BMF: One pass in sonar issues

Missing include.

Define Comm::send and Comm::recv (replace simcall_comm_send/recv).

Mark last legacy simcalls as deprecated.

introduce thread_execute

mark 3 more simcalls as deprecated

Revert "Being optimistic for better performance"

This reverts commit aedc2aa6b82c69adc779ffc4bb8ece31ac423440.

Being optimistic for better performance

If the matrix isn't singular (which is true most of the cases) this
PartialPivLU is much faster than FullPivLU.

Let's be optimistic, what can go wrong? ;)

[jenkins] Avoid build errors on centos.

DISTRIB_ID is apparently now all lowercase on NixOS.

Fix install prefix for Eigen3 on appveyor.

Try to fix detection of eigen3.

blind new attempt for appveyor

Fix build

Remove boost container dependency and fix 32 bits build

new attempt for appveyor

Merge branch 'bmf' into 'master'

New model for parallel tasks: host/model:ptask_BMF

See merge request simgrid/simgrid!80

Guess for appveyor

Add eigen dependency to dockerfiles

Improve ChangeLog

Sonar here too.

* remove global variables
* delete unused copy constructor/assignment operator
* use const reference

Fix bug found at ptask experiments

The consumption of bounded variables exceed constraint capacity leading
to wrong behavior of the algorithm.

Added some UTs for special case with bounds.

ptask_BMF: High-level documentation of BMF and the algorithm

Add eigen in installation instructions
Add doc for ptask_BMF
Changelog

Adding test for subflows

BMF sharing penalty/priority

Fix error find by IO test.

Wrong sharing of saturated (but not selected resources)
UT for it

Remove single movement code

It seems better to be more aggressive to converge faster.

ptask_BMF: support for dynamic bounds (user's callback)

Allows the use of user callback to dynamically change the constraint
capacity.

Add a warning message for user since this approach is quite pessimist
when sharing results and may lead to inaccurate resource sharing

BMF: Fatpipe support

Adjust A' matrix and is_bmf functions accordingly.

Implements selective-update for bmf model (off by default).

Add a cfg parameter: "bmf/selective-update" to enable it

ptask_BMF: refactor code and loop scenarios

New cfg flag: --cfg=bmf/max-iterations:X. Configure the number maximum
of iterations done by BMF solver (default 1000).

Usually the algorithm converges much faster but in some cases it may be
necessary to increase it. However, can impact negatively on execution
time

Refactor code: new BmfSolver class to encapsulate matrix manipulation from system

Add a class to generate all possible allocations if necessary

Fix: default rate (bound) for comms is -1 not 0

Bugfix: ptask should use expand_add for exec tasks

The variable in the system is the same for ptasks, so use expand_add to
reuse the element if it exists in the system. Similar as it's done for
communications

Support for bounded actions in BMF solver

New model for parallel tasks: host/model:ptask_BMF

Implement a new solver for lmm::System based on BMF (Bottleneck max
fairness) objective.

BMF provides a more realistic sharing of heterogeneous resources as used
by parallel tasks.

Enable it using: --cfg=host/model:ptask_BMF instead of ptask_L07.

SimGrid compilation from source now requires a new library: Eigen3.

sonar

- Ignore MBI scripts in the coverage
- unused local variable was indeed a bug

sonar fixes and little cleanups

Use the sg4 namespace in all examples

Revert "Fix a bug in MBI generators: &com[j] is not &(com[j])"

This reverts commit c2d3a91e47e3fdc89e6818258993128fac8efd43.

Keep optimization (only_if_different) when cmake is recent enough.

[ci-skip]

Replace file(copy_file), which is supported since cmake 3.21 only.

[ci-skip]

Remove (last?) reference to umpire test suite.

[ci-skip]

Use RAII to simplify the release of semaphores on exit.

Update .mailmap with new contributor.

Mark unused type aliases as deprecated.

Mark old simcall_comm_isend/irecv/wait as deprecated.

Fix a bug in MBI generators: &com[j] is not &(com[j])

Add another MBI test generator, to ease its debugging

Merge branch 'add_wait_for_to_py_comm_binding' into 'master'

Add Comm::wait_for to Python bindings

See merge request simgrid/simgrid!79

Import (some bits of) the MBI test suite

Not activated on the robots for now, as some tests fail.

Added Python bindings: Comm.wait_for() and Comm.wait_any_for()

keep cool, sonar, everything's under control

Remove the ISP test suite (not free, superseeded by MBI)

Plug a memleak in barriers

Fix the usage of cmake in FindSimGrid 'documentation'

Reimplement s4u::Barrier natively, and make them visible from MC

It comes with a DPOR dependency computation and a s4u hijacked test.

The ordering of some simcalls changed in SMPI, as there now much less
of them when using barriers. This impacts in particular the order in
which PID are given in the gh-139 test. Adding a link here for reference:
https://github.com/simgrid/simgrid/issues/139

MSG_barrier_destroy() cannot take a const barrier anymore, but how was
it possible in the first place?

Use -- to separate command [ci-skip]

Fix pip builds

Activate valgrind analysis on monkey tests

semaphore monkey

C++ only for now, as we don't have semaphores in the current Python interface.

Kill dead MC code

Mutex are now DPOR compatible

put back s4u barrier for MC only (untested)

Update URL for article.

Full reference is:

Eitan Zahavi
"D-Mod-K Routing Providing Non-Blocking Traffic for Shift Permutations on
 Real Life Fat Trees"
CCIT Report #776, September 2010

IRWIN AND JOAN JACOBS
CENTER FOR COMMUNICATION AND INFORMATION TECHNOLOGIES
DEPARTMENT OF ELECTRICAL ENGINEERING
TECHNION - ISRAEL INSTITUTE OF TECHNOLOGY, HAIFA 32000, ISRAEL

SMPI. RMA: get rid of the s4u barrier, use an MPI one instead.

cmake simplification so that you only have to edit one list when adding an hijack of MC onto an existing test

Document recent changes

Polish previous fix.

Make smpi compilation script work when there are spaces in path names.

Fix simgrid/simgrid#87

Add a test for Semaphores + DPOR

Semaphore made observable from the Checker side

Display a nice error message when ptrace is not usable

Fixes https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/57

Missing files, bummer

fix weird bug on pstate changes with VM

at VM creation we did this:

/* We create cpu_action corresponding to a VM process on the host
operating system. */
action_ = physical_host_->get_cpu()->execution_start(0,core_amount_)

but in the version of execution with 2 parameters, the second one is a
user_bound not the desired amount of cores!!
This leads to entering a special in Cas01::on_speed_change and change
the bound to 1 instead of the new speed! (cpu_cas01.cpp:92)

Python version of the masterworkers monkey

Chaos-monkey: use the new Engine::on_simulation_start signal

The plaform_created one that we used earlier is only reliable with XML
platforms.

New signal: Engine::on_simulation_start

Pass the boolean parameter to the on_exit python binding

simgrid-monkey: if the test is run within valgrind, display the summary in terse output

The final return value will be the amount of errors detected by
valgrind over all tests

Revert "blind guess for coverage fix.. [ci-skip]"

This reverts commit a3176f643eb9ca791f6fd555787dd5127da47007.

This makes a double-blind guess... see if it restores correct coverage on sonar.

Rename method for consistency.

Const methods.

Disable the copy constructor and the copy-assignment operator for MailboxImpl.

Please Sonar rule cpp:S3624

Use payload with static storage duration to avoid memory leak.

Since comm is detached, the sender has no way to know when it's received,
and correctly release or delete the payload in any case.

Create absolute path names in .gcno files.

Use a single definition for coverage build flags.

Fix cmake warning.

Merge branch 'dev' into 'master'

Minimal changes to support hosts on/off

See merge request simgrid/simgrid!77

Revert Python stuff but the py_context instantiation change

blind guess for coverage fix.. [ci-skip]

Fix the python patches

Call __gcov_reset after __gcov_dump.

__gcov_flush did it before its removal:
https://gcc.gnu.org/git/?p=gcc.git;a=commitdiff;h=811b7636cb8c10f1a550a76242b5666c7ae36da2

[ci-skip]

Complete warning message [ci-skip].

[mc_dwarf] Another assert turns into warning.

Move py_context to get Python exception match to work also on old platforms

Make python catch verbose

Kill unused function.

const++

__gcov_flush was removed in gcc11 (untested) [ci-skip]

rework how host-to-host comms are managed

get/set for CommImpl::type

clean up before modifications

Answer to Martin's feedback