Reimplement s4u::Barrier natively, and make them visible from MC

It comes with a DPOR dependency computation and a s4u hijacked test.

The ordering of some simcalls changed in SMPI, as there now much less
of them when using barriers. This impacts in particular the order in
which PID are given in the gh-139 test. Adding a link here for reference:
https://github.com/simgrid/simgrid/issues/139

MSG_barrier_destroy() cannot take a const barrier anymore, but how was
it possible in the first place?

Use -- to separate command [ci-skip]

Fix pip builds

Activate valgrind analysis on monkey tests

semaphore monkey

C++ only for now, as we don't have semaphores in the current Python interface.

Kill dead MC code

Mutex are now DPOR compatible

put back s4u barrier for MC only (untested)

Update URL for article.

Full reference is:

Eitan Zahavi
"D-Mod-K Routing Providing Non-Blocking Traffic for Shift Permutations on
 Real Life Fat Trees"
CCIT Report #776, September 2010

IRWIN AND JOAN JACOBS
CENTER FOR COMMUNICATION AND INFORMATION TECHNOLOGIES
DEPARTMENT OF ELECTRICAL ENGINEERING
TECHNION - ISRAEL INSTITUTE OF TECHNOLOGY, HAIFA 32000, ISRAEL

SMPI. RMA: get rid of the s4u barrier, use an MPI one instead.

cmake simplification so that you only have to edit one list when adding an hijack of MC onto an existing test

Document recent changes

Polish previous fix.

Make smpi compilation script work when there are spaces in path names.

Fix simgrid/simgrid#87

Add a test for Semaphores + DPOR

Semaphore made observable from the Checker side

Display a nice error message when ptrace is not usable

Fixes https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/57

Missing files, bummer

fix weird bug on pstate changes with VM

at VM creation we did this:

/* We create cpu_action corresponding to a VM process on the host
operating system. */
action_ = physical_host_->get_cpu()->execution_start(0,core_amount_)

but in the version of execution with 2 parameters, the second one is a
user_bound not the desired amount of cores!!
This leads to entering a special in Cas01::on_speed_change and change
the bound to 1 instead of the new speed! (cpu_cas01.cpp:92)

Python version of the masterworkers monkey

Chaos-monkey: use the new Engine::on_simulation_start signal

The plaform_created one that we used earlier is only reliable with XML
platforms.

New signal: Engine::on_simulation_start

Pass the boolean parameter to the on_exit python binding

simgrid-monkey: if the test is run within valgrind, display the summary in terse output

The final return value will be the amount of errors detected by
valgrind over all tests

Revert "blind guess for coverage fix.. [ci-skip]"

This reverts commit a3176f643eb9ca791f6fd555787dd5127da47007.

This makes a double-blind guess... see if it restores correct coverage on sonar.

Rename method for consistency.

Const methods.

Disable the copy constructor and the copy-assignment operator for MailboxImpl.

Please Sonar rule cpp:S3624

Use payload with static storage duration to avoid memory leak.

Since comm is detached, the sender has no way to know when it's received,
and correctly release or delete the payload in any case.

Create absolute path names in .gcno files.

Use a single definition for coverage build flags.

Fix cmake warning.

Merge branch 'dev' into 'master'

Minimal changes to support hosts on/off

See merge request simgrid/simgrid!77

Revert Python stuff but the py_context instantiation change

blind guess for coverage fix.. [ci-skip]

Fix the python patches

Call __gcov_reset after __gcov_dump.

__gcov_flush did it before its removal:
https://gcc.gnu.org/git/?p=gcc.git;a=commitdiff;h=811b7636cb8c10f1a550a76242b5666c7ae36da2

[ci-skip]

Complete warning message [ci-skip].

[mc_dwarf] Another assert turns into warning.

Move py_context to get Python exception match to work also on old platforms

Make python catch verbose

Kill unused function.

const++

__gcov_flush was removed in gcc11 (untested) [ci-skip]

rework how host-to-host comms are managed

get/set for CommImpl::type

clean up before modifications

Answer to Martin's feedback

apply Simgrid coding rules

Minimal change to support host on-off and permanent mailboxes

Extract assignment from expression.

Fix mem leak on unhandled exception (e.g. ForceFulKill).

Pass std::function by const reference (sonar).

Minor sonar smells, and other cosmetics.

Put message handling in its own method (avoid nested code blocks).

Validate cfg_host_count earlier (please scan-build).

Scheduling slightly changed.

One less global variable: session_singleton.

Kill dead code.

Useless lower-case alias.

Eventually, OOP is really good.

Improved version of commit f4925bd65c467da9862149984960de961af0d6cc:
take a copy and clear field waiting_synchro_ before cancelling the activity
to avoid use-after-free.

Without that, waiting_synchro_ may be free'd too early, e.g. in SleepImpl::finish()
at instruction "simcall->issuer_->waiting_synchro_ = nullptr;"

Revalidate the tesh file after pushing the TODO of masterworker to 2

Add missing file

Don't use tesh to run monkey tests

It should make it easier to get it working on platforms where python is on some obscure path.

Also, test one arbitrary monkey run with enforcing the output, just to
make sure that the monkey is actually testing something.

Ensure that the monkey tesh passes while not hindering the debugging pleasure

It fails because it displays the full paths, that are only valid on my
machine. I could cut the paths from the output, but then it'd be
somewhat more complex to rerun the test when it fails (now, you just
copy/paste the exact output).

So I ask tesh to display but ignore the output.

Our first monkey test case is now working

Enhance the documentation of Actor::daemonize()

Maybe the next user won't not fall in the same trap as I did

give 2 workers to the monkey-masterworkers, so that the master don't gets killed when the worker stops

More information on actor death in monkey's test case

kill some bits of mc::api::

Reintroduce smartptr lost with recent changes.

Without that, ASan/TSan show errors.

fix java builds

No future.

Rename sg::k::actor::simcall ::actor::simcall_answered

Further cleanups in simix remains

MC: after all, checker does not need the list of dead actors

Also kill some other unused code in MC

reduce the visibility of popping_private

And now kill simcalls.py: simix v2 is not completely removed

Kill popping_{enum,generated}

simix simplification: no need to marshal generic parameters when all what you have is a pointer std::function<void()>

simix simplification: no need for a template here

Kill popping_bodies.cpp

monkey-workers: reduce the amount of simcalls during reboots

Revert "OOP is good, too"

This reverts commit f4925bd65c467da9862149984960de961af0d6cc, that
breaks a java test (java_cloud_masterworker) in a way that is
particularly hard to debug. The JVM is not exactly valgrind-friendly.

Just do some small cosmetics in this area instead.

Introduce the SimGrid Chaos Monkey

See the tools/simgrid-monkey script and its comments for more info.

allow to chain some setters on actors

cosmetics (sg4 namespace, comments, log channel)

Kill popping_accessors.hpp

Try to make timeouted semaphores robust to actors death

Unfortunately, I cannot test it right now (the test is not written,
plus asynchronous semaphores are not exported in s4u to ease the
writting of tests), but it's failing for a user that kills a lot of
actors at random instants.

OOP is good, too

Rework a long and aging comment (but keep the xkcd reference)

cosmetics: rename a variable and please sonar a tiny bit

fix a memory corruption

Manual refcounting is the devil. Even when it's in LMM.

leak--

Implement SemaphoreImpl::acquire_async (timeouts are allowed)

kill some remains of the pre-C++ era

Back then, humans were supposed to manage the refcount manually.

Rename MutexObserver to SynchroObserver (semaphore incoming)

Try to tell sonar that the mutex_ cannot be null in is_enabled()

Fix gcc MC builds

Test the dependencies of Mutex transitions

- give each mutex an ID so that we can get reproducible debug messages.
  This is arguably a waste of resource in non-MC setups. Patch welcome.
- give one mutex per pair of actors in the test, to make the test more
  interesting for the reduction
- rework a bit the verbose output of the safety explorer