[SMPI] Replace index() in smpi_requests.cpp

[SMPI] Remove index() from smpi_pmpi_win.cpp

[SMPI] Remove index() from smpi_win.cpp + cosmetics

Replace these calls with comm_->rank() instead.

The cosmetics were rather unwanted but it's just indentation.

[SMPI] Win::~Win(): Use class member rank_ instead of a local var

[SMPI] Remove usage of index() in smpi_pmpi_coll.cpp

We can just use comm->rank() instead. Note that usage of the index()
function was also incorrect: This would not have worked when the
communicator is not MPI_COMM_WORLD as the index() function always returned
Actor.pid-1 (as set in the Process::init() function)

[SMPI] Make Comm::rank() use Actors

[SMPI] Use actor.iface() instead of Actor::byId(actor.pid)

[SMPI] Move the pid calls to helper function that has more checks

[SMPI] Fix smpi-replay-multiple test

I moved the SMPI_init() to the right location and
changed the tesh.

[EXAMPLES] Update smpi_msg_masterslave -- move the SMPI_init()

The reason we moved this was that the processes were all set up before the hook
that sets up the smpi::Processes was even set up.

[SMPI] Update smpi_deployment_register_process for actors

[SMPI] Rename 'index' to 'my_proc_id' in smpi::Process::init()

[SMPI] Move process_data to map<Actor, smpi::Process>

[SMPI] Remove index notion from smpi::Group

This is a huge commit and removes the index() function from
smpi::Group and replaces it with an actor() function.

The index was basically just Actor::getPid()-1 and doesn't need
to be saved. It was also often used for the privatization segment
(to know where it was stored) but that is no longer required.

[SMPI] Program against s4u::Actor and not smx_actor_t

[SMPI] Move SMPI_init() call to other location

[SMPI] Next step for dynamic privatization

This commit breaks the following tests:
The following tests FAILED:
        181 - smpi-msg-masterslave-thread (Failed)
        182 - smpi-msg-masterslave-ucontext (Failed)
        183 - smpi-msg-masterslave-raw (Failed)

To fix this, many more changes will be required. This will be done in
the next commit. This commit is just there to make sure changes
remain easily understandable (by having small, easy-to-read commits).

I changed the following:

- Remove variable index_to_process_data
- Make process_data a map instead of an array.
- Remove the "index" variable for SMPI instances (no longer needed)

And cleanup the mess that comes with these changes (delete/free, ...)

[SMPI] Added XBT_DEBUG statements to smpi_win.cpp

They can help a lot to figure out what goes wrong and where...

distinguish shutdown and destroy in Java VMs

Make MSG fade away (part 2)

move more function to sg_host_* and add the MSG macros
fix dumb 32-bit tests too

Making MSG fade away (part 1)

most of the MSG_host functions already have a sg_host equivalent.
Don't duplicate the code or multiply the layer and use #define in
include/simgrid/host.h to guarantee backward compatibility

please clang

messing around MSG

get rid of vm->isMigrating()

There already was an equivalent in the live migration plugin. This
method was only used internally to detect if a VM was destroyed while
it was migrating. This is now useless.

Close #105

When a VM is shutdown, a signal is triggered which is captured in the VM
live migration plugin. If the VM was currently migrating, it kills the
RX and TX actors and the actor that was used to call sg_vm_migrate in
an asynchronous way. Smart pointers on these three actors are stored
in a new extension of the VM which is created when started a migration.

A test for this feature has been added in
teshsuite/s4u/cloud-interrupt-migration which corresponds to the
scenario described in the issue

Keep deprecated functions for three versions as usual.

Define XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v322 for next deprecated features.

[TESH] Use platfdir and bindir for coll-alltoall test

[CMAKE] Copy also hostfile_coll for smpi tests

[SMPI] Added 2 FIXME's for PMPI_Is_thread_main()

[SMPI] Change comment in smpi_global.cpp

[SIMIX] Fix comment grammar

improve doc of how to release

fix sg_host_get_current_consumption() to do the same as C++

[SIMIX] Fix the ActorImpl signal

The signal was fired too early, so I moved it to
another position.

[TESH] Update pt2pt-dsend.tesh file with bindir, platfdir, ...

[TESH] Fix smpi-trace tesh file

This just fixes the ./smpi_trace path: It should be
using the  variable as well.

[SMPI] Move even more redundant code to helper function

[SMPI] Added FIXME comment...

[SMPI] Pass the request as pointer and fix tracing

[SMPI] PMPI_Waitany/all: Move redundant code to helper function

[SMPI] Remove local variables

[SMPI] Remove now unused datastructure in PMPI_Waitall

This is the same as two commits ago, just for another function.

[SMPI] Don't use local structure in PMPI_Waitall

This is the same thing as two commits ago, but for
another function.

[SMPI] Remove now unused datastructure in PMPI_Waitany

The previous commit made changes that rendered the
structure savedvalstype unused. This commit
removes it completely.

[SMPI] Don't use local structure in PMPI_Waitany

The datastructure savedvalstype serves no real purpose
and can be removed.

[TESTS] Use platfdir, srcdir and bindir for more smpi tests

Fix lua build.

Update .mailmap file.

[S4U] Add onCreation signal to the actor API

[TESH] Use platfdir variable in coll-alltoall/clusters.tesh

[SMPI] Replace SIMIX_process_from_PID with S4U equivalent

use enum class for cluster topology

one more class in platform creation

kill dead code

please Sonar

[SMPI] Spelling.

[SMPI] Declare loop variable within the loop.

Compilers will get this.

[SMPI] Remove local variable sz in smpi_group.cpp

We already tested before if size_ != group2->size() -- and since
sz = group2->size(), we have here size_ == sz. So just use size_.

[SMPI] Rename variable bar -> barrier

bar sounds more like foo/bar

[SMPI] Use variable instead of 3 calls to the same function

[SMPI] Remove wrong comments on functions

[SMPI] Fixed grammar in comment

[SMPI] Added doc block for smpi_backup_global_memory_segment()

[SMPI] Use xbt_die() instead of printf & exit

[CMAKE] Copy the file hostfile_cluster to build-dir.

[CMAKE] Add srcdir, bindir and platfdir variables for more smpi tests

[CMAKE/TESH] Make the platfdir variable available to all SMPI tests

This has been long overdue. Tests still need to be adapted
but platforms can be referred to as, e.g., /cluster.xml

refactoring and cosmetics

use class and enum class in Actor parsing

use enum class for trace connect kind

Messing up with VM
 - move VM tracing to S4U
 - move last functions related to migration to the plugin
    - MSG_vm_create is now MSG_vm_create_migratable and tagged
      as DEPRECATED (will be removed in 3.21)
    - Assume that the live migration plugin is always loaded in JAVA
      (because all VMs are create with MSG_vm_create there)
 - add a proper destroy function to S4U VMs (shutdown first, then
   destroy)
 - pimpl_vm_ is now private (with getImpl() as accessor)
    - and use the user level interface as much as possible

Conclusion: The MSG_vm interface is now just a dummy wrapper on the
S4U interface and live migration is fully isolated in a plugin. Only
the is_migrating bool remains in VirtualMachineImpl, but is not (and
should not be) accessed or modified from outside the plugin. We can live
with that.

convert cloud-migration example

fix 32bit

convert kademlia example to s4u

Slight cleanup after removal of xbt_dict_new().

Kill features marked deprecated until v3.19.

Fix xbt_log_extract_hierarchy.pl (remove check for XBT_LOG_CONNECT).

Remove XBT_LOG_CONNECT, it should be useless nowadays.

Always enable contructor attribute on log categories.

Rename constructor attribute.

Also drop support for very old compilers, and activate priorities on Mac too
(hoping that it works correctly nowadays).

install.doc: improve the improvement

doc improvment on cmake options

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Improve the doc of MSG_task_*_bounded

solverstack actually lives on gitlab

install: small improvements

avoid xbt_strdup in c++ examples and tests

Shutdown Engine first, and fix double-free errors.

Use new/delete and remove useless cast.

Return 1.0 if the task has not started.

Make messages match the code.

Dead assignments.

Get the same result with a shorter command.

Add .mailmap, to improve git shortlog's output.

Typo + kill trailing whitespaces.

smpi doesn't know void anymore

remove includes of datatypes.h

get rid of the vm_params struct
this migration related stuff is now part of the plugin (which grows)
the set/get parameters for VM have thus been removed

some examples have been simplified in the process has they created VM
with useless parameters (no migration)