[java] Synchronize Storage.getByName() throw specification with the javadoc

Don't use -pthreads on Mac OS X

Clang is not happy about it.

Fix warning in xbt_os_time.c on Mach

Remove the install/ directory in the run_DynamicAnalysis.sh script

This directory is not used and conflicts with the INSTALL file on
case-insensitive filesystems.

[cmake] Detect libunwind on Mac OS X

Try to detect libunwind.{so,dylib} on x86_64

Debian ships the x86 code in libunwind-x86_64.so but Mac OS X uses
libunwind.dylib.

Add jenkins script for the debug build

Add missing __APPLE__ test in xbt_os_thread.c

Add missing headers in xbt_os_thread.c

[cmake] Add _DARWIN_C_SOURCE

It is needed when defining a specific value of _XOPEN_SOURCE.

Get rid of the MACOS tests

I don't know where it's supposed to come from but it's not defined.

Remove extraneous parentheses

clang is not happy.

fix unused return value warning

Define a version for _XOPEN_SOURCE

700 is for X/Open7 (superset of POSIX 2008)

[cmake] Try to simplify the ucontext checks

Remove IS_WINDOWS (not used)

Remove windows_context (not used)

Remove PRINTF_STR

It was only used in tests.

useful error message when requesting for the debug log level while using -DNDEBUG

SMPI replay: make sure that the replay is inited even if rank 0 is not first for some reason

small doc improvement

Remove non-statis initializer in s_dw_type, s_mc_object_info

Not supported with GCC < 4.8.

[jenkins] Remove unused jenkins scripts

Kill the pipol build scripts

pipol does not exist anymore.

[jenkins] Cleanup memcheck files in the DynamicAnalysis script

Remove unused variable

[SMPI] smpi_process_init: revert to SIMIX_process_count() use

[SMPI] Update test output (smpi_replay.tesh)

Cosmetics

[SMPI] index_to_rank_map must be a xbt_dict, not a xbt_dynar

[SMPI] change SIMIX_process_count() by process count

[SMPI] reqq must be a xbt_dict not a xbt_dynar

[SMPI] Fixed smpi_replay_init()

- Force context switch to be sure that MSG_processes begin
initialization and fill various variable (e.g. group->rank_to_index
_map)

[SMPI] Fixed smpi_replay_init()

- Bug raised when there are MSG_processes which are not
participating to SMPI. The smpi_replay initialization supposed
a MSG_process with index equal to 0.

tiny small cleanup of a messssy code

Java should prefer the bundled version of native libs

Using the bundled version removes any versionning problem for the
simgrid_full.jar. This fixes #9 on github.

Remove cycles in #include files

MacOS X clang is not so happy about typedef-ing xbt_dynar_t twice
(because it's a C11 feature).

Merge pull request #16 from Tien-Dat/master

Java io examples fix

Java io examples fix

Fix the filenames in examples/java/io/Node.java file

crude revalidation of a tesh file that Christian will fix properly with his still cooking lua branch

kill an useless example

make sure that MSG_host_get_wattmin_at() is tested

revalidate a tesh file that I recently broken -- sorry

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

rename an energy example

[Windows] Fix access to root log categories from other libs

If we `dllexport` the root log category, MinGW does not want us to
take its address with the error:

> initializer element is not constant

When using auto-import, MinGW is happy.

We should handle this for non-root log categories as well.

New functions getWattMinAt and getWattMaxAt

[Windows] Proper declaration of [v]asprintf()

Add some doc stuff to .gitignore

[cmake] Fix Java binding generation

Fix dllexport/dllimport declarations (Windows)

- some were inconsistent;
- XBT_PUBLIC() was used for variables instead of XBT_PUBLIC_DATA().

Fix the Java compilation and linking

Use _mkdir in direct.h on Windows

Try to be consistent bewteen xbt_os_thread.h and xbt_os_thread.c

xbt_os_thread.h was choosing the definition of xbt_os_thread_key_t
based on _XBT_WIN32 but xbt_os_thread.h was choosing the
implementation of the corresponding code based on HAVE_PTHREAD_H. But
it is possible to HAVE_PTHREAD_H on _XBT_WIN32.

Remove an explicit declaration of pthread_mutex_timedlock()

"redefine the function header since we fail to get this from system
headers on amd (at least)"

I guess, this should be fine now. It causes issues with Windows target
because we need to declare it with dllimport.

Break #include-dependency cycle

between simgrid_config.h and misc.h (and dynar.h)

Add missing #include for _XBT_WIN32

Hopefully fix the strdup/_strdup issue

The problem was related to the fact that, when compiling in C++11
standard mode (--std=c++11), the compiler/library would not let us use
the (non-C++11-standard) strdup()/_strdup() functions. However, the C
code was not affected (and the cmake function detection function was
not affected as well and was detecting the functions as available). We
have to compile in C++11-with-extensions mode (--std=gnu++11) in order
to get them.

Fix strdup/_strdup detection

strdup() is not standard C/C++. On Windows, noth _strdup() and
_strdup() are available in C. However, strdup() is not available in
C++ (ar at least in standard C++ mode?). The result is that cmake
dtects that strdup() is available but the C++ compiler fails to
compile code using it. We just use _strdup() on Windows.

[Javadoc] Fixed wrong JDoc comment

[Doc] Reordered options in options.doc

[Doc] Added section on --cfg=plugin:*

[Doc] Added tentative note on collective algorithms to doc

[Doc] Added note on --cfg=vm_workstation/model to options.doc

[Doc] Added documentation for --cfg=msg/debug_multiple_use

[Doc] Added a brief note on --cfg=storage/model

[Doc] Fixed doxygen bug: 'Userspace is not a file'

- the @file directive needs a filename after @file,
  I added that...

improve the doc of MSG_host_on() and friends

Revert the sem_open 'fix'

Fix dist

Fix Windows build

[Doc] Fixed 'undefined references' error

[Doc] Fixed XML-HTML errors

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

New example for MSG host ON/OFF switching

New: MSG_host_get_pstate() and smpi_get_host_pstate()

'auto'? seriously?

Simplify the stack direction detection

For some reason, it did not work on Windows.

Use xbt_strdup instead of strdup

Use _strdup is strdup is not available

Thank you, Windows.

Some (partial) fixes for cross-compiling to Windows

make sure that the doxygen don't use LaTeX, even for formulas

forgot that reference to a renamed function

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

further energy interface cleanups (see changelog)

MSG_host_get_pstate_number() -> MSG_host_get_pstate_count()

[mc] Make Process:object_infos a srd::vector of std::shared_ptr

[mc] Give ctor/dtor for s_dw_type

[mc] Add ctor/dtor for s_mc_object_info

[mc] Make s_mc_snapshot_stack::context not a pointer

[mc] Make s_mc_snapshot_stack::stack_frames a std::vector

[mc] Make s_mc_global_t::stacks a std::vector

[mc] Make s_mc_stack_frame::frame_name a std::string

[mc] Make s_mc_snapshot_stack::local_variables a std::vector

[mc] Make s_local_variable::name a std::string

[mc] Move s_local_variable in mc_snapshot.h

[mc] Make Snapshot::snapshot_regions a std::vector

[mc] Make Snapshot::to_ignore a std::vector

[mc] Make Snapshot::ignored_data a std::vector

[mc] Make Snapshot::current_fds a std::vector