update pajengr installation procedure in S4U tutorial

replace r-cran-dplyr by r-cran-devtools

update tuto-smpi Dockerfile to contain r-cran-tidyverse (replacing included R packages)

add additional necessary packages for pajengr installation

update pajengr R code and figure

details:
- note the addition of library(tidyverse)

use new option in random test.

document new option

Add flag to provide an optional barrier in MPI_Finalize.
This is meant to help for codes which can aggressively cleanup memory at finalization, while other processes still have to use it.
For example when attributes are attached to a local communicator, in SMPI this communicator may be cleaned up by another process in the end, and the attribute has to still be valid at this point.
This was an issue with PETSC, for example.

Use std::string for xbt_parse_units.

Combine parameters 'entity_kind' and 'name'.
Also rename surf_parse_* to xbt_parse_*.

Deprecate SIMIX_get_clock().

Use simgrid_get_clock() or Engine::get_clock().

Keyval should always exist.

Also please sonar by reducing depth for nested blocks.

leaks analysis: when -analyze is given to smpirun, set value for list-leaks to 50.

leaks analysis : activate if list-leaks is asked manually (without smpi/display-allocs or -analyze)

make simix_global->maestro_ private

Check types matching in MPI communications.
should work with basic ones and duplicated ones.
todo: derived types matching, which is more tricky.

mark these as derived datatypes, and don't divide by 0 if possible

keep track of which datatype was duplicated, to be able to match with it later

nothing old here, just the type ..

prepare transition of context_factory: make it private

Minor simplification in CM02::communicate

Don't need a function in NetworkModel for an "if" used only in CM02

Fix potential mem leak seen by scan-build.

Note that ret should not normally be different than MPI_SUCCESS in the other case.

Don't create mailbox before engine is turned on.

Lookup only once on mailbox creation.

Misc sonar smells.

vector::back() is good enough + assert for scan_build.

[cppcheck] Don't let fields uninitialized.

[sonar] Extract assignments from expressions.

Plug remaining leaks in mpich3-test/f77/attr.

Plug memleaks with Fortran bindings.

Review allocation of MPI attributes with Fortran bindings.

Fix refcounting of MPI keyvals when keyval_free is called twice.

Simplify a bit Keyval::attr_delete.

Don't increase refcount when existing elem is overwritten.

Save an indirection with smpi keyvals.

revalidate tesh

remove cruft [ci-skip]

Change way Mailboxes are create, stored, and destroyed

- keep the global map in EngineImpl (not as a static global in
  MailboxImpl.cpp)
- Delete mailboxes in ~EngineImpl() and get rid of SIMIX_mailbox_exit
- replace MailboxImpl::by_name_or_null and
  MailboxImpl::by_name_or_create by Engine::mailbox_by_name_or_create
  + better match with what is done for hosts, links, and actors
  + Mailbox::by_name cause two searchs in the map. One to check if
    name already points to a mailbox (by_name_or_null) and if not
    search again before creating a new mailbox. As there is no
    Mailbox::by_name_or_null, just keep the latter.
- Revalidate a bunch of tests (message ordering mostly)

delete Timer when shutting down EngineImpl

Continue to migrate contents of simix_global to EngineImpl

thx @agiersch for unblocking this commit with the usual magic!

Prefer using emplace() to insert() for smpi keyvals/attributes.

Make smpi::Keyval::attribute() return a reference.

No need to test for attributes()->empty().

Fix parameter names.

Coding style: ! -> 'not'.

Update filter line for recent versions of Asan.

Define variables outside of header file.

[sonar] Unused parameter.

[sonar] Const/explicit methods.

Please sonar

Adjust test timing

Minor changement in rounding up.
No real changement in timing (manually verified).

Single get_bandwidth_constraint function.

Unify behavior of get_bandwidth_constraint function.

Note: Possible side-effect in SMPI communications with user defined
rate. Do not scale the user rate with bandwidth factor.

No impact on tests

Refactor of NetworkCm02Model::communicate

Divide and conquer.
Reorganize code.
Cosmetics.

Dynamic factors: implement and test

Fully implements the dynamic factors through the NetworkModelIntf API.

Added an example showing its usage.

Added UT and doc.

NetworkModelIntf: Interface to dynamic factors

Adding API to set user callbacks for bandwidth and network factors.
Valid for CM02 models and its childrens (SMPI, IB, etc).

Not fully working yet.

Get netzones traversed by a route

Preparing field to implement dynamic bandwidth and latency factors

migrate actors_to_run and actors_that_ran to EngineImpl

SMPI should not eat up all exceptions in wait/waitany simcalls silently
It only deals with cancel ones

typo --

process -> actor

fix changelog [ci-skip]

Add a word to the tutorial for older versions of SimGrid

Closes https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/69

 [sonar] const

[sonar] Don't mix public and private data members

introduce a new plugin: stock implementation of a Producer-Consumer with a monitor

Typos.

migrate daemons from simix::Global to kernel::EngineImpl

go from a public vector to a private set (order doesn't matter) in the
process.

migrate execute_tasks from simix::Global to kernel::EngineImpl

migrate wake_all_waiting_actors from simix::Global to kernel::EngineImpl

SIMIX_run becomes EngineImpl::run

move another function out of simix + private field

More informative error message when the user does not provide a main() to smpirun [ci-skip]

move kernel timers from simix:: to kernel::timer::

Use correct types for temporary variables.

Cosmetics.

(reduce length of lambda, for sonar).

Checking access before open is useless (fix race condition).

accept functions with parameters in Actor::start

Minor sonar related changes

allow to get the number of queued communications in a Mailbox

Seal objects at Engine::run

Seal, recursively, netzones, hosts, links and disks.
Some extra checks when creating and sealing resources.
Add test for this case.

Some cleanup around model description tables.

* save a new/delete for plugin descriptions;
* use sdt::function for model_init_preparse;
* return a pointer from find_model_description().

Const.

Fix lua compilation

Get code back to sg_platf since it's used by lua_platf.cpp

Fix memleak.

Thanks @agiersch

Workaround to unblock.

Seems a gcc-11 problem anyway

Fix NS-3 tests

Since cluster zones are now based on star, we cannot keep the checks

Fix example: seal zone

Adjust tests after changes in cluster tag

Minor changes in graphicator and flatifier due to internals of StarZone
compared to old ClusterZone

No timing changes in tests.

ClusterZone placeholder and kill some old code

Put the old ClusterZone class as a placeholder for other "Cluster"
classes.

Keep the same behavior of Engine::get_filtered_netzones for wrench
projects.

The old ClusterZone is now BaseCluster and it's used to implement the
"complex" Clusters (Torus, DragonFly and Fat-Tree).

Kill old code that doesn't make sense for these netzones

Cluster with StarZones

Finish cleaning-up of old cluster zones.
Implements <cluster> and <zone routing="cluster"> with StarZones.

Keep old ClusterZone as base for Torus, Dragonfly and Fat-Tree.

Factor common code.

Reduce code duplication.

[sonar] Prefer empty() to check for emptyness.

[sonar] Minor simplifications.

[cppcheck] Pass parameters by const reference.

[codefactor] Cosmetics.

Rename kernel::resource:Cpu to CpuImpl

use .data() instead of &v[0] to avoid annoying analyzers.

Revert "Try to activate -Wsugests-override in GNU compiler, as it may help if it works"

This fails for old versions of GCC, which could be worked around, but
also on ns-3 headers, which is harder to fix properly.

This reverts commit 694a2b171a6e03d42d5068bc6ba6c353cb0e34e3.

Try to activate -Wsugests-override in GNU compiler, as it may help if it works

Close those bugs in the Changelog [ci-skip]