more verbose error messages

cleanups

- Add some newly create test files
- somehow sort the content of the file alphabetically within sections

useless cosmetic in this code that is full of surprises

typo--

expend an example to explain what the prefix, suffix and radical arguments are in cluster tag

Platform generation: add the function to put into Surf the generated platform

It is partially implemented, for the moment...

Check if "coord" is not null before do strcmp

Oups, mistake in router cluster name.

model-checker : add block and fragment number in mc_ignore_region

model-checker : count ignore done in heap comparison algorithm

model-checker : sort ignore list and dichotomic search

model-checker : ignore stack_top of maestro context for heap comparison

model-checker : init list of irrelevant differences in simix instead of msg

model-checker : forget case of comparison in heap comparison algorithm

model-checker : ignore irrelevant differences for heap comparison algorithm

model-checker : remove unused function

Platform generation : add the edge length in its data

It could be useful for labelling, for example...

Platform generation : Add the Waxman topology algorithm

With this commit, all the topology algorithm found in Simulacrum are implemented.

Platform generation : make public structures for node and edge data

Platform generation : add the Zegura algorithm topology

Platform generation : add the Barabasi-Albert algorithm to build the graph

[trace] something might have failed during process creation, reflect that in traces

details:
- this is especially useful when using availability traces and processes
are launched on failed hosts

[trace] factorize more

[trace] factorize code, use TRACE_msg_process_destroy when appropriate

[trace] add function to destroy process container

cosmetics

[trace] only update power and bandwidth if trace subsystem is configured to trace them

[trace] it seems there are no availability traces for latency, no need for this function then

[trace] make sure variable is zeroed before writing on it

Update tesh for io.

Add function to unlink a file.
Add an example for unlink.

Fix memory leak

During the storage open, create the file if not exist.

platform generation : add promoters and labelers support

Two fucntions register callback functions written by user to promote nodes or label links. Two other functions call the callback functions on each node or link.

platform generation : modify some interfaces

Platform generation : add a function to set link parameters

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Platform generation : add promotion functions

model-checker : add debug information about pointers in libsimgrid and remove useless fprintf in get_plt_section

model-checker : free memory

model-checker : use bprintf instead of sprintf

model-checker : ignore differences of pointers in .plt section in libsimgrid region comparison

model-checker : cleanup for heap comparison

- XBT_DEBUG instead of fprintf on stderr
- variables renamed
- fix arithmetic on pointers

model-checker : update tests for snapshot comparison

model-checker : remove core dump for each reached pair

model-checker : cleanup on mc_checkpoint

- XBT_DEBUG instead of fprintf on stderr or XBT_INFO
- remove useless debug information
- pointer detection for comparison of data region of libsimgrid
- free the memory map

Platform generation : add the exponential topology

Platform generation : add a function to compute distance between two nodes

Platform generation : add the uniform topology

Platform generation : add the clique topology

Platform generation : add the "ring" topology

Platform generation : Add 2 topology setup functions

Add the "heavy tailed" positionning for the nodes, and the "line" connection between them

Platform generation : Add some debug

Add a function to get the graph. This is only for debugging purpose, because it is a bad idea to access it directly.
Also add an ID for nodes and edges.

Platform generation : Add a function to interconnect nodes

More precisely, add a function to connect all nodes following the "star" algorithm. A function ahs also been added to connect two nodes together.

Platform generation : modify some interface

First step to implement a platform generator in Simgrid

This tool may replace Simulacrum when it is finished.
I don't know exactly where to implement that in Simgrid, so if you have any suggestion, feel free to comment :)

model-checker : cleanups for liveness property model checking (remove unused functions and variables, delete useless comments)

model-checker : new heap comparison algorithm

Add an include to avoid a compilation warning

Add some support to bench the sequential and parallel parts of a simulation

This is activated by defining the TIME_BENCH_AMDAHL macro at compile
time (for example by decomenting its definition in smx_private.h).

This is useful to evaluate the maximal possible speedup of a given
simulation by applying the Amdahl Law.

This could be changed into a command line flag at some point, but we
first have to assess the performance impact of playing that much with
the timers (should be limited, but who knows?).

The initial patch was from Jean-Noel Quintin, thanks for that!

useless tiny cleanups that should be done all over the place

New function: xbt_os_timer_resume() to restart a timer w/o resetting it.

Patch from Jean-Noel Quintin, thanks for that dude.

documenation. Added a link to ref guide in user guide to let people read doc stored in log.c to address one of Augustin's comment.

maxmin/precision: reflect the real default value, as found in the code

regenerate the flexer files with a recent flexml, so that there is no undefined behavior concerning the char after terminating nul in strings

Fix a bug making that the simulation ran longer than expected

If you asked for 3 seconds, and then had a task terminating after 2
seconds, the function simulated for 5 seconds.

Now, the time already spent in the loop in previous rounds is properly
taken into account.

Thanks to Guillaume Serrière for detecting the issue.

model-checker : #ifdef instead of #if (found by Cristian R., thx)

model-checker : add new pair reached in raw_heap

model-checker : add new pair reached even if compare==0

this example is simpler now

Do the same as before to replay traces with SMPI, but one layer lower.
Still imperfect and incomplete though

Update xml_files in Cmake

model-checker : remove unnecessary memset on free fragments, already done in mmalloc

model-checker : comment MC_compare

Remove this output.

Update tesh file for cabinet

add a few (totally untested) actions.

Add a tag cabinet to write new kind of cluster. See meta_cluster.xml

model-checker : application alert for state equality detection

model-checker : new recursive function for comparison of block/fragment with pointers

model-checker : malloc_backtrace_display functions update with new header

model-checker : heapinfo adresses refer to saved heap instead of current heap

model-checker : remove header of unused function

model-checker : heapinfo address in parameter of malloc_backtrace_display functions instead of heap address

model-checker : update example bugged1_liveness (variable for each task created and initialization of pointers)

model-checker : memset 0 on free block/fragment

model-checker : factorization of set_pair_reached and reached functions if search_cycle == 1

model-checker : remove useless code

model-checker : update backtrace display

model-checker : remove unused function

model-checker : remove unnecessary take_snapshot for initial state

model-checker : initialize variables

model-checker : remove useless code

mention the SD_task_set_rate function

finally understand how the rate works. update the example and the tesh
file accordingly.

Finally understand how the rate works. Explain it in the doxygen header.
Add an assert to be sure we do that only for point-to-point
communications.

Fix error: overflow in implicit constant conversion on 32bits arch.

Fix fatal error: simix/simix.h: No such file or directory.

Remove the unneeded include.

Increase required width for times in tesh file.

Fix kademlia example which was broken on 32bits archs.

Changes include:
* reindent and whitespace cleanup
* print ids using hex encoding for mailboxes and logs to avoid buffer overflows
* use type "double" for dates
* use unique ids in kademlia.xml, and make them less than 2^32
* update tesh file