cosmetics

Merge branch 'master' of https://framagit.org/simgrid/simgrid

Improve self (less SIMIX more kernel)

MC: also ignore a library that has multiple read-only segments on fedora

depreacate SIMIX_process_on_exit

Add norelro to link flags (see FG #35).

Fix doubled semicolons.

cosmetics (less SIMIX, more kernel)

Merge branch 'master' of https://framagit.org/simgrid/simgrid

e_smx_state_t is now kernel::activity::State

Add a test for mpi_cart_sub based on the bug report by Jonathan Borne.

replace ticks by version of python in project description when python is used for simgrid.

enhance shared tests to validate comms are skipped

Try to have a real mpi_cart_sub

use by_name_or_null for links too

fix asserts

don't know why this was still a struct

Avoid copying data if it comes from/to a shared buffer, even internally.
Mainly useful for MPI_IN_PLACE collectives.

Ignore copies in plain shared_mallocs.

Lame attempt to fix freebsd builds.

/usr/local/bin/ld: /usr/local/llvm-devel/lib/libomp.so: undefined reference to `kmp_set_thread_affinity_mask_initial'

A single lookup is enough.

Parentheses around macro parameters.

Initialize allocated memory.

Memory leak--

Unused stuff.

smpi colls: use C++ containers instead of nul-terminted C vectors

cosmetics

don't forget that calloc assigns 0 to the buffer

cosmetics : I activated -pedantic for a quick pass
I decided to ignore errors related to printf %p which wants a void*-casted pointer
main changes are the removal of spurious ; in the code, and some forbidden dynamically sized arrays.

fix use after delete.

add calloc_intercept to avoid mistmatches.

Merge remote-tracking branch 'framagit/master'

expend more macros in MPI collectives

use catch2 way of doing this

Add tolerance for floating point precision comparisons.
Fails on 32bits if equality is used.

A change in cmake 3.16 makes this syntax necessary.
Let's see if old cmakes (and osx) allow this.
ref https://gitlab.kitware.com/cmake/cmake/issues/19747

Actually free the memory in these cases, should fix leaks and crashes on 32 bits.

include smpi helpers definitions in smpi.h, to define smpi_shared_free again.

Kill now unused macros.

Define simgrid::xbt::InitializationError (please Sonar).

Cleanup around simgrid::ParseError.

Update .mailmap.

rnd: cosmetics to ease the implem

Merge branch 'xbt_random' into 'master'

Choice between ad-hoc and standard distributions implementations

See merge request simgrid/simgrid!21

Reverting the change to xbt_uniform_int

Adding unit tests for the standard library distributions

Updating tests results for dht-chord (due to change to uniform int)

Modifying how uniform integer are generated

Introducing choice between the standard library and ad-hoc SimGrid distribution implementations.

add option "smpi/auto-shared-malloc-thresh"
This applies smpi_shared_malloc automatically to all allocations above a certain size.
Test based on the sample-shared one: malloc >= 8bytes is indeed shared, without using macros.

todo: calloc and co.

plug a memleak on parse error :)

The most important fix ever!

document recent changes

Inventive hack to get flex raising exceptions on parse error

The core of this (over 2500 lines) patch reads as follows:
-    fprintf(stderr, "%s\n", flexml_err_msg);
+    surf_parse_error(flexml_err_msg);

But the code we want to change is generated by Flex, so ... I have to
augment the perl script that rewrite some parts of the Flex result for
that purpose. Because yes, we do have such a perl script.

At the end, we need to regenerate the flex parser with the latest
version of Flex to apply this patch, resulting in that jumbo patch.

also throw an exception when asked to parse an inexisting file

smpi: expend a bunch of macros so that the functions' prototypes become accessible to my IDE

Change smpi::Colls static class into a namespace of functions

Merge branch 'xbt_random' into 'master'

A module for RNG calls

See merge request simgrid/simgrid!20

Merge branch 'master' of https://framagit.org/simgrid/simgrid

power is speed

Assertion to force maximum value to be greater or equal to minimum in uniform int

fix fortran + ARM 64 bits.
I would like to get rid of these lists of architectures, and rely on cmake sizeof_voidp ... but this would mean relying on internal_config from smpi.h, and this is bad practice in simgrid :p Any idea ? Feel free to change it.
Anyway I changed the one in a cpp file that handles 99% of the cases, le .h is there for some ugly corner cases... This should not trigger too many errors in case of a new 64bits architecture popping.

Energy plugins now throws std::logic_error when not properly inited before use

parsing: less asserts, more exception raising

handle flexer errors within the parsing module

Raise the exception ourselves instead of leaking an error code that
must be converted into an exception by our caller.

Parse errors now raise a simgrid::ParseError that you may want to catch

a bit of cleanup, could go further but not now

reduce code dupplication

smpi: many classes died tonight, but that will save kitten on the long term.

smpi::Coll was a class with 11 static methods (one per MPI function
that has several implementations: allgather, allgatherv, etc) and
nothing else.

That class was derivated for each implementation of a given MPI
function, and the resulting class was overloading only one of the
methods while the others were ignored. There was well over 100 such
child classes.

The overloaded methods were static in their class, and always used as
a function (the class was never instanciated).

All this was written with some macros to reduce the burden.

Instead, we now use regular functions in the smpi namespace.

fix ns3 builds

deprecate MSG_set_function, that seems useless since we cannot bypass the parser nowadays

store kernel-level objects in EngineImpl

make piface_ private and have get_iface() everywhere

don't use a deleted container by the newly created one

fix make distcheck and useless cosmetics

This should have been 2 commits, but I don't want to artificially
increase the commit amount even further.

Revert "Add the files generated by javasphinx in the git"

This reverts commit 1ae0a4689470568e864ef356ead1c9a0b67df03c.

teshsuite: drop a test that is superseeded by a public example

fix clang builds

Adding the unit-test for xbt/random to the Manifest

factoring

migrate to set_host in java too

further doc improvements

s4u::Actor: Rename migrate() into set_host()

tiny doc improvments

s4u::Actor: Merge signals on_migration_start/end into on_host_change

Adding xbt::random unit test to the list of unit tests

Unit tests for xbt::random

Fixes to xbt::random

deprecate a couple of SIMIX functions

further API doc improvement

Add the files generated by javasphinx in the git

That way, we don't need that deprecated piece of code. Plus, the java
code is near to dead so it should not evolve in the future.

If I am to add new java bindings (for s4u), I'll write the doc weaved
into the current doc that already contains the C++/Python/C doc. So I
won't use javasphinx for that either.

As a bonus, I may be able to generate the doc in the Debian package.

docker/build-deps: install sphinx elements from the packages, not with pip3

autodoxy: show the class name when displaying method or fields

Meld autodoxy into a single file for sake of import simplicity

gitlab-ci: define PYTHONPATH explicitly to see if it helps

Try to debug the autodoxy pb on framagit builders

- increase sphinx verbosity on gitlab
- build pages asap (not after regular builds)
- simplify the imports that are not found (top of file, not within a function)

Fix autodoxy warnings

gitlab-ci: show sphinx output on error

doc: let's import existing stuff

I'm wondering why it's working on my machine with the borken name...

python cosmetics: not X in Y => X not in Y

doc: use sections instead of rubric