clean the build of the jarfile so that it works with cmake >= 2.8.12 too

smpi build without F2C was broken since 58ea5966

changelog

potential fixes

leak --

Cosmetics: adjust spaces.

Make functions public, they are need by macros SMPI_SAMPLE_{DELAY,FLOPS}.

Cosmetics: uncapitalize.

revalidate tesh, no impact on time, but cleaning makes jupiter be the
last to finalize

handle pending asynchronous requests on finalize (should be harmless in
most cases, everybody should has completed)

simplify and improve the way asynchronous send and receive are handled

Misc cleanups.

* stat'ing the directory before mkdir is just wrong (race condition),
  remove this test and let fopen report any error;
* use mode 0777 for mkdir, and let the user adjust his umask;
* use xbt_free() instead of free();
* remove useless tests before xbt_{dict,dynar}_free();
* and the usual reindent.

Simplify logic, and free loc in all cases.

Avoid to dereference a null index when HAVE_TRACING.

Request should not be null here.

propose two other release goals

Revert "New G5K platform file generated from the G5K API"

This reverts commit e250f9b93ba79d49b6fc6a9e4e63f4de65e334b5.

I suppose this commit is related to Laurent Pouilloux's work?
I don't think it's really ready to be committed into SimGrid:
- please add some provenance information (version of the testbed
  description, date of generation at least)
- please point to the tools used to generate the platform file
  (or commit them to git), and some documentation about how
  to re-do the process
- please use the <cluster> tag to avoid such a gigantic file
- please don't override the previous g5k.xml file, but rather keep
  it (for historical / XP reproducibility purposes). maybe name
  the new file g5k-11.2013.xml or sthing?

change tesh test to account for new structure in time independent traces
Not ideal, as tesh is a bit too strict to allow us to really compare the files

Trace buffer is not to be handled by the format-dependent init functions

Make time independent tracing output by default in one file per process
Structure is filename.txt : list of all the files to open
folder filename.txt_files : all files, with unique names (so that they won't be erased by a new run, only the main one will)

Adds an option tracing/smpi/format/ti_one_file to only use one subfile and put every event in it
For larger runs this will avoid opening too many handles.

Add a note about the future removal of Supernovae.

Merge branch 'v3_10_x'

Supernovae builds are deprecated.

Use DBL_MAX for values of type double.

Be consistent: change buf to an array of int.

Check that table[0].name is defined.

Also change "model" for "collective" in find_coll_description().

Use xbt_die() for DIE_IMPOSSIBLE.

MPI_Abort can theorically fail.  Add a call to exit() to ensure that the program really stops.

Define buffer on the stack here.

New G5K platform file generated from the G5K API

Whitespace cleanup.

Merge branch 'v3_10_x'

Conflicts:
CMakeLists.txt
ChangeLog

Fixed by defining current version as 3.11-devel.

Exclude these tests from memcheck.

Next release will be (at least) 3.10-rc1.

Define SIMGRID_VERSION_STRING, and add option --version to get version information at run time.

Merge commit '78f0dd861a9bb479f33b9494a2b4ed7b977288a4' into v3_10_x

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add some MSG_file function prototypes

Devel branch continues toward version 3.11.

Rewrite to avoid compiler warnings about unused variables.

Cast operands from both sides of the comparison to the same type.

These options are specific to gcc (not recognized by clang).

Avoid to use static variables from inside a non-static inline function.

Clang is a bit picky about this.

There is no need to export these functions.  Mark them static.

Inline is overkill for this function.

Remove useless test (it's always true).

Remove useless test (is_homogeneous).

+ reindent; use "git show -b" to see the real changes.

spell out -classpath with all letters as it seems to break on kfreebsd when written only -cp

Rename SG_java -> simgrid-java.

libsmpi was removed some time ago.

Prevent user from making call to MPI within a SMPI_SAMPLE_ bloc.

This should be a per process variable.

Reindent.

Put larger fields first (reduce total size for struct).

Make documentation match the code.

Use infinity (-1) for smpi/cpu_threshold in tesh files.

A value of -1 for smpi/cpu_threshold means infinity.

Cache cfg parameters smpi/{cpu_threshold,running_power}.

Compare files.

Looks like it was forgotten in commit e9befaced39d9f668fb9de3bfbc37dc7ac7cf2de.

It's ok to pass NULL to xbt_free.

leaks --

add gatherv replay action (bigdft can be replayed easily now)

Connect new log categories.

Use yes/no for tracing options instead of 1/0.

Use booleans instead of ints for tracing options.

Cosmetics.

Don't rely on assert for error handling.

Simplify error handling.

Fix computation of NUMBER_OF_PROCESSORS.

Free process_id, plus reindent.

Ignore memory leaks in any binary from /bin or /usr/bin.

leak-- , potential segfault--

Slightly change the sleep duration.

The goal is to have the same results on 32 and 64 bits, despite the different precision
for floating point operations.  To achieve this, we choose a sleep_delay that is not a
multiple of the other delays of the algorithm.  Hope that it will be sufficient.

Regenerate tesh files accordingly.

leaks --

requalify a tesh

set extra data to 0 at allocation time to avoid bad surprises

change size of sent messages for replay testing, and requalify tesh

Add an Inception tesh to test TI output.
It uses pingpong executable to generate a TI trace.
Then it replays this TI trace, generating a second one.
They are then compared one to each other (after sorting), and should be identical

add Time independent output trace format ( TI ) to output traces that can then be replayed
For now only handles SMPI
Using -trace-ti flag with smpirun should output a smpi_simgrid.txt file by default,
which could be then used for replay. All outputs are for now merged into only one file.

trace MPI_Init and MPI_Finalize as well

change the way computation tracing is handled in smpi
Now only smpi_execute_flops is surrounded by tracing calls.

add tracing/smpi/format option (only smpi for now), to specify which output we want

really make replay case insensitive

sort output for reduce tesh

add -trace-ti option to smpirun to generate time independant traces

as replay uses a weird case for labelling its inputs, make it case insensitive
This will make TI traces generation easier for simgrid, without breaking existing replay

replace withsize variant by more generic withextra version, because we will want more data here

Fix another memory leak in chord example.

Avoid code duplication.

Define symbols for builds w/o MC.

Spurious ~.

Fix memory leak in smpi/colls/allgather-SMP-NTS.

Wait for isends.  Also use a dynamically allocated array for requests, and use
MPI_STATUS_IGNORE instead of an unused variable.

Output of "wc" is not reliable (variable number of spaces).

Did not find any handy replacement for "wc -c", so only count the
number of lines in IO-bigsize.

Add calls to smpi_bench_{end,begin} in PMPI_Wtime.

Without this change, doing something like the following always
gives a duration of zero:

    ...
    start = MPI_Wtime();
    // big computation...
    end = MPI_Wtime();
    duration = end - start;
    ...

Make sure that no calls to smpi_bench are made when process is not
between init and finalize, nor during sample blocks.

Align address on page boundary (fails on kfreebsd otherwise).

Tesh sort removes empty lines, do it also with tesh.pl.

Add suport for sort prefix length in tesh.pl.

Typo.

There is no reason to trim the output in tesh.pl too.

Remove spurious spaces in tesh output.