model-checker : new heap comparison algorithm

Add an include to avoid a compilation warning

Add some support to bench the sequential and parallel parts of a simulation

This is activated by defining the TIME_BENCH_AMDAHL macro at compile
time (for example by decomenting its definition in smx_private.h).

This is useful to evaluate the maximal possible speedup of a given
simulation by applying the Amdahl Law.

This could be changed into a command line flag at some point, but we
first have to assess the performance impact of playing that much with
the timers (should be limited, but who knows?).

The initial patch was from Jean-Noel Quintin, thanks for that!

useless tiny cleanups that should be done all over the place

New function: xbt_os_timer_resume() to restart a timer w/o resetting it.

Patch from Jean-Noel Quintin, thanks for that dude.

documenation. Added a link to ref guide in user guide to let people read doc stored in log.c to address one of Augustin's comment.

maxmin/precision: reflect the real default value, as found in the code

regenerate the flexer files with a recent flexml, so that there is no undefined behavior concerning the char after terminating nul in strings

Fix a bug making that the simulation ran longer than expected

If you asked for 3 seconds, and then had a task terminating after 2
seconds, the function simulated for 5 seconds.

Now, the time already spent in the loop in previous rounds is properly
taken into account.

Thanks to Guillaume Serrière for detecting the issue.

model-checker : #ifdef instead of #if (found by Cristian R., thx)

model-checker : add new pair reached in raw_heap

model-checker : add new pair reached even if compare==0

this example is simpler now

Do the same as before to replay traces with SMPI, but one layer lower.
Still imperfect and incomplete though

Update xml_files in Cmake

model-checker : remove unnecessary memset on free fragments, already done in mmalloc

model-checker : comment MC_compare

Remove this output.

Update tesh file for cabinet

add a few (totally untested) actions.

Add a tag cabinet to write new kind of cluster. See meta_cluster.xml

model-checker : application alert for state equality detection

model-checker : new recursive function for comparison of block/fragment with pointers

model-checker : malloc_backtrace_display functions update with new header

model-checker : heapinfo adresses refer to saved heap instead of current heap

model-checker : remove header of unused function

model-checker : heapinfo address in parameter of malloc_backtrace_display functions instead of heap address

model-checker : update example bugged1_liveness (variable for each task created and initialization of pointers)

model-checker : memset 0 on free block/fragment

model-checker : factorization of set_pair_reached and reached functions if search_cycle == 1

model-checker : remove useless code

model-checker : update backtrace display

model-checker : remove unused function

model-checker : remove unnecessary take_snapshot for initial state

model-checker : initialize variables

model-checker : remove useless code

mention the SD_task_set_rate function

finally understand how the rate works. update the example and the tesh
file accordingly.

Finally understand how the rate works. Explain it in the doxygen header.
Add an assert to be sure we do that only for point-to-point
communications.

Fix error: overflow in implicit constant conversion on 32bits arch.

Fix fatal error: simix/simix.h: No such file or directory.

Remove the unneeded include.

Increase required width for times in tesh file.

Fix kademlia example which was broken on 32bits archs.

Changes include:
* reindent and whitespace cleanup
* print ids using hex encoding for mailboxes and logs to avoid buffer overflows
* use type "double" for dates
* use unique ids in kademlia.xml, and make them less than 2^32
* update tesh file

Add a Q&D implementation of trace replay with SMPI. Just to get the
flavor of it, some issues have to be solved and code has to be polished
(we don't know, marion might read it ...)

Add what's missing to load traces from SMPI.

As pointed out by a user, the rate should be expressed in percent, not
in [0..1[. Thus change the .5 to 50 (divide the communication rate by
two), update the "doc" and revalidate the tesh file

no need to add "rank" to the rank (will decrease trace size for replay)

document the upcoming change in SMPI

Fix a mistake in the Weibull inverse distribution function

Increase timeout for test bittorrent.

5s is too short on a slow machine.

Add missing files from examples for dist.

Merge variable BINDINGS_FILES into BINDINGS_SRC.

Reorder file lists in lexical order.

Stop trying to resolve real path for cmake directories.

AFAICT, this piece of code was intended to handle symbolic links in
directories, but it makes more harm than goods, specially with
make dist.

Kill duplicated code in CMakeLists.txt.

Copying the file once is sufficient.

Create needed directories at configure time instead of adding dummy files.

Revert "Stupid commit to get shared/doxygen directory existing in the repo."

This reverts commit d0bcdf8532d5080f0a673f006ce6d4c943815513.

memcheck_tests.cmake: update.

Break loop here.

Commit fcc0e93b60352e0d912f18c32706c1ca717c4896 (More cache cleaning in lmm_solve)
wrongly changed a "break" statement into a "continue".

Fixes infinite loop in tests smpi-reduce.

Check if cnst->cnst_usage is NULL.

Fixes a segfault in test-maxmin-usage.

be more verbose on explaining the expected result of the model-checker

Make it clear that MC is supposed to detect a counter-example in chord.

regenerate the parser files with flexml 1.9.3 (thx agier for the patch)

free this dynar in none_finalize (if it was used).

Use new tag host_link for peer. No need for router now.

typo on option name

Add two new tag for routing cluster (only):
host_link (specify link up and down to a host)
backbone (to make a backbone into an as routing cluster)

model-checker : use rename() instead of system(mv ..)

Add kademlia C example

Use xbt_dynar_foreach in cloud example

Revalidate tesh file for cloud example

Update cloud example to use MSG_vm_reboot. Update the tesh file

Memory leak fix

Add MSG_vm_reboot

Return the new process in SIMIX_process_restart, simcall_process_restart and MSG_process_restart

fix tracing documentation

Stupid commit to get shared/doxygen directory existing in the repo.

Changed URLs to the correct one.

Call xbt_init() to parse the command line, specially "--log=...".

Fix SIMIX_process_kill(SIMIX_process_self()); issue: The killed processes mustn't be added
to the process to run by SIMIX_process_kill if he is the issuer of the function, else he
will be added twice to the process_to_run dynar.

Add simcall_process_restart, SIMIX_process_restart and MSG_process_restart, which restarts
a process.

Remove XBT_INLINE from bittorrent example.

Make example compile with enable_warnings=ON.

Main changes are:
* remove unused variables.
* use unsigned int for the index in xbt_dynar_foreach.

Reindent.

Don't override CMAKE_C_FLAGS!

Make directory when building out of the source tree.

Include simgrid_config.h before stdio.h to define _GNU_SOURCE if needed.

Remove useless defines.

Don't define variables in header files (part 2).

Add -fno-common to compile flags.

For now, add it only when enable_compile_warnings=ON, in order to
catch multiple defined variables, like those defined in header
files.

More cache cleaning in lmm_solve

copying an image needed by the tracing documentation

[trace] fix paje header in tesh files

[trace] correctly declaring simgrid tracing mark values as event values

[trace] don't specify color when declaring an event type

[trace] follow the paje file format specification

Don't define variables in header file.

Update.

Fix indentation (again).

Fix memory leak.

SIMIX_host_execution_destroy() was modified along to SIMIX_host_execution_cancel()
by commit c4d5e0512df1e2b3e83d57fbb17e225e286ef4ca (avoid double free issues
when on host failure+process run).

These changes lead to memory leaks (action are not destroyed anymore).

Since SIMIX_host_execution_cancel was later modified, revert the changes
from commit c4d5e05.

[trace] free dicts on TRACE_end.