improve the s4u_mutex example

various documentation improvements

- Re-add all code in Doxygen after recent directories creation
- Add a (very empty) list of S4U examples
- Fix some warnings and errors in doxygen markup
- Fix the scripts checking the integrity of the log channel hierarchy
- Move the doc of the s4u::Mutex and simgrid::chrono to the right
  location out of Gabriel's blog entry

improve the doc of simgrid::SimulationClock from Gabriel's blog post

remove 2 useless functions (and kill a supurious sonar bug report)

slight update to an ancient FAQ entry

tell sonar we're using Java 7 at least

make it even better with Java 7 constructs. Thanks sonar

add Exa- and Peta- units to XML

This fixes #106

try to greatly simplify this file

simplify the code logic (and please sonar)

this is useless now

get rid of remains field

get rid of mallocators for tasks
  for the sake of simplicity on the way to C++fication of SimDag

cleaning a bit

always close file descriptors, even on exceptions

fix valgrind and plug leak

factoring communication matrix building

one more simplification step
next one if factoring the redistribution matrix filling

clean include + free->xbt_free

SD_task_t simplification
host_count + host_list => std::vector<sg_host_t> allocation
try to simplify SD_task_schedulev on the way

bugs and smells

start to name parameters in header files

catch also some more sensible "nested code block"

catch some dumb "nested code block"

try to fix MC build
void suppression was more picky than expected in XBT

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

track all the useless void

Add a check to crash when user is compiling with stable version, and linking with dev version. Or the other way around.
We allow compatibility (with a warning) between 3.xx.yy and 3.xx.zz, but patch num 90+ is for dev version, which could be completely incompatible and should not be expected to work.

Order of these error messages was inverted
lib_version_major is given in msg.h when compiling the user's application
SIMGRID_VERSION_MAJOR is set at the compilation of the lib

document an option recently added by augustin

On my laptop these tests failed due to change in message order (same content).
Sort the output to avoid this

Add option to play with the max number of files opened on each host at the same time

cosmetics in teshsuite

useless duplicated code

guess what? bugs and smells

continue the integration of the uhood_switch documentation. More to do tomorrow

crude integration of the process switching documentation

very preliminary cleanups in the contextes

damn this code got cluttered over the years

[kernel] FutureState.exception_ = nullptr

This is not mandated to happen with std::move() and does not happen in
at least one implementation.

fix MC builds this time

make SIMIX_context_runall() trivial so that its content can be inlined easily

disable the cloud-multicore test. See #103

fix java builds

useless cosmetics

remove a useless dirty hack for SMPI+MSG

Probably dating from the time where SMPI was C and not C++.

Populate the kernel::context namespace and continue separating concerns out of simix

This is also the objectification of SimIX. The numerous globals out
there should be moved to something like an EngineImpl, at some point.

populate the kernel/context directory

Rename smx_process to ActorImpl

cosmetics

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

fix problem 20636 on gforge

- When a permanent receiver was set, the comm->mailbox was copied from
  the other comm
- But this is a marker of the which mailbox I'm enrolled into.
- So if I'm not pushed into a mailbox queue, then my mailbox field
  must remain clear.

- This problem was probably added during one of the recent
  objectification battle.
- It remained undiscovered so far because it seems to appear only when
  a second task is added to a permanent_receive mailbox.

This is at least my understanding of the problem, I'm not 100% sure.

catch some bugs and smells

this header file is installed, so load dependencies correctly

cosmetics

kill 3 more functions around processes

- simcall_process_get_PID, simcall_process_get_PPID, SIMIX_process_get_PPID
- SIMIX_process_get_PID() is still mandatory to the C parts of SMPI

fix java builds

use c++ strings for s4u::Actor names

kill 2 more empty functions: simcall_process_get_name & SIMIX_process_get_name

kill two useless calls: SIMIX_process_get_host & simcall_process_get_host

unclutter this code. Painful.

make s4u::Mailbox::setReceiver() working; add s4u::Actor::self()

kill msg_mailbox_t entierely

merge two identical cases of a switch to please sonar

remove another MSG_mailbox function

remove some useless cruft in MSG

remove two more MSG_mailbox functions

remove two functions manipulating msg_mailbox_t

change a false simcall to a s4u call

remove a useless call

do not pass intrusive_ptr<> to the logging subsystem

make msg_mailbox_t be the s4u::Mailbox

This forces me to make s4u::Mailbox->getImpl() public because I don't
manage to pass intrusive_ptr<s4u::Mailbox> as arguments to simcalls...

I really need to work on my C++-fu

align namespaces on directories for kernel::routing

align namespaces on directories for kernel::activity

typos

move parts of the kernel to the right subdir

woops, fix MC builds

[simix] Fix some documentation

move the synchronization stuff to its own directory

more cosmetic cleanups

this code is full of void

morning cleanups

remove a not-really-simdag example.
True IO support will wait for SimDag redefinition

mv mutex.hpp Mutex.hpp (plus make it compile again)

really annoying typo

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

document previous change. Would need to be improved, and a hint could be given to the user when the limit is reached and his simulation deadlocks.

Add a flag maxmin/concurrency_limit to allow setting this value to higher values
This value limits the number of processes that can run concurrently on a host, so it can be a problem and sometimes needs to be increased. Default is 100.
Related to http://stackoverflow.com/questions/38634661/is-there-any-limitations-to-number-of-running-processes-on-host

cloud-multicore test was not built anymore..
Too bad, because it's broken due to a bug in affinity handling (see #101).

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr/gitroot/simgrid/simgrid

Fix for manually crafted clusters.
Platform printing was broken as the router was not registered to the cluster.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

morning routine of chasings sonar bugs

mark a deprecated function as such

mark a constructor as explicit to please sonar

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

sonar: recursively exclude teshsuite/smpi/{isp/umpire;mpich-test3}

dumb me. sg_size_t are not doubles

please sonar (and I do agree with this one)

cosmetics (and sonar bugs--)

try to minimize the addition of new tech debt