define types used by fortran even when only C code is used (needed sometimes)

Conflicts:
include/smpi/smpi.h

temporary hack to be able to replay traces of fortran codes through the
simulation of a C code

don't destroy detached comm from the sender side during process cleanup

fix debug message (wrong buffer was printed)

model-checker : update tesh

model-checker : cosmetic in log message

model-checker : check dict content before removing value

model-checker : remove useless condition

[mc] Fast path when comparing NULL against non-NULL pointers

[mc] Bug: MC was reading from the wrong region

Little script to report on our MPICH3 coverage

CMakeLists.txt files are used as a source of information.
I had to slightly change one of them to make it easier to parse.

fix platform paths for windows packaging

[mc] Fix unit MC tests after platform file move/rename

Fix test-smpi-mpich3 tests

Fix CMakeLists.txt

[mc] Remove useless question in assert

Path relative to xml directory works

Xml platform cleaning examples/msg/ns3

Fix ns3

Xml platform cleaning example/scala

Revert commit ed3e911d for better performances

Fix xmls for lua examples

Xml platform cleaning

Add difftool option to tesh to help updating tesh files

Wcloberred is unknown for clang...
Leave it, but avoid failing the build by setting -Wno-unknown-warning-option

Add other warning flags for cpp

as linking may be done through c++, add flags to remove some old/new warnings to cxx flags.

remove warnings in mpich c tests

model-checker : fix visited states reduction with comm determinism verification

model-checker : if no inttypes found in c++

Add missing dist files

Merge branch 'mc'

Conflicts:
src/mc/mc_global.c

add some tests about the smpi robustness to PEBKAC

make it easier to write tesh files by removing the full path to scripts from logs

ignore some generated files

Properly fix the case where the user provides an empty hostfile

[mc] Do not optimize src/xbt/dynar.c

For some reason, it breaks state comparison after the merge.

Add an option to get the compiler version, change the manpages accordingly

Some minor corrections on the documentation

Merge branch 'mc-fastsnapshot' into mc

Conflicts:
src/mc/mc_visited.c

dividing by 0 is not always the best possible choice, even if the user shoulnt give empty hostfiles

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Change the wonderful magic value of the max number of simcall parameters.
Fixes build on ci with better compilers than mine.

model-checker : minor fix in comments

model-checker : update tesh

model-checker : visited states reduction available with comm determinism verification

JSURF_JAVA_GENERATED_SRC is already included in JMSG_JAVA_SRC
Some architectures complain and fail build if duplicated files are found

Start the remote send as soon as possible in MPI_Get
It used to be done only when synchronisation calls were issued, as it needed to be done sender's side

Use source of a MPI_Request as sender for SMPI messages.
make the SMPI messages use the sender process registered in the request perform the send, even if is not the same as self

Change send/isend simcalls to add a new parameter : src.
It is set everywhere it is used to SIMIX_process_self, so it should not change anything except for SMPI
This allows a process to ask for an immediate send from another process without any action from the sender's side
This is needed to simulate MPI_Get, where the receivers asynchronously triggers a send from another process (handled by the MPI library in another thread or directly through RMA)

[mc] Inline mc_snapshot_read_region()

[mc] Inline mc_translate_address() and mc_translate_address_region()

[mc] Forgot to decrease the page refcounts when freeing a snapshot

don't build mtest static lib if mpich3 tests are not enabled

change path where to look for an include file

activate tests for Accumulation with complex datatypes

Change the way MPI_Accumulate works with serialization, to handle complex datatypes.

[mc] Add support of privatized global variables in per-page snapshot

Not very useful because state comparison does not work with SMPI
privatisation yet.

[mc] Avoid loosing meaningful bits ot pair.p2 when hashing pointer pair

[mc] Use an unordered_set for compared_pointers instead of a dynarr

It has a better algorithmic complexity.

At the same time, avoid using TLS which is not implemented with
destructor-enabled data structures before C++11.

[mc] Remove declaration of mc_read_pagemap() in mc_page_store.cpp

It is now in mc_page_snapshot.cpp.

[mc] Optimise more files

Switch to the right version of cmakefiles for mpich3 tests.

remove warning

remove now useless functions

remove now useless comments

add MPICH3 rma tests (15 out of 88 should be passing now)

First steps for implemtation of MPI Onesided Operations :
Support for MPI_Win structures, MPI_Put, MPI_Get, MPI_Accumulate, MPI_Win_Fence

[mc] Always inline mc_page_store_get_page (C version of page_store->get_page())

model-checker : clarify comments

[mc] Move method definition out of class declaratio and force inline

Fix java tests : this dynar may be empty, don't try to iterate on it

Remove call to concurrent-rw test

[mc] Reset the softdirty bits *before* restoring the ignored bytes (not after)

We want to know what has changed since the last per-page snapshot: we
have to reset the soft dirty bits just after the per-page restoration.

Remove storage.xml example file

[mc] Try to use optimisation with some part of the MC

Initiate java bindings for MSG storage API

Add new tesh suite for msg-storage

[mc] Always inline 'inline' functions

The MC is usually compiled without optimisation as they tend to
confuse the state comparison. But we *really* want to inline functions
declared 'inline'.

remove documentation of non-existing date parameter

prevent warining for undocumented (because internal) enum members when
making doc

doc is whining +indent

don't do the call if an error is caught before

Remove benchmarking calls from cart_create

Small fixes to the documentation

Remove some unbreakable spaces breaking the pdf generation

[mc] Fix compilation warnings/errors when optimizing

[mc] Documentation of mc_page_snapshot

[mc] Config to disable soft-dirty page tracking --cfg=model-check/soft-dirty:yes

It is here mostly to test the effect on soft-dirty page tracking on
the performance of the simulator. It might be removed in the future
once we will be certain that soft-dirty page tracking does not have a
significant negative impact on some workloads.

[mc] Avoid big alloca in mc_snapshot_region_memcp and mc_snapshot_memcp

Be more stack friendly.

[mc] Poor man's TCO in compare_heap_area_with_type()

This is slightly more friendly for the stack.

[mc] Do not allocate pagemap buffer on the heap

This won't work very well with small stacks.

[mc] pread_whole must restart in cas of EINTR, not EAGAIN

This probably won't happen with this file anyway.

[mc] Documentation about per-page snapshots

[mc] Add some documentation

[mc] Avoid region lookup when we know we are in the heap

[mc] Fix bug mc_snapshot_read_fragmented

Return the correct address.

[mc] Replace test-and-die with assert

[mc] Avoid looking up region in mc_diff (we are in the heap)

[mc] Fix mc_snapshot_read_fragmented