[SMPI] Replay: C++-ify Communicator-Actions

[SMPI] Replay: C++-ify InitAction

[SMPI] Replay: Cleanup WaitAction a bit

[SMPI] Replay: Remove action_* functions

Since we moved to std::function for the callbacks, it's much more
convenient to just use a lambda-function. The lambda itself is required
as we need to create a new object every time that action is executed
(and not one object that is shared between executions).

[SMPI] Replay: C++-ify TestAction.

[SMPI] Replay: Remove static communicator_size variable

- This variable was unused, as all of the actions use something like
  MPI_COMM_WORLD->size() to obtain the size.

[SMPI] Replay: Cosmetics

[SMPI] Replay: Make start_time a local variable

[SMPI] Replay: C++-ify compute action

[SMPI] Replay: Use std::function for i/send, i/recv actions

[SMPI] Replay: Use std::bind / std::function for the wait action

[SMPI] Replay: Move callbacks to std::function

[SMPI] Replay: C++-ify (I)Recv, (I)Send

[SMPI] Replay: Classify the actions, start with Wait

[SMPI] Cosmetics: Remove 3 blank lines from smpi_global.cpp

[SMPI] Deployment: Move function signatures to std::string

Except for the SMPI_app_instance_register, as it is part of the (C-)API.

[SMPI] Remove all references to decode_datatype

This is now calling simgrid::smpi::Datatype::decode(std::string) (I moved
the argument from char* to std::string)

sed -i -r -e 's@decode_datatype\((.*?)\)@simgrid::smpi::Datatype::decode(\1)@' src/smpi/internals/smpi_replay.cpp

[SMPI] Datatype: Remove all encode_datatype calls

We now use simgrid::smpi::Datatype(dt) instead.

sed -i -r -e 's@encode_datatype\((\w+)\)@simgrid::smpi::Datatype::encode(\1)@' src/smpi/**/*.cpp

[SMPI] Datatype: Make encode() a static member

MPI_DATATYPE_NULL may be passed to the encode function and we hence
need to check if the argument is null; if we just call
dt->encode(), we would always have to check before that call if dt is nullptr
This way, we just call Datatype::encode(dt)

[SMPI] Remove class definition...

[SMPI] Replay: Macro cosmetics

[REPLAY] Remove C-based Replay API

This is a huge commit, unfortunately, but it was not possible
to split it up easily without breaking the build.

This commit changes:

- Remove the 'const char* const* action' madness, replace by
  std::vector<string> (aliased as ReplayAction)
- Rename replay.c to replay.cpp
- Change CMake files
- Rewrite several macros to make them C++ compliant

[SMPI] Replay: Move CHECK_ACTION_PARAMS macro to the top of the file

[MSG/Replay] Delete old msg/replay code

[XBT] Remove a new/delete pair from xbt-replay code

[SMPI] Replay/Memory: Move tmp buffers from replay to memory

This is not the best solution, especially since we need a new function
right now to free tmp buffers at the end of the replay. However, this
may make the replay a bit cleaner and we can find another solution during
this refactoring process.

[SMPI] Replay: Use the right buffer (c&p error?)

[SMPI] Replay: Replace atoi by std::stoi

[SMPI] Replay/Allgatherv: Account for disps parameters in a replay trace

[SMPI] Replace encode_datatype calls with dt->encode()

[SMPI] Datatypes: Make them all replayable

This commit assigns a unique id to all MPI_* datatypes.
This id is used for 'encoding' the datatype (for traces).

[SMPI] Added comment regard Datatype::keyvals

[SMPI] Replay: C++ify action_allgatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move MPI_CURRENT_TYPE from global to local scope

[SMPI] Replay: C++ify action_gatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: C++ify action_scatterv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move action_reducescatter to std::shared_ptr

[SMPI] Replay: C++ify action_allToAllv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[INSTR] Move vector* to shared_ptr<vector>.

By initializing an object, for instance of type VarCollTIData,
the vectors containing receive and send counts were deleted
when the TI object was deleted. This is unexpected by a 'normal'
user - by accepting shared_ptrs, this can be ameliorated.

The constructor that still accepts vector* should be removed once
all initializations use the constructor accepting the shared_ptr.

[SMPI] Move disps arrays to vectors

We now initialize the array immediately and just use disps.data()
to access the internal data array.

[SMPI] Replay: Remove local variables from action_reducescatter

[SMPI] Replay: Remove unnecessary initialization

[SMPI] Replay: Remove side effect from decode_datatype

The MPI_CURRENT_TYPE variable shouldn't be modified here.

[SMPI] Replay: Remove unused KEY_SIZE macro from .cpp

[SMPI] Replay: Declare variables as static

[TESTS] Fix smpi replay test for allgatherv

The trace contains data for 4 hosts, although -np 3 was specified.
This lead to smpi incorrectly reading the specified datatype, as the data
for the 4th host was taken as said datatype.

[SMPI] Replay: Use std::vector copy-constr. instead of loop

[SMPI] Clean initialization of MPI_CURRENT_TYPE and root

Revert "Please mingw."

This reverts commit f364225c23f541330fdc9a512d551a683cf374c9.

It was supposed to fix warnings, but now gives errors:

C:/projects/simgrid/include/simgrid/s4u/Mailbox.hpp:116:26: error: function 'void simgrid::s4u::intrusive_ptr_add_ref(simgrid::s4u::Mailbox*)' definition is marked dllimport
   friend XBT_PUBLIC void intrusive_ptr_add_ref(Mailbox*) {}
                          ^
C:/projects/simgrid/include/simgrid/s4u/Mailbox.hpp:116:26: warning: 'void simgrid::s4u::intrusive_ptr_add_ref(simgrid::s4u::Mailbox*)' redeclared without dllimport attribute: previous dllimport ignored [-Wattributes]
C:/projects/simgrid/include/simgrid/s4u/Mailbox.hpp:116:26: error: function 'void simgrid::s4u::intrusive_ptr_add_ref(simgrid::s4u::Mailbox*)' definition is marked dllimport

Remove extern "C" from cpp files (src/smpi/).

Remove useless extern "C" from msg_private.hpp.

Remove extern "C" from cpp files (src/bindings/).

Remove extern "C" from cpp files.

Specifying extern "C" at declaration in header files should be sufficient.

Call atexit() from xbt_cfg_new().

Rename sg_config.h -> sg_config.hpp.

Function has been renamed.

Return value is useless (always 1).

Use <stdbool.h> for C files.

Use C++'s true/false.

Please mingw.

Remove useless intermediate variables.

Make func_f/fp/fpi static methods of lmm::Lagrange.

Using namespace simgrid::kernel.

Make static functions in lagrange.cpp static methods of lmm::Lagrange.

Make check_feasible() and dual_objective() private methods of lmm::Lagrange.

Kill spurious #ifdef MATH.

Use constexpr instead of #defin.

Be explicit on overridable method.

Give correct function for func_fp().

Kill unused macros.

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Define FairBottleneck and Lagrange as subclasses of lmm::System.

Make maxmin_system_ a private field for resource::Model.

Kill unused field.

Move assert befort assignment.

Fix parameter description.

enum class for Model::UpdateAlgo

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

external projects may refcount Mailboxes too

start snake_casing resource::Model

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

these functions always take exactly the same parameter, thus inlining it

We are in UM=Lazy, that was tested 2 lines above

further snake_casing in resource::Action

I think that's the third time I'm sure I'm done with this file.
This gonna be a long one refactoring :(

Action::is_suspended() does not need to be virtual (+ more snake_casing)

cosmetics

use enum class

finish(done) already sets remains to 0

snake_case another method

prefer readable syntax instead of inlining functions

cleanup Action refcounting

Previously, subclasses did override unref() to do some cleanups on
destruction. This required to have refcount_ protected for them to
mess with it.

Instead, the cleanups go to the various destructors, where they
belong. The refcounting can be made private to Action as it should.

finish snake_casing resource::Action

fix MC builds

snake_case some resource::Action fields and cleanups

- Rename the hooks and associated typedefs for the intrusive lists
  Action::ModifiedSet (used by lazy lmm) and Action::StateSet
  (grouping all actions in the same state)
- Start snake_case()ing the public interface of simix::kernel::resource.
  It's public, but since really short, and since some methods are
  virtual and overriden, deprecating them properly will be really
  hard. I think it's useless since nobody (but me) uses it in external
  projects yet.
- Remove some extraneous namespace specifications (we are already in
  simgrid::kernel)

kill an unused function

The prototype was s::k::actor::set_maestro while its declaration was
simgrid::simix::set_maestro (since one commit), proving that it's not
used.

The used function is SIMIX_set_maestro(), which should be converted
to C++ for sure, but I'm not sure yet of how to do it properly.

move simix::ActorImpl to kernel::actor::ActorImpl

deprecate an old pimple

kill typedef lmm_element_t

Kill typedef lmm_system_t

more snake_casing of private fields