Remove the 'TUTORIAL: New API' chunks

This loads the code, and I'm not sure that it is of any help,
actually. Adding a new API is rather uncommon, and the existing ones
are clean enough to serve as an example, nowadays.

rename a generated file involved in the kernel popping

kill dead code

[mc] Split config code into mc_config.c

[mc] Make MC_resolve_subtype() and MC_resolve_subtype() static functions of mc_dwarf.c

Those functions belong to the mc_dwarf.c layer and are only used there
anyway. Move them here, mark them as static in order to reduce the
number of exported symbols and reduce the cross-layers dependencies.

small correction

provide user-friendly errors when replay encounters a badly formatted line.
Avoids segfaults in this case

Somehow .. we forgot to replay allgather.

root should be optional for gather replay (as it is everywhere else)

Add tracing for RMA calls

previous commit was a mistake. Handle the case more gracefully.

don't push null request back in the dynar

we should not set error flag when wait or test is called with a null request.
This is explicitly allowed by the standard.

avoid code duplication that lead to out-of-date fortran mpi_init_thread

[mc] Document/simplify MC_request_is_enabled()

[mc] Simplify mc_update_comm_pattern

[mc] DRY with mc_update_comm_pattern() (broken)

[mc] DRY by adding get_call_type()

[mc] Try to DRY in MC main loops

add a (unused) fortran datatype for compilation of recent bigdft

somehow we forgot MPI_REAL datatype C-fortran compatibility

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

using walltimer in adaptive algorithm

doc update

Apply patch suggested by fabien Chaix. This avoids issues with reqq being deleted in replay waitall
This also removes the MPI barrier in replay finalize, which was not needed anymore

Loooong due Changelog update

Add option to configure the factors used for IB model

[smpi+mc] When restoring a snapshot, always remap the SMPI privatisation segment

After restoring the global variables in a snapshot, the global
variable containing the currently active SMPI privatization segment is
overwritten. As a consequence, the segment SMPI thinks active might be
inconsistent with the currently active segment (which the kernels
knows about).

In this case, we want to remap the segment regardless of what SMPI
thinks.

We might be more clever to avoid unecessary segment switch if the
segment which is really mapped is the same as the one we want.

really fix dist

fix dist

Change verbosity of debug messages

Add a new Infiniband network model, based on the works of Jerome Vienne.
This computes penalties on communications to account for the slowdowns experimented on real systems, and modeled by jerome
check http://mescal.imag.fr/membres/jean-marc.vincent/index.html/PhD/Vienne.pdf for details

known issue: doesn't work yet with permanent receive mode, as some surf actions are not released properly

Add a safe version of lmm_get_var_from_cnst to avoid looping forever when iterating on a dynar we reorder dynamically

Remove irrelevant API documentation

disable clang on travis

don't test if we cant build

because we need noise on IRC

add a little link to travis status from the README

sharing config between travis and jenkins seems non-trivial

tell travis which config to test

we need doxygen, and I fail to see who's creating the VERSION file

try to use the jenkins on travis too

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

I'm not sure of why flexml generated a different flex file, but the content seems ok too

test if I can write a little travis config file

better estimate of window for adaptive algorithm

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

PJ_value_get assumes value exists, this is not the case here so fix it

Hard-coded colors:
- see comments in the code

[mmalloc] Expand the junkarea

In some cases (Fortran + Clang compilation) this is needed. We nee to
fix this more cleanly.

[mc] Add support for DW_OP_regN locaitions from DW_AT_frame_base

Fix DWARF based introspecion support when compiling with LLVM.

[mc] Prepare support for register location in DWARF location expression evaluation code

This is needed in order to support this:

  DW_AT_frame_base  : 1 byte block: 56     (DW_OP_reg6 (rbp))

[mmalloc] Fix junkarea handling in free

The call free(junkarea) was broken and was trying to delegate to
mmalloc instead of using junkarea.

Because of this libsimgrid broken when compiling with LLVM with
mmalloc support.

try to simplify the way simcalls are generated

kill dead code

ask swig to please doxygen. Tools will drive me nuts

ignore more cruft

rename SIMIX_simcall_{pre,post} to SIMIX_simcall_{enter,exit}

ensure that the generated files are autonomous and not included within another file

please doxygen keep calm

that file was seriously outdated

make my previous commit also compile under MC (sorry)

our usage of doxygen is improvable

use an automatic table of contents instead of a manual one

Make it much easier to follow control flow through simix

One of the main difficulty in navigating the source code when debuging
was to find your way from MSG to SURF, through SIMIX. The simcall
mechanism really breaks the flow.

The solution is to add a dummy call to the simcall body, such as:
    if (0) SIMIX_pre_host_off(&self->simcall, host);

With the "if (0)", it will be cut at compilation and have no impact on
the code behavior. But you can go to that function in eclipse, press
F3 and you are within the kernel now. No need to grep your way around.

ok eclipse, change your config file yourself, you're big enough

ignore more cruft

try to have valid chunks in generated files to please eclipse

Allow to recreate VMs in a better way (I guess)

Instead of removing the VM from the host_lib (and potentially create
issues at the routing level), test whether it exists in the VM layer
before whining that we cannot redo it.

Remove VMs from the lib of existing hosts so that they can be recreated

add parenthesis to shut up a useless warning

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

one more test for the migration - adrien

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Conflicts:
src/bindings/java/smx_context_java.c

fix msg_host_is_avai... in msg_host_is_on - adrien

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

make msg_vm_migrate robust (i.e. now SRC or DST can be turned off during the migration) - fix teshsuite slee_host_off in java (but did not fix the output as I don't know how to do it), discover a bug on VM destroy (it is impossible to recreate the same VM: you get /Users/alebre/DEVELOPMENTS/SIMGRID/simgrid.orig/src/msg/msg_vm.c:209: [msg_vm/ERROR] host vm0 already exits) - Adrien

[mc] Fix segfault when a function does not have a name

This happens when compiling with LLVM (clang/dragonegg).

[mc] Give the real type of mc_heap/std_heap (xbt_mheap_t, not void*)

[mc] Simplify tests specifications for mc-bugged1-liveness*

better estimation of dynamic threshold

more informative message when a process gets killed

please a bit doxygen

missing call to XBT_LOG_CONNECT

don't define obsolete doxygen variables that we don't use

rename MSG_host_is_avail() to MSG_host_is_on()

(and same in Java)

Fix bug in keyval delete

give correct pointer when calling delete function

duplicated lines

store the int in a long-enough char array

cleanup, remove some useless functions

Add MPI_Type*keyval and MPI_Type*attr functions

Add MPI_Comm_*keyval and MPI_Comm*attr functions
These are just aliases for MPI*keyval and MPI*attr deprecated functions

activate some more tests

Fix compilation issue

Implement MPI_Keyval_create, MPI_Keyval_free, MPI_Attr_get, MPI_Attr_put, MPI_Attr_delete calls

provide new unimplemented signatures for RMA MPI calls

don't provide sync-gforge-doc* targets if doc is not enabled (cmake warning)

various fixes about replay and buffer usage

When display timing is set, also display global simulation time and application times
This allows to check if most of the time is spent in the application, or in Simgrid
Add a hint if more than 75% of the time is spent inside the application's code (to use replay or sampling)

Change way replay is handled, to allow cohabitation between replay and "classic" SMPI