Merging changes done by Steven, Samuel and Luka, regarding simulation of StarPU-MPI

make it compile with paranoid flags activated

[msg] Switch MSG to .cpp

[java] Switch Java bindings to .cpp

[cmake] Mark as advanced some internal variables

Only rebuild doc on demand, not every time

[cmake] rename the doc target because there is a doc/ directory

[xbt] Move XBT_PRIVATE definition with its friends

[xbt] Fix XBT_PUBLIC definition for ELF/*nix

Move simgrid::surf::Link declaration with its friends in forward.h

[java] Fix a tesh test

[surf] Move some code in a simgrid::surf namespace

Try to fix header dependency hell

Add simgrid/forward.h to forward-declare problematic stuff I could not
untangle.

Remove 'using namespace foo;' in headers

[xbt] Some doc about xbt_lib

Add some missing #include

[simix] Encapsulate main function, argc and argv in a closure

[java] Remove the argc hack

[java] Remove org.simgrid.msg.Process to xbt_main_func_t cast hack

[java] Delcare some local variables where they are used

[java] Fix signedness warning

some documentation fixes

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

[simix] Fix SMPI+MSG

[simix] Port JavaContext to C++

[simix] Kill cojava

This is using a unmaintained special JVM.

[simix] Port RawContext to C++

[simix] Port UContext to C++

[simix] Port ThreadContext to C++

[simix] Move BoostContext to C++

[doc] Documentation about GDB+SMPI

[xbt] Remove C++ std::is_trivial verification for xtd_new

It doesn't work for some versions of compiler. Moreover, it does not
work very well with volatile fields which make the struct non-trivial
in C++.

kill dead code

kill dead code

[java/cmake] try to add boost_context to the jar when we have it

This fix #38 (hopefully)

Revert "When the lib is embeeded in jar, don't use boost_context"

This reverts commit dc4df97acbdb945c9e9a7ace0cf0b4829a14d49b.

doc improvement

When the lib is embeeded in jar, don't use boost_context

This fix #38.

Rename power->speed in the inner layer of the parsing

Applying (modified) Samuel's PATCH from 16.09.2015

further rename power to speed in surf internals

every occurence of power in surf should be renamed to speed, as it is not the electical power

[PATCH] Solving the issue with the initialization and the "deadlock" on mutexes (which was not really a deadlock, but data segments where not switched in time)

modified [PATCH] Added functions to get SMPI's data end code of process

modified [PATCH] Allow multiple call to MPI_Init and added MSG_init to SMPI part

modified [PATCH] Privatize data segment for SMPI process and share for MSG process

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

kill hollow doxygen comments

[simix] Switch to .cpp files

cosmetics

no need to override stuff to the exact same content

initialize fields at declaration, for clarity

[surf] Move the basic cluster creation logic out of the callbacks

[surf] Remove code for the cpu tag

[surf] Remove sg_platf_ASRoute_cb

[surf] Remove sg_platf_bypass{,AS}Route_cb

[surf] Remove sg_platf_trace_cb

[surf] Remove sg_trace_connect_cb

[surf] Remove sg_cabinet_cb

[surf] Remove sg_platf_prop_cb

[surf] Remove sg_platf_route_cb

[surf] Remove sg_platf_peer_cb

[surf] Remove sg_platf_host_cb

[surf] Remove sg_platf_host_link_cb

[surf] Remove orphaned declaration

[surf] Remove sg_ callbacks for AS

[surf] Remove sg_platf_router_cb

[surf] Remove one sg_router_cb

[surf] Remove one router callback

[surf] Removed orphaned declaration

[surf] Remove sg_platf_mount_cb

[surf] Remove sg_platf_mstorage_cb

[surf] Remove unused stuff in storage

[surf] Remove sg_platf_storage_type_cb

[surf] Remove sg_platf_storage_cb

[surf] Rename callback registration functions

[surf] Expose (and use) storageCreatedCallbacks in C

[surf] Expose (and use) hostCreatedCallbacks in C

[simix] Fix warning

[simix] Fix signatures of callbacks (timer and kill_process_function)

* Conversion between pointer-to-pointer and pointer to data is
  undefined behaviour.

* Moreover, this hides error. The kill_process_function was called in
  the timer with only one argument whreas it expects two arguments
  (the killed process and the killer process).

* Simpligy the signature of SIMIX_function_register_process_kill() to
  only take a single argument. The second one is never used.

[platf] Move sg_platf_new_process in platf.cpp

[platf] Kill sg_process_cb

[simix] Make some static variables local

Because they are local variables in disguise.

[surf] Move the host ns3 hook to routingEdgeCreatedCallbacks

[surf] Add routingEdgeCreatedCallbacks for RoutingEdge

no need to override the super() method to the exact same content

rename some symbols around Link::isShared to make their purpose clear

reimplement energy plugin using Host callbacks (not Cpu ones)

protect against multiply create hosts in one location only

useless cosmetic

pass netElm&CPU as parameter to the host constructor

It was passed implicitly through the set of existing netElm and CPU.

the fabric of RoutingEdges should return the create one

[surf] Change routing_parse_init() into routing_add_host()

Do not depend on the parsing state in this function.

[surf] Remove some layers of indirections in sg_platf_new_host()

[surf] Remove power related methods from CpuL07

They are not implemented, not used anyway. Power is implemented in the
CPU.

[surf] Switch instr_routing to C++

[surf] Move host creation callbacks of Infiniband to hostCreatedCallbacks

[ns3] Move host creation callbacks to hostCreatedCallbacks

[mc] Add missing copyright notices

[mc] Better #includes

Use "#include src/mc/foo" instead of "#include foo"