[SMPI] Replay/Memory: Move tmp buffers from replay to memory

This is not the best solution, especially since we need a new function
right now to free tmp buffers at the end of the replay. However, this
may make the replay a bit cleaner and we can find another solution during
this refactoring process.

[SMPI] Replay: Use the right buffer (c&p error?)

[SMPI] Replay: Replace atoi by std::stoi

[SMPI] Replay/Allgatherv: Account for disps parameters in a replay trace

[SMPI] Replace encode_datatype calls with dt->encode()

[SMPI] Datatypes: Make them all replayable

This commit assigns a unique id to all MPI_* datatypes.
This id is used for 'encoding' the datatype (for traces).

[SMPI] Added comment regard Datatype::keyvals

[SMPI] Replay: C++ify action_allgatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move MPI_CURRENT_TYPE from global to local scope

[SMPI] Replay: C++ify action_gatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: C++ify action_scatterv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move action_reducescatter to std::shared_ptr

[SMPI] Replay: C++ify action_allToAllv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[INSTR] Move vector* to shared_ptr<vector>.

By initializing an object, for instance of type VarCollTIData,
the vectors containing receive and send counts were deleted
when the TI object was deleted. This is unexpected by a 'normal'
user - by accepting shared_ptrs, this can be ameliorated.

The constructor that still accepts vector* should be removed once
all initializations use the constructor accepting the shared_ptr.

[SMPI] Move disps arrays to vectors

We now initialize the array immediately and just use disps.data()
to access the internal data array.

[SMPI] Replay: Remove local variables from action_reducescatter

[SMPI] Replay: Remove unnecessary initialization

[SMPI] Replay: Remove side effect from decode_datatype

The MPI_CURRENT_TYPE variable shouldn't be modified here.

[SMPI] Replay: Remove unused KEY_SIZE macro from .cpp

[SMPI] Replay: Declare variables as static

[TESTS] Fix smpi replay test for allgatherv

The trace contains data for 4 hosts, although -np 3 was specified.
This lead to smpi incorrectly reading the specified datatype, as the data
for the 4th host was taken as said datatype.

[SMPI] Replay: Use std::vector copy-constr. instead of loop

[SMPI] Clean initialization of MPI_CURRENT_TYPE and root

Remove extern "C" from cpp files (src/smpi/).

Remove useless extern "C" from msg_private.hpp.

Remove extern "C" from cpp files (src/bindings/).

Remove extern "C" from cpp files.

Specifying extern "C" at declaration in header files should be sufficient.

Call atexit() from xbt_cfg_new().

Rename sg_config.h -> sg_config.hpp.

Function has been renamed.

Return value is useless (always 1).

Use <stdbool.h> for C files.

Use C++'s true/false.

Please mingw.

Remove useless intermediate variables.

Make func_f/fp/fpi static methods of lmm::Lagrange.

Using namespace simgrid::kernel.

Make static functions in lagrange.cpp static methods of lmm::Lagrange.

Make check_feasible() and dual_objective() private methods of lmm::Lagrange.

Kill spurious #ifdef MATH.

Use constexpr instead of #defin.

Be explicit on overridable method.

Give correct function for func_fp().

Kill unused macros.

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Define FairBottleneck and Lagrange as subclasses of lmm::System.

Make maxmin_system_ a private field for resource::Model.

Kill unused field.

Move assert befort assignment.

Fix parameter description.

enum class for Model::UpdateAlgo

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

external projects may refcount Mailboxes too

start snake_casing resource::Model

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

these functions always take exactly the same parameter, thus inlining it

We are in UM=Lazy, that was tested 2 lines above

further snake_casing in resource::Action

I think that's the third time I'm sure I'm done with this file.
This gonna be a long one refactoring :(

Action::is_suspended() does not need to be virtual (+ more snake_casing)

cosmetics

use enum class

finish(done) already sets remains to 0

snake_case another method

prefer readable syntax instead of inlining functions

cleanup Action refcounting

Previously, subclasses did override unref() to do some cleanups on
destruction. This required to have refcount_ protected for them to
mess with it.

Instead, the cleanups go to the various destructors, where they
belong. The refcounting can be made private to Action as it should.

finish snake_casing resource::Action

fix MC builds

snake_case some resource::Action fields and cleanups

- Rename the hooks and associated typedefs for the intrusive lists
  Action::ModifiedSet (used by lazy lmm) and Action::StateSet
  (grouping all actions in the same state)
- Start snake_case()ing the public interface of simix::kernel::resource.
  It's public, but since really short, and since some methods are
  virtual and overriden, deprecating them properly will be really
  hard. I think it's useless since nobody (but me) uses it in external
  projects yet.
- Remove some extraneous namespace specifications (we are already in
  simgrid::kernel)

kill an unused function

The prototype was s::k::actor::set_maestro while its declaration was
simgrid::simix::set_maestro (since one commit), proving that it's not
used.

The used function is SIMIX_set_maestro(), which should be converted
to C++ for sure, but I'm not sure yet of how to do it properly.

move simix::ActorImpl to kernel::actor::ActorImpl

deprecate an old pimple

kill typedef lmm_element_t

Kill typedef lmm_system_t

more snake_casing of private fields

document a proposal of coding standard. Please comment

start snake_case()ing some private fields

more specific comments

Move modifiedSet from Resource to lmm::System

cosmetics: init fields at declaration, emptying the ctor

Replace a protected field with a private variable in the child' constructor

SMPI: only warn once on unimplemented calls

properly guard the installation of smpi.mod to systems with a proper Fortran install

tiny doc improvement [noci]

Forward slash is a valid file separator on Windows too.

Remove superfluous "virtual" declarations.

Kill unused function.

Declare one variable per statement.

Remove unused typedef.

Kill trailing whitespace.

oops

this has been bugging me for a while

more legacy MSG for processes/actors

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

fix install

build a mpi.mod file
This allows fortran codes to use 'use mpi' instead of 'include mpif.h'
For now this is built in the global CMakelists.txt before finding a beter home

make tracing less tightly coupled to MSG

smpiff: proper handling of non-f77 source files

smpiff: compile f90 code if asked to

reduce the undue differences between smpiff and smpif90

Kill obsolete parts of README.coding, move others to the doc