Remove old files and add new files.

Fix jedule compilation

Fix compilation error with gcc4.4
error: redefinition of typedef 'surf_stat_t'

[routing] kill supurious checks, and reformulate error messages

[routing] clarify why we rely on such a dirty hack

[route parsing] make surf_network_resource_by_name public under name sg_routing_edge_by_name_or_null

* This function existed already, but were almost never used, its
  content being inlined in ways too much location.
* Use that function were relevant. That's much cleaner this way.
* Making it public is one step further to the C interface for routing
  creation interface (drop in to XML)

[route parsing] rename network_element_t into sg_routing_edge_t

Also, make this type visible from simgrid/platf.h since we need to
manipulate it to create routes efficiently

ignorable reindent

[route parsing] kill global_routing->size_of_link

- Actually, all links we use are pointers to structure (how
  surprising). This strange thing survived until now because the
  constant model declared to have a size of links being the size of a
  double. But actually, since there is no link in constant routing, we
  could use 0 as size of links in that case.
- Also introduce a sg_routing_link_t that is simply an alias to void*
  for now. It is intended to represent what is stored into link_lib at
  the surf level (that is the core-most link concept)

[route parsing] greatly streamline the generic_new_extended_route function

[route parsing] reduce the amount of dupplicated code

the generic_new_extended_route() can do the work of
generic_new_route(), so kill the simple one and use the complete one
instead.

avoid void* pointers since we know the pointed type in all usage location of this function

[trace] bugfix

[trace] we need to close the file

file presumed to be installed by other header files

Fix some documenttion bar

[trace] updating tesh due to buffering by default

[trace] it seems that buffering affects trace alias generation, fix tesh with no harm

[trace] example of creating a customized graph configuration file

[trace] functions needed to create graph configuration files for Triva by hand

[trace] fix comment

[trace] not tracing to test the absense of output

[trace] pay attention to the return value of get functions, they might be null

[trace] factor code

[trace] let code compile without tracing

[trace] test the TRACE_get_[host|link]_variables

[trace] functions to get already declared user host/link tracing variables

[trace] check if user variables are being correctly used

[trace] update example to show how to get declared marks

[trace] new function to get the declared marks

[trace] move categories dictionary declaration to interface file

[trace] update example to show how to use TRACE_get_categories

[trace] new public function to get declared categories

[trace] register power and bandwidth for hosts/links when --cfg=tracing/platform:1

make clear to simgrider how to edit that tutorial, and regenerate all files

doc rewording

Doc rewording

Add default Layout

Fix warning by doxygen

Use of bypassASroute.xml instead of three_clusters_bypass.xml

This was necessary. Remove previously

Made two platforms for bypass and add test to tesh

Implement bypassRoute and bypassASroute. Add an example.

ben si

also include the 101 presentation into the latex documentation

add a SimGrid 101 presentation as a quick starter for potential users

[DOC] hide a bit the structure list, nobody cares

[DOC] cosmetics: rename some tabs in menus

[DOC] kill the datatype specific page

all the data are now in their home module, alongside with the function
modifying them.

Doc improvement: rename GOS into task usage

who remember of Globus GOS anyway? And Operating System-like names
sound really strange now that the 21 century finally came.

improve the doc of MSG datatypes (and dispatch them in the relevant modules)

rename doxygen group m_file_management into msg_file_management

improve doc of trace-driven simulations

reindent, no real change (beside maybe a typo or two)

Merge doc of platform mgmt functions into simulation control ones

This allows to have a single page about the basics of running a
simulation, with a nice workflow on it.

It's still no "SimGrid 101", but that's the direction to go.

header blurb about MSG_deprecated doc

various MSG doc cleanups

the word agent seems a bit artificial in our documentation, when you think about it

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

simcall is not directly parsable since it contains inlined structures. We should either manually build it w/o parsing, on improve the parser

The test is always true
if( A_surfxml_route_symmetrical == A_surfxml_route_symmetrical_YES
|| A_surfxml_ASroute_symmetrical == A_surfxml_ASroute_symmetrical_YES )
was always true because they were set to YES by default

Symmetrical route for Dijkstra

Fix compilation error for s_file_stat_t

Ok ;) Never used.

Implement file stat for storage model.

Cosmetics

First step of optim in memory cache

Return result on SIMIX_post_io

Reorganize storage structures (msg, smx and surf) and separate storage parsing from routing parsing.

Make smx_file_t, surf_file_t and msg_file_t

better rendering of simgrid_modules.png (and corrected font for TRACE module)

Added TRACE into index.doc and figure

Typo.

[trace] remove "executing" state from tracing/msg/process option, easing the gantt-chart analysis of MSG simulators

details:
- if you feel this is still necessary, submit a bug

[trace] avoid Paje inconsistencies by forcing the generation of a time-ordered trace file as output

details:
- this might come with a performance penalty.
If so, set tracing/buffer to zero, and sort the trace afterward.

Completed platform doc. No missing sections anymore.

Will stop the process of writing it now unless people complains about it.

Eradicate strange characters...

... like non-breaking spaces and ligatures, that broke the LaTeX doc.

Fix doxygen comments.

Make \ingroup come first.

Re-add logcategories.doc into generated doc.

It appears to work correclty this way (locally at least).

smpirun: turn error into warning only.

smpirun: option -quiet disappeared a long time ago.

bcast.tesh: "as much processes than hosts" is 5.

Change reduce.tesh accordingly.

smpirun.in: various little fixes.

Optimize xbt_str_diff further.

Make it faster and less memory hungry when there are many lines and few
differences, for example when test tracing-trace_platform is failing...

The general idea is to reduce the problem size for diff_build_LCS/diff_build_diff.
This is done by finding, when it is easy, the start and the end of the result.
It's easy when the line are the same, or when a line from the one set does not appear
in the second set.

little sentence to hint about the location of missing documentation

You cannot say that SMPI has no documentation anymore

but you probably still can say that its documentation is too sparse
for absolute beginners. People used to MPI should find it sufficient
however.

smpirun: Use the amount of processes in the hostfile as default value for the -np parameter

Plus, some more checks

Basic checks on the arguments provoded to smpirun

ignore some more binaries in git (mainly tracing)

ignore generated manpages

a little program to help determining which memory chunk were modified during model-checking. Still veeeery preliminary

some more doc

Drop support for broken compiler in log.h.

Remove dead code.

Log constructor: guard against multiple initializations.

Added and corrected some stuff in platform.doc. Moved some stuff from FAQ concerning platform in the good file

Connect categories before the beginning of main().

This allows to list the user defined categories with --help-log-categories.

Unfortunately, this feature is only available when using gcc.

Allow to give a priority to _XBT_GNUC_{CONS,DES}TRUCTOR.

Declare the main log categories into their respective modules.

Remove unused log category.