Fix thread safety issue in process cleanup

While trying to find the root cause of the occasional failure of the
kademlia test, I found a thread-safety issue here:

When running in parallel mode all worker threads can call the
`SIMIX_process_cleanup()` concurrently which does things such as:

~~~c++
XBT_DEBUG("%p should not be run anymore",process);
xbt_swag_remove(process, simix_global->process_list);
xbt_swag_remove(process, SIMIX_host_priv(process->smx_host)->process_list);
xbt_swag_insert(process, simix_global->process_to_destroy);
~~~

The SWAG are modified concurrently by the worker threads without
synchronization. Sometimes, they go into inconsistent states (for
example, `swag->count` is no more consistent with the number of
elements really in the swag).

This fix might not be the best way to do it.

Improve the doc and checkings of SD_task_set_rate.

do not generate the timestamps to help debian building reproducibly

Find objdump before admitting privatization is possible and compiling it.
MacOS has mmap and no objdump, so this disables the feature on this platform for now

remove unused var

MSG_process_get_data(): don't segfault if there the process has been cleaned up

[mc] Remove some extern "C"

clang was complaining about C-linkage functions with non-C-linkage return/parameter types.

Add support for new Boost.Context API

Parallel implementation for Boost.Context context

This is really a copy of the code of smx_context_sysv.c. (The same
logic is duplicated without mushc difference between most
implementations.)

[cmake] Fix broken -D_DWARWIN_C_SOURCE

Do not try to link against boost_context when there is none

[cmake] Do not find cmake as required

This is hanlded afterwards anyway and we need to succeed if Boost.Context is not found.

merge smpi_replay_init and smpi_replay_finalize into smpi_replay_run

rename a test in order to easily select it

Add the detection of Boost.Context

It seems I forgot this in the commit :/

Update comments about process swag hookups

some sorting in the [smpi/xbt]_replay stuff

- prefix public symbols with xbt_ as any other public symbols
- kill smpi_action_trace_run() as it is now a complicated no-OP
- Much cruft remains to be sorted in this area unfortunately

typos in comments

Remove a file associated to a test that got removed recently

[java] Add missing throw NativeException specifications, fix javadoc

[java] Fix javadoc

[java] Synchronize Storage.getByName() throw specification with the javadoc

Don't use -pthreads on Mac OS X

Clang is not happy about it.

Fix warning in xbt_os_time.c on Mach

Remove the install/ directory in the run_DynamicAnalysis.sh script

This directory is not used and conflicts with the INSTALL file on
case-insensitive filesystems.

[cmake] Detect libunwind on Mac OS X

Try to detect libunwind.{so,dylib} on x86_64

Debian ships the x86 code in libunwind-x86_64.so but Mac OS X uses
libunwind.dylib.

Add jenkins script for the debug build

Add missing __APPLE__ test in xbt_os_thread.c

Add missing headers in xbt_os_thread.c

[cmake] Add _DARWIN_C_SOURCE

It is needed when defining a specific value of _XOPEN_SOURCE.

Get rid of the MACOS tests

I don't know where it's supposed to come from but it's not defined.

Remove extraneous parentheses

clang is not happy.

fix unused return value warning

Define a version for _XOPEN_SOURCE

700 is for X/Open7 (superset of POSIX 2008)

[cmake] Try to simplify the ucontext checks

Remove IS_WINDOWS (not used)

Remove windows_context (not used)

Remove PRINTF_STR

It was only used in tests.

useful error message when requesting for the debug log level while using -DNDEBUG

SMPI replay: make sure that the replay is inited even if rank 0 is not first for some reason

small doc improvement

Remove non-statis initializer in s_dw_type, s_mc_object_info

Not supported with GCC < 4.8.

[jenkins] Remove unused jenkins scripts

Kill the pipol build scripts

pipol does not exist anymore.

[jenkins] Cleanup memcheck files in the DynamicAnalysis script

Remove unused variable

[SMPI] smpi_process_init: revert to SIMIX_process_count() use

[SMPI] Update test output (smpi_replay.tesh)

Cosmetics

[SMPI] index_to_rank_map must be a xbt_dict, not a xbt_dynar

[SMPI] change SIMIX_process_count() by process count

[SMPI] reqq must be a xbt_dict not a xbt_dynar

[SMPI] Fixed smpi_replay_init()

- Force context switch to be sure that MSG_processes begin
initialization and fill various variable (e.g. group->rank_to_index
_map)

[SMPI] Fixed smpi_replay_init()

- Bug raised when there are MSG_processes which are not
participating to SMPI. The smpi_replay initialization supposed
a MSG_process with index equal to 0.

tiny small cleanup of a messssy code

Java should prefer the bundled version of native libs

Using the bundled version removes any versionning problem for the
simgrid_full.jar. This fixes #9 on github.

Remove cycles in #include files

MacOS X clang is not so happy about typedef-ing xbt_dynar_t twice
(because it's a C11 feature).

Merge branch 'master' of https://scm.gforge.inria.fr/anonscm/git/simgrid/simgrid

A candidate patch to Github issue #15. Three problems related to TRACE might be corrected by this patch.

Problem 1: the same Pajé container (corresponding to the same MSG_process) could be destroyed more than once by the current TRACE logic.
        Fix: A safer mechanism avoids multiple destroys of the same container.
        Potential problem: the current TRACE logic might be bugged and this fix may only hide the problem.

Problem 2: the Pajé container (corresponding to a MSG_process) was created after the simcall_process_create although the simcall might not return the flow control.
        Fix: The Pajé container is now created before the simcall_process_create (the future SIMIX process ID is hacked thanks to SIMIX_process_get_maxpid())

Code redundancy: The function TRACE_msg_process_end destroyed the process container in the exact same way as it was done in TRACE_msg_process_destroy.
Fix: the TRACE_msg_process_destroy function is now called instead.

Merge pull request #16 from Tien-Dat/master

Java io examples fix

Java io examples fix

Fix the filenames in examples/java/io/Node.java file

crude revalidation of a tesh file that Christian will fix properly with his still cooking lua branch

kill an useless example

make sure that MSG_host_get_wattmin_at() is tested

revalidate a tesh file that I recently broken -- sorry

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

rename an energy example

[Windows] Fix access to root log categories from other libs

If we `dllexport` the root log category, MinGW does not want us to
take its address with the error:

> initializer element is not constant

When using auto-import, MinGW is happy.

We should handle this for non-root log categories as well.

New functions getWattMinAt and getWattMaxAt

[Windows] Proper declaration of [v]asprintf()

Add some doc stuff to .gitignore

[cmake] Fix Java binding generation

Fix dllexport/dllimport declarations (Windows)

- some were inconsistent;
- XBT_PUBLIC() was used for variables instead of XBT_PUBLIC_DATA().

Fix the Java compilation and linking

Use _mkdir in direct.h on Windows

Try to be consistent bewteen xbt_os_thread.h and xbt_os_thread.c

xbt_os_thread.h was choosing the definition of xbt_os_thread_key_t
based on _XBT_WIN32 but xbt_os_thread.h was choosing the
implementation of the corresponding code based on HAVE_PTHREAD_H. But
it is possible to HAVE_PTHREAD_H on _XBT_WIN32.

Remove an explicit declaration of pthread_mutex_timedlock()

"redefine the function header since we fail to get this from system
headers on amd (at least)"

I guess, this should be fine now. It causes issues with Windows target
because we need to declare it with dllimport.

Break #include-dependency cycle

between simgrid_config.h and misc.h (and dynar.h)

Add missing #include for _XBT_WIN32

Hopefully fix the strdup/_strdup issue

The problem was related to the fact that, when compiling in C++11
standard mode (--std=c++11), the compiler/library would not let us use
the (non-C++11-standard) strdup()/_strdup() functions. However, the C
code was not affected (and the cmake function detection function was
not affected as well and was detecting the functions as available). We
have to compile in C++11-with-extensions mode (--std=gnu++11) in order
to get them.

Fix strdup/_strdup detection

strdup() is not standard C/C++. On Windows, noth _strdup() and
_strdup() are available in C. However, strdup() is not available in
C++ (ar at least in standard C++ mode?). The result is that cmake
dtects that strdup() is available but the C++ compiler fails to
compile code using it. We just use _strdup() on Windows.

[Javadoc] Fixed wrong JDoc comment

[Doc] Reordered options in options.doc

[Doc] Added section on --cfg=plugin:*

[Doc] Added tentative note on collective algorithms to doc

[Doc] Added note on --cfg=vm_workstation/model to options.doc

[Doc] Added documentation for --cfg=msg/debug_multiple_use

[Doc] Added a brief note on --cfg=storage/model

[Doc] Fixed doxygen bug: 'Userspace is not a file'

- the @file directive needs a filename after @file,
  I added that...

improve the doc of MSG_host_on() and friends

Revert the sem_open 'fix'

Fix dist

Fix Windows build

[Doc] Fixed 'undefined references' error

[Doc] Fixed XML-HTML errors

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

New example for MSG host ON/OFF switching

New: MSG_host_get_pstate() and smpi_get_host_pstate()

'auto'? seriously?