model-checker : disable mprotect on snapshots

model-checker : remove KSM work -> doesn't work currently

model-checker : restore previous version of smpi_finalize if MC is enabled

model-checker : deal with the soundness of DPOR only if DPOR is enabled

model-checker : fix the detection of determinism

Remove absolute path from xbt-log tesh

Add teshfiles to CMakelists.txt of teshsuite/mc

permission change

Fix memcheck with new Add_test macros

add script for jenkins DynamicAnalysis build (memcheck+coverage)

add enable_memcheck_xml flag, to output valgrind in xml format (necessary for jenkins).
This triggers enable_memcheck if not provided.

Fix DefinePackage mc CMakeLists.txt

Fix teshsuite/surf/sur_usage/CMakeList.txt

Move mc testsuite to teshsuite

Move xbt testsuite to teshsuite

Remove simeng_usage.tesh (not used)

Move surf testsuite to teshsuite

Remove redundant test.

Sort file lists.

Remove stale temp file.

Fix some javadoc warnings (remains 2).

New ADD_TESH and ADD_TESH_FACTORIES cmake macros

fix path to deployment fil in tesh example

leak --

Add missing CMakeLists.txt

Reorganize teshsuite/msg

Add an example of use of the previous interface.
This is based on the masterslave_mailbox example for MSG, but adds two instances of MPI application:
one doing a simple send/recv, the other performing an alltoall.

Force valgrind to output in XML.
This will break cdash use, but enable jenkins parsing and displaying of the reports. Hopefully.

Begin to add an interface to instanciate SMPI programatically.

This adds SMPI_init, SMPI_finalize, and SMPI_app_instance_register

This allows user to deploy MSG+MPI applications in the same simulation,
as well as deploying several instances of SMPI with the same or different application,
without using smpirun. This means that we can now handle several MPI_COMM_WORLD.

This is only a very early step, as for now the interface still depends on MSG calls
 to deploy the application, and run the processes.

We should work on an interface to do this for SMPI, or add a generic interface
that would allow several SimGrid interfaces to run alltogether.

explode smpi_main into modules

forgotten in 0395dfc0

Fix windows java build

add private (optional) data copy function callback to _send _isend _recv _irecv simcalls
It used to be globally set, but if we want to mix layers of SimGrid (SMPI + MSG calls)
we would want to have different copy functions used during the same simulation

new flex run

Make MSG action module initialization/finalization an explicit call
This avoid setting up these modules every time, which could cause some issues when mixing

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fix failed conflict (oups)

Add MSG_process_join [#13601]

Add in DefinePackage.cmake the man pages

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add a man page for smpicc and smpirun

Fix warning about undefined identifier [-Wundef].

Thanks to Samuel Thibault for the report.

[mc] Enable Fortran 90 code with model cheking

[mmalloc] Extends the junk area and use finer grained allocations

With this we are able to run Fortran 90 code at the expense of 2 more
pages per state.

No need to copy these files.

Add --setenv srcdir=... to tests when needed.

Fix surf inclusion path for test smpi-tracing-ptp.

Forgot to run distcheck after previous commit.

Register new files for dist.

Add missing xml file.

[mc] Check error in MAP_FAILED

[mc] mprotect the region *after* zero-ing ignored parts:

Doing it the other way round segfaults.

[mc] Add basic test for lexical-block scoped variable

Merge "mc"

[mc] Fix DW_AT_start_scope handling in mc_checkpoint

[mc] Do not use "simdata" variable (workaround for broken test)

With DWARF4, the "simdata" variables in a nested scope seems to
prevent state equality detection and breaks a test :

  * happens with DWARF4 ;

  * does not happen it the variable is at the main scope of the
    function ;

  * the variable is found either way (DWARF2 and DWARF4) ;

  * the scope addresses seems fine in both versions of DWARF (the
    semantic of the DW_AT_high_pc is different but it is handled
    correctly).

As a temporary workaround, not using this variable fixes the test.

Fix tesh files after commit c35d96a.

Test cannot work if !HAVE_RAWCTX.

Fix the default working set size of migration

Cherry-pick from the hypervisor branch.
Note that 90% is just an example. More cleanup and documentation should
be necessary.

Conflicts:
src/msg/msg_vm.c

Fix tracing options ignored when set in xml config file [#14853]

Should fix a build error happening on 32bits architectures, related to the size of an adress

Merge branch 'smpi-topo'

Conflicts:
src/smpi/smpi_pmpi.c

Rename option multiple use of task and fix leak

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Merge with master

Fat Tree routing is almost complete, except there is no routing yet

Add option to msg to debug multiple use of task

Doc shareResources,updateActionsState

Fat trees progress

generateDotFile, to generate dot files for fat trees

Proper fix for compilation warning

Revert "Quick fix for warnings in compilation induced by fat trees."

This reverts commit c8bcfe7ac56e69ba55d4797455a6b637baeec83e.

Quick fix for warnings in compilation induced by fat trees.
This should be properly fixed quickly.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

[Bug Fix] Resolve compilation error introduced in 20984b0bb3a1e3e5e213963d9182b1c15baba23c

Some minor progresses have been made in the implementation of fat trees

Fix inversion bug in CpuL07 constructor

[Fat Trees] Function generating dot files should be working,
yet to be tested
FatTreeLink got its members public

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add doc to surf java

Added some work in the creation of links in the fat trees, basically the repartion of nodes through the levels.

Method to generate a .dot file, almost done

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fix missing java include

Swig only in maintainer mode

[mc] Protect snapshots against write

[mc] Only enable KSM on snapshots and not on main memory

Merging pages on the main memory will generate page faults on write
and we won't gain much memory.

Talk about CFLAGS and CXXFLAGS in doc.

add some MPI types definitions

don't enable flto if ld version <= 2.22, as there are bugs with some version of GCC
Its not clear whether bugs were actually in gcc < 4.7.2 or in the bfl ld version ...
example of related bugs : http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53780 http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=52900
Disabling flto when ld is too old is one of the possible fixes, as ld 2.24 doesn't triggers these bugs.

typo --

minor typo

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Ignore files generated by some editors (files starting with '#')

Beginning of the implemenation of fat tree. Parsing methods for special arguments related to this kind of clusters.

Definition of a new class to represent the routing in fat trees

Merge branch 'mc-perf'

[mc] Avoid allocation/deallocation in init_heap_information

remove all references to the dead file_ls function

initialize this storage with NULL

update example according to recent modifications

augment example to test the semantic of the write

simplify the way free and used space are accessed

correct the semantic of the write

do not use MSG stuff at SURF level

correct seek's semantic