remove cruft [ci-skip]

Change way Mailboxes are create, stored, and destroyed

- keep the global map in EngineImpl (not as a static global in
  MailboxImpl.cpp)
- Delete mailboxes in ~EngineImpl() and get rid of SIMIX_mailbox_exit
- replace MailboxImpl::by_name_or_null and
  MailboxImpl::by_name_or_create by Engine::mailbox_by_name_or_create
  + better match with what is done for hosts, links, and actors
  + Mailbox::by_name cause two searchs in the map. One to check if
    name already points to a mailbox (by_name_or_null) and if not
    search again before creating a new mailbox. As there is no
    Mailbox::by_name_or_null, just keep the latter.
- Revalidate a bunch of tests (message ordering mostly)

delete Timer when shutting down EngineImpl

Continue to migrate contents of simix_global to EngineImpl

thx @agiersch for unblocking this commit with the usual magic!

Prefer using emplace() to insert() for smpi keyvals/attributes.

Make smpi::Keyval::attribute() return a reference.

No need to test for attributes()->empty().

Fix parameter names.

Coding style: ! -> 'not'.

Update filter line for recent versions of Asan.

Define variables outside of header file.

[sonar] Unused parameter.

[sonar] Const/explicit methods.

Please sonar

Adjust test timing

Minor changement in rounding up.
No real changement in timing (manually verified).

Single get_bandwidth_constraint function.

Unify behavior of get_bandwidth_constraint function.

Note: Possible side-effect in SMPI communications with user defined
rate. Do not scale the user rate with bandwidth factor.

No impact on tests

Refactor of NetworkCm02Model::communicate

Divide and conquer.
Reorganize code.
Cosmetics.

Dynamic factors: implement and test

Fully implements the dynamic factors through the NetworkModelIntf API.

Added an example showing its usage.

Added UT and doc.

NetworkModelIntf: Interface to dynamic factors

Adding API to set user callbacks for bandwidth and network factors.
Valid for CM02 models and its childrens (SMPI, IB, etc).

Not fully working yet.

Get netzones traversed by a route

Preparing field to implement dynamic bandwidth and latency factors

migrate actors_to_run and actors_that_ran to EngineImpl

SMPI should not eat up all exceptions in wait/waitany simcalls silently
It only deals with cancel ones

typo --

process -> actor

fix changelog [ci-skip]

Add a word to the tutorial for older versions of SimGrid

Closes https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/69

 [sonar] const

[sonar] Don't mix public and private data members

introduce a new plugin: stock implementation of a Producer-Consumer with a monitor

Typos.

migrate daemons from simix::Global to kernel::EngineImpl

go from a public vector to a private set (order doesn't matter) in the
process.

migrate execute_tasks from simix::Global to kernel::EngineImpl

migrate wake_all_waiting_actors from simix::Global to kernel::EngineImpl

SIMIX_run becomes EngineImpl::run

move another function out of simix + private field

More informative error message when the user does not provide a main() to smpirun [ci-skip]

move kernel timers from simix:: to kernel::timer::

Use correct types for temporary variables.

Cosmetics.

(reduce length of lambda, for sonar).

Checking access before open is useless (fix race condition).

accept functions with parameters in Actor::start

Minor sonar related changes

allow to get the number of queued communications in a Mailbox

Seal objects at Engine::run

Seal, recursively, netzones, hosts, links and disks.
Some extra checks when creating and sealing resources.
Add test for this case.

Some cleanup around model description tables.

* save a new/delete for plugin descriptions;
* use sdt::function for model_init_preparse;
* return a pointer from find_model_description().

Const.

Fix lua compilation

Get code back to sg_platf since it's used by lua_platf.cpp

Fix memleak.

Thanks @agiersch

Workaround to unblock.

Seems a gcc-11 problem anyway

Fix NS-3 tests

Since cluster zones are now based on star, we cannot keep the checks

Fix example: seal zone

Adjust tests after changes in cluster tag

Minor changes in graphicator and flatifier due to internals of StarZone
compared to old ClusterZone

No timing changes in tests.

ClusterZone placeholder and kill some old code

Put the old ClusterZone class as a placeholder for other "Cluster"
classes.

Keep the same behavior of Engine::get_filtered_netzones for wrench
projects.

The old ClusterZone is now BaseCluster and it's used to implement the
"complex" Clusters (Torus, DragonFly and Fat-Tree).

Kill old code that doesn't make sense for these netzones

Cluster with StarZones

Finish cleaning-up of old cluster zones.
Implements <cluster> and <zone routing="cluster"> with StarZones.

Keep old ClusterZone as base for Torus, Dragonfly and Fat-Tree.

Factor common code.

Reduce code duplication.

[sonar] Prefer empty() to check for emptyness.

[sonar] Minor simplifications.

[cppcheck] Pass parameters by const reference.

[codefactor] Cosmetics.

Rename kernel::resource:Cpu to CpuImpl

use .data() instead of &v[0] to avoid annoying analyzers.

Revert "Try to activate -Wsugests-override in GNU compiler, as it may help if it works"

This fails for old versions of GCC, which could be worked around, but
also on ns-3 headers, which is harder to fix properly.

This reverts commit 694a2b171a6e03d42d5068bc6ba6c353cb0e34e3.

Try to activate -Wsugests-override in GNU compiler, as it may help if it works

Close those bugs in the Changelog [ci-skip]

non blocking collectives : array->vector

Fix previous fix.
It was turning test into wait for non blocking collectives, which is not what we wanted.

Fix build with -Werror=undef.

Allow an actor to destroy its own VM.

Fix https://github.com/simgrid/simgrid/issues/322

Add test for VM (self) destruction.

Adapted from https://github.com/simgrid/simgrid/issues/322

Distcheck.

activate the last nonblocking test in mpich3 suite, as now we should pass it.. probably.

Properly terminate non blocking collective requests in all cases (mpi_test/testall/testany/testsome/waitsome/waitany).
Also use flags to identify non blocking collectivre requests instead of the size of an array (which should be turned in a vector soon)
Fix one issue reported in #67

Checks concerning StarZone and NS3

Reduce scope for variable.

Capitalize enum class.

Cannot destroy iface before impl.

HostImpl::destroy() calls s4u::Host::on_destruction(*this->get_iface());

Move bogus XBT_DEBUG instead.

Fix use-after-free with VirtualMachine::destroy().

Postpone destruction of VirtualMachineImpl, and do it in kernel mode.

There is no need to have these functions 'virtual'.

Fix rst.

[sonar] implicit casts

Extend the description of the IB configuration

A doc section that I don't know where to put: citations in several languages [ci-skip]

MC: Start implementing the dependency functions on the AppSide (TBC)

(code committed to gather feedback: it's not used yet)

Instead of one big function handling the dependencies for every kind
of transition on the CheckerSide, we will split that logic between the
observer subclasses and execute it on the AppSide. This will induce
more latencies, but hopefully this will make the code more managable.

This commit introduces a MutexSimcall observer, as we want to group
MutexLock and MutexUnlock together when computing the dependencies.

But we cannot use it yet, as we need to have asynchronous locks for
the existing independence theorems to be usable.

Some sonar stuff...

Don't take default smpi compiler flags from the environment.

The user must explicitly define them through cmake parameters
SMPI_C_FLAGS, SMPI_CXX_FLAGS, or SMPI_Fortran_FLAGS.

Cosmetics.

Put stdout in line buffer mode for MCed apps.

The call to fflush before backtrack/exit is certainly superfluous now,
but it doesn't harm.

fix my recent commit: build the binaries in the right directory

distcheck, but in a new and shiny way with a lot of cmake stars in the sky

factorize some code in examples/smpi/CMakeLists.txt

Because factorizing cmake code is what you need today.

Warn the user if the sleep time is smaller than the numerical precision

cmake: Ensure that the users don't activate minimal-bindings and model-checking together

MC: add a clone() method to all Observers

This will be useful for the AppSide to maintain a vector of all
observers on the stack, to move the independency tracking to that side.

Fix tesh file now that MC flushes the output on backtrack

That's weird, it seems that we don't flush it when the application
ends, as one of the outputs arrives after the end of MC. But I fail to
see in the code where that would come from.

MC: also flush application's stdout on backtrack

Document the fact that we have more documentation

Work around a bug in vscode

Tuto MC: Add a word about the missing pieces

DragonflyZone: Add limiters for switches

Final change to make uniform the behavior of limiters in the clusters:
Fat-Tree, Torus and Dragonfly.

Changes in tests flatifier and cluster-multicpu