: containers

[mc] Move ObjectInformation methods in mc_object_info.cpp

[mc] Move some declarations in mc_object_info.h

[mc] Make Frame::variables, Frame::scopes and ObjectInformation::global_variables std::vectors

[mc] C++ location lists and expressions

[mc] C++ify Frame

[mc] C++ify Variable

[mc] OOPify/C++ify Type (cont)

Make members a std::vector.

[mc] OOPify/C++ify Type (cont)

Make location expression a std::vector.

[mc] OOPify/C++ify Type

[mc] OOPify/C++ify ObjectInformation

[mc] C++ification of memory_map.cpp

[mc] Cleanup/C++ification of {ModelChecker,PageStore}.{c,h}pp

[SURF] Callbacks now use the INITIALIZER macros

- Callbacks such as s_sg_platf_link_cbarg_t were not at all
  correctly initialized before; this was fixed!

- Several initializers used valid C99 initializer syntax; however,
  this is not supported by C++. Hence, these initializers were changed
  to simple lists. See also
  https://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc/Designated-Inits.html
  for more details on this issue.

[SURF] Cosmetics - indented assignments in surf_routing.cpp.

[Doc] Added Cluster description. Fixes #18

[mc] Remove content addressable page store

- It did not prove useful compared fo the default option.
- It is implemented as a compile-time option instead of a runtime one.
- Let's remove compile time options!
- It makes the code more complex.

[mc] Cleanup mc_hash

[doc] Add missing layers (MC, SIMIX, SIMDAG) in README.coding

[doc] Various fixes to README.git

- Some typographic fixes.
- Remove reference to sourceforge.
- Some other minor modifications.

[mc] Fix another signedness conversion issue with addresses on 32 bit

[mc] Remove useless cast

[Doc] Changed stylesheet to make headings look better

[Doc] Significant update to the storage documentation

[SURF] Cosmetics in surfxml_parse.c

[mc] Fix cross process memory access in 32 bit

Sign extension issue when converting offset bewteen signed and unsigned.

[mc] SimGrid 3.11 Chanelog/NEWS

protect against MPI_BOTTOM

Fix fortran mpi_type_struct and mpi_type_create_struct functions

Revert "A candidate patch to Github issue #15. Three problems related to TRACE might be corrected by this patch."

This reverts commit 58a9c67822f4640964044ec485426d090bcb123f.

Revert "rename SIMIX_process_get_maxpid() to SIMIX_process_get_nextpid() and make it public"

This reverts commit 9306ddd4b063b1934dbab43f967e380d0181e393.

kill an unused definition

rename SIMIX_process_get_maxpid() to SIMIX_process_get_nextpid() and make it public

This ends the Fix #15 after the recent commit of @mpoquet. Thanks for
that again.

Merge branch 'master' of github.com:mquinson/simgrid

Merge pull request #17 from mpoquet/master

Candidate patch to issue #15

kill two empty files

who needs such an empty constructor?

less void*, new type: surf_host_t

Plus some small cosmetics

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

do not output a user unfriendly line

"Switching host model to compound since you changed the network and/or cpu model(s)"

- Hard to understand what's going on without reading the right part of
  the source.
- I cannot think of a situation where this would do any good

- My evil plan is to change the xbt_lib of all hosts by a boost map of
  Hosts, so the host model will be gone, and hosts will always
  dispatch to their content. One this is done, objectifying everything
  will be really easy.

ignore more cruft

MASSIVE cleanup: s/workstation/host/

- simdag is not affected for now (it's a user interface, it will be
  rewamped soon)
- It means that the workstation/model option is changed into host/model

That's a really intrusive change, and I'm sorry for the ones having
unmerged branches (Sorry Christian, I thought of you when I was almost
done). But I feel that this is a good move for the project, important
to the objectification of the whole.

using trace timestamp precision when printing to trace files

new option to set trace timestamp precision

the number must be an integer, whose value is the
desired number of digits after the decimal point
for all timestamps registered when tracing

[mc] Cleanup the DSO ignore list and add some entries

[mc] Fix the DSO debug ignore list

This is nasty. We must get rid of this.

Fix the cmake for the host-on-off tests

Fix #7

Fix the host-on-off refcount test

host-on-off: add basic tests

[jenkins] Enable debug (Ã-g) in the builds

Add the missing breaks

Move the host-on-off fix above

If our host is OFF, we should always get a HOST_FAILURE.

This seems to fix issues where a host was turned off but its processes
were not woken up with HOST_FAILURE.

Clean the possibly dangling waiting_synchro pointer

Fix host-on-off

This is a temporary workaround. This should probably be fixed at a
lower layer instead.

The test stil has a refcount handling bug (two +1 but only one -1).

Fix the documentation

Comment on a function whose behavior may be misleading...

Do not build html/msg-tuto-src.tg anymore

This is not referenced anywhere. Those things are intended to go on
the website.

The tar is not reproducible by default (see
https://bugs.debian.org/789715) because it contains timestamps.  The
-n flags can be passed to gzip in order to omit the timestamps but
this option is not available in `cmake -E tar`. We would like to avoid
depending on tar+gzip because they are often not available on Windows
systems.

Add missing #include

generate-dwarf-functions: add a 'Usage' comment

Fix reference to generate.sh (now generate-dwarf-functions)

[mc] Fix include guards

[mc] Remove ugly #include

Add some #includes

second attempt

(attempt to) Disable fortran for mac platforms, for now.
If we ever find a user for SMPI+Fortran on apple, we will need to investigate what to do to
correctly plug the user_main function (correct underscore handling is a likely guess)

happy now?

please the paranoid freak

Don't try to change the rate of task once it's done, the new test in
SD_task_set_rate raises a justified warn.
Add a comment to warn readers that such a change must be done before the
beginning of the execution of a task.

forgot to declare newly added actions_io.txt and
storage_deployment.xml files.
These files are needed by the early prototype of storage action replay.

first prototype of storage action replay

prepare implementation of first prototype of I/O trace replay

add two declarations for fortran

fix memory leak

Fix thread safety issue in process cleanup

While trying to find the root cause of the occasional failure of the
kademlia test, I found a thread-safety issue here:

When running in parallel mode all worker threads can call the
`SIMIX_process_cleanup()` concurrently which does things such as:

~~~c++
XBT_DEBUG("%p should not be run anymore",process);
xbt_swag_remove(process, simix_global->process_list);
xbt_swag_remove(process, SIMIX_host_priv(process->smx_host)->process_list);
xbt_swag_insert(process, simix_global->process_to_destroy);
~~~

The SWAG are modified concurrently by the worker threads without
synchronization. Sometimes, they go into inconsistent states (for
example, `swag->count` is no more consistent with the number of
elements really in the swag).

This fix might not be the best way to do it.

Improve the doc and checkings of SD_task_set_rate.