test that the hosts get the cluster's properties

properly pass the cluster's properties to the created hosts

more informative error message in some obscure error settings

cosmetics in comments

[mc] Make a copy of the libunwind context when snapshoting the stacks

The libunwind cursors used in `mc_snapshot_stack_t` were referencing
the real/live libunwind contexts: this is wrong because those contexts
change with the simulated application. Instead, we need to take a copy
of the context.

Modified error messages when creating CPUs for more verbosity.

As 0 may be assumed as the default powerPeak value (if no value specified),
the error message should point out that the power attribute may have been
forgotten. This was added in this commit.

more verbose output following a weird crash on my laptop

Updated lua README file to reflect current state of SG

- File small_platform.xml was moved to a different location
- Added full example for execution; without it, it doesn't work.

[mc] Add some comments

[mc] Create a separate simgrid-mc program

We create a separate program for the model-checker. The goal is that
this program will:

  - prepare the environment for the child/main process (environment
    variables, maybe LD_PRELOAD a library, pass file descriptors);

  - hold all the model-checker state;

  - communicate with the child process;

  - handle some part of the snapshoting/restoration logic;

  - handle the state comparison logic.

Currently it only enables the custom heap in the child process.

[mc] Remove remaining bits on hardcoded object list

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Fixed cmake/doxygen errors on old systems.

cmake 2.8.7 on Ubuntu 12.04 LTS does not support the
DOXYGEN_VERSION variable, hence documentation can never be
built as this variable is required.

The added code checks whether the DOXYGEN_EXECUTABLE
is set and executes doxygen --version itself; hence
making this variable available.

Tested on Ubuntu 12.04 LTS.

Change order of initialization.
If the cpumodel is constructed before msg init is called, a log message is sent without proper init
This meant undefined behavior, and in one particular case the wrong locale being selected, the message used a comma as a separator instead of a dot.
There was a big hint in the comment just before : "do not do anything before the msg.init call !"

Change include order for smpi tests/examples to avoid conflicts
This include folder is the one where our mpi.h file lives.
This file is provided by various other libraries.
When another simgrid include folder contains another mpi.h file from another library, build is broken
This trouble was seen on a freebsd system with graphviz installed, which added an include path in /usr/local/include, where there was a mpi.h file from mpich
This commit forces the one from smpi to be the first and only mpi.h file examples/tests do use

avoid breaking with recent freebsd that implement this flag (as the comment said)
This should help other bsds as well

kepler->luna

Ensure that MSG_host_self() works from maestro context

[mc] Add some FIXMEs for cross-process support

[mc] Cross-process support for MC_ignore

[mc] Implements privatization support for MC_process_read

This is currently needed for cross-process MC in order to read the
heap state.

[mc] Abstract the process and a snapshot types with a address_space superclass

Add a `address_space`, superclass of `process` and  `snapshot`.

In order to do this, the contract of MC_process_read and
MC_snapshot_read has been uniformized:

  * the order of arguments has been harmonized;

  * a new flag MC_ADDRESS_SPACE_READ_FLAGS_LAZY is used to avoid copy
    when the data is in the current memory;

  * MC_NO_PROCESS_INDEX has been renamed into MC_PROCESS_INDEX_MISSING;

  * MC_ANY_PROCESS_INDEX has been renamed into MC_PROCESS_INDEX_ANY;

  * MC_PROCESS_INDEX_DISABLED is used to access the raw address space
    (without privatisation support);

  * `const void*` is used instead of `void*` when it possible.

Soem cleanup things are still to be done:

 * remove special NULL handling;

 * add support for SMPI privatization in the process object.

[mc] More comments for mc_dwarf_execute_expression()

Give some basic explanation about the DWARF operations.

[mc] Add more information about mc_dwarf_register_to_libunwind()

avoid word being recognized as special by doxygen

typos

update doc about privatization .. \nThis was not updated yet. The option was documented in options.doc, so this my be a duplication of information

fix tesh

requalify teshes for vm migration

update changelog

doc update for new appenders

Patch by F.Chaix : add two "new" log appender methods : split and roll
split will create new files when a specified size is reached
roll will overwrite the file when this size is reached
example syntax is : --log=root.appender:splitfile:10000:myfilename_%.txt

The % is a wildcard that will be replaced by the number of the file. If no % is present, it will be at the end

[mc] Support for reading heap state from another process

more documentation about the simcall mechanism

[mc] Fix error handling in MC_process{read,write}

[mc] Access memory from another process

The goal is to be able to move MC in a separate process which should
be more robust and easier to develop:

 * avoid using two heaps (which is combersome);

 * avoid weird interactions bewteen the MC and the application;

 * use optimisation for the whole MC process;

 * avoid the stack-cleaner for the whole MC process.

The functions MC_process_read and MC_process_write are defined to
abstract memory access:

 * when the target process is the current processs, they call
   `memcpy`;

 * otherwise they call `read` or `write` on `/proc/$pid/mem` (on newer
   kernels, `process_vm_readv` and `process_vm_writev`) could be used.

A lot of bits are missing such as:

 * access to `std_heap` is currently not process-aware (the current
   process is used);

 * access to SIMIX layer from MC;

 * communcation/synchronisation between the processes;

 * …

Limitations:

 * for the per-page/chunked snapshot the current implementation uses
   an extra copy (and one syscall per page), we can do better than
   this.

(try to) avoid looping forever, temporarily.

This value was 10 before, and was set to 3 recently, but weirdly this caused vm migration simulations to loop forever.
It works with an infinite timeout, but the message is lost with a few values (1,2 ,3, 6, 9 were tested and failed, other ones up to 13 at least do succeed), while succeeding with other ones (after a few hundred timeouts, so this seems to be working)
So if an MSG expert sees this and can find the problem here ..

Test should still fail with this patch, but just because teshes were not requalified yet

Fix windows build (this is now used from the java library)

fix dot output with file descriptor checkpoint/restore

Put a 300 seconds timeout on each test with ctest
This should really be enough (the default was 1500...)

Fix build
Some vm tests are still broken and some are looping, they need to be fixed

[mc] Enable the custom mm malloc only in MC

We can do better in the future: we can avoid using the main mm malloc
in many cases even for MC.

[mm] Allow to disable the mm based `malloc` at runtime

The goal is to enable the mm based `malloc` only when needed and fall
back to the (more efficient) builtin/next implementation when it is
not needed:

  * run instrospection-less jobs without it;

  * whene the MC and the application are in different processes, the
    MC will be able to run with the standard `malloc` and the
    application will use mm.

As malloc is needed very early in the application initialisation, an
environment variable is used to change the behaviour.

[mc] Remove redundant typedefs

Clang complains about typedef redefinitions in pre-C11 mode.

[mc] Optimise most of XBT

bashism -- (fix https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=772329 )

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

[mc] Optimise all the MC compilation units

[mc] Multiple .so support for region snapshots

The region snapshoting logic can handle a variable number of .so
files:

 * add more informations to the snapshot regions,

    * the type (heap, library/executable);

    * the correspoding library/executable;

    * the type of storage (dense/flat, chunked/sparse or privatised)
      and the type-specific variables are defined in an enum
      (variant/tagged enum).

 * SMPI privatisation snapshot regions are stored as children of a
   parent snapshot region

Limitation:

 * we might want to use a more modular/extensible approach OO for the
   snapshot region storage type instead of variant-based approach;

 * SMPI can currently only handle privatisation for the local
   variables of the executable so this is only supported in the MC as
   well for this reason but otherwise the MC is ready to support the
   SMPI privatisation of libraries.

Fixed return values for several MPI_WIN functions

(statements had to be wrapped in else-clauses)

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Few temporary debug messages - adrien

Add a mutex to lock access to the SMPI mailboxes when a message is posted
Should avoid race condition, while keeping isolation from SIMIX

Revert "Avoid using simcalls here, as by descheduling the process, we could misplace some messages in mailboxes, and end up deadlocking."

This reverts commit 63ba498484d4fcfc706be1e514d7fedbc6c9f4be.

[mc] Multiple .so support in MC_ignore_local_variable()

[mc] Basic support for more other libraries than libsimgrid.so

activate mpich3 tests for post/wait/start/complete RMA calls

Add MPI_Win_post, MPI_Win_start, MPI_Win_complete, and MPI_Win_wait support.

This is the second (out of 3) of the classic MPI RMA synchronization methods.
This version is naive and may not be what real MPI lib do, as the standard lets the implementer chose the behavior of theses calls.

[mc] Move process info in a new s_mc_process_t structure

This is a beginning of the refactoring in order to support MC-ing a
remote process.

[mc] Fix distcheck

[mc] Don't include libunwind.h in non MC builds

Merge branch 'master'

[mc] Don't use unprototyped functions

[mc] Remove useless header #includes

forgot to add this include

let's try to please windows

Avoid using simcalls here, as by descheduling the process, we could misplace some messages in mailboxes, and end up deadlocking.

Calling directly SIMIX functions is not really the best, but it may fix a bad heisenbug

typos-=2

avoid problem when freeing pointer with lb!=0

do the same thing as before with IB model parameters

[mc] Modularise header files for MC

This is a preparation step for the upcoming refactorisation of the MC
code in order to MC an external process.

[mc] Define a type for MC object information flags

[mc] Remove MC_ignore_global_variable() calls

 - compared_pointer which does not exist;
 - smpi_current_rank does not exist;
 - maestro_stack_start and mastro_stack_end doe not need to be ignored.

[mc] Enable MC specific behaviour in replay mode

Revert "[mc] Enable MC specific behaviour in replay mode"

This reverts commit 33eca433c4f055cdfcc55e46d125f8708e1848c7.

Build is broken.

[mc] Enable MC specific behaviour in replay mode

[mc] Remove useless condition check

[mc] Only enable the umpire test for MC builds

Use pthread mutex instead of semaphore in mm

Fix dist

s/formated/formatted/

[mc] Initial support MC record/replay

The idea is to record an execution path in MC mode inorder to be able
to replay it outside of the MC (event with a non-MC build). Some very
basic (an unobtrusive) MC code is compiled even when MC is disabled.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

and now, fix the java teshsuite, re-sorry

I shouldnt try to hack on simgrid at week-ends :-(

fix the build of java bundles, sorry

Dont produce that pdf output that we dont use

reindent and improve displayed message

put together the java-based tests

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

move smpi bandwidth and latency factors out of the ifdef HAVE_SMPI. SMPI and IB network models can be used without using SMPI

merge msg_vm.c - adrien (please note that there is one line (destruction of the tx_process) where I don't not remind whether it is usefull or not... this can lead to a crash unfortunately, I will fix it later)

Remove warnings in vm

Fix dist

remove potential bug / clang warning
size_t being undefined, the comparison < 0 was never true

support timeout of migration

Fixme: The default timeout value is hard-coded. Modify it and compile
the code if necessary.

fix indent in migration code

remove unnecessary comment out

remove the unnecessary vm object in migration

remove unused code in migration

remove trailing space in the migration code