Fix most of spelling mistakes in src/
using codespell (https://github.com/codespell-project/codespell)
exclude catch.hpp

Finish converting the way we use cfg=smpi/host-speed ourselves -- Bummer

Fix pip builds

Align the definitions of surf_parsed_filename accross files

Clarify one paragraph in the doc

Accept units for 'smpi/host-speed' config element

split surf_parse into a separate file to make it reusable from elsewhere

Also rename surf_parse_* functions into xbt_parse_*

Also, make the file name and line number explicit, as parameters to
functions that need it (less hidden global state is better). But I was
too lazy to clean smpi::parse_factor() tonight: the pandora box
remains closed for tonight.

leaks --
These lines were not supposed to be included in latest commit.
But as I had already written the commit message warning of memory leaks, I decided to add them anymway, in order not to lie.

don't throw in smpi_helpers when passing configure, it may confuse some checkers
petsc fails detection of getcwd and others, because we are pulling them in our header with a different signature

improve handling of persistent requests.
not great, could leak in some cases.

Finished = inactive
One is allowed to call MPI_WAIT with a null or inactive request argument. In this case the operation returns immediately with empty status.

standard says handle should be set to MPI_DATATYPE_NULL.

This call can be performed before MPI_Init, avoid bench_end/bench_start.

returning the correct value is better, weirdly.

fix issues with attr and cloning

please clang

even if useless, let's initialize these to avoid upsetting valgrind.

Fix MPI_Type_dup for derived datatypes.

please sonar

Tiny fixes
I was just checking than sanitizers, valgrind, and static analysis were still working.

Implement MPI_Type_get_envelope and MPI_Type_get_contents

nothing to see here.

don't fail for these probably harmless unimplemented calls

Prefer doublequotes (codacy).

Exclude more odr violations (seen with boost 1.71).

when SMPI_PRETEND_CC is set, don't replace program xx by subroutine xx, we want to keep an entry point

changelog

Try to fix python tests failing with python 3.9 on fedora-rawhide.

try to fix ns3 examples. Not sure this was the way intended, but it avoids crashes for now.

requalify all SMPI tesh files with timing information due to previous change

add a 16 byte envelope to each MPI message.
This simulates the send of src/dest,tag, and communicator, as in all MPI implems.
This avoids 0-sized messages to be sent to the lower layers, and should be more realistic
This will change simulation times a little bit.

Misc issues in shell scripts (codefator.io).

Fix potential memory leaks.

wifi: make room for the ns3-wifi binding

smpi topo : a topo can be shared between some comm (duplicates), but there was no refcounting.
Try to switch to a shared_ptr to avoid segfaults or leaks...

that's not a double

fortran : protect in case some calls return success, but with a null request.
This can be caused by sending messages to unreachable processes.

attempt to please fortran on ci

Trigger a warning when abort is called and a process exits.
Does not hurt and can help understand why there is a deadlock in simgrid, when the app forgets to print an error message.

dist

MPI IO : "support" for ./ in filename

MPI IO: now with more fortran bindings

fortran support for MPI_UB and MPI_LB

fortran : allow use of C names for types

Remove redundant blank lines (codefactor).

Make smpif90 support SMPI_NO_UNDEFINED_CHECK too.

SMPI : Allow to deactivate link-time definitions check with an environment var
This is breaking compilation when the code has shared libraries itself (CLAMR).
Not sure if we should keep all this, actually ...

Don't use XBT_LOG macros within a function (thanks lgtm for noticing)

lgtm: Add some missing header guards

Better explanations for the parameters of the decay model

MC: inline a function

bump osx version on travis

fix ns3 builds

remove an extraneous ';' that fools codacy

Missing const marker

Save the src_wifi_link and dst_wifi_link in a subclass of NetCm02Action

This way, interested parties won't have to recompute that information
and possibly miscompute it.

fix how wifi's host_rate is used in communicate()

- Enforce that we use the first provided link for the src host,
  and the last one for the dst host
- Assert that the provided links are actually associated to by the right host
- Fix the test that was missing an association

fix save src/dst

remove the src and dst from the Link::on_communicate callback since it's now in the action

save the source and destination hosts in the NetworkAction

stick to our coding standards: getters should have get_ in their name

third time's the charm. It was already done properly for smpicc, so just port it to smpicxx

disable on osx as -z is not supported there

add definitions check to link phase in SMPI (gh #342).. let's see how many ci workers complain

sonar: also ignore S5271 for the examples in C++

Plus fix some other warnings reported by sonar.

Please the checkers (sonar, codacy)

- reduce the scope of a variable
- Mark a constructor as explicit
- Blindly obey the given hints about javascript that I don't really master

do not downcast activities to the wrong type just to get their name

- I use a protected method to keep my data private. Doing otherwise
  would trigger sonar to complain.
- The code is not particularly clear this way, but I fail to see how
  to do otherwise: I don't want the getter to become a virtual method.
- This was reported by UndefSan now that we have a test that deadlocks.

Better fix for FG#50

- The previous solution was not allowing the suspended actor to be resumed properly
- Instead of going for a complex story where we create an activity on
  which to suspend the actor, simply unschedule it on suspend(), and
  explicitely reschedule it on resume()
- This is much easier since we don't have to save and restore the
  simcall of the suspended actor, even if the price to pay is the
  explicit simix_global->actors_to_run.push_back(this); in resume()
  of which I'm not a big fan.

Fixes https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/50

please codacy by not setting a variable we won't use

sonar: ignore more useless warnings in the examples

Fix MC on FreeBSD

Fix pip builds

stick to our coding standards: fields must have a trailing _

sonar: ignore more crufty warnings about the examples

The examples must be readable. I'll shut off sonar on these issues

MC: obey to the rule of 5 to please sonar

Fix MC+SMPI builds

Ensure that suspending an actor running later in the current scheduling round actually works

Fixes https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/50

cosmetics

MC: Further renamings

try to print pointer correctly on sunos as well

doc: add units for message sizes, and try to make smpi/buffering more understandable

MC: actually remove the comm channel from RemoteClientMemory

It is now in remote::CheckerSide. This makes it symmetric with remote::ClientSide

There is still a lot to do to clean things up:
- the actual communication Checker->App is spread all over the place
- the ModelChecker singleton dupplicates the function of the mc::Session
- plus the other ugly things that I fail to see right now given the ambiant mess

MC: rename remote/RemoteClient -> remote/RemoteClientMemory and remove networking from its responsability

MC: move a function around + cosmetics

MC: inline a trivial function

MC: rename remote/EventLoop into remote/CheckerSide

MC: rename remote/Client into remote/AppSide

The return type of the sg_actor_on_exit() callbacks is now 'void'

actor-exiting: Align the C test with the C++ one

the on_exit() of each actor is also executed when the simulation deadlocks

Extra header needed by FreeBSD to know SIGCHILD

split a piece of src/mc/ModelChecker.cpp into src/mc/remote/EventLoop.cpp

MC: tiny code simplifications

further simplify the MC initialization

simplify the MC initialization by using only one env variable

Remove a useless call in MC initialization

That's a very long time that we don't have two heap regions anymore.

Fix doc markup to not break the build process

make sure that the doc build failures get detected

Use const reference for std::string parameters.