Connect new log categories.

Use yes/no for tracing options instead of 1/0.

Use booleans instead of ints for tracing options.

Remove unnecessry files

Cosmetics.

Don't rely on assert for error handling.

Simplify error handling.

Fix computation of NUMBER_OF_PROCESSORS.

Free process_id, plus reindent.

Ignore memory leaks in any binary from /bin or /usr/bin.

leak-- , potential segfault--

Slightly change the sleep duration.

The goal is to have the same results on 32 and 64 bits, despite the different precision
for floating point operations.  To achieve this, we choose a sleep_delay that is not a
multiple of the other delays of the algorithm.  Hope that it will be sufficient.

Regenerate tesh files accordingly.

leaks --

requalify a tesh

Merge commit '045db1657e870c721be490b411868f4181a12ced' into surf++

Conflicts:
buildtools/Cmake/DefinePackages.cmake
src/include/surf/datatypes.h
src/include/surf/surf.h
src/simgrid/sg_config.c
src/simix/smx_io.c
src/simix/smx_smurf_private.h
src/surf/cpu_cas01.c
src/surf/cpu_ti.c
src/surf/network.c
src/surf/network_constant.c
src/surf/network_gtnets.c
src/surf/new_model.c
src/surf/storage.c
src/surf/storage_private.h
src/surf/surf.c
src/surf/surf_action.c
src/surf/surf_model.c
src/surf/surf_routing.cpp
src/surf/surf_routing_cluster.c
src/surf/surf_routing_floyd.cpp
src/surf/surf_routing_full.cpp
src/surf/surf_routing_none.c
src/surf/surf_routing_vivaldi.c
src/surf/workstation.c
src/surf/workstation_ptask_L07.c

set extra data to 0 at allocation time to avoid bad surprises

change size of sent messages for replay testing, and requalify tesh

Add an Inception tesh to test TI output.
It uses pingpong executable to generate a TI trace.
Then it replays this TI trace, generating a second one.
They are then compared one to each other (after sorting), and should be identical

add Time independent output trace format ( TI ) to output traces that can then be replayed
For now only handles SMPI
Using -trace-ti flag with smpirun should output a smpi_simgrid.txt file by default,
which could be then used for replay. All outputs are for now merged into only one file.

trace MPI_Init and MPI_Finalize as well

change the way computation tracing is handled in smpi
Now only smpi_execute_flops is surrounded by tracing calls.

add tracing/smpi/format option (only smpi for now), to specify which output we want

really make replay case insensitive

sort output for reduce tesh

add -trace-ti option to smpirun to generate time independant traces

as replay uses a weird case for labelling its inputs, make it case insensitive
This will make TI traces generation easier for simgrid, without breaking existing replay

replace withsize variant by more generic withextra version, because we will want more data here

Fix another memory leak in chord example.

Avoid code duplication.

Define symbols for builds w/o MC.

Spurious ~.

Add comments and disable verbose outputs

Fix memory leak in smpi/colls/allgather-SMP-NTS.

Wait for isends.  Also use a dynamically allocated array for requests, and use
MPI_STATUS_IGNORE instead of an unused variable.

Output of "wc" is not reliable (variable number of spaces).

Did not find any handy replacement for "wc -c", so only count the
number of lines in IO-bigsize.

Add the affinity database of each VM

Add the affinity database of each task

The SURF layer has affinity information only related to the current host
of a task. Affinity information on other hosts (i.e., the locations
where the task may move to) is maintained in the MSG layer.

Fix lmm_shrink() to correctly free var->cnsts[i]

Add calls to smpi_bench_{end,begin} in PMPI_Wtime.

Without this change, doing something like the following always
gives a duration of zero:

    ...
    start = MPI_Wtime();
    // big computation...
    end = MPI_Wtime();
    duration = end - start;
    ...

Make sure that no calls to smpi_bench are made when process is not
between init and finalize, nor during sample blocks.

Align address on page boundary (fails on kfreebsd otherwise).

Add the affinity setting function for a VM

Fix the wrong macro usage of WITHOUT_ANSWER

Tesh sort removes empty lines, do it also with tesh.pl.

Add suport for sort prefix length in tesh.pl.

Typo.

There is no reason to trim the output in tesh.pl too.

Remove spurious spaces in tesh output.

Add some tests for tesh "output sort".

Add more multiline tests for tesh.  Also check for failures.

Rename file for consistency.

Put tests for tesh output sort in a separate file.

Run tesh self tests in ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin.

Few updates to INSTALL file.

SVN replaced by Git, Ruby bindings don't belong to the main archive,
add options for Scala bindings and model-checker.

Fix spacing issues in tesh files.

There is no reason to trim the output.

Correctly remember when "contexts/stack_size" was not set by the user.

The main effect is to use the system default for thread stack size.

Improve xbt_os_thread_setstacksize().

If it fails with the requested size, try again with a multiple of PTHREAD_STACK_MIN.

Disallow setting an affinity to multiple cores

Minor corrections in ChangeLog.

Remove c surf files

Add name of failing function in error message.

Try to fix mess with exit status.

tesh.pl: tesh input can be received on stdin, even with no args.

With smpiff, give output file a sensible name.

Link fortran programs with libm.

Add tests for ucontext and raw factory (storage, masterslave-virtual-machines).

Remove debug messages from test, allow it to pass even with enable_debug=OFF.

Also add suffix "-thread" to tests with the thread context factory.

Clear constraint objects before adding new ones

Fix a miscalculation bug caused by the wrong use of lmm_expand().

model-checker : update tesh files

model-checker : print depth of the counter-example in model checking statistics

Do not use the "debug" loglevel when built with NDEBUG.

Add the MSG function controlling CPU affinity

Extend simcall_host_execute() for CPU affinity

Add the simcall setting CPU affinity

Add the set_affinity callback to the PM/VM models

Add the affinity control function in the CPU model

Fix smpi replay issue

add lmm_shrink() as the opposite of lmm_expand()

Note: I am not confident the code of this function is correct especially
for the lazy calculation mode.

add a constraint object for each CPU core

Fix action remains bug

Fix unset variables issues

Merge branch 'hypervisor' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid into hypervisor

Add a test program to see multicore behaviors.

As far as tested through this test program, it looks that the current
support of multicore in SimGrid correctly works for physical and virtual
machines. The CPU share of a task or a VM never exceeds the capacity of
one of the CPU cores. The total CPU share of all tasks and VMs on a PM
never exceeds the product of the number of cores and the capacity of a core.
(But, it is not possible to pin a task to a specific core.)

TODO: use this program for regression test.

Fix miscalculation of CPU shares on a multicore PM.

The recent commit adding the load capping feature broke CPU share
calculation on a multicore PM. This patch fixes the problem.

The bound value "0" means that there is no CPU bound for that task or
VM. On a single-core PM, this is true. The task can use all CPU resource
on that PM. On a multicore PM, the task can use the resource of
only a CPU core.

Even MSG_{task/vm}_set_bound() is not used in a simulation program,
simulation results will be wrong for multicore PMs. This is because
the bound value "0" is used internally.

Adding code for benchmarking code block

Fix simdag issue

Fix Network Constant

Fix tests

when parallel ctests are performed, using the default tracing filename may cause trouble.

try to speed up a bit testing by using all available cores in the slaves

we now only have one build mode for win, as mc is irrelevant for now

not implicit on all systems

add background commands support + correct error code for output mismatch

Use temporary files to store output of the command in perl tesh
Avoids deadlocking when large data is sent to/from pipes (see tesh test IO-bigsize)

win is not yet ready for coverage either

win is not yet ready for warning removal

Add error checking to the script

avoid failing the tar extraction and working on previous version instead

fix run script

unify version name of executable

Let's try to unify build rules for jenkins